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人类组织器官功能障碍，即组织器官的生理功能失调或紊乱，不能发挥正常生理功能。但是，并不涉及组织器官的实质性损伤。打个比方说，螺丝生锈了，拧不动了，不能发挥正常固定作用，但是螺丝本身并没有坏。上点润滑油，润滑一段时间再拧，就可以了。
人体内分泌系统、免疫系统发生功能紊乱时，会导致各种疾病发生。当免疫系统功能增强，可能会发生过敏反应；而功能降低，可能会导致病原体入侵、肿瘤细胞逃离免疫监视等。内分泌系统也是这样，如甲状腺功能亢进，会发生甲亢；功能不足，会发生甲减。人体组织器官功能障碍，如果长期得不到修复，就会诱发形成重大疾病。
人体组织器官功能发生障碍，有时候传统的中医、西医治疗效果不佳，治疗时间太长。如果用干细胞治疗，许多疾病可以取得较好的治疗效果。
甲状腺是人体重要的内分泌器官，能够合成和分泌甲状腺素（T 4 ）、三碘甲状腺原氨酸（T 3 ），对人体多种关键生命活动起调节作用，如新陈代谢、体温调节、骨骼生长、脑发育等。若发生功能障碍，会导致各种疾病发生。
甲状腺功能减退症，简称甲减，就是由于甲状腺不能合成、分泌甲状腺素或合成、分泌量不足，机体新陈代谢活动不能正常进行引起的临床综合征。分为先天性甲状腺功能减退症、幼年甲状腺功能减退症、老年甲状腺功能减退症等类型。
科学研究发现，通过干细胞移植能够修复甲状腺功能障碍。胚胎干细胞移植后，可以定向诱导分化为甲状腺滤泡细胞，分泌甲状腺素，调节机体一些代谢活动，使之能够顺利进行，但是，胚胎干细胞移植存在伦理争议，临床应用时会有一定限制。脐带间充质干细胞或骨髓间充质干细胞移植后，经定向诱导也可以分化为甲状腺滤泡细胞，分泌甲状腺素，发挥代谢调节的生理功能。
骨髓间充质干细胞临床应用最早，不存在伦理问题，但最初来源和采集相对困难。脐带间充质干细胞具有原材料来源广泛，采集相对容易，保存、运输比较方便，没有伦理争议等优势，具有潜在的临床应用前景。
类风湿关节炎是一种慢性、全身性、自身免疫性疾病。目前病因没有完全弄清，有人认为与先天遗传易感性和后天病原体感染等因素有关。最初侵袭滑膜组织，逐渐导致关节破坏，功能减退或丧失。
传统治疗手段主要是药物治疗，包括抗风湿药、抗炎药、免疫抑制剂、肿瘤坏死因子拮抗剂等，但治疗效果不佳，或不能根治。通过干细胞移植治疗，则具有明显疗效。
类风湿关节炎患者的免疫系统发生了功能障碍，自体造血干细胞（来自患者自身）移植、同种异基因造血干细胞（来自他人）移植均可重建患者的免疫系统，使其发挥正常生理功能。自体造血干细胞移植的优点包括不受供者限制、没有外来病原体污染风险、不会发生免疫排斥反应、相关并发症少、费用相对低等，但缺点是移植后复发率高，采集患者的造血干细胞也会对患者造成一定痛苦。同种异基因造血干细胞移植的优点是患者没有采集的痛苦、干细胞来源途径多、移植后复发率低等，但是也有缺点，包括费用相对高、有外源病原体污染风险等。
间充质干细胞具有免疫调理作用和炎症反应调节作用，对于免疫系统功能障碍和炎症反应造成的类风湿关节炎具有明显的治疗效果。可供临床移植的有骨髓间充质干细胞、脐带间充质干细胞、脂肪间充质干细胞、胎盘间充质干细胞、羊膜间充质干细胞、牙髓间充质干细胞、毛囊间充质干细胞等。各种不同来源的干细胞移植，可能成为修复关节功能障碍，根治难治性类风湿关节炎的新途径，为患者带来福音。