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元代穆斯林群体属于“色目人”，按说分布在全国各地的大批外来的所谓“纯正”的穆斯林群体更应该维护自己的源头文化，走向所谓的“保守”。但我们从史料中不难看出，即使在元代，元政府对于穆斯林的管理和教育，其秉承的宗旨仍然是向中国文化靠拢的思路。元政府继续以中华文化的方式管理伊斯兰教，穆斯林则继续靠拢中华文化，伊斯兰教中国化在元代以新的面貌继续进行。
元朝中前期，政府设立了管理伊斯兰教事务的专门机构“回回掌教哈的所”
，机构由若干“哈的”组成。元仁宗时期进一步限制了此机构的权力，把这个机构裁撤并入其他机构。后又复置，元文宗时彻底裁撤。元仁宗时期对“哈的”的职责明确规定了范围：“特奉圣旨，哈的、大师只管他每（们）掌教念经，回回人应有刑名，户婚、钱粮、词讼大小公事，哈的每（们）休问者，交有司官依体例问者。”
说得很明白，伊斯兰教宗教人士的职责就是只负责宗教内的事务，给宗教人士正名，使其相符。涉及法律以及生活中宗教以外其他方面的问题，一律由国家有关部门管理。元朝政府是以政教分离的原则处理伊斯兰教以及穆斯林的事务，不是教管政，而是政管教。
可见我国政教分离的制度自古有之。“政主教从”
是中华优秀传统文化在政教关系上的体现，是优秀文明的继承。
伊斯兰教注重祈祷，在政教合一的背景下强调“认主独一”
的教义，但是来到中国后伊斯兰教剥离了政治因素而显现出其宗教文化的属性，于是和其源头文化产生了某种看似的矛盾。剥离政治与不剥离政治，其宗教的表现形式肯定是不一样的。《元史》中记载了元朝对伊斯兰教功能有着特殊但符合中国文化方式的限定：“敕回回哈的如旧祈福，凡词讼悉归有司。”
也就是说，伊斯兰教宗教人士在祈祷的时候要为皇帝祈祷祝福，“如旧”二字说明一直以来这是中国伊斯兰教的特点。当时穆斯林做礼拜时已经开始为皇帝祈福，叫作“祝延圣寿”
。这种方式既保留了伊斯兰教产生源头的政教合一所带来的一部分功能，与此同时又摆脱了政治的禁锢而作为一种宗教文化自由发展，这是伊斯兰教中国化的一个重要特点，既保留为国家服务的功能，但在其自身发展上又摆脱了政治的禁锢与扭曲，符合宗教文化健康发展的规律。
在这种背景下，中国伊斯兰教宗教人士的身份既是政府官员，又是伊斯兰教领袖，这两种社会身份也从源文化的政教合一转变为职能分开。中国伊斯兰教为世界伊斯兰教做出的最大的理论创建之一就是由“认主独一”走向了“二元忠诚”。
元代对伊斯兰教的管理实践，为理论的发展成功打下了基础。元代伊斯兰教除了在制度管理上依旧继承和靠拢中国文化，在穆斯林的教育上也同样如此，他们在教育制度与内容上靠拢中国文化，并且元代穆斯林主动学习中国文化，学成后走向科举之路。
元代的“回回国子学”
，是国家最高学府之一，隶属于国子监。元世祖忽必烈至元二十六年（1289）始置，元仁宗延祐元年（1314）另置“回回国子监”。招生的对象却是面向中华民族全体成员，凡蒙古、色目、汉人官员子弟皆可入学读书，学习内容主要是中国传统文化，为“四书”、“五经”、诗赋、表章、诏诰等，
并不会特别设置宗教课程，此外还有语言课程，如波斯语、阿拉伯语等语言。学校的管理方法与教学方法的相关制度设置则依旧靠拢中国传统方式，史料记载所谓“皆依汉人入学之制，日肄习之”
，也就是说整个学校的制度全部承袭中国传统，由此也可以看出当时中国文化对四周的辐射作用，具有一种很强的向心力。回回国子学在元代第六任皇帝泰定帝统治时期学员大增，即所谓“以近岁公卿大夫子弟与夫凡民之子入学者众”
，可以看出人们入学的积极性。回回国子学的毕业生大都做了中央各衙门的翻译官，“凡百司庶府所设译史，皆从本学取以充焉”
。
这些学生毕业以后会参加科举考试，科举考试依旧是依循中国传统，考试的内容并无宗教内容，不管是蒙古人，还是色目人，考试内容一律是中国传统文化。元延祐二年（1315），元仁宗批准同意了集贤学士赵孟頫和礼部尚书元明善的建议，国子学贡试之法更为“升斋”，按其学习步骤分为“六斋”。所谓“六斋”，就是六个循序渐进的学习阶段，类似现在小学、初中、高中等不同阶段。下两斋为“游艺”“依仁”，“凡诵书讲说，小学属对者隶焉”
，也就是所谓学前基础，属于中国文化的“小学”。中两斋为“据德”“志道”，“讲说《四书》、课肄诗律者隶焉”
，这就是更进一步学习“四书”的内容。上两斋为“时习”“日新”，“讲说《易》《书》《诗》《春秋》科，习明经义等程文者隶焉”
，此则更加深入到“五经”。按季考试，考试及格以后便可以升到更高的年级。
与前代不同的是，元代在考试方面还是照顾到了不同民族之间对汉语的掌握程度不同，因此各民族之间参与科举考试的门槛也不一样。汉人学生只有念完最高的“日新”或“时习”斋课程才能参加考试，而蒙古学生和色目学生只需念到“志道”“据德”课程即可参加科举考试。不过，就算如此，穆斯林学生们也已经学到了“四书”水平，中国文化掌握程度着实不浅。这种规矩叫“私试”，私试历时数月，汉人学生先后试经疑一道，经义一道，策问、表章、诏诰科一道；蒙古人学生和色目人学生先后试明经一道、策问一道。
学校对蒙古人学生、色目人学生和汉人学生的教学内容完全一致，没有宗教与民族的差别，只是最后考试的要求程度不同。这即是《元史》所记载的“试蒙古生之法宜从宽，色目生宜稍加密，汉人生则全科场之制”
。其实也是依照现实中对于汉语和中国文化掌握程度的不同而划定。在元朝，一些穆斯林特别是上层知识分子，既是官僚又是儒士。他们精于辞章，精于理学，这同元代的教育制度有着很大关系。
当时的中国社会，科举考试几乎是实现跨阶层人才流动的唯一门径，这对莘莘学子来说存在着巨大的吸引力，修身、齐家、治国、平天下，成为中国举子实现自我价值的途径，一旦登科则名利双收，光耀门楣。而科举考试的主要内容就是儒学，就是中国传统文化。窝阔台、忽必烈时期都拟以科举取士，但未能实行。元朝首次开科是在元仁宗延祐元年（1314）。蒙古人、色目人考两场，第一场考经问五道，出自《大学》《论语》《孟子》《中庸》，用朱熹章句集注；第二场考策问一道，以时务出题。汉人、南人考三场，第一场考明经经疑二题，出自《大学》《论语》《孟子》《中庸》，用朱熹章句集注；第二场考诗赋、诏诰、章表；第三场考策问一道，由经、史、时务内出题。如果蒙古人、色目人愿意参加汉人、南人科目考试，入选者加一等注授官职。蒙古人、色目人为一榜，汉人、南人为一榜，分榜录取。延祐元年（1314），在十一行省，即河南、陕西、辽阳、四川、甘肃、云南、岭北、征东、江浙、江西、湖广，二宣慰司，即河东、山东，四直隶省路，即大都、上都、真定、东平，荐举300人，参加会试。在入选参加会试的300人中，色目人占四分之一。会试后录取100人，规定色目人录取25人，亦占四分之一。因为色目人总数在全国人口比例中大大低于四分之一，所以这一措施是有利于色目人的。
它也有利于色目人在各个方面向中国文化靠拢，有利于伊斯兰教中国化的形成，更有利于中华民族共同体的形成。