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元初随着蒙古铁骑的大规模西征与南下，发生了中国历史上乃至世界历史上空前的民族大迁徙与大融合，信仰伊斯兰教的“回回”人也因此而来到中国各地并定居下来，繁衍生息。“回回”是元代对中亚和西亚信奉伊斯兰教诸国各族人的泛称。
名为“回回”的穆斯林少数民族社会群体经由唐宋的开端和酝酿，在元朝得以初步形成，这也间接使得伊斯兰教在中国的传播获得了广泛的信众基础。
元朝，伊斯兰教徒开始遍及中国各地，对于这种新的历史现象，《明史·西域传》专门记录，称之为“元时回回遍天下”
，由此可见这种历史现象是中国历史一种规模性改变的新特点。1258年，蒙古铁骑西征灭掉了阿拔斯王朝
，在西征胜利之后回兵中国，主力挥师东进、南下，几路合围才灭掉南宋。在我们的刻板印象中往往认为南宋是积贫积弱的典型形象，实则不然，蒙古军队在最后一刻需要几路合围才能打败南宋，足见其国力。发达的商业支撑了南宋的发展，外来穆斯林商人功不可没。在同南宋的作战中，蒙古贵族不断地从中亚一带调来军队。在东来的蒙古军队中，有大批信奉伊斯兰教的中亚与西亚人。
此外，还有工匠特别是军事工匠随军而来，打仗时出现的投石机，便是这些军事工匠的发明。除了大批的商人，还有专门的宗教职业者以及穆斯林上层人物。这些人当时被统称为“回回”，归于“色目人”一类。关于“回回”名称的来源，除了专家学者的相关考证，还有一个浪漫的传说，就是这些外来穆斯林在中国安家后，时常思念故乡，希望能回到家乡，时间久了，便将他们称为“回回”，当然这只是一个浪漫的传说。
蒙古军制，大汗的护卫禁军称为“怯薛”。此外还有“西域亲军”，其中大部分人是穆斯林，“探马赤军”中也有部分穆斯林。
他们主要是蒙古军队在西征过程中对当地的穆斯林进行征兵而来，穆斯林士兵是“西域亲军”和“探马赤军”的重要组成部分。这些穆斯林随着蒙古军队对全中国的征战而散布于全国各地，西北、西南、中原、江南尤多。所以史料有所谓的“元时回回遍天下”之说。战争硝烟熄灭后，他们也随之退役且正值壮年，便成为普通农民，集中居住，进行农垦。这就是所谓“民屯”。还有“军屯”，就是军队一边戍守，一边垦殖。他们和当地人通婚，成为今天回族的源流之一。此外，随之而来的穆斯林工匠也多以军事编制进行手工业生产。这是造成日后回族“大分散，小集中”局面的历史根源。如果说唐宋时期中国穆斯林在分布上还只是一个一个孤立的点，那么在元朝，中国穆斯林在分布上不仅连成了线，而且铺成了面。在云南省，元时穆斯林业已“盈千累万”。据《至顺镇江志》卷三“户口类”记载，镇江侨寓户共有3 845户，其中蒙古人29户，畏兀儿14户，回回59户，也里可温教徒23户，河西人3户，女真人25户，汉人3 671户。
在非汉人中外来穆斯林占第一位，高于蒙古族。
唐宋时期，中国穆斯林大都居住在城市，经济活动主要限于海内外商业贸易方面。到了元朝则发生了历史性的转变。穆斯林不但在城市居住，而且也居住在农村，并以后者为主。他们不但从事商业贸易，还从事农业生产和成为手工工匠，并以后者为主。这为回族的形成奠定了经济基础。中国穆斯林除为官者，无论在农村还是在城市都以聚居为主。这种聚居方式对于伊斯兰教的巩固和发展是有利的，同时也促进了穆斯林社会的形成。
元代中国伊斯兰教的发展开始出现新特点，出现了伊斯兰教宗教职业者阶层，也就是说，伊斯兰教此时在中国彻底落地。他们或者被称为“答失蛮”
，或者被称为“哈的”
，或者被称为“回回大师”
。此外还有被称为“迭里威失”
的苏菲派
托钵僧，他们是避世修行的神秘主义者。此时苏菲派传入中国，与中国的道教、地主制度等情况相结合，形成了西北中国伊斯兰教门宦制度，这是伊斯兰教中国化过程中的特有形态。元代穆斯林一般信徒被称为“木速鲁蛮”
，总体分为三类，一是普通信徒，信教者；二是宗教职业者，办教者；三是带有半出世性质的神秘修行者，也即苏菲派行者。这是中国伊斯兰教历史上出现的一个非常重要的新现象。这些人几乎全是随着蒙古军队东来中国的。他们在其原来的居所即阿拉伯世界或者中亚地区，本来就具有这样的宗教身份，
并非由中国本土自然产生。
元代总体上来说是民族大融合，文化多元和谐共生交融的时期。元中叶时，来中国游历的意大利传教士鄂多利克就被杭州当地的汉族、蒙古族、穆斯林、佛教徒、景教徒等多民族、多宗教人士和谐生活的场景所震动，他在其游记中颇为感慨地说：“那样多的互不相同的种族能够和平地居住在一起，受同一个政权的管理，我觉得这实在是世界上最大的奇迹之一。”
这种多元文化和谐共生的局面，为何在外国传教士眼里如同世界奇迹一般？这是基于中华优秀传统文化体系本身和谐、开放、包容的特质，使得各种外来宗教文化都能剥离政治外壳，共存共荣，共同在中华大地上健康发展。元统元年（1333）开科取士，所取百名进士中，就有蒙古、回回、畏兀儿等人士50名，
也体现了上述特点。元代伊斯兰教在各个方面继续保持自己独立性的同时不断靠拢中国文化。