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20世纪30年代初，资本主义世界爆发了空前惨烈的经济危机，陈嘉庚在南洋的企业受到惨重打击，最后被迫收盘，使得经费仰给于陈嘉庚的厦门大学陷入困境。从1930年至1936年，虽然厦大师生同心同德，争取各方援助，并一再裁并院系，但经费依然十分拮据，陈嘉庚万不得已具函请求政府接办。1937年7月1日，南京国民政府决定将私立厦门大学改归国立，7月6日简任著名物理学家、清华大学教授萨本栋博士为国立厦门大学首任校长。翌日，“七七”卢沟桥事变爆发，日军大举入侵，严重国难突临。
年仅35岁的萨本栋受命于危难之际，数日内就把清华大学教授一职交卸完毕，离开北平，先抵南京，再到厦门，29日接收完竣，正式视事。9月3日，日军袭击厦门，我军奋起抵抗，厦大校址逼邻炮台，位于火线之中，学校乃于4日暂迁鼓浪屿，借用英华中学及毓德女校部分校舍上课。
但是，地处海防前线的厦门、鼓浪屿，终非久留之地。萨本栋当机立断，决定将厦大迁往闽西山城长汀，以保证抗战期间教学不致中断。学校当即先将重要图书、仪器装箱内运，师生则于12月下旬全部内迁。经20天长途跋涉，于1938年1月17日在长汀复课。5月，厦门不幸沦陷，厦大演武场校舍被日寇炸毁。嗣后，日机又时常骚扰长汀。师生们切齿痛恨日寇的暴行，更加发愤勤教苦学，全校上下团结一心，使厦大在抗战的艰难环境中，得以不断发展。
教学机构方面，改归国立前因经费困难裁并院系，全校只设文、理、法商三学院、九学系。改归国立时撤销法律学系，原法商学院改名商学院；同时增办土木工程学系，暂附理学院内。1940年9月学校增设机电工程学系，理学院因之改称理工学院；10月，原福建大学法学院划归厦大，下设法律、政治、经济三系，商学院商业学系则划为银行、会计二学系。1944年8月，理工学院增设航空工程学系；1945年7月，文学院增设外国语文学系，法学院增设司法组。至抗战胜利前夕，全校共设文、理工、法、商四个学院，中文、外文、历史、教育、数理、化学、生物、土木、机电、航空、法律、司法、政治、经济、银行、会计等16系（组）。
随着教学机构的发展，在校生数也逐年增加，由1938学年度的284人增至1945学年度的1044人。其中新办的工科发展最快，三个系在1945年生数达427人，占全校总生数的41%。专任教师人数迁汀初期仅46人，其中教授、副教授22人；到1943学年已发展到94人，其中教授、副教授51人。著名的专家、教授谢玉铭、傅鹰、朱家忻、陈世昌、黄中、刘晋柽、李笠、余謇、李培囿、林惠祥、虞愚、汪德耀、黄苍林、顾瑞岩、陈超璧、陈烈甫、何炳梁、黄开禄、肖贞昌，以及著名的马克思主义经济学家王亚南，都先后来校任教。
校舍方面，刚到长汀时只有孔子庙及行署的部分房屋，1939年即扩展为三大院共约20座堂舍、教室。随后，学校向政府申拨虎背山南麓旧中山公园一大片荒地，数年间陆续兴建各类教室、阅览室、实验室、宿舍数十座，以及足球场、篮球场、大膳厅、蓄水池、发电厂等体育、生活设施，又在东门外及龙山麓分别建成第三、第四、第五教职员宿舍共十余座，并扩建了厦大医院；与原来孔子庙周边的三大院落连成一片，几乎占据了半个长汀城，使千余名师生得以安心求学和工作。
抗战期间，烽火遍及神州大地，长汀虽屡遭敌机空袭，但相对来说较为安定。厦大师生对此十分珍惜。而新入学的学生多数又是清寒好学子弟，他们都以能考入厦门大学为荣为幸，入学后自是勤勉学习，发奋攻读，务期求得真正的学问。学校方面则采取充实师资力量、加强基础学程、增设专业课程、严格考查考试等措施，狠抓教学质量，特别是教授、副教授全力教课，对提高学生的程度起到决定性的作用。
厦门大学群贤楼
厦门大学学生宿舍楼
在萨本栋校长和全校师生共同努力下，抗战期间的厦大，教学质量迅速提高。1940年8月，国民政府教育部举行首届全国专科以上学校学生学业竞试，按获奖人数、获奖系数与每人所需经费数所占比率评定，厦门大学均名列第一。1941年第二届全国学业竞试，厦大再居首位，蝉联冠军。
厦门大学成绩斐然，吸引了许多中外人士前来参观。1944年春，英国纽凯索大学教授雷立克到中国考察战时高等教育，在重庆闻厦大之名，不远万里，特地来汀。当雷氏尚在汀时，美国地质地理学家葛德石也接踵而至。他们通过参观、访问、考察，对厦大备极赞扬，葛德石氏且谓“厦大为加尔各答以东之第一大学”。
《演武场上的高等学府：厦门大学》