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在抗战以前，清华有一个比较民主的领导体制，它包括三个机构：一是承担学校日常行政责任的校务会议，由校长、教务长、秘书长和各学院院长组成；二是教授会，由全体教授和副教授组成，对学校的各项事务进行讨论；三是评议会，由校务会议的成员加上教授会选举的7位（后来发展成9位）代表组成，凡学校的重要事务，如聘请教师、学校规划、制度改革等，都需评议会决定才能施行。教授会和其他会议的作用体现了“教授治校”的指导思想。这种“自订制度”，和当时政府的法令和规定是有某些不一致的。
在抗战时期，国家的政治形势和战前不同，所以西南联大的办学体制和抗战前清华的体制不完全一致。西南联大也有教授会，由全体教授、副教授组成，但主要为一咨询机构。另由常委、教务长、总务长、训导长、各院院长及教授代表组成校务会议，是决策机构。西南联大沿袭了三校用人精简的制度，校长、教务长、总务长、各院院长以及各系主任均由教授兼任，没有副职，职工人数也比较少，常是一人兼任数职。学校很多的专门性任务都交给由教授组成的委员会去研究和办理，委员会根据需要有常设的，也有临时性的（任务完成后即结束，有新任务时再另组织），这是一种能够很好地发挥教授主导作用的办法。
西南联大由三个已有相当传统的大学联合在一起，是一种新生事物，在过去是没有的。实际上三校的教学力量和设备条件有―定差别，为使三校在联大体现较好的平衡，各校按条件另外建立独立的研究所，而没有把所有南迁的人员都列入联大编制，这些研究所在整个抗战时期在科学研究上也都起了很好的作用。在昆明时期，联大教职工的工资虽随生活指数有一定调整，但远远赶不上飞涨的物价，教职人员的生活均极困难，曾有教授家人以自制物品到外面贩卖，来弥补生活的不足。学校则利用了清华某些教师的技术专长，设立了技术咨询机构，为国家及地方建设部门服务，将所获利润逐季分配给西南联大同人。
《梅贻琦校长与西南联大》