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乾隆三十五年（1770），36岁的段玉裁“铨授”贵州玉屏县，两年左右“以诖误入都”；“越三年，宰于蜀”，先后署理富顺县、南溪县，并有半年时间兼任“化林坪”兵站的站务，有一年时间调回“成都候补”；只有乾隆四十三年至四十五年（1778—1780），任巫山知县，相对平稳，而先以父老尽孝辞职未获批准，最终称身体有病辞职获批准。段氏《八十自序》说“庚寅出宰于黔，越三年，宰于蜀，至辛丑引疾归”，《博陵尹师所赐朱子小学恭跋》称“三十六乃出为县令，不学而仕者十年，政事无可纪。四十六先君子已年过七十，请终养，未合例。遂引疾归”
。
这十年并非如段氏谦称的“政事无可纪”，而是勤政廉政、赈灾救民、兴学劝化、表彰忠烈、重修县志。此期新交往的学人不多，公务之外，静心阅读与著述。除戴震外，见于记载有交往的人仅戴震在京借住的房主洪素人朴，作序的钱大昕，来信的程易田、孔继涵、戴震之子戴中立，好友四川学政吴省钦，钱墉人张宾鹤，延主学易书院的李瑞五，纳溪县令不君，借书的徐袖东等人。赵航评论说：
在黔、川期间，七品知县，固然有该处理的政务，但相当一部分精力是用在学问上，著书立说，经常是独居西楼，“一灯荧然”。基本是个体活动，也很少有学术交游，有交往的只有好友四川学政吴省钦、同官朱云骏等一、二人而已，形不成一定的学术氛围。与他的前期、后期相比，差别相当明显。前、中、后三个时期，从学术交游的状况看，两头高涨、中间低落，呈马鞍形。这是非常有趣的文化现象。至少充分说明，经济和学术文化从来都是密不可分的……因此，段玉裁足迹虽然遍及半个中国，北到燕山，南至五岭，但对他学术产生巨大影响的是两个中心地区所凝聚的文化圈：北京文化圈和江南文化圈。
此一时期他在学术上有不少收获，如修订完成了古音学巨著《六书音均表》、诗经学成果《毛诗故训传定本小笺》，开始了《说文解字》研究的酝酿构思并有初步成果，另撰多篇学术文章和诗作。
以下从段氏为官的“三起三落”、政事、学术成果、交游等方面做一梳理。