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戴震在乾隆二十七年（1762）40岁时考中举人，次年春，入都会试不第，滞留在新安会馆。当时任教习的段玉裁，与好学之士汪元亮、胡士震等前往新安会馆向戴震请教。段玉裁初见戴震，《声类表序》有记载：“始余乾隆癸未请业戴东原师，师方与秦文恭公论韵，言江慎修先生有《古韵标准》，据《毛诗》用韵书，真至仙十四韵，宋郑庠谓汉、魏，杜、韩合一者，《毛诗》实分二，余闻而异之，顾未得见江氏书也。”
同年夏，戴震南归，段玉裁以信札问安，并自称弟子。
段玉裁早于戴震两年中举，依传统习俗，段氏为年兄，然段氏拜师东原，实出有因。其时，段玉裁初中式，并无学名，而戴震早已名满天下，当时人汪中说“戴君游京師，当世推为儒宗”
。董莲池《段玉裁评传》第一章“家世、举业和从师”议论说：
从年龄上看，戴震比段玉裁年长十二岁，段玉裁既然一厢情愿地认戴震为师，年龄不会让人感到不顺。可是若论中举的时间，段玉裁却早于戴震两年。按当时的世风，于举业上先中者是年兄，后中者则是年弟，因此，大段玉裁十二岁的戴震非但不能为师，连当兄都无资格。戴震大概内心深处强烈地感受到了这一点，出于自尊，他对段玉裁以弟子自称决不默许。可是段玉裁不管戴震许不许，他在心目中是认定了这个老师。
董先生的判断，从段玉裁的表述中也有印证，如段氏《答黄绍武书》有“昔东原师坚拒愚称弟子，而愚必弟子焉”之语，并且在具体行为上有很多体现，如乾隆二十八年（1763）认真抄录戴震《原善》上中下三篇、《尚书古今文字考》、《春秋改元即位考》等；乾隆三十年（1765）八月，戴震校定《水经》一卷了，段玉裁“从之借抄”，并自记一篇，这似乎为段氏后来的《水经注》研究与为戴震《水经注》案辩白埋下了伏笔。戴震与段玉裁终成师生，也可见二人气味相投，均是惊世骇俗之辈。梅光迪《论今日吾国学术界的需要》说：“吾国昔日学者，常孤介绝俗，不屑屑于众人之知……故学者之令名，积久而后彰，其所恃者，在少数气味相投，不轻许可，而永久继续之智识阶级。若一时众人之毁誉，则所不计也。”
民国学术大师黄侃拜年长数岁且有“卿本佳人，奈何作贼”骂名的刘师培为师，也可以见到这种以学问为师的惊世骇俗之举。
戴震治学的特点，他自己有很好的概括：“经之至者道也，所以明道者其辞也，所以成辞者字也。必由字以通其辞，由辞以通其道，乃可得之。”
“仆自十七岁时，有志闻道，谓非求之《六经》、孔、孟不得，非从事于字义、制度、名物，无由以通其语言。宋儒讥训诂之学，轻语言文字，是犹渡江河而弃舟楫，欲登高而无阶梯也。”
这种典型的以小学明经学、明经达道的考据家的自白，直接影响了段玉裁一生治学的路向。
二人成为师生有一艰难的过程。段玉裁自撰《东原先生札册跋》
对拜师经过有一详细的补述：“余辛巳不第，旅食都门；癸未，东原先生至，心慕其学，屡请正师弟之称，不许。先生不第，归；遂致书称弟子。丙戌相见，遽言尊柬久欲奉还，朋友自可取益，奚必此也。今册中犹存三札，缴还称谓。于以知先生德盛礼恭，远出昌黎氏抗颜之上。”由此可知，段氏初见戴震欲拜师，后写信称弟子，戴震一直未同意。
三年后即乾隆三十一年（1766），二人又入都参加会试，均落第。二人相见，戴震当面仍未接受师弟关系，并归还拜师帖。段玉裁再申拜师之意。这一情况保留在二人的往来信札中。段玉裁呈戴震书：“《水经》一本，裁已抄完。乞将校定全书并裁所上，全部付来手。金五先生所书《夏小正》正文，亦祈发来。耑此，并请钧安。余不悉。裁谨禀。”《戴东原与段茂堂十一札》之《第一札》：“弟校本数日前为姚六哥鼐取去，余俱奉上。尊谦不敢当，并缴。”
按《戴震全书》本《与段茂堂等十一札》校注（一）：“此札是戴震在段玉裁来信上所加的批语。因‘尊谦不敢当’，后欲将原信退回。此札及第二、三札之首均注有‘丙戌’二字，是段玉裁的手迹，即是说前三札均作于乾隆丙戌三十一年（一七六六）。”
还保存于段玉裁所撰《戴东原先生年谱》中，乾隆三十一年记载：
始，玉裁癸未请业于先生，既先生南归，玉裁以札问安，遂自称弟子。先生是年至京面辞之，复于札内辞之。又有一札云：“上年承赐札，弟收藏俟缴，致离舍时，匆匆检寻不出。在吾兄实出于好学之盛心，弟亦非谦退不敢也。古人所谓友，原有相师之义，我辈但还古之友道可耳。今将来札奉缴。”观于姬传及玉裁之事，可以见先生之用心矣。直至己丑相谒，先生乃勉从之。朱文正公尝曰：“汝二人竟如古之师弟子，得孔门汉代之家法也。”
对二人师生关系的形成有明确说明，己丑年即乾隆三十四年，二人才正式确立师生关系。并提及姚鼐拜戴震为师的一段公案。
此公案涉及清代汉学、宋学之争，考据与辞章的关系，学者文人的交往等，有必要做一些交待。据段玉裁《戴东原先生年谱》乾隆二十年记载：“先生学高天下，而不好为人师。姬传是时为孝廉，倾心先生之学，欲奉为师。此书末，先生缴其称谓云。”姚鼐（1731—1815），清代安徽桐城人，字姬传，一字梦谷，室名惜抱轩，世称惜抱先生、姚惜抱，清代著名散文家，与方苞、刘大櫆并称为“桐城三祖”，著有《惜抱轩全集》等。编选《古文辞类纂》，选录战国至清代的古文约700篇，以“唐宋八大家”之作为主，该书是代表“桐城派”散文观点的一部影响较大的选本。乾隆二十年，姚鼐欲拜戴震为师，戴震不接受，相约为友。戴震致信姚鼐，即著名的《与姚孝廉姬传书》，信中说：
至欲以仆为师，则别有说，非徒自顾不足为师，亦非谓所学如足下，断然以不敏谢也。古之所谓友，固分师之半。仆与足下无妨交相师，而参互以求十分之见，苟有过则相规，使道在人不在言，斯不失友之谓，固大善。昨辱简，自谦太过，称夫子，非所敢当之，谨奉缴。
拜师而遭婉拒，加之戴震去世后姚氏多有批评，又涉汉、宋之争，故此事颇受关注，有较多文献，涉及不同的观点。
以汉学、宋学之门派来讨论的，如章太炎《訄书·清儒第十二》：“桐城诸家，本未得程、朱要领，徒援引肤末，大言自壮，故尤被轻蔑。范从子姚鼐欲从震学，震谢之，犹亟以微言匡饬。鼐不平，数持论诋朴学残破。其后方东树为《汉学商兑》，微章益分。”刘师培《近儒学术系统论》：“及姚鼐兴，亦挟其古文宋学与汉学之儒竞名，继慕戴震之学，欲执贽于其门，为震所却，仍饰汉学以自固，然笃信宋学之心不衰。”
有直斥姚氏学术水平不高的，如李慈铭《越缦堂读书记》：“惜抱经学甚浅，为同时汉学诸儒所轻，因循而尊宋儒，贬斥惠定宇、戴东原、朱石君诸君子。至自夸其笔记中所论史学，谓足与钱辛楣相匹。”
姚氏在戴震生前仍有学术互动，如乾隆三十八年癸巳（1773）戴震、姚鼐等人进入四库全书馆后，与尚理学、轻考据者有冲突，以戴震与钱载（1708—1793）之交锋为甚，
当时蒋士铨等支持钱氏，邵晋涵等支持戴震。翁方纲（1733—1818）貌似“持平”，实诋毁戴震。而在戴氏去世后，姚鼐对戴震多有批评，表现为学术理念的差异。如《程绵庄文集序》称：
天下之学，必有所宗。论继孔孟之统，后世君子必归于程、朱者，非谓朝廷之功令不敢违也。以程、朱生平行己立身，固无愧于圣门，而其论说所阐发，上当于圣人之旨，下合乎天下之公心者，为大且多，使后贤果能笃信，遵而守之，为无病也。若其欲与程、朱立异者，纵于学者有所得焉，而亦不免贤智者之过。其下则肆焉为邪学以自饰其不肖者而已。
以“孔孟之统”与程朱之学相对立，并强调朝廷对程朱之学的肯定立场。在《再覆简斋书》中又直接严厉批评戴震等说：“且其人生平不能为程、朱之行，而其意乃欲与程、朱争名，安得不为天下所恶，故毛大可、李刚主、程绵庄、戴东原率皆身灭嗣绝，此殆未可以为偶然也。”
在德行与名声方面，对戴震等做了否定，并言及“身灭嗣绝”，当是非同寻常之语了。后人也关注到这一情况，上升至学派、学术思想高度来讨论，如梁启超《清代学术概论》第十九认为，姚鼐“屡为文诋汉学残碎，而方东树著《汉学商兑》，遍诋阎、胡、惠所学不遗余力，自是两派交恶”。
图5 段氏手迹
戴震拒绝姚鼐拜师，实际上确实存在各自主观认知差异的问题。当时戴震有《与方希原书》，认为“古今学问之途，其大致有三：或事于理义，或事于制数，或事于文章。事于文章者，等而末者也”
。戴震认为文章只是一种技艺，是最次要的事业。这就牵涉到知识体系与学术范式问题，作为文学家的姚鼐是不会认同的，所以进行了隔时空的直接交锋。在桐城前辈的基础上，姚鼐在《述庵文钞序》中提出了“义理、考证、文章”三合一的著名主张，“是三者，苟善用之，则皆足以相济；苟不善用之，则或至于相害”
。表面上说“以能兼长者为贵”，而实际阐明的是将知识与德行完美融合的学问只有“文章”一途，与戴震观点针锋相对。有研究者认为：
可以肯定地讲，乾嘉学界曾就如何确立学术范式，并由之而获得学术的话语权，进行过一场持久而激烈的思想论战。
戴、姚二人拜师不成而终有交锋，是其时代的一个侧面。戴、段二人则有着相近的学术理念，终成师生关系，虽然经历了乾隆二十八年（1763）夏戴震南归，段玉裁信中自称弟子，到乾隆三十一年（1766）戴震当面不承认师生关系，直到乾隆三十四年（1769）戴震勉强承认，至少有六年时间。而其间，二人实已有许多互动。如乾隆三十年八月，戴震校定《水经》一卷，示纪晓岚、钱竹汀、姚姬传、段玉裁等。段玉裁从之借抄，并自记一篇，拟他日镌赠同志。又如乾隆三十一年，戴震撰成《原善》三卷（即享誉后世的《孟子字义疏证》），段氏亦曾见之。
至于段玉裁一心一意、甚至于有强行拜师之意的动机，前人有一些讨论，如董莲池认为：“段玉裁应当是又很想在冲刺举业的同时于学问上有一番作为，这是一种不带功利性的追求。段玉裁要尽快达到这个目的，在当时的情况下必须依傍一位大师作自己的老师。”活在国人心中的俗语“名师出高徒”便是人们这种认识的真实写照，“段玉裁当时还在学问圈外，而大师则通常是圈子的核心，拜大师为师，有利于取得圈内人们的承认而走进这个圈子，取得和圈内人同等的地位，获得共同切磋的可能性。”
直白一点说，是想走学术捷径，但又无可厚非。
段玉裁是地道的江南人，为什么不拜吴派学者为师而偏要远拜皖人戴震为师？这与吴派的学术特点与形成过程、戴震的学术成就与社会影响、段玉裁的个人喜好与治学路向等有关，董莲池给出五个原因：
一是从吴派学术特点上看，都致力汉儒经学的发掘、钩稽和表彰。“但惠栋及其学友和弟子倾全力于汉学的发掘和钩稽，不免表现出嗜博、泥古、佞汉的弊端，乃至兼收并蓄，别择不精”
，不为段玉裁所喜。
二是段玉裁对古韵学很感兴趣，而这又不是吴派学术的亮点。
三是惠栋故去，其弟子当时还没有卓成大家者，且年龄大体与段玉裁相当。
四是戴震在学问上所攻面宽，且又精确，他是当时海内著名的考据学家、古音学家江永的弟子，在考据学、音韵学上都深得江永真传，戴震注重语言文字，以小学通经，比较实事求是，其学术传承和治学之路合于段玉裁心中所向。
五是戴震于学问上当时早已“声重京师”，乾隆十九年，礼部侍郎秦蕙田编撰《五礼通考》，他把戴震接到府邸，为他朝夕讲授观象授时，并将戴震32岁写成的《勾股割圜记》等收入《五礼通考》“观象授时”一门。内阁中书钱大昕称戴震为“天下奇才”。吏部尚书王安国还特聘戴震教其子王念孙。这些消息传到段玉裁那里，在段玉裁心目中，必定会认为惠栋之后，学界引领风骚者此时唯独戴震而已，所以他觉得欲从师，自非戴震莫属。
乾隆三十四年（1769），段玉裁在京师与戴震确认师生关系后，得到戴震在学术上的帮助很多，如借戴震书，临校北宋《礼记注疏》、明道二年《国语》各一部。段玉裁从此终生以师礼相待，传承并弘扬皖派学术，并最终形成自身的学术特色。
戴震有一篇较为充分展示其学术思想、并为后人所重视的文章《与是仲明论学书》：
仆自少时家贫，不获亲师，闻圣人之中有孔子者，定六经示后之人，求其一经，启而读之，茫茫然无觉。寻思之久，计于心曰：经之至者道也，所以明道者其辞也，所以成辞者字也。由字以通其辞，由辞以通其道，必有渐。求所谓字，考诸篆书，得许氏《说文解字》，三年知其节目，渐睹古圣人制作本始。又疑许氏于故训未能尽，从友人假《十三经注疏》读之，则知一字之义，当贯群经，本六书，然后为定。
提出了“由字以通其辞，由辞以通其道”的学术路向，接着又谈为什么经学难明，涉及天文历法，典章制度，鸟兽草木虫鱼，等等。再由“淹博难，识断难，精审难”三难，归结于舍“道问学”再无以“尊德性”：
凡经之难明右若干事，儒者不宜忽置不讲。仆欲究其本始，为之又十年，渐于有所会通，然后知圣人之道，如悬绳树艺，毫厘不可有差。仆闻事于经学，盖有三难：淹博难，识断难，精审难。三者，仆诚不足以与于其间，其私自持，暨为书之大概，端在乎是。前人之博闻强识，如郑渔仲、杨用修诸君子，著书满家，淹博有之，精审未也。别有略是而谓大道可以径至者，如宋之陆，明之陈、王，废讲习讨论之学，假所谓“尊德性”以美其名，然舍夫“道问学”，则恶可命之“尊德性”乎？未得为中正可知。
段玉裁《戴东原先生年谱》将此文记载于乾隆二十二年（1757），戴震35岁时，说：“仲明名镜，是姓，江阴人，客游于扬者，欲索先生《诗补传》观之，先生答此书。平生所志所加功，全见于此，亦以讽仲明之学非所学也。仲明筑室于江阴舜过山讲学，其人不为先生所重，故讽之。”关于此信作年，是仲明籍贯等，钱穆《中国近三百年学术史》第八章据《是仲明年谱》指段说不当。《东原年谱订补》续有论证，可参。
关于惠学、戴学与吴学、徽学之异同，钱穆《中国近三百年学术史》有一段评论说：“今考惠学渊源与戴学不同者，戴学从尊朱述宋起脚，而惠学则自反宋复古而来。顾亭林已言理学之名，自宋始有，古之所谓理学者，经学也。而通经则先识字，识字则先考音，亭林为《音学五书》，大意在据唐以正宋，据古经以正唐，即以复古者为反宋，以经学之训诂破宋明之语录。其风流被三吴，是即吴学之远源也……江浙人物荟萃，典册流播，声气易传，考核易广。清初诸老尚途辙各殊，不数十年间，至苏州惠氏出，而怀疑之精神，变为笃信考辨之工夫，转尚求真，其还归汉儒者，乃自蔑弃唐宋而然。故以徽学与吴学较，则吴学实为急进，为趋先，走先一步，带有革命之气度。而徽学以地僻风淳，大体仍袭东林遗绪，初志尚在述朱，并不如吴学高瞻远瞩，划分汉宋，若冀越之不同道也。”钱氏归纳学术流变与各自特征显其通达，而明显推崇吴学。进而认为戴震的一些观点本自惠氏：“东原论学之尊汉抑宋，则实有闻于苏州惠氏之风而起也。”推导出“其时不徒东原极推惠，而为惠学者亦尊戴，吴皖非分帜也”。陈祖武在此基础上继续探讨，认为“由惠学到戴学，实为乾嘉学派从形成到鼎盛的一个缩影”。身为吴地之人的段玉裁师从皖学宗师戴震，据其学术而言，实无吴、皖学明显的争论性的言论，仅是晚年在校勘理念上与顾千里有活校、死校之争。
乾隆三十四年（1769）夏五月，山西布政司使朱珪，邀请戴震入幕，段玉裁“随师至山西”，尽弟子之谊。此行段玉裁主要有两件事：一是主讲寿阳书院，秋冬之际结束，自寿阳回到京师；二是跟从戴震学习修志，离开后戴震仍有信来讨论。关于此行，段玉裁《戴东原先生年谱》“三十四己丑 四十七岁”条有详细记载：
是年夏，先生与朱文正公善。文正时为山西布政司使，先生偕玉裁往。玉裁主讲寿阳书院，先生客文正署中。已而汾州太守孙君和相聘修府志，是年成《汾州府志》三十四卷。其书之详核，自古地志所未有。……玉裁曾节抄《府志》《例言》《图表》《沿革》《星野》《疆域》《山川》《古迹》，将付诸梓，以为修志楷式。
方志是我国详细记载一地的地理、沿革、风俗、教育、物产、人物、名胜、古迹以及诗文、著作等的史志。编修方志是中国悠久的文化传统，现存方志在8000种以上，清代修志成就特出，段玉裁重修的《富顺县志》被公认为“著名方志”，梁启超推崇为“方志中之表者”，段玉裁也因此被称为“修志名家与方志学家”。而这一切可以说深受戴震的影响。对这一传承，赵航认为：
在清代，修志有两派主张，一为“地理派”，认为方志是地理书，应当“以山川为主而求其郡县”，要详细叙述地理而略及史事，注重古今疆域沿革与方位的考释，重视资料，重视考据；一为“历史派”，主张修志应注重历史文献、人物、史事等方面的内容。前者代表人物是戴震、洪亮吉，后者代表人物是章学诚。戴震注重文献和实证相结合的研究方法，一仍乾嘉学者考释精审的治学道路，深被段玉裁所领悟、授受，并贯彻落实到自己修志实践中去。
秋八月，戴震受汾州太守孙和相之聘纂成《汾州府志》三十四卷，段氏称“其书之详核，自古地志所未有。……玉裁曾节抄《府志》《例言》《图表》《沿革》《星野》《疆域》《山川》《古迹》，将付诸梓，以为修志楷式。”
并倾心学习，为此后取得方志学成就奠定了坚实的基础。《戴东原与段茂堂十一札》中不乏具体讨论修志的内容。如戴震信中谈到：
县境图最紧要，须用方格，每方几里，方向里数，必大致可稽。一注明山名、水名，一注明村庄之名。恐太繁碎，同样绘二图，分注曰“县境山川图”、曰“县属村镇图”。至若志之俗体，凑合八景、十景，绘图卷首，近来名手颇有知为陋习，宜削去者。星野之载步天歌及星图，均属陋习。又如每篇有小序，序皆通套语，近来亦有删去不用者矣。村镇必分八到，东、西、南、北、东南、东北、西南、西北。注明距县治里数，不必注在某都。铺驿则注明某铺至某铺、某驿至某驿，两头递交里数，使考古知今，藉此为据。又寿阳县北境，有后汉广牧城及后魏神武郡治，县北三十里。尚有遗迹可访查否。宋靖康元年，种师中抵寿阳之石坑，为金将所袭，回趋榆次，至杀熊岭，去太原百里战死。则石坑地见于正史，亦当载。杀熊岭相传在寿阳西六十里，接榆次界，今属境内否。上数事似不可缺，望查核，以补旧志之疏。
所论内容，即便今日新修志书，所不可缺。章学诚与戴震在方志编纂问题上观点不一，章氏多有批评之语。王记录认为，戴震在方志编纂上强调修志须明沿革，强调“切民用，明政事”的经世史学思想，因此，对章、戴之争，“应有持平的看法”“章戴二人，治学路径不同，立言之旨各异，不必抑扬轩轾”
。段玉裁的修志理论与实践，多秉承戴氏，与山西之行密切相关，后文再加讨论。
关于舆地及其文献的探究与整理，段氏晚年还有一些成果，如收入《经韵楼集》卷五的《校汉书地理志注》《地志理观县考》《朐忍考》等文，考述郡国地望、山川、水文、风俗等，有校订，有注释，有补充，有发明义例，具有较大的史料价值。