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秦朝的统一，结束了战国七雄纷争的局面，秦朝建立了中央集权的帝国政治体制。为了维护新型的中央集权大一统帝国的统治，秦朝奉行法家以严刑峻法为特色的政治理论来治理天下，后来甚至禁绝包括儒家学说在内的百家之学，给学术文化的自由发展和流传造成了严重的伤害。秦朝的暴政激化了各种社会矛盾，最终导致天下群起反秦抗暴，秦朝二世而亡。值得注意的是在推翻秦朝的起义中，江苏地域人士起了重要作用。继陈胜、吴广在大泽乡揭竿而起后，天下群起响应，其中尤以下相（今江苏宿迁）人项羽与沛（今江苏徐州丰县）人刘邦所率领的队伍势力最大。最终刘邦击败项羽，建立汉朝。
汉朝建立之后，“马上得天下”的刘邦最初尚未意识到儒学在治理天下中的作用，后经过叔孙通、陆贾等人的劝谏，他逐渐意识到了儒学的价值，慢慢改变了对儒学的态度。文、景二帝喜好黄老刑名之学，对儒学兴趣不大。但文帝时已开始立经学博士，在客观上促进了儒学的发展。武帝即位之后，不满于文、景时期的清静无为的统治策略，渴望有所作为，于是在董仲舒的建议下“罢黜百家，独尊儒术”，又立五经博士，兴太学，使得儒学从诸子百家之中脱颖而出，成为汉帝国的统治思想，对汉代政治以及整个中国古代的社会都产生了深远的影响。
两汉时期，江苏儒学取得了较大的发展，主要表现在以下几个方面：第一，祖籍沛县的刘氏集团开历代帝王崇儒的先河，奠定了儒家思想此后两千年作为统治意识形态的格局；第二，江苏地区产生了一批在儒学史上占有重要地位的儒家经师学者，如刘向、刘歆，他们对儒家典籍的整理和传授，为儒家文化源远流长的发展做出了重要保证；第三，江苏诞生了多位在汉代思想史上具有重要地位的儒家思想家、政治家，如陆贾，他对先秦儒家思想进行改造，使得儒学能够适应新生的政权，改变了汉高祖刘邦对儒学的态度，为儒学的发展赢得了帝王的支持。又如曾在江苏任职的董仲舒，他的建议直接导致了汉武帝采取“独尊儒术”的文化政策。此外，两汉时期江苏儒学的发展还在于今江苏地域上的各个郡国都有许多儒生在此传播儒学，这保证了儒学在江苏地区不断发展，更为魏晋南北朝时期江苏儒学的繁荣奠定了基础。