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1958年，学院交由北京市领导。1960年8月25日，文化部根据新的形势，更多地从全国需要出发，报请中央批准将1958年下放北京市领导的中央美术学院、中央戏剧学院、中央工艺美术学院、北京电影学院、中国戏曲学校、北京市舞蹈学校六所艺术院校重新划归文化部直接领导和管理。学校党的工作，仍归北京市委领导。9月29日，根据中央宣传部批示，文化部规定中央工艺美术学院的行政工作和教学工作由文化部和轻工业部共同领导。10月20日，文化部和轻工业部经协商，对领导中央工艺美术学院的协作与分工进行规定。学院的行政工作，包括事业计划、招生计划、人事、毕业生分配、财务、基建、设备等，由轻工业部领导与管理，文化部配合（关于教学干部的配备，由两部共同解决）；学院的教学工作，包括教学思想、教学计划、教学内容和方法、教学制度以及与教学有关的重大社会任务等，由文化部领导和管理，轻工业部配合。
1961年11月4日，由于中央手工业管理总局已恢复，根据中央工艺美术学院性质，决定由轻工业部和文化部共同领导的中央工艺美术学院改由中央手工业管理总局和文化部共同领导。
1964年7月3日，学院党委副书记兼副院长陈叔亮致函周扬和林默涵，讨论学院的领导关系。陈叔亮指出由于学院的领导关系长期未能合理解决，已经在工作上带来不利影响。文化部考虑艺术教育问题较多，中央手工业管理总局则常常单纯地从手工业生产角度出发考虑问题，又不了解学院情况。因此，双方常常互相牵制，互相推诿。由于文化部是直接掌管和贯彻中央文艺方针的部门，并且设有专管艺术教育的机构即教育司，因此，他提议学院全部划归文化部领导。10月30日，国务院下发了《关于中央工艺美术学院全部划归文化部统一领导和管理问题》的批文。12月24日，中央手工业管理总局和文化部举行了交接会议，学院代表陈叔亮参加了会议。会议决定学院筹建工艺美术系（班），主要为中央手工业管理总局培养工艺美术设计人才和中等工艺美术学校的骨干教师。12月底，中央手工业管理总局和文化部完成交接工作。从1965年1月1日起，学院由文化部统一领导和管理。