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在学院的隶属关系方面，以庞薰琹、柴扉、郑可、祝大年、袁迈为代表的一批教师认为：自建院以来，行政上归手工业管理局领导，业务上归文化部领导，实际情况是行政领导成为统一领导，文化部并未充分发挥其业务领导作用；而生产部门对于艺术与艺术教育规律并未充分尊重；强调工艺美术是文化艺术事业，主要为美化人民生活服务，应该由文化部统一领导；如果由生产部门领导则会改变学院性质，容易产生片面性和本位主义。
1957年3月，中共中央在北京召开有党外人士参加的全国宣传工作会议。毛主席着重讲了知识分子问题、准备“整风”问题和加强党的思想工作问题，继续强调贯彻“百花齐放、百家争鸣”的方针。4月27日，中共中央发布《关于整风运动的指示》。5月，全党开展整风运动，发动群众向党提出批评建议。
庞薰琹：《跟着党走，真理总会见太阳》，载《人民日报》，1957年5月12日
5月12日，在党的“整风”运动期间，庞薰琹在《人民日报》发表题为《跟着党走，真理总会见太阳》的文章，剖析中央工艺美术学院领导关系和办学方针的问题，不同意把中央工艺美术学院办成手工艺作坊，认为特种手工艺虽是需要的，但是“工艺美术主要的是应该为人民的日常生活服务”；主张“中央工艺美术学院应该由文化部来领导”。
老教学楼鸟瞰图
5月，《工艺美术通讯》第7期发表了《关于工艺美术事业的几点建议》一文，提出关于工艺美术事业的10条建议，以供国务院、文化部、美协等部门参考。其中，关于中央工艺美术学院和中央工艺美术科学研究所的领导关系的问题，要求国务院考虑学院和研究所整顿的具体措施，建议将研究所并入中央工艺美术学院，成立研究室。逐步创造条件，积累经验，向正式成为一个由文化部领导的研究所过渡。庞薰琹、郑可、柴扉、祝大年、袁迈、徐振鹏等36人在建议上签名。这10条建议比较客观地列举分析当时工艺美术教育、科研、生产、管理存在的问题。
5月20日，学院移交文化部统一领导。虽然，学院的领导关系已随上述建议与呼吁改为文化部领导，但是继而开始的“反右”运动使这种学术分歧被当作政治问题，《关于工艺美术事业的几点建议》的签名者受到或轻或重的处理。
随着反右运动的严重扩大化，不少教学中的党团员受到不同程度的处分。学院的良好发展遭受挫折。