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20世纪中叶以来，已上市的抗菌药原料药已达500余种，其在临床常用品种亦高达数百余种。人类在抗菌药物开发应用所获巨大成就面前，对抗菌药及合成抗菌药物的应用也变得随意而为。之后出现的情况却是人们始料不及的，临床上发现一些原本容易治疗的细菌感染性疾病现在有了新的变化，一些原本有效的抗菌药物已经不再能有效控制感染了。致病细菌对抗菌药产生耐药的事实很快就被证实，而且一些致病菌耐药性发生和传播的势头令人瞠目。据统计，金黄色葡萄球菌对常用抗菌药青霉素G的耐药率在20世纪40年代初仅1%，到20世纪末已超过90%；一种耐药性极高、致病力极强的耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌，1974年的分离率为2%，而到20世纪末则迅速增至39.7%，成为导致医院内严重细菌感染的主要致病菌。与此同时，另一种导致严重社区感染的耐药菌株，耐青霉素肺炎链球菌（PRSP）亦迅猛发展。20世纪末，我国大城市医院抽样调查其分离率达22.5%，而在美国其分离率高达33.5%，且由该耐药菌感染致死的病例逐年增多。由淋球菌感染所致淋病原本经青霉素G治疗可望迅速痊愈，而现今60%淋球菌对之已产生耐药性，青霉素G已难控制其发展迁延。20世纪80年代，合成喹诺酮类抗菌药物上市时，临床致病菌对这类新型抗菌药物十分敏感、耐药菌株几乎为零，但经过20年的广泛使用，临床致病菌对这类合成抗菌药物的耐药率迅速上升。如大肠杆菌对喹诺酮类药物的耐药性已高达70%，幽门杆菌的耐药率则升至82%，给临床治疗带来新的困难。20世纪80年代末，我们看到了一个严酷的事实，不少患者感染的结核杆菌出现了多重耐药性，全球结核病疫情迅速回升，以至世界卫生组织不得不在1993年世界卫生大会上宣布结核病全球紧急状态，并呼吁迅速行动与结核病危机进行斗争。致病菌耐药性的发生和蔓延已构成对人类健康的严重威胁。为此世界卫生组织发出警告：“新生的能抵抗所有药物的超级细菌，将把人类带回感染性疾病肆意横行的年代。”抗菌药物耐药性迅速发展，根本原因是抗菌药物的滥用。
抗菌药滥用表现在：①未能严格掌握适应证，不通过医师诊断自购自用抗菌药；②病原学诊断不明或估计不准确，错误选用药物、广泛使用广谱药物及不适当的联合用药；③不了解抗菌谱和抗菌特点，选用了无效的抗菌药物；④不遵循药代动力学原理，用药剂量、频次、疗程、给药途径不当；⑤过度地或不适当地预防性使用抗菌药；⑥不关注特殊生理（老幼孕等）和特殊病理（肝肾功能不全等）人群合理使用抗菌药；⑦过分依赖抗菌药物，忽视引流、营养支持等措施；⑧市场误导，不必要地使用高档、价高药物。
目前，我国药品分类管理制度的实施尚处在推广落实阶段，患者自行在药店购买抗菌药物的现象相当普遍。曾有统计，某地区80%的家庭小药箱内都有抗菌药物的储备。很多民众习惯一有头痛脑热或喉痒咳嗽等症状，就自行选用抗菌药。具体表现有：选用对病原菌或感染无效、疗效不强的药物；用药量不足或过大；病原菌产生耐药性后继续用药；过早停药或感染控制已多日而不及时停药；产生耐药菌双重感染时未改用其他有效药物；给药途径不正确；发生严重性或过敏反应时继续用药；不规范地联合应用抗菌药；依赖抗菌药的抗菌作用而忽视必要的外科处理；无指征或指征不强的预防用药；忽视抗菌药的疗效、价格比等。这些任意服用抗菌药物的做法，是导致抗菌药广泛滥用，且加速致病菌耐药性迅猛发展的重要原因。
另外，抗菌药物不仅在医药界被广泛滥用，在农业和畜牧业中这类药物的使用亦十分普遍。据美国统计，所生产的抗菌药物用于人类疾病治疗和用于农牧业各占50%。在农牧业领域中20%用于兽医治疗用药，80%则为预防用药和促使动物生长用药，估测其滥用率高达40%~80%。因此避免农牧业中抗菌药的滥用十分重要。