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科学研究是推动科学发展、人类进步的动力，按其研究对象的不同，可分为自然科学研究和社会科学研究，前者以自然界的事物和现象为研究对象，后者以人类社会为研究对象，中医药学科研主要归属于自然科学研究的范畴，但也兼具社会科学研究的属性。
科学研究是指为了增进知识，包括关于人类文化和社会的知识，以及利用这些知识去发明新的技术而进行的系统的创造性工作。科学研究是运用严密的科学方法，从事有目的、有计划、系统地认识客观世界、探索客观真理的活动过程，是对研究变量或指标的共同本质的概括。科学研究的基本要素主要有研究者、研究范围对象、研究方法、研究机构、物质的辅助手段、科学研究的已有成果、社会背景等。
通常所说的科学研究，实质上包括科学研究和技术研究。科学，即正确反映实际的知识体系，分为自然科学与社会科学两大类。医学是以人体为研究对象的自然科学，中医学是医学科学中的一个独特体系。技术，即在改造自然或解决问题中积累起来的劳动方法、技能，以及体现这些方法和技能的工具、设备等。如中医在诊断、治疗疾病过程中摸索总结出来的诊疗方法，以及诊治疾病所用的医疗器械、设备等。从研究的实际内容看，科学研究包括两个部分：一是创造知识的研究，主要是创新、发明、发现，解决未知问题，如调查、观察、实验研究等。二是整理知识的研究，主要是对已有的知识或科技文献资料进行分析、鉴别、评价、概括，如文献研究、工具书、教科书的编著等。探索与创新是科研活动的目的以及和一般性劳动活动的区别所在，探索是为了获得对未知事物和现象的认识，发现其运动的规律；创新是在已经获取的认识基础上，建立新的理论，发明新的技术，研制新材料、新产品。探索是手段，创新是目的。继承和积累是进行科研活动的重要条件，对已有的科学理论知识和技术方法的继承和积累是从事科研工作的基础，而这些理论和方法是前人通过大量的科学研究积累下来的，利用这些理论和方法，开展科研活动，体现了科学研究的继承性，同时在科学研究中的创新，也为科学的发展积累了知识和技术。所以科学研究就是通过不断的积累和创新，推动科学技术的发展。
医学科学研究与其他科学研究一样，也是认识客观事物、探索未知的认识过程，是探索人体健康和疾病的变化规律，研究疾病诊断、治疗和预防措施的实践活动。其任务是要揭示人体生命现象的本质与疾病发生、发展的过程和机理，认识人与环境的相互关系，健康与疾病相互转化的规律，为研究人的生命现象和防治疾病，提高健康水平提供理论知识和技术方法。由于医学研究以人为研究对象，人不仅有生物学属性，还有精神、心理活动和明显的社会属性，所以医学科研较其他的自然科学研究更具复杂性和困难性，不仅具有自然科学的属性，而且兼有社会科学的特点。
中医学的科学研究是以中医学理论和知识为指导，应用现代和传统的科学技术，揭示中医学理论的本质，探索人体健康和疾病的规律，研究保持健康、防治疾病的理论知识和方法，从而促进中医学理论发展，提高人类健康保健水平的科研活动。
根据研究工作的目的、任务和方法，科学研究通常划分为以下三种类型：
1.基础研究 旨在增加科学技术知识和发现探索未知领域的创造性活动，而不考虑任何特定的实际目的。其成果对广泛的科学领域产生影响，并常常说明一般的和普遍的真理，其成果也常成为普遍的原则、理论或定律。其研究结果是新观点和新信息，这类研究未知因素多，探索性强，研究周期长，对研究手段要求高。如保持人体健康的规律、健康指标的分期基础；人体功能与结构的研究；疾病发生、发展、转归全过程的规律及分子基础；人体衰老过程的规律及分子基础；人体的生物力学、流体力学、电子学；化学药物的构效关系，植物药的亲缘与有效成分关系。当一项科学研究是为获得对自然界更充分的了解，或要获得对新的探索领域的发现，但又没有考虑近期的实用目标时，这项研究就可以称为基础研究。基础研究的成果常常对广泛的科学领域产生影响，并常常说明一般的和普遍的真理，它的成果也常常成为普遍的原则、理论或定律。
中医药学的基础研究主要是为了探讨中医学基本理论的本质和规律，促进中医药学理论的发展。例如，阴阳五行理论的研究，藏象学说的研究，经络实质的研究，六淫学说的研究，中药采集、炮制、药理、药效、毒理的研究等，都属于中医药学的基础研究范畴。这类研究成果虽然不能直接用于临床，也不能转化成商品，但对于中医理论的发展具有很重要的作用。中医学的基础研究是打开现代科学与古老中医学之间的屏障，促进传统中医学现代化，与现代科学特别是现代医学接轨的关键途径。
2.应用研究 旨在增加科学技术知识的创造性的系统活动，但它考虑某一特定的实际目的，具有针对一定的实际应用目的去发展基础研究成果的性质，又是为达到某些特定的和预先确定的实际目标提供新的方法或途径。其成果对科学技术领域的影响是有限的，针对性更强。如：有关疾病的病因、流行规律、治疗及预防效果的机制研究；为实验研究需建立的新的动物模型、细胞株以及方法学的研究；有关流行病学调查、考核防治效果、药物调查的方法学研究；寻找新药物、新生物制品、新医用材料的方法、有效药物的药理作用机制、药代动力学、医用材料的机体相容性的机制研究。应用研究是把基础研究发现的新理论和新知识应用于特定的科学领域，具有明确的研究目标的科研活动，是基础研究的延续，目的在于为基础研究的成果开辟具体的应用途径，使之转化为实用技术。应用研究是基础研究成果在生产实践活动中的体现，是为达到某些特定的实际目标提供新的方法或途径。一般来说，通过应用研究可以把理论发展到应用的形式，应用研究的成果能够解决特定科学技术领域的实际问题，具有一定的选择性和针对性，而不像基础研究成果那样具有普遍性的指导意义。
对中医药学来说，应用研究主要是研究中医学理论在疾病诊断、辨证、治疗、预防和药品生产中的应用问题，可以为进一步研究临床诊疗技术方法或药品生产打下基础。如清热解毒、活血化瘀、养阴生津、益气固脱等治法机理的研究等。
3.实验研究 又称开发研究，是运用基础研究与应用研究的知识，研制出产品性物质或为了对现有的产品性物质进行重大改进的创造性活动。如：有关疾病的新的诊断、治疗、预防方法及措施的研究；有关新药物、新生物制品、新仪器器械、新试剂、新医用材料、实验室样品的研制；有关药物的资源调查、植物药的引种实验等。
在中医药学中，实验研究主要是研究疾病的中医诊断和治疗方法，特别是有效的方药。如新药的开发，新的医疗器械的研制等。
基础研究、应用研究、实验研究是整个科学研究系统三个互相联系的环节，它们在特定专业领域的科学研究体系中协调一致地发展，体现了科学理论知识向物质生产领域转化和发展的基本过程；同时也说明生产力的发展与创新，必须以科学理论知识为基础和支撑。区分实验研究与基础研究、应用研究的主要标志是：基础研究与应用研究主要是增加科学技术知识，注重技术方法的创新，而实验研究则注重将基础研究和应用研究的成果进行推广和应用，以产生直接的社会效益和经济效益。
科学研究是创造新理论、新知识、新技术的认识活动，具有创造性、探索性、积累性、继承性等基本特点，中医学具有独特的学术体系，其研究对象是具有复杂属性的人类，所以中医药学科研活动除了具有上述基本属性外，还有以下一些特点。
医学科研的对象主要是人，人是复杂的生物体，既有生物性又有社会性，除一般的生理活动外，还有着十分复杂的精神、心理活动。同时自然和社会因素对人的生理活动和疾病过程具有重要的影响，而中医药学的学术体系尤其重视人与自然、社会的和谐统一，所以在中医科研中除了立足于人的生物学因素外，还要重视心理因素、自然因素、社会因素等对人体产生的影响，从而使中医药的科研具有显著的复杂性和困难性。
医学科研以人为研究对象，关系人的生老病死，涉及人类的切身利益，而且某些重大疾病还会对社会的稳定和发展有着重要的影响。因此，要求研究人员必须具有高尚的职业道德和严谨的科研作风。凡涉及人体试验，必须严格遵守医学伦理学原则，如知情同意原则、试验设计及试验过程的道德原则等，不能直接、间接地有损人体健康。世界卫生组织和我国的卫生管理部门都对医学科研特别是临床试验做了严格的规定，颁布了相关的管理条例，医学科研人员必须严格遵守。
整体观是中医药学理论的核心。中医理论认为人体是一个有机的整体，是由脏腑、经络、气血津液等组成的，虽各自具有不同的物质基础和功能活动，但这些不同的物质结构和功能活动又都是人体整体生命现象的组成部分，且在生理上相互联系，以维持其生理活动的协调平衡，在病理上则相互影响和传变，从而产生复杂的病理变化。另外，人与自然界和社会也保持着统一的整体关系，自然环境和社会环境的变化都会对人的生命活动和疾病过程产生影响。所以中医的科学研究应始终突出整体性的特点。
在长期的医疗实践过程中，中医学总结、积累了一整套预防及诊治疾病的理论、方法。无论在指导思想、研究方法和研究内容等方面，都突出了临床实践的重要性。因此，实践性既是中医科研的基础，也是中医科研的目的。
中医学“证候”的理论，贯穿于对疾病诊断、治疗、康复、疗效评价的全过程。“证候”是从整体观出发，对疾病特征性的描述以及规律性的概括。“辨证论治”集中体现了中医学对人体病理规律和临床诊疗思想的认识，是有别于西医学诊疗体系的特色和优势。抓住“证候”这一关键环节开展科学研究，才能够充分保持和发扬中医学的优势，推动中医学理论发展。
中医药学之所以历久而不衰，其根本原因就在于它是实践经验的总结，具有独具特色的学术体系和有效的防病治病作用，在保障人类健康和繁洐方面发挥了重要作用，因此开展中医学科学研究具有十分重要的意义。
千百年以来中医药学对于中华民族的繁衍昌盛发挥了重要作用，但随着社会的变革和疾病谱的变化，一方面，人类健康面临许多新的挑战，医学研究仍有大量的难题有待解决，如化学药品的毒副反应、药源性疾病和耐药性等问题，成为影响人类健康水平和生存质量的重要因素。而在此方面中医学具有独特的优势，它对人类健康的保障作用越来越受到医学界的重视。所以开展中医科学研究，保持和发扬中医学的特色和优势，能够进一步提高中医预防、诊断和治疗疾病的水平，对提高人类的健康水平具有重要作用。
任何一门科学都需要在历史的进程中不断完善和发展自己，中医学也不例外，中医学理论有其自身的特色和优势，也有一些局限性，需要在科学发展过程中不断完善，进一步构建科学合理的中医学理论体系。随着科学技术的发展，不断吸取当代的科学技术成果和科学方法，深入开展中医科学研究，不断解决学科发展中遇到的新问题，对中医学理论的发展和学科体系的完善具有重要的意义。
中医学认为人体是一个有机的整体，机体各脏腑、组织相互协调，相互影响，维持人体生命活动的动态平衡，以保持健康的状态。同时人体的生理、病理活动也受自然和社会因素的影响。这一认识揭示了人体内部的协调统一以及对外部环境的适应性的生命活动规律。中医学的辨证治疗体系是在这一认识指导下建立起来的，旨在因人、因时、因地对患病个体进行多靶点、多环节的整体调节，以实现机体的动态平衡。科学客观地开展对这一学术体系的研究，不仅是中医学自身发展的要求，同时也将丰富现代医学的内涵，促进现代生命科学理论的发展。
医学科学研究课题虽然性质不同，目的各异，但都具有基本的工作程序，即选题、设计、实施、资料整理分析、提出研究结论、撰写研究报告等。
科学研究的第一步工作就是选择所要研究的课题，确立研究目标和方向。在医学实践中，经常会遇到一些用现有的科学知识无法解释的现象和问题，从而形成探索问题、寻求答案的意念，称之为初始意念。有了初始意念，提出了问题，这只是选题的第一步，并不等于已经确定了题目，还需要通过深入细致的文献查阅，摸清所提问题的理论依据、价值和意义、研究动态和发展趋势。在此基础上，对所获取的资料和信息进行分析对比，使所提问题系统化、深刻化，找出问题的关键所在，为立题提供理论和实践方面的科学依据，并提出所要研究问题的假定性答案，建立科学假说。根据假说内容，进行科学构思，从而确立研究课题的题目。
课题设计是指围绕课题选题，进行构思、计划，设计课题研究方案，包括课题研究的科学假说、目的意义、技术路线、研究指标、方法步骤、时间安排、人员分工和经费预算等一整套研究方案。课题设计的意义在于突显课题研究的创造性、探索性，增强科研过程的科学性，使误差控制在最低限度，保证科研结果准确可靠。一项完整的科研课题设计应包括以下基本内容：
1.立项依据 立项依据是科研工作的关键，主要包括课题的研究意义、国内外研究现状分析等。基础研究，应着重结合国际国内科学发展趋势，论述课题的科学意义；应用研究，应着重结合学科前沿，围绕国民经济和社会发展中的重要科学技术问题，论述其应用前景和价值。
2.研究计划 研究计划是课题设计的重中之重，研究计划的设计水平是研究者科研水平的直接反映。研究方案包括：研究目标、研究内容和拟解决的关键问题，拟采取的研究方法、技术路线、实验方案及可行性分析，研究项目的特色和创新之处，预期研究成果等。研究目标一定要明确，突出课题的科学假说。研究内容必须具体，要详细明确说明课题准备解决什么问题、采取什么方法。技术路线要系统完整，具有可操作性。课题研究特色和创新性是课题的生命力所在，应该充分阐述。预期研究成果是对本课题研究结果的预期，要实事求是。
3.课题实施计划 课题实施计划主要内容包括：课题组的组成、任务分工，研究工作总体安排和年度进度计划，研究工作基础，已具备的研究条件，尚缺少的条件以及解决的途径，经费预算等。
科研课题立项后，就要根据研究方案开展各项研究工作，是把研究计划付诸行动的实施阶段，是运用科学的方法获取研究资料的阶段。课题研究的实施主要采取观察、实验与调查等研究方法。
1.观察 观察是医学科研的基本方法，观察必须坚持全面、客观、实事求是的原则和一丝不苟的科学态度，要做好详细、准确无误的观察记录，不能带有主观倾向，更不能凭空捏造。在观察过程中，不但要做好常规资料的收集记录，同时也要注意意外或反常现象的观察记录。
2.实验 实验是医学科研的重要手段，是根据科学研究的需要，在某种特定的研究环境中，获取相应的研究资料。实验的基本过程包括制定实验方案，先做预实验，再做正式实验，规范实验操作，做好实验记录，控制实验误差。而重复实验结果是衡量实验是否成功的标准。
3.调查 调查是认识疾病的人群现象、流行规律以及评价一个国家、一个地区人群健康水平的重要方法。如人群健康状况调查、流行病学调查、地方病调查、病因学调查、职业病调查等。调查有现场调查、前瞻性调查、回顾性调查、追踪调查等类型。调查的基本要求是必须坚持客观性原则，实事求是，尊重客观事实；必须制定详细的调查方案和调查表格；系统收集，全面记录。
在课题研究过程中，获得一系列研究资料，如数据、图形、实物（如切片、照片）等。下一步的研究工作就是对所获取的研究资料进行整理和分析，特别是通过对研究数据的统计学分析，以揭示各因素之间的相互关系，这是提出研究结论的前提和条件。这一过程是排除偶然，发现必然，透过现象，发现规律的重要步骤。
在对研究资料进行整理分析获得研究结果以后，需要运用科学的思维方法和专业理论知识，通过总结分析、归纳推理、抽象概括等把客观的研究结果，上升为理性认识，提出课题研究的科学结论，达到课题研究的目的。也是对课题的科学假说进行分析验证、修改补充或者否定的过程。
研究报告是各类研究课题最基本的、标志着课题完成的通用表现形式。无论是基础研究、应用研究还是开发研究，无论是动物实验还是临床试验，课题完成后都必须写出研究报告以完成课题研究的主要技术资料。研究报告主要包括两个大部分，一是工作报告，二是技术报告，前者是工作总结性质的报告，主要是介绍课题的立项情况，研究背景，计划执行情况，研究结果情况和存在的问题，下一步的打算等。后者是成果的核心材料，反映的是课题研究的全部技术内容。