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招标指南是纳入国家、部、省、市等科研主管部门科研及教学计划的选题，并有经费及其他方面的资助，其方向明确，目标清楚，要求在一定期限内完成。例如：国家自然科学基金委员会、国家卫生计生委、教育部及各省、市科研主管部门均定期发布科研项目指南和国家科学技术发展规划，明确提出鼓励科研的领域和重点资助范围及可供选择的研究项目和课题。科研人员可以根据已有的研究基础、工作条件、个人专长、本单位优势，申请课题。
大量的医疗实践为医务人员提供了研究问题的丰富资源，临床实践中尚未解决的问题和不断产生的新问题是临床研究问题的主要来源。在实际工作中，经常会面临无法用现有的知识和技术给予解释和解决的新问题，这正是选题的重要来源。
1.普遍性问题 是指在日常工作中经常遇到的问题或现象，试图寻求解决问题的方法或途径。这可能涉及如何对这一问题或现象进行描述、解释、预测或控制。1925年加拿大医生席尔（Selye）作为实习生，初次进入临床就发现了一个问题，他发现不管是患什么病的患者都有共同的症状，即精神萎靡、面色苍白、疲惫不堪，为什么患不同的疾病会有共同的表现？他大胆质疑，后经过他十几年的潜心研究，首次从生理学角度揭开了精神压力学说的面纱。
2.特殊性问题或现象 相同疾患有时会发生特殊的现象，蓝光疗法的发现就是起始于对特殊特征的疑问。1958年英国护士在护理患儿时发现，睡在靠窗的新生儿的黄疸总是比其他患儿消退得快，她把这个现象告诉医生科里莫，科里莫敏锐地感觉到这是一个很值得研究的问题，后经研究发现，自然光线中有一种能够使游离胆红素转化为结合胆红素的蓝光，于是蓝光照射疗法由此诞生。
3.偶然发现的问题或现象 在临床实践中，偶然发现的问题或现象，无法用现有的理论知识解释，需要经过科学研究予以解决。1928年的一天，弗莱明在他的一间简陋的实验室里研究导致人体发热的葡萄球菌。由于培养皿的盖子没有盖好，他发觉培养细菌用的琼脂上附了一层青霉菌。这是从楼上的一位研究青霉菌的学者的窗口飘落进来的。使弗莱明感到惊讶的是，在青霉菌旁，葡萄球菌不见了。这个偶然的发现深深吸引了他，他设法培养这种霉菌进行多次实验，证明青霉素可以在几小时内将葡萄球菌全部杀死。弗莱明据此发明了葡萄球菌的克星——青霉素。
4.新问题或新现象 当临床工作中遇到一些感到困惑或不解的新问题或新现象时，试图寻找问题的答案，攻克难题一直是科研人员面临的机遇与挑战。1956年物理学的基本粒子研究遇到一个令人困惑不解的问题，荷电的K介质有两种衰变方式，即π介子和θ介子衰变，依照数据分析，这两种衰变表明：要么π介子与θ介子是不同粒子，要么原先认定的宇宙守恒定律不能成立。如何解释这一现象呢？这个“π和θ之谜”是人们在基本粒子性质测定的科学实验时发现的一大难题。李政道、杨振宁等科学家正是下决心攻克这一难题，才引领了“弱相互作用下宇称不守恒”理论的创立。
根据已经完成课题的范围和层次，可从横向联系、纵向交叉和相互渗透中，挖掘、拓展出新颖的课题。也可以在原有课题中发现重大突破口，申报新课题，使研究系统化，规模化。另外，在原有课题中发现的阴性的、相互矛盾的结果也是研究的可拓展之处，这些阴性结果有时更能丰富和发展课题的选题。
文献是前人研究经验的总结和概括，蕴藏着大量的科研信息，是科研选题的重要来源。科研人员结合自己的专业知识，通过查阅国内外相关文献，从中吸取精华，获得启发，寻找空白点，从中找出尚未被重视但具有探索价值的课题，填补国内外专业领域的空白点作为自己的选题。这类课题具有先进性和生命力，有可能在前人或他人研究的基础上提出新观点、新论点和新方法。寻找研究的空白点必须广泛查阅文献，掌握研究的深度与广度，分析、综合、比较、跟踪某一领域的研究现状，及时发现研究领域的空白点，作为科研选题的前期资料。
名老中医是中医学术和临床发展高水平的代表，是中医学术创新发展的源泉。传承研究名老中医的临床经验和学术思想，是继承中医学理论体系，发扬其独特临证经验或诊疗技术，培养造就新一代名中医，提高中医药临床水平的需要，是推动中医学术进步和理论创新的需要。名老中医临床经验、学术思想传承研究包括名老中医药专家经验传承与数字化研究、名老中医临床经验（病证结合）应用与评价研究、名老中医养生保健经验挖掘整理与推广应用研究、当代名老中医学术流派分析整理研究、中医传承规律与传承方法应用研究、名老中医学术思想临证经验现代分析挖掘方法研究、民间医药的挖掘整理及评价方法研究，这既为选题提供了机会，也是传承精华、守正创新的有效方法。
中医学经过几千年的发展，在民间积累了丰富的临床经验，形成各具特色的民间疗法，这些疗法效果确凿、简便、经济，但尚停留在经验阶段，缺乏揭示其科学性的理论和客观指标。在选题上，可以从医术、医理、医道等多个层面研究其临证经验、思辨特点和学术思想，挖掘个性特点，总结共性规律，提炼学术观点，并进而开展临床应用研究、理论创新探索，使民间独特疗法得到科学验证和理论升华。
想象和灵感是科研人员选题的来源之一，虽然想象和灵感常常出现在无意间或精神放松状态下，但这是长期思考和实践积累的结果，灵感的火花选择一个不经意的时机突然降临。历史上，许多杰出的科学家都意识到想象和灵感的力量，德国化学家凯库勒一直试图发现苯的化学结构，虽然苯是由6个氢原子和6个碳原子构成的，但如果这些原子也像其他有机物一样彼此串成一串的话，那么氢原子的数量就显得太少，根本不可能形成稳定的结构。凯库勒一直被这个问题所困扰，所有的努力似乎都是白费，他苦思冥想，疲惫不堪，竟在书房里打起瞌睡，睡梦中眼前浮现出旋转状的碳原子，碳原子的长链像一条蛇，盘旋着、扭转着身体，蛇的嘴巴还咬住了自己的尾巴。他猛然醒来，奋笔疾书，一夜间破解苯环结构。