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选题，确立科研课题的过程。科学研究就是提出问题解决问题的过程，因此，选题是科学研究的第一步，也是最为关键的一步。德国物理学家海森堡说：“提出一个正确的问题，往往等于解决了问题的大半。”爱因斯坦也指出：“提出一个问题比解决一个问题更重要，因为解决问题也许仅是一个数学上或实验的技能而已，而提出新的问题，却需要有创造性的想象力，而且标志着科学的真正进步。”故科研选题是创造、创新的过程。抓不住有价值的问题，就选不出有意义的科研课题。选题既是科学思维过程，又是科研方法的操作过程，其内容包括初始意念、凝练问题、明确问题所在、构建理论框架、建立假说和科研课题的选定。在此过程中，需要大量检索、研读相关文献，反复思考。可以说是一个理论思考和科学方法操作的过程。在选题过程中需要遵循以下原则。
创新性是科研的灵魂，是探索未知，发现新问题，寻找新方法，得出新结果的要求。科研是探索未知的认知活动，是创造知识的过程。因此，科研的本质决定了其本身必须具有创新性。这就要求问题的提出必须有新意，应该是前人尚未解决或尚未完成的问题。创新性是多方面的，包括理论方面的创新、技术方面的创新以及应用方面的创新等。例如现代中药研究中，提出黄芪之类“补气固表药”有提高机体免疫功能的作用，从而把“卫气”从免疫机制上加以阐述，属于理论创新。而显微镜、内镜、多层CT扫描仪、磁共振（MR）仪器等则属于应用技术上的创新。另外还有一类创新称原始性创新，原始性创新是最重要、最高水平的创新。原始性创新是指前所未有的科学发现、技术发明、原理性主导技术等创新性研究。原始性创新是最根本的创新，是最能体现智慧的创新，是一个民族对人类文明进步做出贡献的重要体现。例如牛顿万有引力的发现，瓦特蒸汽机的发明等都属于原始性创新。与原始性创新相对的是进展性创新，又称次级创新，主要表现在对现有概念、理论、方法等的补充和改良。基础研究一般是原始性创新，应用研究一般是进展性创新。
任何没有创新性的研究或者只重复别人已经做过的研究，不仅对科学技术的发展毫无意义，而且还会造成人力、财力、物力、时间的浪费，是科学选题所不允许的。
选题必须符合最基本的科学原理，遵循客观规律，具有科学性。选题以科学的理论或现有的研究成果为依据，进行严密的逻辑推理，以保证选题的正确性。它要求科研人员对已有的科学知识、科学技术在继承的基础上有所创新，在科学性的基础上追求创新性，以保证选题的正确。同时科研设计也必须符合客观规律，实事求是，具有科学性，用科学的概念和准确的语言，正确地表述出来。科研路线清晰、明确、合理，选题自始至终都必须要有科学的论证，对整个研究工作的手段、方法、实验进度、人员组合与分工做出科学的安排。
科学性与创新性并不矛盾，二者是相辅相成的。在实际工作中，既不能因强调了科学性而裹足不前、不敢开拓创新，也不能无视科学性而一味地追求所谓的创新。
选题应满足社会需要和科学自身发展的需要，有明确的研究目的，解决待定的医学问题，具有理论意义或应用价值，具有社会效益和经济效益，能够运用于医学实践，解决临床工作中的实际问题，经济有效，有推广应用价值。科技工作者在选题时，要了解和掌握政府管理部门的方针、政策及科研招标方向，在此前提下，发挥自己的专业特长与优势，最大限度地满足与适应社会发展的需要，与社会的发展相结合，做到突出特长，有的放矢。当然，在兼顾需要性的同时，还要正确看待理论与实践、基础与应用、远期效果与近期效果、理论研究与总结验证的辩证关系，适应客观需要，开拓新的医学研究思路。
选题应与自己的主、客观条件相适应，具备完成和实施课题的条件。选题时必须考虑到将会遇到的各种问题和困难。所以，选题要适合自己的知识、能力和素质，适合特定的科研条件，不要贪大求全。
包括主持者和科研团队的知识结构、业务水平、研究能力、科研经验、科研素质。最能反映课题组知识结构的客观依据是课题组人员的教育背景、专业结构、年龄结构和职称结构，它能够客观反映学缘结构与知识互补的优势。最能反映课题实施人员科研能力的是科研业绩，适当展示主持者和团队成员过去获得的科研资助、科研成果及发表的相关论文是研究能力的有力证据。
课题实施条件的可行性包括研究的仪器设备、技术条件、实验动物、临床基地、信息文献、经费保障等。这些是确保课题实施的基本条件。
研究方案体现了科学研究的计划性、控制性和科学性。合理的研究方案能确保研究的可行性。课题研究方案本身的可行性包括：课题设计的科学性，课题关键性技术的解决策略与方法，确保研究质量的科学设计，测量指标的科学性与可能性，获取测量工具的途径与方法等。这些方面能够展现课题的成熟性，增加选题的可行性。
特色性要求选题应充分体现中医药的特色，注重从中医药基础理论、中西医临床问题中进行选题。突出以整体观为主体的辨证论治体系，围绕中医理、法、方、药等具有中医药特色的方面去研究。它既与创新性相似又不同于创新性，创新性注重“新”，而特色性注重“特”，即与众不同。例如，中医辨证治疗SARS、COVID-19即是有特色的治疗方法，以此为研究内容的选题即是有特色的研究。
效能性原则是预期研究成果可能产生的效益。效益包括经济效益、社会效益和生态效益，其表现形式可以是发表论文、科研奖项、培养人才、经济增长、生态改善等。要求以最少的人、财、物、时间的投入，获得最理想的科研成果，即最大的效益。对于不同的研究类型，其效能性也是不同的。基础性课题要求具有揭示机理、机制的理论发现，具有远期应用价值；应用性课题要求具有明显的经济或社会价值；开发性课题要求具有明显的经济价值。一般说来，人们更加注重显在性的、看得见的效益。所以，选题时要做到：①显在效益数据化，将产出效益用数据描述出来，例如发表论文多少篇，创造经济效益多少万元等。②潜在效益显在化：科研既要提高生产效率，给社会带来显在性的效益，也要兼顾中长期可继续性发展的潜在效益。培养人才既是社会效益的具体体现，也是所有科研投入中，产出潜在价值最高的投入。即便如此，也应该将潜在价值显在化，例如培养研究生人数等。效能性原则一般体现在研究的预期结果和研究的意义方面。