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由于中医学与古代哲学在共同的发展过程中互相沟通、互相交织，所以古代哲学朴素的唯物论和辩证法思想渗透和移植到中医理论体系之中，成为中医学的指导思想。中医学注重从整体上把握人的健康和疾病；在疾病诊断时注重医患的直接接触；在治病和用药上注重辨证施治、整体调节；中药的来源上，大多是生物药材，靠采集和耕种获得。中医学对人的生命现象和病理变化的认识，具有浓厚的思辨色彩，强调人与自然的和谐关系，因此，中医的思维方法具有鲜明的特点。
在中国几千年历史中，哲学思想丰富多彩，影响较大的主要有元气论、阴阳学说、五行学说，这些思想注重整体、分化、相互作用、内在矛盾。在漫长演进中，形成了中国人整体观的朴素系统论思维方式。中医学是建立在中国传统哲学基础之上的，随着中医学的发展，“气—阴阳—五行”成为中医学最基本的思维模式。
在中国传统哲学思想的深刻影响下，在长期的医疗实践中，中医学形成了不同于西医学的思维方式。这一独特的思维方式主要表现为象数思维、整体思维、变易思维、中和思维、直觉思维、虚静思维、顺势思维和功用思维等。
中医学的象数思维主要体现在取象运数的思维方法之中，运用取象比类，分析生理功能，建立“藏象”学说；对疾病的认识上，将各种病证表现归结为“证象”，建立“辨证论治”理论体系。中医学的整体思维既表现在将人体本身看成一个有机联系的整体，也表现为从人与自然、社会环境的整体联系和统一中考察人体生理病理过程，并提出相应的治疗养生方法。中医学的变易思维将生命、健康和疾病看作是普遍联系和永恒运动变化着的过程，不仅重视疾病的传变转化，而且重视治疗的应变而动。中医学的中和思维强调在观察分析和研究处理生命问题时，注重各种矛盾关系的和谐、协调或平衡。如在疾病的认识上，中医学侧重于“阴阳失调”的关系性因素，提出了以阴阳失调为核心的病因病机理论；在治疗上，中医学注重的是宏观地调和人的阴阳状态，而不是微观地消除病原体，提出了调和致中的治病、养生学说。中医学的直觉思维又称为“心语”“心法”。在直觉思维过程中，人们的思维能动性被充分发挥，思维潜力得到充分发掘，从而具有逻辑思维无法替代的功能。中医学的虚静思维目的是通过“虚”心、“静”神的方法，达到生命的最佳状态，养生的“恬淡虚无”，情志的“清静安和”，诊脉的“虚静为保”，针刺的“无营众物”，都体现了这一思维特征。中医学的顺势思维表现在顺应自然之趋势以及事物的时序变化因素。这种思维方法既考虑了疾病过程中机体的各种反应性，又考虑到了各种内外因素对机体反应性的影响。中医学的功用思维注重从事物的功能、属性、效用出发考虑问题，从功用上把握人体藏象、认知病因病机、调节气血偏颇。
中医学运用整体思维的方法建立了藏象、经络等生理学模式，阴阳失调、邪正盛衰等病理学模式，六经辨证、八纲辨证等诊断学模式，调和阴阳、补偏救弊等治疗学模式。中医学采用“人与天地相参”的整体思维，将天文、地理、物候、音律、矿产、植物、动物、社会等人体外界因素依据阴阳五行规律，统统找到与人体相应处，形成一个以人体为中心涵括宇宙万物的太极巨系统。在这个太极巨系统中，宏观与微观统一在一起，宇宙和人统一在一起。从这个意义上说，中医学不仅是一门以太极象数模式为基础的整体动态医学，而且也是一门统括天地人的宏观宇宙学。几千年来，中医学在临床实践与基础理论交融不分的发展中，始终坚持和贯彻整体观。
1.人与环境的统一 中医学的整体观念与中国古代哲学中的天人合一思想是一脉相承的。中医学把人体生命活动与自然界、人类社会的变化作为一个相互联系的整体运动来认识。关注人与外界环境的密切联系，把人类理解为宇宙分化的产物，把个人理解为社会的一分子，强调人与环境有机地统一，提出带有自身学术特色的“天人相应”或“天人相参”命题。如“人与天地相参也，与日月相应也”（《灵枢·岁露论》）。
2.生命体的统一 中医学在中国传统文化整体观的影响下，把人的生命也看作一个整体。在形态结构上，认为人是以五脏为中心，通过经络系统把六腑、五体、五官、九窍、四肢百骸等全身组织器官联络成一个有机整体，并通过精、气、血、津液的作用，完成机体统一的生命活动。中医学认为，人体的各个脏腑器官都是相互协调合作的，任何一脏一腑、一官一窍、皮肉筋骨的活动都是整体生命功能不可分割的一部分。机体中的任何功能活动，都是建立在与其他功能活动相联系的基础上，处于统一的形气转化的整体联系之中。许多气化功能的产生是多个脏腑协调合作的结果。
3.诊断治疗的整体性 在分析疾病的病理机制时，中医学从阴阳五行理论出发，把局部与整体统一起来，既重视局部病变和与之直接相关脏腑的关系，又注重病变与其他脏腑之间的关系，以便揭示脏腑间的疾病传变规律，找到临床治疗的最佳方案。
（1）辨证诊断的整体性 中医的“辨证诊断”，包括“审证求因”“辨证识机”两方面内容。“审证求因”思维的立足点主要放在六淫、七情等致病因素对人体作用后所引起的机体整体反应状况上，由此来认识病因的性质和特点，予以相应的中药、方剂、针灸或按摩治疗。由于五脏六腑、经络百骸在生理、病理上的相互联系和相互影响，决定了中医在“辨证识机”诊断疾病时，通过观察分析五官、形体、色脉等外在征象表现，借以揣测、判断其内在脏腑的病机变化，从而对患者的病机状况做出正确的诊断。
（2）对证治疗的整体观 中医学不仅从整体上探索正常人体的生命活动规律，分析疾病的变化规律，而且用整体统一的思维方式对病证采取相应的治疗调节。对证治疗就是针对机体在患病过程中整体反应情况的差异而采取不同的治疗方案，即所谓“同病异治，异病同治”“证同治亦同，证异治亦异”。中医学的对证治疗，其实质是从整体变化的相互联系上达到整体调治之目的，是整体治疗观的集中体现。
在中医学形成和发展过程中，古代中医依靠中国传统文化，主要通过以形象思维为主导的思维模式，完成从实践到理论的升华，达到把握疾病本质和规律的目的，实现解除民众疾苦和提高民众健康水平的目的。
1.形象思维的概念和特点 形象思维是在对客观事物感性形象认识的基础上，通过意象、联想、想象等思维形式来揭示客观对象的本质及其运动规律的思维方式。形象思维源于实践经验，同时又能突破经验事实的局限，具有明显的跳跃性、生动性、直观性、间接性、概括性和能动性，可以达到观察实验所无法达到的境界。从人类第一把石斧的磨制，到卫星发射和登月飞行的成功，都可以找到形象思维的痕迹，尤其是在建筑、机械制造等涉及视觉形象因素的技术领域，以创造性想象为主的形象思维更是必不可少。所以，培养富有浪漫主义精神的想象力是科技工作者提高科学思维能力不可缺少的重要一环。形象思维最大的特点是思维过程中不能脱离事物的形象，它是通过记忆表象和感觉形象的加工，实现对事物理性的把握。作为一种独立的方式，其思维过程也表现出多种方法的运用，常见的有想象、联想、比较、分析和综合。
2.形象思维是中医实践通向理论的桥梁 中医理论之所以是理论，因为它也经过了理性思维的过程，是历代中医在丰富的医疗实践基础上经过形象思维的加工升华而形成的。首先，形象思维使中医认识了医学基础问题的本质。其次，形象思维使中医把握了医学的规律。经络学说的形成是典型的形象思维产物。先民们把针刺穴位得气的感觉想象为体内气血在运行，并根据穴位的线性排列，在思维中构思出气血运行的起止通道，经络学说由此产生。其三，形象思维使中医把握了事物的联系。如借助传统哲学五行生克关系图，将脏腑、五官及其主要功能分别归属五行，建立起脏与脏、腑与腑以及各种脏腑功能相互滋生、相互制约的脏腑结构与功能联系系统。
3.形象思维是中医诊断疾病的主要思维方式 形象思维是以意象（或表象）符号为基本加工单元的思维形式。中医认为疾病的本质是病机，把握病机的思考是依据症状形象，借助医者经验表象的记忆，在大脑中追溯引起症状的体内机制，通过形象性构思，寻找病机。如阳明腑实证是根据腹痛拒按、发热、数日不大便等症状，构思出热邪与宿食相结于肠腑，形成肠腑痞、满、燥、实的病机，一个“结”字生动反映了阳明腑实证病机的本质。
4.形象思维使中医获得治则和治方 中医的治疗，尤其是中医内科治疗方案的确立，离不开想象和联想的思维方法，因为治疗是针对动态病机的因势利导，如风寒感冒的治疗是针对风寒袭表的病机，在大脑中构思驱邪出体的目的表象，如用温驱寒，以辛祛风，进而形成辛温解表的治疗方法。治方的形成，更是形象思维构思的产物，如《伤寒论》第一方桂枝汤，方用桂枝发汗解肌，白芍敛汗，姜、枣调和营卫，一发一收，发中有收，收中有发，若不借助形象的构思和想象，很难获得如此恰当的治方。
象数思维，指运用带有直观、形象、感性的图像、符号、数字等象数工具来揭示认知世界的本质规律，通过类比、象征等手段，把握认识世界的联系，从而构建宇宙统一模式的思维方式。
1.象数思维与藏象学说 藏象是中医学的重要范畴之一，藏象学说是中医学的重要理论之一。藏象范畴出自《黄帝内经》，其理论源头和方法论基础在于中国哲学的象数思维方法。从某种意义上说，中医学正是以藏象为核心构建了人体的生命模型。中医学理论主要是通过对人体功能表象的观察，运用象数思维的方法，根据天人相应的原理构建起来的。藏象学说的指导思想是“内外相袭”，人体内部脏器与外部体征互相因袭，互相呼应。《灵枢·外揣》说：“合而察之，均而验之，见而得之……故远者司外揣内，近者司内揣外，是谓阴阳之极，天地之盖。”因此，“司外揣内”，即从人体外部体征可以揣测内部脏器情况；“司内揣外”，即从内部脏器可以揣测外部体征的表现。
在“内外相袭”思想的指导下，古人考察人体的具体方法有两条。一条是“切而验之”，与“外可度量切循而得之”相呼应，就是“司外揣内”，主要用于考察活着的人；二是“见而得之”，与“其死可解剖而视之”相呼应，就是“司内揣外”，主要用于考察尸体。从使用的频度看，“司外揣内”比“司内揣外”更重要，特别是在古代的科学技术条件下，“司外揣内”是主要的方法。
2.象数思维与中医诊断 中医诊断包括“辨证知机”与“审证求因”两方面内容。辨证知机本质上就是辨象知机，“证”就是疾病显露出来的形象证据。中医学通过“司外之象”达到“揣内之机”的认识目的。司外与揣内对病机的表述，均离不开阴阳五行、三部九候、五轮八廓等象数模型的实际应用。审证求因指通过辨析审查“证”的表象来判断致病原因，为治疗提供可靠证据。中医学通过望色观形、闻声嗅味、问症切脉获得“证”的信息，根据病因象数模型（如六淫、七情、六郁等）进行归类，以类别推测病因。
3.象数思维与中医治疗
（1）治则治法 在中国哲学象数思维影响下，中医治疗偏重于气化功能、制约关系、传变过程、性状配伍、全息调控的宏观整体调节，而不注重物质实体、形态结构的物理、化学分析。中医学象数思维的应用最终聚焦于临床治疗中疗效的获得与提高，具体表现为“辨证论治”。由于人体发病往往不是单纯由一种因素，而是多种因素综合作用的结果，因此，在这种情况下，中医学通过四诊审证求因、辨证知机，得出“证候”诊断，进行对“证”治疗，临床实践获得了全面、综合、彻底的治疗效果。因为“证”反映的正是人体内外各种因素综合作用的一种动态情况，由此可以在取象运数思维的指导下，采取各种相应的治疗，辅助、激发人体本身的自我调节能力，以达到脏腑气血动态平衡和相对有序，以起到应对综合因素治疗的作用。
（2）本草方剂 本草的四气五味、升降浮沉、归经功效，是古代医家在无数医疗实践的基础上，通过象数思维的总结归纳得出的。古代医家认为，本草的四气来源天之四时，五味来源于地之五行，体现了四气五味与四时五行象数模型相统一的思想。方剂配伍的建立是在象数思维指导下，依据本草的性味归经、主治功效，按照君臣佐使的关系，进行适当剂量比例的配伍，制定汤液醪醴、丸散膏丹等各种剂型，以用于相应证候、相应病情需要的疾病。
（3）针刺灸疗 针灸中象数思维的运用极为普遍，更为直接。针灸中“取象”的应用首先体现在腧穴的命名上。腧穴的名称是古人以其部位及作用功效为基础，在中医理论指导下，结合自然界多种事物、形象，采用取象比类的方法制定的。例如：部分腧穴依据所在位置、脏腑内在气机，参照日月天体而命名，如璇玑、太乙、日月、上星等。其次，体现在对奇经八脉生理功能的论述上。例如以“天雨降下，沟渠溢满”比喻人体“络脉满溢”，论述血流奇经八脉的重要性。再次，体现在针刺施术的手法上。如《金针赋》中记载有青龙摆尾、白虎摇铃、赤凤迎源、苍龟探穴等取象调整手法。针灸中“运数”的应用首先体现在正经的数目上。马王堆帛书《足臂十一脉灸经》《阴阳十一脉灸经》中虽有三阴三阳之名，但只有十一条经脉，对应五脏六腑相加之数“十一”，而缺一条手厥阴经脉。至《灵枢·经脉》，手足分别配以太阴、阳明、少阴、太阳、厥阴、少阳，共十二条经脉。我们认为这是《黄帝内经》将心与心包功能一分为二，以符合手足三阴三阳相加之和之数“十二”象数模型的需要。其次，体现在腧穴的总数上。如《素问·气穴论》记载：“气穴三百六十五以应一岁。”《黄帝内经》认为人体腧穴的总数与一太阳年的日期相吻合。再次，体现在用针的数目上。如《素问·九针论》记载：“九针者，天地之大数也，始于一而终于九。故曰：一以法天，二以法地，三以法人。四以法四时，五以法五音，六以法六律，七以法七星，八以法八风，九以法九野。”以“天地之大数”对应用针之数“九”。同时还体现在针刺施术的手法上。如《金针赋》中记载有烧山火、透天凉、子午捣臼、龙虎交战等用阳九三进三退，用阴六三出三入，以及左捻九右捻六等运数调针手法。针灸治疗实质上通过针刺、灸疗对人体的气机进行综合调整，由于“机之动不离其空，空中之机，清净而微，其来不可逢，其往不可追。知机之道者，不可挂以发；不知机道，扣之不发”（《灵枢·九针十二原》），气机变化难测，调控不易，故此，针灸学应用象数思维，实现了对人体气机变化规律的认识和描述，便于临床对气机调控规律的操作和掌握。
中和思维是指在观察、分析和处理问题时，注重事物发展过程中各种矛盾关系的和谐、协调、平衡状态，不偏执、不过激的思维方法。中和思维的基本特征是注重事物的均衡性、和谐性，行为的适度性、平正性。中和思维反映在自然观上，除了把自然界看作有机整体，注重从整体上把握事物外，还强调把握事物之间的相互联系，认为事物内部和事物之间存在着协调、整合的关系，即整体和谐关系。反映在医学观上，即强调健康状态下的整体和谐。
以“阴阳五行”象数模型为核心框架的“调和致中”的思维方式，从《黄帝内经》以来得以充分发展并贯彻到中医学的各个领域。中医学称“阴阳均平”的人为“平人”，也就是中正平和之人、健康无病之人，“平人”脉道运行上下通畅条达，脏腑四肢功能协调，形内气血匀称相适，整个生命机体与天地四时阴阳变化同步协调。《黄帝内经》关于生命存活的根本在于人体阴阳五行动态平衡的观点体现了中和思维的成功应用，并进一步概括出阴阳失调的发病机制，即正常的生命现象存在于阴阳的中正平和状态，一切疾病的发病机理可以概括为阴阳失调而致偏盛或偏衰状态，表现为“失中违和”。中医治疗学的核心主要是关于机体阴阳五行的动态平衡调节，其治病原则是调和致中这种治则思维方式，在阴阳调和、五行调节及针灸、本草、方剂中均有具体应用。
中西医学的本质区别是思维方式的区别，中医思维方式具有重合轻分、重用轻体、重象轻形、重时轻空、重悟轻测、重道轻技的特征，中医思维模式具有符号性、功能性、超形体性、时序性、过程性、模糊性的特征。中医思维是中和思维，认为人体功能的动态平衡态、稳态、和合态就是健康，因而治病的根本原则就在于“法于阴阳，和于术数”“辨证识机”。
所谓中医直觉思维，是主体通过潜意识的活动对知识经验进行加工，并跃过严格的逻辑证明，突发的直接把握客体对象的思维过程。中国传统文化思想史对“直觉”的描述常用“体道”“心悟”等词，它的特征是注意意象的统一，即注重主体意念思维与现实世界万象的统一，不讲主客体的区别，主客体相互渗透，物我两忘，天人浑然一体。所以，中国古人的直觉思维方式有两种，其一，偏重于有念的“专意心悟”，即专意于一点，以一念代万念，反复玩索揣摩，以求以一贯通。其二，偏重于无念的“虚静体道”，即无心于念，无欲无求，用灵明之心去直觉宇宙的本质，以求当下感悟。
中国传统文化注重直觉的思维倾向在中医学思维方式上表现得尤为突出，中医直觉思维方法的早期定义为“医者，意也”。即在中医的临床实践中，以无心体悟的方式去直接把握大道本然，达到“慧然独悟”（《素问·八正神明论》）的状态。中医的实际运用更多的是倾向于“有念”的直觉思维方式，又称之为“心悟法”。所谓“心悟”是指医者在理论学习和临床实践的基础上，对经典论述和圣贤之言，或某些疑难问题念念不忘，殚精竭虑，反复琢磨，一旦心开意解，终于获得独到的见解、有效方案的一种思维方式。“心悟法”在中医学中的广泛应用，可以从大量的中医古籍题名上反映出来，如刘完素的《伤寒标本心法类萃》、程钟龄的《医学心悟》等。
不同的民族，由于其历史发展、科学技术水平、哲学传统的不同，长期的历史积淀形成了各具特点的思维方式。中医学本身就是一门多学科交叉、渗透、综合的科学，是自然科学与人文文化相互交融的产物，中医学的整体医学模式牢牢地根植于中国古代的哲学理论思维模式之中。
1.中医理论形成的思维过程 中医理论形成是经过从简单到复杂，从不成熟到比较成熟的发展过程。在认识和解决各个历史时期的医学难题中，呈现出特有的思维活动特征。中医理论形成主要经过了直观、归纳、演绎、分类和系统等几个发展阶段。
（1）直观阶段 是对医学事物的直观认识，表现在中医理论形成的萌发阶段，如神农尝百草。
（2）归纳阶段 属于一般意义上的理性认识。即在思维活动中把若干个相同或相关的个性认识，归纳为具有代表性的一般规律反映出来。中医理论归纳的特点是形象归纳，如《内经》归纳出人适应自然四季生活的规律。
（3）演绎阶段 是在掌握了一般理论以后，从一般理论推演出个性理论的思维活动。中医理论主要依靠形象性类推——“取象比类”的方法，建立起中医理论的横向联系。如运用五行学说的生克关系类推出各个脏腑的属性、功能或联系。
（4）分类阶段 是人们对客观事物认识达到一定程度，在形成一定量的理论后，按照事物的同异程度，在思想上加以分门别类的思维活动。如中医基本理论中有阴阳学说、五行学说等。
（5）系统化阶段 是理论成形阶段，在这一过程中，思维活动把各部分的理论综合为一个有机联系的整体。如张仲景对外感病与内伤杂病进行分类后，进而综合为六经辨证，使中医学对外感病实现了系统化认识。
2.中医理论基础形成的思维模式 中医理论基础的思维模式是指中医借鉴自然哲学的方法，在长期认识和解决医学难题的思维活动中，逐渐形成理性思维模式。中医在认识自然、人体和疾病的时候，把自然哲学中的阴阳五行学说引入对人体生理、病理的认识活动，并在认识和表达医学问题过程中，不断地加以改造和完善，逐渐发展为成熟的理论体系。在这一理论体系形成过程的直观阶段，人们只是渐渐形成了用“阴”和“阳”来反映人体的部位、功能、疾病等，当认识上升到归纳阶段，人们就进一步开始用“阴”和“阳”表示两个事物或一个事物的两个方面，并具有相互独立、相互依存的关系，且有相互转化的可能，在此基础上，中医开始用阴阳学说解释生理、病理、诊断和治疗的本质与规律。其认识过程可归结为直观阶段→归纳阶段。中医对五行学说的认识过程基本同于阴阳学说，所不同的是，五行学说运用形象思维来演绎事物之间或一个事物内部诸要素之间的相互滋生、相互制约的关系。即其认识过程可归结为直观阶段→归纳阶段→演绎阶段。
中医学的藏象、经络学说是关于人的生命本质、规律和联系的理论，是中医认识、解决医学问题和进行临床治疗的基础理论，其形成过程大体经过了直观、分类和系统等几个主要思维发展阶段。直观阶段中形成的是关于人体结构和功能的零散性认识，借助少有的解剖观察，依据人体在活动状态下表现于外的征象，结合医生大脑中储存的其他事物活动的表象，形成体内功能活动的“情景”，即《内经》所谓“司外揣内”的认识方法。把零散性认识进行归纳、分类，则能全面把握人体的组成与功能，如通过对“泻而不藏”和“藏而不泻”功能形象的比较，将脏与腑区别分类；通过“主血脉，主神志”“主气，主宣发”等动态功能的比较，将各个脏腑进行区别分类，再依据脏腑各层次的功能特点，按一定的功能模式（如五行关系模式）进行分门别类的整体形象的加工，形成若干个脏腑功能的子系统。最后进入系统阶段，在脏腑各子系统功能的基础上，经形象性构思建立起具有层次结构的脏腑功能系统。
3.中医临床基础形成的思维模式 中医学的病机理论是中医基础理论的重要内容，是关于疾病发生、发展及其转归的理性描述。在把握病机的思维中，中医首先把人体作为一个阴阳平衡的有机体，认为阴阳平衡是人体保存正气和抵抗外邪的根本，即“正气存内，邪不可干”（《素问·刺法论》）。中医对病机变化的把握是依据想象中形成的病机，借助其他事物的形象，通过类比实现的，如表证是邪袭肌表，卫气与之抗争；里热证是邪气入里，或化热而伤阴，或热邪有外达之趋，或无外达之势。中医病机理论表现了如下思维活动特点：①病机是一个动态的病理发展趋势；②实现病机的把握主要依靠想象、联想和形象性构思；③对病机高度概括的表述即为证。
中药理论的形成大体经过了个性认识、归纳整理和系统分类几个阶段。对中药的个性认识是对单味药的把握过程，需要从不同角度认识它的属性，如从药材的来源考察药材的产地、栽培、入药和加工过程等；通过对用药后产生治疗作用的观察，认识每一味药的属性、功用和主治。归纳整理时在认识各味药的性能后，通过归纳和综合，整理出中药治疗疾病的一般规律和每味药综合情况，如通过治疗发热病的药性归纳，总结出寒性药的治疗规律。将中药加以分类，是对中药零散性知识的系统化，是中药理论的形成期，从思维发展角度来看，是理性思维的体现。
中医在方剂理论的认识中运用了多种思维方法，通过分析把握方剂中各味药的作用机制；通过综合，把握方剂的整体功能；通过类推，把握方剂中各味药之间的动态联系；通过由果求因的方法，追溯方剂在体内调节病理的机制。
4.中医学术思想的思维模式 中医学术思想在中医理论中占有特别重要的地位，其萌发形成和发展过程的思维规律，充分反映了中医理论的思维特征。
中医学术思想的萌发，多是在实践中对经验的升华，或是在观察和思考中诱发灵机，或是受经典理论的启发等思维活动引发的学术思想。形成学术思想的思维途径大致是：①从临床实践经验中萌发学术思想，如张仲景开创辨证论治的先河；②在观察和思考中诱发灵感，如张子和攻邪论思想的萌发，即受到传说中的大禹治水以疏导为法的启示；③从自然现象诱发联想，如关于“肾为先天之本”学术思想的萌发，是古代中医在简单的解剖知识基础上观察到肾脏如豆子形，豆为种，内有胚芽，由此联想到人所以能传宗接代，其根在肾；④受经典理论的启发，如张元素为易水学派之首，他从《灵枢·邪气脏腑病形》等篇中关于脏腑寒热虚实辨证的阐述得到启发，首先提出了脏腑辨证论治的方法。
中医临床诊治活动的第一阶段是从检查病人开始的，即通过望、闻、问、切获得关于病人的证（症）象；第二阶段是辨证，即确定病、证性质的阶段；第三阶段是制定治则；第四阶段是实施治疗；第五阶段是追访疗效。从中医临床思维活动的本质和特点出发，其思维活动随临床活动发展的进程分为四诊思维、辨证思维、治则思维、治疗思维和治疗思维反馈等五个阶段。其中四诊和辨证属于诊断思维，即四诊思维；治疗及其治疗反馈属于治疗思维；治则是一个独立的思维阶段。
1.四诊思维 是一种特殊的思维活动。从思维活动的微观机制来看，医生通过按病人各种症状的感官刺激，首先形成感觉；然后需要回忆经历过的表象或大脑知识库中的相关知识，经过比较与鉴别才能辨出这种感觉是什么性质，属于何证，如切脉过程，摸到的是弦脉还是紧脉。问诊思维的主要表现有再照想象、抽象辨证和性质认定。望诊和闻诊中重要的思维方法是通过思考，进行比较和鉴别，脉诊中需要思考，思考的主要方法仍是比较和想象。为达到把握疾病本质和联系的目的，医生在获得病人的症状后，通过对感知表象进行一系列的思维加工活动，结合自身大脑知识库中已有的知识，共同完成思维加工，用简练的文字对疾病作出理性的概括，这就是辨证思维。辨证思维方法有比较法、分析综合法、倒果求因法、类推法等，想象和联想是其中的重要因素。
2.治则思维 是中医制定治疗原则的思维活动，治则正是这种思维活动的产物。即在中医临床从诊断转化为治疗的过程中，还存在着一个思维的转化过程，这个过程表现为相对独立的思维阶段，它的产物就是治则。所以，治则思维是一个独立的思维阶段，是中医临床认识过程中从理性认识向实践发展的中间环节，即医生在获得关于疾病的理性认识后，将疾病“是什么”和“怎么样”的理性认识在思维活动中转化为“应该怎样”的观念。如“心肾不交”的辨证，转化为“心肾得交”，即“水火相济”的观念，然后构思形成“交通心肾”的治疗原则。治则的思维，既体现医生对疾病的理性认识，又反映医生对改变病机现状的意志，显示医生对改变病机状况的基本态度，表达医生如何干预病机状态的原则，构成中医临床思维从诊断疾病向治疗疾病发展的中间环节。想象、联想和形象性构思，是中医治则思维中常见的思维方法。
3.治疗思维 是中医临床思维活动的归宿，即根据治则要求，制定出改变病理状态的措施，为选药、组方和作出治疗决策。治疗思维反馈是调节治疗活动趋近主体目的的重要措施。中医治疗思维的主要任务是构思治疗方案。从这个意义上说，治疗思维又是一种决策思维。首先，治疗思维要根据治则的要求，选择治疗的最佳途径和最恰当的治疗方法，制定具体的治疗措施；其次，根据治法或措施的要求，制定具体的治疗方案；其三，在备选方案中优选，其过程是对各种方案进行治疗思维的内反馈，在思想中将各种方案对病理活动“发生干预”，从中比较各种方案的效力，选出最佳方案，此谓中医治疗的决策；其四，实施方案的表述，即把选中的方案，通过一定的形式予以表述，例如写处方或言语表达；其五，选择中医的治疗活动，是手法操作治疗还是药物治疗。在中医施治活动中组拟治方，是中医治疗思维的核心。