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首先要收集符合实际的“四诊”信息，参考相关理化检查结果，取得对疾病客观情况的全面认识，这是分析病情，确保辨证精准的前提。
内科疾病的临床辨证，必须注意中医整体观的运用，即在辨证时，不仅要把握病证，还应重视患者的整体和不同个体的特点，以及自然环境对人体的影响。只有从整体观念出发，全面考虑问题，分析问题，才能取得比较符合实际的辨证结论。
各种内科病证具有各自的临床特点和病机变化，掌握不同病证的特点和病机，有利于对各种不同的病证进行鉴别。
中医内科病证，可分为外感时病（包括伤寒和温病）和内伤杂病两大类。外感时病主要按六经、卫气营血和三焦进行证候归类。内伤杂病中肺系病证主要按肺气失于宣发肃降之病机特点进行辨证论治，以复肺主气、司呼吸的生理功能；脾（胃）系病证主要按中焦气机升降失常之病机特点进行辨证论治，以复脾（胃）主运化、升清降浊的生理功能；心系病证应按血脉血行障碍和神明失司之病机特点进行辨证论治，以复心主血脉和心主神明的生理功能；脑系病证主要按髓海不足、元神失养等病机特点进行辨证论治，以复脑藏髓、主元神、司知觉运动等生理功能；肝系病证主要按肝气疏泄不畅、肝阳升发太过、肝风内动等病机特点进行辨证论治，以复肝主疏泄、藏血濡筋等生理功能；肾系病证主要按肾阴、肾阳不足的病机特点进行辨证论治，以复肾主生长、发育生殖、主骨生髓等生理功能；气血津液病证、肢体经络病证应按其寒热虚实、隶属脏腑的不同进行辨证。
人体是以五脏为中心，配合六腑，通过经络系统，联合五体、五官、九窍、四肢百骸而组成的有机联系整体，局部病变往往是整体的病理反映。因此，立法选方，既要注意局部，更须重视整体，应通过整体调节以促进局部病变的恢复，使阴阳达到相对平衡，此即调节整体平衡原则。
调节整体平衡可从调整阴阳入手。《素问·至真要大论》曰：“谨察阴阳所在而调之，以平为期。”这里的“以平为期”，就是通过调整阴阳，以达到恢复整体平衡的方法。
调节整体平衡的目的是恢复和建立相对平衡的阴阳关系，不外去其有余、补其不足两个方面。去其有余，即去其阴阳之偏盛。阴或阳的过盛和有余，或为阴盛，或为阳盛。阴盛则寒，阳盛则热，阴盛还可化生水湿痰饮，阳盛也可化生瘀滞燥结。故去其有余，有温、清、利、下等各种具体治法；补其不足，即补其阴阳之偏衰，有补阴与补阳之不同。
调节整体平衡还要求对各种治疗措施和方药的运用适可而止，不可矫枉过正，以防机体脏腑气血阴阳出现偏颇。如攻邪时须注意勿伤正，补虚时注意勿留邪，清热注意不伤阳，散寒注意不伤阴，补脾注意不碍胃等。
审证求机以往一般称为审证求因，但进而言之，所谓求因实则是求病机，即从整体、动态地分析疾病的各种复杂征象，综合归纳推论出疾病发生发展的原因、病变的机理。这种病因观，实与病机融为一体，其本质仍在于求病机。因此，证是疾病发生发展某一阶段的病机概括，遵循审证求机论治的原则，从疾病的根本入手，以解决疾病的关键问题。
“同病异治”与“异病同治”是审证求机论治在临证中的基本应用，“证同治亦同，证异治亦异”，说明“证”是决定治法方药的最可靠依据。
同病异治，是指同一种疾病，由于患者个体的不同，或处于疾病发展的不同阶段，内在的病机不同，所表现的证候不同，因而治法也不相同。如头痛病证，有外感头痛与内伤头痛的区分。外感头痛又有风寒头痛、风热头痛、风湿头痛的不同。内伤头痛亦有肝阳上亢头痛、痰浊头痛、血瘀头痛之差异。治疗时应分别予以辛温解表、辛凉解表、祛风胜湿、平肝潜阳、化痰息风、活血通窍等不同治法，方能取效。反之，若一见头痛，不求其本，不识其“证”，不知究其病机，概施川芎、白芷、吴茱萸、藁本诸止头痛药物，则难取得满意疗效。由此可知同病异治是同中求异辩证法思想的具体应用。
异病同治，是指不同的疾病，若出现相同的病理变化，表现为相同的证候时，可以采取相同的治法。如癃闭和遗尿虽系两种临床表现截然不同的疾病，但皆可因肾阳亏虚引起，故皆可予金匮肾气丸温肾助阳，癃闭病可借金匮肾气丸恢复膀胱气化功能，遗尿病则可借金匮肾气丸恢复肾气的固摄作用。由此可知异病同治是异中求同辩证法思想的具体应用。
但应注意每一种疾病各有其独特的病理特点，必然有其基本的治疗原则或治疗大法。因而证虽异仍存有同性，证虽同也存有差异，临证需准确把握，方不失中医辨证论治之要求。
标和本是相对的概念，用以说明病变过程中矛盾的主次关系。本是事物的主要矛盾，标是事物的次要矛盾。张景岳说：“标，末也；本，源也。”如正气与邪气，则正气为本，邪气为标；病因与症状，则病因为本，症状为标；先病与后病，则先病为本，后病为标；表病与里病，则里病为本，表病为标；病情的缓急，则急者为标，缓者为本。
疾病的发生发展过程极其复杂，表现有邪正盛衰、病情缓急、旧病未愈新病又起、表证与里证并见，在临证时必须分清疾病的标本主次、轻重缓急。“甚者独行，间者并行”，是指采取“急则治其标，缓则治其本”和“标本同治”的方法进行治疗，也即明辨标本缓急的治疗原则。
急则治其标，是指在疾病的发展过程中，若现紧急危重证候，危及患者生命，就应先行解除，后再治本。如鼓胀见重度腹水，致呼吸喘促，难以平卧，二便不利，若正气可支，就应攻逐利水，以治其标。待水消病缓，再予补脾养肝，以图其本。
缓则治其本，是指在病情缓和的情况下，应从根本上治疗疾病。因标病由本病而生，消除本病，标病自然随之而解。如阴虚咯血，则咯血为标，阴虚为本，若咯血量少，标症不急，当滋阴润肺，从根本上治疗咯血，阴虚之本得治，则咯血之标自除。
在标本俱急的情况下，必须采取标本同治的原则。如水肿见咳喘、胸满、腰痛、小便不利、一身尽肿、恶寒等症，其本为肾虚水泛，标为风寒束肺，乃标本均急之候，必须用温肾助阳、发汗、利小便的治法，温里解表。
疾病的过程是邪正斗争，此消彼长，不断变化发展的过程，疾病的每个阶段都有不同的病理特点。因此，必须把握其动态变化，分阶段进行治疗。
外感病证，初期阶段邪气未盛，正气未衰，病较轻浅，可即发散祛邪；进入中期，病邪深入，病情加重，更当着重祛邪，减其病势；迨至后期，邪气渐衰，正气未复，既要继续祛除余邪，又要扶正以祛邪，使邪去正复。这是把握动态变化治疗原则在外感病证方面的应用。
内伤病证，初病之时，一般不宜用峻猛药物；进入中期，大多正气渐虚，治当轻补，或有因气、血、痰、火郁结而成实证，需用峻剂而治者，亦只宜暂用；及至末期，久虚成损，则宜调气血，养五脏，兼顾其实。
疾病的发生、发展受多种因素影响，如时令气候、地理环境等，尤其是患者体质因素的影响更为明显。因此，在治疗疾病时，必须根据季节、气候、地区、患者的体质、年龄等不同特点而选用适宜治疗方法，此即顺应异法方宜的治疗原则，具体包括因时制宜、因地制宜、因人制宜三个方面。
四时气候的变化对人体的生理功能、病理变化均会产生一定影响。即使一日之内，人体的气血也依经络循行有一定的流注次序。在病理状态下会出现“旦慧、昼安、夕加、夜甚”的时辰变化规律。治疗应结合不同季节、不同时辰的特点，考虑用药的原则，称为“因时制宜”。如春夏季节，气候由温渐热，阳气升发，人体腠理疏松开泄，即便此时外感风寒，治疗时一般也不可过用辛温发散之品，以防止开泄太过，耗气伤阴；而秋冬季节，气候由凉渐寒，阴盛阳衰，腠理致密，阳气敛藏于内，此时若非大温大热之证，寒凉之品断当慎用，以防苦寒伤阳。
根据不同地区的地理环境特点，考虑治疗用药的原则，称为“因地制宜”。如我国西北地区，地势高而寒冷少雨，故其病多燥寒，治宜辛润；东南地区地势低而温热多雨，故其病多湿热，治宜清化。地区不同，患病亦异，治法应当有别。即使患者有相同病证，治疗用药亦应考虑不同地区的特点而区别对待。如辛温发表药治外感风寒证，在西北地区，药量可以稍重，而东南温热地区，药量则宜稍轻，或改用辛平宣泄之剂。
根据患者年龄、体质、性别、生活习惯等不同特点，来考虑治疗用药的原则，称为“因人制宜”。如妇女患者，因有月经、怀孕、产后等特殊情况，治疗用药必须加以考虑，慎用或忌用峻下、破血、滑利等药物。不同年龄其生理机能及病变特点亦不相同，老年人气血衰少，机能减退，患病多虚证或正虚邪实，虚证宜补，而有邪实须攻者应慎重，以免损伤正气。在体质方面，由于个体的先天禀赋和后天调养不同，素质有强有弱，尚有偏寒偏热以及患有宿疾的不同，故虽患同一疾病，治疗用药亦应有所区别，阳热之体慎用温补，阴寒之体慎用寒凉等。
同一疾病有不同的治疗方案，如何制订最佳方案，须遵守因势利导的原则。因势利导要求顺其病势，就近去邪，以获得最佳治疗效果。如饮食积滞，应积极驱除，但须注意食积在膈下（亦即入肠）方用泻法，若食积在胃，又当选用探吐或用消食药，才能取得理想的效果，否则反伤正气，贻误病情。
先期治未病包括未病先防和既病防变两个方面。未病先防，是指对有可能发生疾病的个体和人群，及早提出预防措施，运用药物培补人体的正气，预防疾病发生的方法。如16世纪前后针对当时天花流行的情况，采取人痘接种法来预防天花的发生，就是未病先防治则的具体应用。在流行性感冒肆虐季节，服用玉屏风散对体弱、气虚者起到补气固表的作用，以预防流感的侵袭，也是未病先防治则的具体应用。
既病防变，是指医者可根据疾病传变规律，防其传变，对可能受到传变的脏腑和可能受到影响的气血津液，采取预防措施，阻断和防止病变的发展和传变，把病变尽可能控制在较小的范围，以利于疾病的彻底治疗，取得最好的疗效。如《金匮要略》云：“见肝之病，知肝传脾，当先实脾。”其意是治疗肝病须应用调补脾胃法，使脾气旺盛而不受邪，以防止肝病传脾。
恰当的调护，有利于正气的恢复、邪气的去除和促进患者早日康复。忽视调摄护理，不仅会延误康复时间，还会出现“食复”“劳复”等情况，以致病情反复。因此，必须重视调摄护理。
调摄护理的内容十分丰富，如饮食护理、生活护理、精神护理、服药护理等。护理措施的采用同样应以辨证论治为指导，当辨证施护，随证而异。如对风寒表证，在应用解表发汗时，护理上不仅应避免患者再受风寒外袭，还要酌加衣被，给予热汤、热粥，促其发汗。若属里实热证，在调护上则要注意多给清凉冷饮，保持室内通风，衣着宜薄，且使大便通畅，或以温浴降温。此外，还应重视精神护理，使患者保持心情舒畅；在饮食护理方面要注意忌宜；在配合药物治疗时，可加用如推拿、拔火罐、熨法等其他治疗护理方法，以增强治疗效果。