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中医内科疾病的病种很多，范围较广。为了方便学习研究与临床应用，探讨内科疾病分类的必要性早已引起人们的普遍重视。
张仲景在《金匮要略》一书中，已经做了有益的探索，如痉、湿、暍三者皆是从太阳经开始，属外感病证，故合为一篇，以利于鉴别；消渴、小便不利、淋病均有小便异常症状，故列为一篇论述；呕、吐、哕、下利又都是胃肠疾病，合在一起讨论，易于辨证论治等。此种分类方法尽管粗糙，但在疾病分类方面的探索却是有益的。
《诸病源候论》是我国现存第一部证候学专著，其以“候”类述，共1739则，可见书中证候分类之细。该书把风病、虚劳病、伤寒、温病、热病、时气病等作为全身性疾病，然后再按证候特征或脏腑生理系统进行分类。《千金方》则由博返约，初步进行归纳，将风病、伤寒、脚气、消渴、水肿等作为全身性疾病，其他疾病则归入肝脏、胆腑、心脏、小肠腑、脾脏、胃腑、肺脏、大肠腑、肾脏、膀胱腑等脏腑门中。《太平惠民和剂局方》虽是宋代的一种成药处方配本，但此书按病分类，在疾病分类方面也做了一些尝试，如将内科病分为诸风、伤风、诸气、痰饮、诸虚、痼冷、积热、泻痢、杂病等。《三因极一病证方论》，试图按三因将疾病分类，但在某些病证之中，又包含了内因、外因、不内外因等不同证治，所以也说明此法分类尚未达到尽善之地。《明医杂著》将当时常见内科病证分题讨论，如对发热、劳瘵、泄泻、痢、疟、咳、痰饮、喘胀、饮食过伤、头痛、小便不禁、阳痿、梦遗、暑病等的证治加以论述，重点突出。
《三法六门》把疾病按病因分为风、寒、暑、湿、燥、火、内伤、外伤、内积、外积共十门，是书将前六者及诸杂证分门别类，著成一书。《医学纲目》则按脏腑分部加以分类。如肝胆部，论述中风、癫痫、痉厥等病；心小肠部，论述心痛、胸痛、谵妄等病；脾胃部，论述内伤饮食、诸痰、诸痞等病；肺大肠部，论述咳嗽、喘急等病；肾膀胱部，论述耳鸣、耳聋、骨病、牙痛等；伤寒部，论述伤寒病为主，兼及温病、暑病、温疫等。
《证因脉治》已形成外感、内伤分类疾病的雏形。《证治汇补》将内科杂病分为八门，探讨了按部分类的方法。如提纲门中列中风、伤风、中寒、暑、湿、燥、火等证；内因门列气、血、痰、郁证及虚损劳倦等；外体门中列发热、恶寒、汗病、疟等；上窍门列眩晕、头痛、五官等病；胸膈门中列咳嗽、喘、哮、呕吐、反胃等；腹胁门中列心病、腹痛、霍乱等；腰膝门中列痿躄、疝、脚气等；下窍门中列泄泻、痢、便血、淋、遗精等。《医学实在易》以表证、里证、寒证、热证、实证、虚证分类讨论疾病的证治。
综上所述，历代医家对内科疾病的分类尚无统一认识。为了便于指导临床，寻找一个比较合理的分类法是十分必要的。中华人民共和国成立后，医家们也对此进行了探讨，认为以病因、病理变化为纲对内科疾病加以分类，较为合适。以病因为纲，可将内科疾病分为外感疾病和内伤疾病两大类。外感疾病，是由外感六淫等邪气所致；内伤疾病是由情志刺激、饮食劳倦、起居失常以及脏腑功能失调所引发。这两类疾病也是可以互相转化的。一些外感疾病可演变为内伤疾病，内伤疾病由于气血阴阳偏颇也易感受外邪，在病程的某一阶段可以变成外感疾病。以病理变化为纲，可将内科疾病分为热病与杂病两大类。热病包括一切有热证而以六经、三焦、卫气营血为病理改变的病证；杂病包括以脏腑功能失调为主而产生的病证。
病因分类，突出了病因的特殊性，便于临床辨证求因、审机论治。病机分类反映了疾病病机变化的内在联系，且有助于掌握疾病发生发展的规律。因为病机主要是由脏腑功能失调造成的，故可以进一步按五脏六腑进行分类。病机分类法是在病因分类法的基础上进行的，是对病因分类的补充。因此，临床上可把这两类分类法结合起来，称为外感热病与内伤杂病。
外感热病，根据感受邪气的不同可分为伤寒与温病，温病又可分为温热病与湿热病。温热病包括了风温、春温、秋燥、暑温、冬温、温毒、温疫等；湿热病包括了暑湿、湿温、伏暑等。按发病特点，温病又可分为新感温病与伏气温病两类，如风温、冬温、暑温、秋燥属新感温病，春温、伏暑则属伏气温病。
内伤杂病分类的理论基础是藏象学说。人体是一个以脏腑为中心的有机整体，脏腑外联四肢百骸、五官九窍，以气血津液为物质基础，以经络为通路。因此，内伤杂病虽多，但其病机变化始终不离脏腑功能紊乱、经络通路障碍、气血津液生成运行输布失常。故内伤杂病的分类，则按照不同脏腑生理病理变化而分为肺系病证、心系病证、脾胃系病证、肝胆系病证、肾系病证、气血津液病证、肢体经络病证等。
中医内科病证的命名原则主要是以病因、病机（包括病性、病理因素、病位等）、主症、体征为依据。如以病因命名的中风、中暑、虫证等；以核心病机命名的郁证、痹证、厥证等；以病理因素命名的痰饮等；以病位命名的胸痹、肝着、肾着、肺痿等；以主症命名的咳嗽、喘证、呕吐、泄泻、眩晕、腰痛等；以主要体征命名的黄疸、积聚、水肿、鼓胀等。由于中医对疾病的认识方法不同，对疾病的命名有其自身的固有特点，大部分是以临床症状和体征来命名的，与西医学有明显的差异。但在几千年的医疗实践过程中，这些传统病名的内涵已约定俗成，渐成共识，具有确定的内在含义，在中医内科学术理论的指导下，逐步形成了与其病名相应的病因、病机、临床特点、类证鉴别、发展演变、转归预后的系统认识，及辨证论治的具体治法、方药和预防调护等，都能够有效地指导着临床应用。因此，为统一规范命名起见，本版教材统一命名格式为“某病是以某某为主症的疾病”。
本版《中医内科学》教材沿用在病因病机分类基础上的脏腑分类法，将伤寒、温病以外的外感病证和内伤杂病分为八大类，即肺系病证、心系病证、脑系病证、脾胃系病证、肝胆系病证、肾系病证、气血津液病证、肢体经络病证。其中，由于随着学科的分化和中医脑病学的日臻成熟，为促进中医学与世界医学接轨，本版教材继续沿用上版教材单设脑系病证，独立进行论述的思路。按照中医脏腑理论，心主神明，脑为元神之府，故将脑系病证列于心系病证之后，冀对中医内科疾病分类起到促进作用。