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奇恒之腑是脑、髓、骨、脉、胆、女子胞的合称。其在形态上多中空有腔而似腑，在功能上贮藏精气而似脏，故称为奇恒之腑。除胆以外均与五脏无表里配合，也无五行配属，但与奇经八脉有关。脉、髓、骨、胆的生理功能，前面已论述，本节重点论述脑与女子胞。
脑由髓汇集而成，《灵枢·经脉》云：“人始生，先成精，精成而脑髓生。”故《灵枢·海论》称“脑为髓之海”。脑中内寄元神，与生命活动密切相关。
脑具有主宰生命活动、主司精神活动和感觉运动的功能。
1.主宰生命活动 明代李时珍《本草纲目·辛夷》提出“脑为元神之府”，系生命的枢机，主宰人体的一切生命活动。元神来自先天，两精相搏，随形具而生之神，即为元神。如《灵枢·本神》说：“两精相搏谓之神。”元神存则生命在，元神败则生命息。得神则生，失神则死。故《素问·刺禁论》说：“刺头，中脑户，入脑立死。”
2.主司精神活动 人的精神活动包括思维活动和情志活动等。脑为髓海，也主思维意识和记忆等，为意识思维活动的枢纽。清代汪昂《本草备要·辛夷》有“人之记性，皆在脑中”的记载。清代王清任在《医林改错·脑髓说》中更明确指出：“灵机记性不在心而在脑。”精髓充盛，脑海充盈，则精神饱满、意识清楚、思维灵敏、记忆力强、语言清晰、情志正常。若精髓亏虚，脑海不足，则可出现意识思维及情志方面的异常。
3.主司感觉运动 目、耳、口、鼻、舌等五窍，皆位于头面，与脑相通，因此脑髓的充盈与否也会对人体言、听、视、嗅、动等产生影响。如《医林改错·脑髓说》中记载：“两耳通脑，所听之声归于脑”“两目系如线长于脑，所见之物归于脑”“鼻通于脑，所闻香臭归于脑”“小儿至周岁，脑渐生……舌能言一二字。”《灵枢·海论》说：“髓海不足，则脑转耳鸣，胫酸眩冒，目无所见，懈怠安卧。”故髓海充盈，则脑主感觉和肢体运动的功能正常，表现为视物明晰，听觉聪灵，嗅觉灵敏，感觉敏锐，语言流畅，肢体运动自如等。髓海不足，则脑主管感觉及肢体运动的功能失常，出现视物不明，听觉失聪，嗅觉不灵，感觉呆滞，语言艰涩，步履维艰，肢体运动失调等症。
藏象学说将脑的生理和病理统归于心而分属于五脏。同时又将人的精神情志活动概括为两类：一是精神活动，包括神、魂、魄、意、志，分别由五脏所主，“心藏神，肺藏魄，肝藏魂，脾藏意，肾藏志”（《素问·宣明五气》）。二是情志活动，包括喜、怒、忧、思、悲、恐、惊，也分属于五脏，如《素问·阴阳应象大论》说：“人有五脏，化五气，以生喜怒悲忧恐。”总之，脑与五脏关系密切，尤其是心、肝、肾三脏，因此脑的病变多从五脏论治。
女子胞又称胞宫、胞脏、子宫和子脏，位居小腹，在膀胱后，直肠前，下与阴道相连，呈倒梨形。
女子胞具有主持月经和孕育胎儿的功能。
1.主持月经 月经又称月信、月事、月水。女子14岁左右，肾中精气旺盛，产生天癸，胞宫发育成熟，冲、任二脉气血通盛，月经按时来潮，如《血证论·男女异同论》说：“女子胞中之血，每月换一次，除旧生新。”约到49岁，肾气渐衰，天癸竭绝，冲、任二脉气血衰少，则出现月经闭止。月经的产生，是脏腑经脉气血及天癸作用于胞宫的结果。
2.孕育胎儿 女子在受孕后，女子胞即成为孕育胎儿的场所。此时月经停止，脏腑经络血气皆下注于冲任，到达胞宫以养育胎儿直至分娩。故《中西汇通医经精义·下卷》说：“女子之胞，一名子宫，乃孕子之处。”
女子月经来潮和胎儿的孕育，与经脉及脏腑有着广泛而又密切的联系。
1.肾中精气的作用 肾中精气的盛衰直接影响天癸的产生与衰竭，对女子胞的发育和生殖功能具有决定性作用。如《素问·上古天真论》说：“女子七岁，肾气盛，齿更发长。二七而天癸至，任脉通，太冲脉盛，月事以时下，故有子……七七，任脉虚，太冲脉衰少，天癸竭，地道不通，故形坏而无子也。”
2.冲、任二脉的作用 冲脉和任脉，同起于胞中。冲脉与足少阴肾经并行，又与足阳明胃经相通，能调节十二经气血，与月经来潮相关，故言“冲为血海”；任脉与足三阴经相会，调节全身阴经，为“阴脉之海”，主胎儿的孕育，故言“任主胞胎”。冲、任气血旺盛，注入女子胞而发生月经，或妊养胎儿。
3.心、肝、脾三脏的作用 女子胞的功能还与心、肝、脾关系密切。由于月经的来潮、胎儿的孕育均依赖于血液，而心主血，肝藏血，脾生血、统血，故当心、肝、脾功能失调时，均可引起女子胞的功能异常。肝失疏泄，气机不利，可出现月经不调、痛经等病证；若肝血亏虚或脾虚气血生化乏源，胞宫失养，可出现经少、经闭、不孕等病证；若脾不统血或肝不藏血，可引起月经过多或崩漏等病症。