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六腑是胆、胃、小肠、大肠、膀胱、三焦的合称，具有受盛和腐熟水谷、传化和排泄糟粕的功能，即所谓“传化物”。其共同生理特点是“泻而不藏”“实而不能满”。饮食物由口入胃，至化为糟粕排出体外，要经过七个比较关键的部位，即“七冲门”。《难经·四十四难》说：“七冲门何也？然：唇为飞门，齿为户门，会厌为吸门，胃为贲门，太仓下口为幽门，大肠小肠会为阑门，下极为魄门，故曰七冲门也。”六腑之气的运动以下降为主，才能保持六腑通畅，故“六腑以通为用，以降为顺”。
胆附于肝，位居右胁。胆内盛有胆汁，《难经·四十二难》说：“胆在肝之短叶间……盛精汁三合。”胆的主要功能是贮藏和排泄胆汁，主决断。
1.贮藏和排泄胆汁 胆汁由肝之余气（精气）所化，故胆有“中精之府”“中清之府”“清净之府”之称。胆汁的生成和排泄受肝主疏泄功能的调控，是肝疏泄功能的具体体现之一。肝的疏泄功能正常，则化生胆汁，贮藏于胆，泄于小肠，协助消化。肝失疏泄，胆汁的化生和排泄障碍，脾胃纳运失调，可表现为厌食、腹胀、泄泻等；如湿热蕴结肝胆，胆汁外溢，则发为黄疸，可见目黄、身黄、小便色黄等症。
2.主决断 决断，即决定、判断。《素问·灵兰秘典论》说：“胆者，中正之官，决断出焉。”说明人对事物的决定和判断能力与胆的功能有关。胆气充足，决断正常，则表现为遇事判断准确，临危不惧，勇敢果断。若胆气虚弱，决断失常，则可出现胆怯易惊、睡中惊醒等。
胆在形态上中空有腔，排泄胆汁以协助消化，并与肝相表里，故属六腑之一；而胆贮藏胆汁，功同五脏，不直接传化饮食物，并主决断，与精神情志活动有关，功能均异于六腑。故胆既属六腑，又属奇恒之腑。
胃居中焦，与脾以膜相连。胃又称胃脘，胃上口的贲门部为上脘，下口幽门部为下脘，上下脘之间为中脘。古代文献对胃的形态已有描述，《灵枢·平人绝谷》说：“胃大一尺五寸，径五寸，长二尺六寸，横屈受水谷三斗五升。其中之谷常留二斗，水一斗五升而满。”
1.主受纳腐熟 是指胃具有容纳食物，并对其初步消化形成食糜的作用。由于饮食入口，过贲门，容纳于胃，故称胃为“太仓”“水谷之海”。机体气血津液的化生，都需要以饮食物所化之水谷精微为基础，故又称胃为“水谷气血之海”。水谷进入胃后，依赖胃的腐熟作用而化为食糜，在脾的运化功能下化为精微，以生气血津液，供养全身。脾胃对饮食物的消化吸收功能常称为胃气。中医学重视人体“胃气”的作用，认为“人以胃气为本”，“有胃气则生，无胃气则死”。所以临床治病时，强调要时刻注意保护胃气，用药不可妄攻妄补，以免损伤胃气。若胃的受纳腐熟功能减退，则可表现为纳呆、厌食、胃脘胀满等症；胃的受纳腐熟功能亢进，则可表现为多食善饥等症。
2.主通降 通降，指通畅、下降。胃气以降为和，清代叶天士《临证指南医案·脾胃》说：“胃宜降则和。”胃腑通，胃气降，才能不断受纳饮食物。饮食物经过胃的腐熟，下行小肠，其食物残渣下移大肠，变成粪便排出体外。整个过程都是由胃气下行完成的。所以胃的通降还包括协助小肠将食物残渣下输大肠并帮助大肠传导糟粕的功能。胃失通降，一则饮食物停滞于胃，可见胃脘胀痛、纳呆厌食或嗳腐吞酸等症；二则胃气上逆，可出现恶心、嗳气、呕吐、呃逆、口臭等症。临床上常以降胃、和胃的药物治疗胃病。
胃主受纳腐熟和通降功能的正常进行，需要胃津濡润。若胃津枯涸，饮食物难以消化腐熟形成食糜，也难以通降下行。因此胃有“喜润而恶燥”的生理特性。
小肠位于腹中，上接幽门，与胃相通，下连阑门，与大肠相接。其主要功能是受盛化物、泌别清浊和主液。
1.受盛化物 是指小肠具有接受胃下降的食糜，并将食糜进一步消化，吸收精微的功能。故《素问·灵兰秘典论》说：“小肠者，受盛之官，化物出焉。”受盛和化物为两个阶段，小肠首先接受由胃腑下传来的食糜，即“受盛”；继而在脾和小肠的共同作用下，使食糜化为精微，即“化物”。若小肠的受盛和化物功能失常，消化吸收障碍，可见腹胀、腹痛、泄泻等病症。
2.泌别清浊 是指小肠具有将充分消化的食糜分别为水谷精微和食物残渣两个部分的作用。一方面吸收水谷精微（清），经脾的升清转输作用输送到全身，另一方面将食物残渣（浊）经阑门传入大肠。小肠泌别清浊功能失常，清浊不分，则水谷精微和食物残渣俱下于大肠，可见肠鸣泄泻等。
3.主液 是指小肠吸收水谷精微的同时也吸收大量的水液。小肠主液功能失常，则水液吸收障碍，可见小便短少、泄泻等症状。“利小便即所以实大便”即是利用小肠主液功能治疗泄泻的分利方法。
应当指出，小肠的受盛化物和泌别清浊乃整个消化吸收过程的重要阶段，但在中医藏象学说中，往往又将之归属于脾胃的纳运功能，所以临床上对于小肠病变也多从脾胃论治。
大肠位居腹中，上口在阑门处与小肠相接，其下端为肛门。
大肠的主要功能是吸收饮食残渣中的水分和传化糟粕。故《素问·灵兰秘典论》说：“大肠者，传道之官，变化出焉。”道，通“导”。这是对大肠生理功能的高度概括。由于大肠具有吸收食物残渣中部分水分的功能，故有“大肠主津”之说。大肠传化糟粕功能失常，主要表现为排便的异常。若大肠虚寒，无力吸收多余水分，则水粪俱下，可见肠鸣、泄泻等症；大肠实热则消灼水津而肠道失润，可见腹痛、便秘等症；大肠湿热，则阻滞肠道而传导失司，可见下痢脓血、里急后重，或暴泻下注、肛门灼热等症。
应该指出，大肠传化糟粕还与肺气肃降、胃气降浊、脾主运化、肾中阴阳的滋润温煦及肾气的封藏等功能有关，这些脏腑发生病变也可以引起大肠传导功能的失常，所以临床上常通过调理他脏以治疗大肠病证。
膀胱，俗称“尿脬”，又称净腑、尿胞，位居小腹。
膀胱的主要功能是贮尿、排尿。尿液为津液所化，即津液之浊下输膀胱在肾的气化作用下生成尿液，故《素问·灵兰秘典论》说：“膀胱者，州都之官，津液藏焉，气化则能出矣。”膀胱的贮尿、排尿功能主要受肾的气化和固摄功能的控制。贮藏尿液赖肾气的固摄，排泄尿液赖肾阳的气化及推动。肾气旺盛，固摄有权，气化正常，推动有力，则膀胱开阖有度，表现为贮尿、排尿正常。若肾气不固，则膀胱失约，可见遗尿、尿频，或尿失禁，或小便余沥不禁等症；若气化失司，推动无力，则膀胱不利，可见尿少、水肿，或尿闭等病证。因此，临床上多从肾治疗膀胱的病变。
三焦是上焦、中焦、下焦的合称。历代医家对三焦的形态和实质的认识不一，主要有二。一是三焦为六腑之一，和其他脏腑一样，是一个具有综合功能的、分布于胸腹腔的大腑。因其与五脏无表里配合关系，故有“孤腑”之称。二是三焦为划分内脏的区域部位，即膈以上为上焦，膈至脐为中焦，脐以下为下焦。
1.通行元气 元气是人体生命活动的原动力，根源于肾，由肾藏的先天之精所化生，通过三焦布达五脏六腑，运行于全身，从而激发和推动各脏腑组织的功能活动，故《难经·六十六难》说：“三焦者，原气之别使也。”故三焦有主持诸气，总司全身气机和气化的功能。
2.运行水液 《素问·灵兰秘典论》说：“三焦者，决渎之官，水道出焉。”指出三焦为运行水液的道路。人体的水液代谢虽由多个脏腑共同协调完成，但必须以三焦为通道，以三焦通行元气为动力，才能正常地升降出入。水液代谢的协调平衡，通过三焦的气化作用实现。若三焦气化功能障碍，水道不利，就会出现尿少、水肿、小便不利等症，如《类经·藏象类》说：“上焦不治则水泛高原，中焦不治则水留中脘，下焦不治则水乱二便。三焦气治则脉络通而水道利，故曰决渎之官。”
1.上焦如雾 上焦是指横膈以上的部位，主要脏腑包括心肺，以“开发”“宣五谷味”“若雾露之溉”为主要功能。《灵枢·营卫生会》“上焦如雾”即是概括了心肺向上、向外布散气血的作用特点。治疗上焦病证，用药量宜轻，药性须轻清上浮，故《温病条辨·治病法论》说：“治上焦如羽，非轻不举。”
2.中焦如沤 中焦是指脐至横膈之间，主要脏腑包括脾胃，具有消化水谷、吸收和输布水谷精微及化生气血的功能。《灵枢·营卫生会》“中焦如沤”形象地描述了中焦脾胃把水谷化为精微的功能特点。若邪犯中焦，常见脘腹胀痛、吐、泄泻等症。治疗中焦病证，用药须重视脾升胃降的协调，故《温病条辨·治病法论》说：“治中焦如衡，非平不安。”
3.下焦如渎 下焦是指脐以下的部位，主要脏腑包括肝、肾、小肠、大肠和膀胱等，具有排泄糟粕和尿液的功能。《灵枢·营卫生会》“下焦如渎”概括了下焦像沟渠排水一样排泄二便的功能特点。若邪犯下焦，常见二便异常的病证。治疗下焦病证，要用质重下行的药物才能到达病所而起到治疗作用，故《温病条辨·治病法论》说：“治下焦如权，非重不沉。”