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系统思维，是把认识对象作为系统，研究系统和要素（系统的构成部分、因素、单元）、要素和要素、系统和外部环境的相互联系、相互作用，从而综合地考察认识对象的整体性思维方式。所谓系，即联系，连续；所谓统，即总括，统一。《周易》构建了最早的系统思维方法，对中医学的整体观念起到奠基作用。如《素问·天元纪大论》云：“太虚寥廓，肇基化元，万物资始，五运终天，布气真灵，揔统坤元……生生化化，品物咸章。”说明整个宇宙是太虚一元之气发生分化而来，世间万物存在普遍联系。
整体宏观思维，指整体是由各个局部按照一定的秩序组织起来，以整体、全面、大局方面认识事物或现象的思维方式。整体宏观思维反映了自然、社会乃至人类的一切事物的本原性、规律性、共同性的“大一统”思想。中国古代哲学的“气一元论”“阴阳学说”“五行学说”以及由此衍生的八卦、六十四卦等整体结构模式，皆为整体宏观思维的具体体现。
中医学的整体思维，源于中国传统文化，认为世界万物由混沌一体的元气分化演变而来，气分阴阳二气，阴阳二气生五行之气，五行之气生万事万物。如道家著作《老子·四十二章》说：“道生一，一生二，二生三，三生万物。”儒家著作《易传·系辞上》说：“易有太极，是生两仪，两仪生四象，四象生八卦。”所谓“一”或“太极”，皆强调世界的本原性、统一性、规律性。本原性，是古人对自然界万物最初根源的认识；统一性，是事物各部分相互联系而整合成为一体；规律性，是客观事物发展过程中的本质联系，具有普遍性的形式。
中医学注重人与自然、人与社会、人体内部各功能系统之间的相互联系、相互作用，其重要特征，是强调整体大于部分之和，而不是整体等于部分之和；没有孤立的局部，只有整体下的部分。局部病变要从整体调治，以整体效应的最大限度发挥为目的，使局部问题得到解决。
中医学理论体系基本特点之一的整体观念，就是整体思维的具体体现。如天、地、人是一个整体，人自身是一个整体，形与神是一个整体等。中医学临床实践经验丰富，辨证论治，治贵权变，然其指导思想在于治病求本，从整体出发，协调机体内部脏腑阴阳气血，顺应自然社会环境变化，如《素问·标本病传论》：“阴阳逆从标本之为道也，小而大，言一而知百病之害，少而多，浅而博，可以言一而知百也。”
中医学注重从整体出发的宏观认识。宏观，是与“微观”相对而言，泛指从大的方面、整体方面进行研究的思维方法；微观，即从小的方面、局部方面进行研究的思维方法。中医学辩证地对待宏观与微观的关系，认为宏观变化来自微观，而微观变化又与宏观密切相关。如《素问·灵兰秘典论》：“恍惚之数，生于毫氂，毫氂之数，起于度量，千之万之，可以益大，推之大之，其形乃制。”恍惚，即宏观世界，模糊难辨；毫氂，即微观世界，可以度量。两者之间，以把握整体和大局为要，则“其形乃制”。
中医学的宏观认识，宏观考察生物人、自然人、社会人的总体功能变化规律；宏观认识人体自身，总括为五脏系统，建立五脏一体观；宏观把握五脏系统与精气神、经络、体质等要素的相互联系和相互作用，特别关注系统、要素、环境相互联系、相互作用的综合效应，构建“天人相应”的宏观认识。《素问·气交变大论》说：“善言天者，必应于人；善言古者，必验于今；善言气者，必彰于物；善言应者，同天地之化；善言化言变者，通神明之理。”中医学立足于生命活动的人体，善于将时间、空间、环境、生物、人体等统一起来，重视时间、空间对环境的影响，以及与生物、人的相互联系、相互作用，从而把握系统整体的“活”的联系。
天人合一，是指天、地、人本原于一气，同构同律，相参相应的思维方式。天，即天地、自然。天人合一属于中国古代哲学的命题之一，天、地、人关系密切，故可从天地（大宇宙）的本质与现象来分析人的生命活动（小宇宙）的规律。如清·唐大烈《吴医汇讲·人身一小天地论》记载：“人禀健顺之德，以生五行之气，隐于五脏，见于六腑。呼吸，即阴阳运输也；津液，即雨露灌溉也；光泽，即花木荣繁也；耳目，即日月晦明也。人身一小天地，信哉！”
天人合一思维，源自道家，如《老子·二十五章》：“人法地，地法天，天法道，道法自然。”法，效法；道，规律。“道”是宇宙万物的本原和规律，天道、地道、人道“统归于一”。《庄子·齐物论》：“天地与我并生，而万物与我为一。”明确提出天地万物与人类共生一致的观点，有着统一的本原、属性、结构和规律，故人当效法自然，顺应自然。《周易》以阴爻、阳爻代表阴阳，以天、地、人而构成三爻组合而成的经卦，即八卦；以经卦上下组合而成的别卦，即六十四卦；天、地、人思维寓于其中，谓之“三才（三材）”，以此解析自然、社会、人事等的变化。如《易传·系辞下》：“《易》之为书也，广大悉备。有天道焉，有人道焉，有地道焉。兼三材而两之。”天道、地道、人道，其规律和法则相通相应。
天人同气，即天、地、人同源于一气。如《素问·宝命全形论》认为：“人生于地，悬命于天，天地合气，命之曰人。”天食人以五气，地食人以五味，从而维持人的生命活动。人与万物相同，生于天地气交之中，气之升降出入、聚散阖辟的运动变化，形成万物生长化收藏、人体生命活动的生长壮老已。
天人同构，即天、地、人的结构特征相同。中医学认为，人是天地的缩影，其结构与天地相应。如《灵枢·邪客》：“天圆地方，人头圆足方以应之。天有日月，人有两目。地有九州，人有九窍。天有风雨，人有喜怒。天有雷电，人有音声。天有四时，人有四肢。天有五音，人有五脏。天有六律，人有六腑。天有冬夏，人有寒热。天有十日，人有手十指……此人与天地相应者也。”
天人同律，即天、地、人的节律相同。天地自然的节律主要为年、月、日、时，人亦应之。年节律，由于阴阳消长而形成春、夏、秋、冬季节更替，人以五脏系统相应，形成“四时五脏阴阳”整体观。月节律，由于月之朔望，形成大地海水潮汐节律变化，人之气血，月满则盈，月亏则虚，故《素问·八正神明论》说：“月生无泻，月满无补，月郭空无治，是谓得时而调之。”日节律，《灵枢·顺气一日分为四时》谓之“朝则为春，日中为夏，日入为秋，夜半为冬”。并以此构建经脉“子午流注”理论，应用于说明脏腑经络气血的生理功能、疾病的诊治、针灸按时取穴以及养生保健。
天人合一，作为中医学的系统思维方式，指导着对人体生理、病理的认识，融汇在疾病的诊断和治疗措施中。如《素问·著至教论》说：“子知医之道乎……而道上知天文，下知地理，中知人事，可以长久。”因此，中医学始终把人的生命活动，放在天文地理、季节气候、民俗民风、社会地位、社会责任、生活习惯等天、地、人三大要素构成的宇宙框架之中去分析和权衡，以寻找其本质和规律，预测其发展变化。
形神合一，是指形体为精神活动之载体，精神活动为形体之主宰，形体与精神统一性的思维方式，又称“形神一体”。形与神是中国古代哲学的一对范畴。南北朝范缜《神灭论》提出：“神即形也，形即神也。是以形存则神存，形谢则神灭也。”“形者神之质，神者形之用。”说明形神一体、形神相成的密切关系。“形神合一”是中医学对于生命整体性的认识，形体与精神同生、同存、同亡，两者是不可分割的统一整体。
形神构成：形，即形体，广义指形体及生命物质，如皮肤、肌肉、筋骨、血脉、脏腑、官窍、经络、精气血津液等；狭义专指脉、筋、肌、骨、皮五体。神，广义指整个生命活动的主宰及其外在表现；狭义指意识、思维、情志等精神活动。中医学认为，人是由形与神构成的，两者的统一性，即“形与神俱”。如《素问·上古天真论》认为：“故能形与神俱，而尽终其天年，度百岁而去。”生命体的构成及其生长壮老的过程，即是形与神变化的外在表现。人之所以不同于其他生物，除形体外，更为重要的是有“神”。
形神体用：体用指本体和作用。一般认为，“体”是内在、本质、本体，“用”是外在、表象、作用。形为神之体，神依附于形体，神不能离开形体而独立存在。如《素问·上古天真论》所说：“形体不敝，精神不散。”神为形之用，神为生命活动的主宰，具有支配形体的生理功能以及感觉运动等作用。如《类经·针刺类》所说：“无神则形不可活。”形神关系至密，不可分割，相辅相成。在临床实践中，形体疾病可导致精神活动的异常。如中风、头痛、消渴、积聚等，常伴有健忘、失眠、烦躁、焦虑、抑郁等症状。故善治形体疾病者，应同时调摄精神。反之，异常的精神、情志变化皆可导致形体病变，如《素问·疏五过论》说：“凡欲诊病者，必问饮食居处，暴乐暴苦，始乐后苦，皆伤精气。精气竭绝，形体毁沮。”故调神的同时，亦应同时纠正形体异常。
形神存亡：从人体发生学而论，形生而神具。如《灵枢·天年》所说：“血气已和，营卫已通，五脏已成，神气舍心，魂魄毕具，乃成为人。”在气血营卫、脏腑经络等形体生成的基础上，人体生命活动乃至精神活动随之而生。神由形而出，神寄形为用。形坏则神去，神去则形死。如《中藏经·论小肠虚实寒热生死逆顺脉证之法》所说：“其脏周密而不伤，伤则神去，神去则身死矣。”形体死亡，神亦消亡而不复存在。
中医学形神合一观体现了系统思维的观念，对认识人体生命活动、疾病诊治与康复，以及养生保健等具有重要指导意义。如养生贵在“积精全神”，望诊重在“神、色、形、态”，治疗法则“粗守形，上守神”，针刺强调“本神”等。从“形神一体”理论发展而成的“心身医学”以及“人-自然（环境）-社会（心理）医学模式，越来越得到医学界的重视，躯体疾病和心理状态的综合性治疗越来越普遍。如《冯氏锦囊秘录·杂症大小合参》所言：“人之所生者神也，所托者形也，神大用则伤，形大劳则敝，形神离则死，故圣人重之。”