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巫文化是上古时期以占星术和占卜术为主要形式的特色文化，巫师是当时最有知识、技术和文化意义的象征性人物，巫术是科学与宗教的共同源头。巫文化的产生有其深切的思想根源，而巫术特殊的思维、巫技和巫风，对医学的起源与发展也产生了重要的影响。
巫有广义、狭义之分。“巫，祝也”（《说文解字》）。狭义的巫是指主持祝祷祭祀、行施巫术、通于鬼神之智圣聪明的人，在男曰觋，在女曰巫，又名巫师。广义的巫，应包含巫术信仰、巫术活动等在内，属于一种原始的宗教，有学者称为巫教。
1.巫字释义
巫，祝也，能事无形鬼神（《说文解字》）。甲骨文中的巫以“工”为主要构件，“
”像手拿一个“工”，或两个“工”相交，即“
”；金文的巫像两“工”相交。巫手拿“工”进行祭祀活动，与鬼神交通，“与工同意”（《说文解字》）。“工”像人手持规矩，与巫之义相同。《说文解字·工部》：“巧饰也。象人有规矩也。与巫同意。”巫又象女巫以歌舞娱神降神，《说文解字·巫部》：“
，祝也。女能事无形，以舞降神者也。象人两褎（袖）舞形。与工同意。”张光直认为，“
”为两“工”相交，工为矩，是“古代科学、技术、思想上的一个很重要的工具。那么使用矩的专家也就是掌握天、地的专家。能够掌天握地的巫就是具备圣人、智者的起码资格。”因此，巫是具备神圣智巧、聪明通天的人。
汉画像石图中伏羲、女娲手持规矩（图2-1），即所谓“工”，是神圣大巫的鲜明写照，可见持“工”者非一般人。巫是当时最有智慧魄力、具有百科知识的大人物，古代的天文、历史、音乐、舞蹈、医学等知识最初都掌握在巫的手里。巫称为“巫师”及少数民族称“师公”，皆为尊称。
图2-1 汉画像石伏羲、女娲
巫还是最有献身精神的人，弗雷泽称早期的巫“在某种程度上成了一个公务人员”，如我国古代的大禹治水、神农尝百草。商朝曾经历七年大旱，商汤以自己作人牲，进行祈雨祭祀活动。这是一次国王参与的重大祭祀活动，商汤即国王，他在这里是一个巫者，同时也是献祭者。
2.巫的分化及巫医 巫也有一个分化分工的过程，或称巫统。在原始社会万物有灵的神鬼思想笼罩下，祭祀活动非常普遍，“人人作享，家为巫史”（《国语·楚语》）。但随着等级观念的出现，出现了巫术垄断及专职巫师。马伯英将巫统分为“帝巫—大巫—巫—小巫”。《周礼》时代巫的分工愈来愈细，巫祝之官分为女祝、大祝、小祝、丧祝、甸祝等。
巫的分化包括以下三个方面：①史、卜、礼等官，最大的巫是王。“君及官吏皆出自巫”（李宗侗）。②道家、方士、下层位文化的巫。汉代以后，巫转为社会下层，成了以巫术行骗的巫。③巫医。最早的医当是巫医，以后发展为专职医生。
巫及巫术产生与存在的最根本原因是万物有灵论与鬼神观念，特别是与人的生死最相关的灵魂观念。另外，与早期的图腾崇拜、生殖崇拜、祖先崇拜有一定的关系。
1.图腾崇拜 图腾崇拜多出现在母系氏族社会时期，是世界上古史中普遍存在的文化现象。山东汉画像石扁鹊图，显示山东以鸟为图腾。仰韶文化彩陶盆上的人面鱼纹及蛙纹，代表早期的鱼图腾、蛙图腾，以及所象征的生殖崇拜含义。青龙、白虎、朱雀、玄武、勾陈、腾蛇六个神兽，分别代表了四象及天上的星宿，是古老的图腾崇拜与天象星宿相结合的产物。《伤寒论》中大小青龙汤、白虎汤、玄武汤等方名都有早期图腾崇拜的影子。
2.自然崇拜 自然界的风雨雷电、地震洪涝等灾害时常危害人类，人们感到无能为力，意识到可能有一种强大的神秘力量存在，本能地产生了敬畏恐怖的心理，认为“万物有灵”，逐渐形成了对日月山川的自然崇拜，并进行各种祭祀活动。“万物有灵论”又称“泛灵论”，是神话传说的思想基础。弗洛伊德将“泛灵论”归结为一种思想体系，是人类最早的宇宙观。
3.祖先崇拜 祖先崇拜主要出现在父系氏族时期，由于生产方式由原始的采集、渔猎进化为农业、畜牧业，男性在社会生产经济中逐渐占主导地位。随着部落及部落联盟的扩大，男性的领导地位及重要性开始凸显，作为创世英雄的男性逐渐被推崇为人类祖先。“国之大事，在祀与戎”，商周时期祭祖成为国家大事。甲骨文中有很多卜辞，占问疾病是否有祖先作祟。周武王病重，周公旦曾“植璧秉珪”以祭祖灵，乞将病魔移于己身，否则“屏璧与珪”（《尚书·金滕篇》）。
巫术包含巫术心理、思维及巫法巫技。巫术对人类的影响，不单是操作层面的祝禁术、祈禳术，而是精神层面的观念意识、思维方式的渗透。
交感是巫术最主要的体现形式。两种事物之间通过模仿或接触达到相互感应，认为“物体通过某种神秘的交感可以远距离地相互作用”（《金枝》）。其分为两种（图2-2）：一是顺势巫术，通过模仿以实现任何他想做的事。如“类同相召，气同相合，声比相应”（《吕氏春秋》）、“水流湿，火就燥，云从龙，风从虎”（《周易》）、“人副天数”（《春秋繁露》）等。中医学“同气相求”病因说，就是基于此。二是接触巫术，基于“接触律”的思维，即“物体一经互相接触，在中断实体接触后还会继续远距离的互相作用”。诸如因为火是红的，所以脸上长红疙瘩就是上火。又因为火是热的，所以越是吃热性的药，越上火。国外雅库特人用碰触一下啄木鸟的嘴来治疗牙痛，这与模拟鸟嘴的砭针治病有同样的巫术内涵。
图2-2 交感巫术
巫术有消极、积极之分，禁忌（趋吉避凶）、崇拜、祭祀属于被动的消极巫术，占卜、梦占、星占属于较积极的预测巫术，而解除、巫祝、禳除等属于主动的禳除行为。巫术从善恶的角度讲，有致人以祸的，如厌胜、巫蛊、诅咒，国外称为黑巫术（凶巫术）；有避邪趋吉的，即白巫术（吉巫术），如禁忌。人类对出血的恐惧，是由于最初看到出血与死亡的联系，故对见血产生了一种禁忌心理。
古代驱傩逐疫的仪式是禳除巫术。古人常在疫病易发季节举行逐疫祛疾之傩。《礼记·月令》记载，周人于季春、仲秋、季冬疫病易发季节分别举行“国傩”“天子傩”及“大傩”，“命方相氏帅百隶索室殴疫以逐之”（郑玄注），目的是祛除疫邪。汉代朝廷“大傩”的傩祭傩舞场面空前浩大，汉代画像石中有多幅表现驱疫杀鬼的傩舞傩祭图。祓除熏浴是通过洗浴洁身以避疫除病的巫术，周代已有岁时用香薰草药洗浴祓除制度，由女巫专职此事（《周礼·春官·宗伯》）。
巫及巫术思维对中医理论，如病因说、阴阳五行与气的理论等，产生了较为深远的影响。
1.病因说 古代病因说中受巫文化影响最深的是神鬼致病说。古人认为，疫病由瘟疫邪鬼作祟所致。“辟毒疫温鬼”“辟鬼气不祥”等，反映了邪鬼致病的思想。《释名·释天》曰：“疫，役也，言有鬼行役也。”。
风邪致病说与巫术神仰中的风神作祟有一定的关系。在殷人眼里，自然现象的风是天帝有意识的操控，甲骨文中有“帝其令风”及“不其令风”，还有杀风、以狗祭风的卜辞。《黄帝内经》中涉及风论的诸多篇章及六气致病理论中的“风为百病之长”，不但是因为风善行数变，而且是基于较深的巫术文化内涵。
2.阴阳与《易》
《周易》“中孚”九二爻辞“鸣鹤在阴，其子和之”涉及“阴”字。《周易》中的阴爻
、阳爻），先后天八卦及推演的六十四卦，无不言阴阳的消息变化。《周
易·说卦》曰：“立天之道，曰阴与阳。”《易经》阴阳是与卜筮结合在一起的，卦爻辞中休咎吉凶等预测，带有明显的巫术痕迹。秦始皇焚书，《诗》《书》皆毁，“所不去者，医药、卜筮、种树之书”，《易经》作为阴阳卜筮之书保存下来。
3.五行与五脏的关联 《礼记·月令》《吕氏春秋·十二纪》叙述四季祭祀时所用动物脏器，将五行、五季、五脏、五味等建立了联系。春对应东方木，其味酸，其祀户，祭先脾；夏对应南方火，其味苦，其祀社，祭先肺；季夏末，其味甘，中央土，其祀中溜，祭先心；秋对应西方金，其味辛，其祀门，祭先肝；冬对应北方水，其味咸，其祀行，祭先肾。这里五脏五行的对应关系与中医不完全相同，但医学五行五脏的由来与其有一定的渊源关系。
4.气理论的形成 作为中医理论的重要组成部分，气反映了世界的物质性与本体性。气理论的形成与呼吸之气、风气、云气、蒸煮食物时冒出的食气等相关，同时亦与祭祀时取动物脏器时的血气、燎祭时的烟气、导引时以意调息的内身体验有关，后者则有较深的巫术内涵。
5.取象比类思维 在研究万事万物的相互联系时，从研究对象的一组事物中取出自身状态、运动变化的性质之“象”，然后“比类”归属到原来取出的性质所在项目，来研究它们的相互作用。这种思维在中医药学理论的形成方面尤其突出，“天有五行御五位，以生寒暑燥湿风；人有五脏化五气，以生喜怒思忧恐”（《素问·天元纪大论》）。空青法木，色青而主肝；丹砂法火，色赤而主心；云母法金，色白而主肺；雌黄法土，色黄而主脾；磁石法水，色黑而主肾。毛羽之类，皆生于阳而属于阴；鳞介之类，皆生于阴而属于阳。麻黄发表出汗，“其形中空”，“轻清成象”（李杲）。“药类法象”理论法象自然界风、热、湿、燥、寒，将药分为五大类——风升生、热浮长、湿化成、燥降收、寒沉藏，更将“取象比类”思维发挥到极致。
巫医是医的前身，从巫分化而来，“毉”的字形说明医与巫的重要关系。甲骨文中有“小疒臣”的记载，说明商代已有专职巫医。早期文献记载的巫医中巫咸最有名，为诸巫之首。巫咸曾为黄帝卜筮，又以鸿术为帝尧时医。
《山海经·海内西经》记载开明东有巫彭、巫抵、巫阳、巫履、巫凡、巫相等皆操不死之药，此六巫亦为巫医。汉画像石中扁鹊鸟身的形象，是东夷鸟图腾文化背景下善针砭之鸟医的重要代表。《列子·汤问》中扁鹊为鲁公扈、赵齐婴二人行施的换心术，近于巫术行为。由于地理、气候因素的差异性，致使南北之巫不同。南方特殊的湿热气候，瘟疫瘴气甚于北方，故南方巫术巫医现象更为严重，“巫医势力的消长，和当时地理上是有关系的。我国巫医势力自昔盛于长江流域……加上疫病横行，当时又无必效之药，故巫医盛行，其名最著”（范行准《中国医学史》）。
综上所述，巫医是最早的医生，但以后巫与医逐渐分化。《周礼》中有明确的医学分工，将“巫祝”列入“春官宗伯”，医列入“天官冢宰”，且有“医师”之设，医师下分为食医、疾医、疡医、兽医。从此，医、巫职业各自分途。
许多医技与巫技有着密不可分的渊源关系，如针砭之术、艾灸、斋戒与心斋、气功、诊法中的望诊、占梦等。
1.巫医与针砭术的发源 将石器打磨尖利，用于砭割放脓及针刺治疗。由于砭石尖利的形状类似鸟嘴，模仿尖利鸟嘴啄食树上虫子的样子，获得了鸟嘴一样的功能。善于针刺的扁鹊就是鸟医的形象。《说文·石部》曰：“砭，以石刺病也。”《广雅·释器》曰：“石针谓之㭰。”王念孙云：“㭰者，锐末之名。鸟喙谓之觜，义相近也。”东夷地区考古发现龟甲卜骨与针锥同葬，证实巫医与针刺的密切关系。
2.医的字形与针砭之术
医的初文“殷”“尹”“伊”等皆与针砭之术有关。“殷”的甲骨文作
、
，于省吾先生谓其义是指人内腑有疾，用按摩器治之，可见“殷”最初与医关系密切，特别是
形如人手持尖利之器施行针刺之术。康殷通过对金文中“殷”及其异形字的考证，说明医的初文当是“殷”，代表早期的针刺之术。金文中“殷”字的字形有
、
、
、
，其中
由
变化而来，而
是尖利的针刺工具，故其义即指针刺人体之状，“这种针刺人形即像用针刺以治疗病患者之形也，也即医疗之意。由此形、声方面推测，殷即古医字。”康殷并指出，伊、尹为“殷”的变文，即
（伊）为
省文，“变针刺人腹为针刺人背之状”，
（尹）为
省文。《针灸甲乙经序》：“伊尹以亚圣之才，撰用《神农本草》，以为《汤液》。”伊尹撰《汤液经法》，作为早期医学的发源人物之一，“伊尹”文字字形与医学最初的治疗手段即针刺有关。
3.祝法与祝由 祝禁即巫者以言祝祷或乞求鬼神驱祸或降灾。传说巫咸祝树树枯，祝鸟鸟坠（《世本》）。“巫咸能以祝延人之疾。”（《论衡·言毒》）苗父以祝法治病，“以菅为席，以刍为狗，北面而祝，发十言”（《说苑》），应该是一种移咎转病之法。长沙马王堆出土的西汉帛书《五十二病方》有祝、唾之法，特别是许多外科病用祝祷转灾。《素问·移精变气论》曰：“余闻古之治病，唯其移精变气，可祝由而已。”抛开鬼神色彩，祝说病由是从心理精神因素说解病由。
4.禹步 “禹于是疏河决江，十年不窥其家，生偏枯之病，步不相过，人曰禹步。”《尸子》）大禹治水十年，生偏枯之病，行步不便，巫模仿其行步之状行巫术，称禹步。《五十二病方》载用“禹步”治疣、肠颓、鬾等。
5.相法与四诊 古代有相人、相马、相牛等相法，而中医四诊中的望诊也应该有早期相术的影子。扁鹊隔垣视物，透视人的内脏，不是普通的诊法，是带有巫术性质的相术。《黄帝内经》“阴阳二十五人”阐述不同体质人的外表形态与性格特点、健康状态、季节病的易感性等相关性，其实也是相术应用于中医望诊的一种突出表现。
6.梦占 鬼魂观念的产生与梦有密切关系，同时，梦的发生确实与人的身体状况甚或疾病有一定关系。缘于鬼神观念与原始的因果律，人们常将梦见的鬼魂当作病因，预测梦兆的梦占术由是产生。甲骨文中有占梦的卜辞，《周礼·春官》记载周代设占梦官以占梦。《黄帝内经》有数篇言及梦与疾病的关系，去除巫术成分，更趋于对体内阴阳脏腑气血盛衰的解释。如《灵枢·淫邪发梦》《素问·脉要精微论》论及阴阳盛虚与梦象，《素问·方盛衰论》论五脏气虚所见梦状。
在原始的采集、渔猎时代，人们寻找食物的同时获得了许多药物学知识，但在巫术神鬼思想背景下，早期的药物不可避免地带上神秘的巫药色彩。《山海经》中记载巫咸等灵巫持药或操不死之药，并记载许多可治病的植物药、动物药、矿物药，如九尾狐“食者不蛊”，絜钩鸟、跂踵鸟“见则其国多疫”，青耕鸟“可以御疫”。《逸周书·大聚》曰：“乡立巫医，具百药以备疾灾。”《楚辞》中提到许多具有迷幻作用的香草，既用于请神悦神，又有避秽解毒的作用。长沙马王堆出土的西汉帛书《五十二病方》中，收载治蛊的药有动物类药如蝙蝠、乌雄鸡、蛇，有植物类药如东向桃枝、桃符等。《神农本草经》载“杀蛊毒”“鬼疰”“杀精魅邪恶鬼”“辟毒疫温鬼”“辟不祥”“不梦寤魇寐”等功效的药物，达60余种。
酒有一定的兴奋、麻醉作用，巫师做法时借酒力达到一定的迷幻“通神”状态，故酒在某种程度上也属于巫药。酒通行血脉，为百药之长，促进了汤液的出现，医的繁体字“醫”说明了酒与医药的密切关系。艾用于温灸及古代作为阳燧取火的燃料、祭祀时香料、灼龟占卜的燃料，以及端午采艾悬艾燃艾的风俗，无不渲染着艾的巫药色彩。
随着人类理性意识的觉醒，巫文化逐渐衰落，但是并没有消失，在相当长的历史时期内一直留存在中国传统文化中。春秋战国时期《老子》提出“抟气致柔，能婴儿乎”（第十章）、“长生久视”（第五十九章），《庄子》提出“真人”“至人”“神人”等养生方法，战国中后期兴起的科学与巫术混杂的方术文化，就是巫文化的一种变体和延续。秦汉时期，秦始皇、汉武帝等对于方术及从事方术的方士，先是痴迷崇信，继则严厉打击，方士因此转入地下活动，其所崇信的方术多为东汉末年兴起的道教组织所接受，继续对中医文化产生影响。