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临床使用中药时，为了确保临床疗效、安全用药，避免毒副作用的发生，必须注意中药的用药禁忌。中药的用药禁忌主要包括配伍禁忌、证候用药禁忌、妊娠禁忌和服药饮食禁忌四个方面。
所谓配伍禁忌，就是指某些中药合用会产生或增强剧烈的毒副作用，或降低、破坏药效，因而应该避免配合应用，即《神农本草经》所谓“勿用相恶、相反者”。
目前医药界共同认可的中药配伍禁忌有“十八反”和“十九畏”。五代后蜀韩保昇修订《蜀本草》时，首先统计药物七情数目，提到“相恶者六十种，相反者十八种”。今人所谓“十八反”之名，盖源于此。至《证类本草》载反药24种，《本草纲目》载相反药物36种，但无论古代医籍所列举的相反药物如何增减，仍然沿用“十八反”的名称，可见“十八反”已经失去固定数量的含义。相畏为中药七情之一，内容已如前述。但从宋代开始，一些医药著作中，出现畏、恶、反名称使用混乱的状况，与《神农本草经》“相畏”的原义相悖。作为中药配伍禁忌的“十九畏”就是在这种情况下提出的。
“十八反”歌诀最早见于金·张子和《儒门事亲》：“本草明言十八反，半蒌贝蔹及攻乌，藻戟遂芫俱战草，诸参辛芍叛藜芦。”十八反是指乌头（包括川乌、草乌、附子）反浙贝母、川贝母、平贝母、伊贝母、湖北贝母、瓜蒌、瓜蒌皮、瓜蒌子、天花粉、半夏、白及、白蔹，甘草反甘遂、京大戟、红大戟、海藻、芫花，藜芦反人参、西洋参、党参、丹参、玄参、南沙参、北沙参、苦参、细辛、白芍、赤芍。
“十九畏”歌诀首见于明·刘纯《医经小学》：“硫黄原是火中精，朴硝一见便相争，水银莫与砒霜见，狼毒最怕密陀僧，巴豆性烈最为上，偏与牵牛不顺情，丁香莫与郁金见，牙硝难合京三棱，川乌、草乌不顺犀，人参最怕五灵脂，官桂善能调冷气，若逢石脂便相欺，大凡修合看顺逆，炮爁炙煿莫相依。”十九畏是指硫黄畏朴硝（芒硝），水银畏砒霜，狼毒畏密陀僧，巴豆畏牵牛，丁香畏郁金，川乌、草乌畏犀角，牙硝（芒硝）畏三棱，官桂（肉桂）畏赤石脂，人参畏五灵脂。
此后，虽然《本草纲目》《药鉴》《炮炙大法》等书所记略有出入，但不如上述十八反、十九畏歌诀那样广为传诵。
反药能否同用，历代医家众说纷纭。一些医家认为反药同用会增强毒性、损害机体，因而强调反药不可同用。除《神农本草经》提出“勿用相恶、相反者”外，《本草经集注》也谓：“相反则彼我交仇，必不宜合。”孙思邈则谓：“草石相反，使人迷乱，力甚刀剑。”这些医家均强调了反药不可同用，有的医家如《医说》甚则描述了相反药同用而致的中毒症状及解救方法。现代临床、实验研究也有不少文献报道反药同用（如贝母与乌头同用、巴豆与牵牛同用）引起中毒的例证。因此，《中国药典》1963年版“凡例”中即明确规定：“注明畏、恶、反，系指一般情况下不宜同用。”
此外，古代也有不少反药同用的文献记载，认为反药同用可起到相反相成、反抗夺积的效能。如《医学正传》谓：“外有大毒之疾，必有大毒之药以攻之，又不可以常理论也。如古方感应丸，用巴豆、牵牛同剂，以为攻坚积药；四物汤加人参、五灵脂辈，以治血块；丹溪治尸瘵二十四味莲心散，以甘草、芫花同剂，而妙处在此，是盖贤者真知灼见，方可用之，昧者不可妄试以杀人也。”《本草纲目》也说：“相恶、相反同用者，霸道也，有经有权，在用者识悟尔。”这些医家则强调了反药可以同用。正如上述，古今反药同用的方剂也是屡见不鲜的。如《金匮要略》甘遂半夏汤中甘遂、甘草同用治留饮，赤丸以乌头、半夏合用治寒气厥逆；《千金翼方》中大排风散、大宽香丸都用乌头配半夏、瓜蒌、贝母、白及、白蔹；《儒门事亲》通气丸中海藻、甘草同用；《外科正宗》海藻玉壶汤中海藻、甘草同用；《景岳全书》的通气散则以藜芦配玄参治时毒肿盛、咽喉不利。现代也有文献报道用甘遂、甘草配伍治肝硬化及肾炎水肿，人参、五灵脂同用治冠心病，芫花、大戟、甘遂与甘草合用治结核性胸膜炎，取得了较好的效果，从而肯定了反药可以同用的观点。
由此可见，无论文献资料、临床观察或实验研究目前均无统一的结论，说明对十八反、十九畏的科学研究还要做长期艰苦、深入、细致的工作，去伪存真，才能得出准确的结论。国家科技部将十八反配伍禁忌本质的研究列入了2011年度国家重点基础研究发展计划（973计划），从文献、实验及临床等方面对十八反的内容展开了深入细致的研究工作。但目前在尚未搞清反药是否能同用的情况下，临床用药应采取慎重从事的态度，对于其中一些反药若无充分把握，最好不宜配伍使用，以免发生意外。
由于药物的药性不同，其作用各有专长和一定的适应范围，因此对于某类或某种病证，应当避免使用某类或某种药物，称证候用药禁忌，也称为病证用药禁忌。
由于药物皆有偏性，或寒或热，或补或泻，或升或降，或润或燥等，因此任何一种中药，对于特定的证候，都有宜也有忌。临床用之得当，可以其偏性纠正疾病所表现出来的病理偏向；若使用不当，则其偏性可能会反助病势，加重病情或导致新的病理偏向。因此，凡药不对证，药物功效不为病情所需，而有可能导致病情加重、恶化或产生新的疾病，原则上都属于临床用药禁忌的范围。
如麻黄辛温，功能发汗解表、散风寒，又能宣肺平喘、利尿，故只适宜于外感风寒表实无汗和肺气不宣的喘咳，而对表虚自汗及阴虚盗汗、肺肾虚喘者则应禁止使用。又如黄精甘平，功能滋阴补肺、补脾益气，主要用于肺虚燥咳、脾胃虚弱及肾虚精亏的病证，但因其性质滋腻，易助湿邪，因此，凡脾虚湿阻，痰湿壅滞，气滞腹满者则不宜服用黄精。一般而言，除了药性极为平和者无须禁忌外，中药大多有证候用药禁忌，其内容参见各论中每味中药的“使用注意”部分。
妊娠用药禁忌是指妇女妊娠期间治疗用药的禁忌。妊娠禁忌药专指妇女妊娠期除中断妊娠、引产外，不能使用的药物。
在传统的妊娠用药禁忌理由中，能损害胎元、引起堕胎是早期妊娠用药禁忌的主要理由。随着人们对妊娠禁忌药的认识逐渐深入，对妊娠用药禁忌理由的认识也逐步加深，归纳起来，主要包括：①对母体不利；②对胎儿不利；③对产程不利；④对小儿不利。今天，无论是从用药安全的角度，还是从优生优育的角度来认识这几点，都是应当给予高度重视的。总之，凡对妊娠期的孕妇和胎儿不安全及不利于优生优育的药物均属妊娠禁忌药。
在为数众多的妊娠禁忌药中，不同的药物对妊娠的危害程度有所不同，因而在临床上也应区别对待。古代对妊娠禁忌药主要提禁用与忌用，较少提慎用。近代则多根据临床实际和药物对于胎元损害程度的不同，一般可分为禁用与慎用两大类：妊娠禁用药是指毒性强的药、攻邪作用峻猛的药以及堕胎作用较强的药，如巴豆、牵牛子、大戟、商陆、麝香、三棱、莪术、水蛭、斑蝥、马钱子、川乌、雄黄、砒石等；妊娠慎用药主要包括活血化瘀药、行气药、攻下导滞药、药性辛热的温里药以及性质滑利之品，如桃仁、红花、牛膝、枳实、大黄、附子、肉桂、干姜、木通、冬葵子、瞿麦等。
对于妊娠妇女，凡属于禁用的药物是绝对不能使用的；而慎用的药物，可根据病情的需要斟酌使用，但要注意辨证准确，掌握好剂量与疗程，并通过恰当的炮制和配伍，尽量减轻药物对妊娠的危害，做到用药有效而安全。如《金匮要略》以桂枝茯苓丸治妊娠瘀病、吴又可用承气汤治孕妇时疫见阳明腑实证，此即《内经》所谓“有故无殒，亦无殒也”的道理。必须强调的是，除非是临床必用，一般应尽量避免使用此类药物，以防发生事故。
服药时的饮食禁忌是指服药期间对某些食物的禁忌，简称食忌，也就是通常所说的忌口。中医历来重视服药饮食禁忌，它对于确保临床用药安全而有效有重要的意义。
服药时饮食禁忌的理由，前人也有不少论述，归纳起来包括避免影响疗效、诱发原有病证或导致新病、产生不良反应。
《本草经集注》说：“服药，不可多食生胡荽及蒜、生菜。服药，不可多食诸滑物果实。服药，不可多食肥猪、犬肉、肥羹及鱼臊脍。”其指出在服药期间，一般应忌食生冷、油腻、腥膻、有刺激性的食物。又根据病情的不同，饮食禁忌也有区别。如热性病应忌食辛辣、油腻、煎炸性食物；寒性病应忌食生冷食物、清凉饮料等；胸痹患者应忌食肥肉、脂肪、动物内脏，忌烟、酒等；肝阳上亢头晕目眩、烦躁易怒者应忌食胡椒、辣椒、大蒜、白酒等辛热助阳之品；黄疸胁痛应忌食动物脂肪及辛辣刺激之品；脾胃虚弱者应忌食油炸黏腻、寒冷固硬、不易消化的食物；肾病水肿者应忌食盐、碱过多和酸辣太过的刺激性食品；疮疡、皮肤病患者应忌食鱼、虾、蟹等腥膻发物及辛辣刺激性食品。
此外，古代文献记载：甘草、黄连、桔梗忌猪肉；鳖甲忌苋菜；常山忌葱；地黄、何首乌忌葱、蒜、萝卜；丹参、茯苓、茯神忌醋；土茯苓、使君子忌茶；薄荷忌蟹肉及蜜反生葱、柿反蟹等。以上这些也应作为服药饮食禁忌的参考。