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鸦片战争后至新中国成立前（1840—1949年），中国逐渐被沦为半封建半殖民地国家，随着西方文化的侵入，中医受到歧视，骨伤科面临危机。人们常将骨伤科医生视为“走江湖、卖膏药之下九流”，中医骨伤科处于花叶凋零、自生自灭的境地。在此期间，骨伤科著作甚少，较有代表性的是1852年赵廷海所著的《救伤秘旨》。书中收集了少林学派的治伤经验，记载了人体36个致命大穴，介绍了损伤各种轻重症的治疗方法，收载“少林寺秘传内外损伤主方”，并增加了“按证加减法”。之前处于萌芽状态的骨折切开复位、内固定等技术不仅没有发展，而且基本处于失传状态。
新中国成立前，中医骨伤科的延续以祖传或师承为主，医疗活动只能以规模极其有限的私人诊所形式开展。这种私人诊所在当时不仅是医疗单位，而且也是教徒授业的教学单位。借此，中医许多宝贵的学术思想与医疗经验才得以流传下来。全国各地骨伤科诊所，因其学术渊源的差别，出现了不少流派，较著名的诸如河南省平乐镇郭氏正骨世家，天津苏氏正骨世家，上海石筱山、魏指薪、王子平等骨伤科八大家，广东蔡荣、何竹林等五大骨伤科名家，湖北武当派李氏正骨，福建少林派林如高，四川杜自明、郑怀贤，江苏葛云彬，北京刘寿山，山东梁铁民及辽宁孙华山等，其各具特色，在当地影响甚隆。