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从明初到清末，时间上的跨度将近六百年，也是直接孕育现代社会和现代学术思想的六百年。在这六百年中，作为社会的重大变化就是从明王朝到清王朝，再由清王朝到在西方文化冲击下的中国近现代社会。从哲学史的角度看，则主要是在作为两宋理学集大成之朱子学的背景下，通过“此亦一述朱，彼亦一述朱”的学术氛围，又经过学术思潮与政治体制的碰撞与磨合，从而由对朱子学之不同继承侧重而裂变为心学与气学，由于心学已经承担了明亡的罪责，气学也就担当起了从明到清之学术演变的责任。在这一过程中，气学由“深有悟于造化之理”的宇宙生化之学也一变而为要求经邦济世的“实学”（此主要针对并且也是为了救治心学的空谈心性之病），又由“实学”之一反空疏无用的宋学而复归于汉学，待到乾嘉汉学形成时，虽然当时的汉学已经处处都从文字考据与经典训诂之实出发了，却仍然缺乏经邦济世之实效（此既有清廷文字狱打击的因素，同时也存在着学人自觉选择以逃避文字狱打击的因素）。所以，即使乾嘉后学惟实是求，并由“辨章学术，考镜源流”的汉学一转手而成为经学，仍然无法抵御西方坚船利炮的打击。待到经学从长于文物训诂的古文经学演变为注重微言大义之今文经学时，一方面，中国已经面临“三千年未有之大变局”（李鸿章语），同时，从经学之“通经致用”传统转出的今文经学，又承当起了为中国探索现代化道路的希望。这就是戊戌变法，这也说明，清王朝已经走向穷途末路了。
在这一过程中，由对朱子学的全面继承以及对一元论、内在化的探讨可以说就是明代理学所共同认可的基本出发点，但究竟是集中于理气论、陶醉于“造化之理”的演绎还是集中于格物致知说、聚焦于主体心性与天理之“凑泊吻合处”的探讨，正是明儒开始分化的表现。待到罗钦顺与王阳明因为“朱子晚年定论”与“大学古本之复”而展开激辩时，明代理学两种不同的为学进路已经基本形成，而心学与气学也获得了其各自不同的存在基础与发展的不同方向。所以说，从明初到明中叶，就是明代理学从其共同起点出发之一个逐步分化的过程，也是明清哲学的第一阶段。
从明中叶到晚明则构成了明清哲学的第二阶段。这一阶段主要是心学与气学沿着各自不同的轨道继续发展的阶段。对心学而言，由于其主体性的方向与实践追求的特色，其主要任务也就在于如何将天理贯注于主体的视听言动之间，并落实为“随时知是知非”的道德良知。但良知对人的遍在性拓展与明觉化落实，又使良知之学出现了玄虚化、思辨化乃至于自然明觉化的趋势，这就等于将道德良知混同于自然明觉了。在这一基础上，既有玩弄灵明心性的思辨领悟之学，又有以感应明觉冒充道德良知的自然人性论；而原本以主体性见长的道德心性之学最后也就因为其对良知之遍在性拓展与明觉化落实，从而也就彻底扬弃了自身存在的根底。气学则沿着所谓“造化之理”的方向，先将天理全面地落实于生化之气，既而又专门从气之屈伸、往来、转折的过程中认知天理，从而又使原本以超越性著称的天理一步步演变为气化生生过程中的“气之条理”。与此同时，由于罗钦顺已经不满于朱子理气关系之“未能定于一”以及其“气强理弱”
的指向和趋势，所以他试图将人的道德义理之性完全落实于气的自然生化的过程中加以说明，这就在一定程度上扬弃了义理之性的超越性，甚至也在一定程度上否定了义理之性的真实存在，从而彻底将其归结为“气之屈伸往来之理”了。所以到了王廷相，元气论就正式登台了。王廷相一方面坚持用元气来说明天地万物的生成，认为“天地之先，元气而已矣。元气之上无物，故元气为道之本。”
同时又明确认为：“人有生，斯有性可言；无生则性灭矣，恶可取而言之？故离气言性，则性无处所，与虚同归；离性论气，则气非生动，与死同途。是性之与气，可以相有，而不可相离之道也。……所谓超然形气之外，复有所谓本然之性者，支离虚无之见与佛氏均也，可乎哉？”
这样一来，原本作为理学崛起标志的道德义理之性，也就被王廷相彻底驱赶到佛氏一边去了。在王廷相看来，所谓人性，说到底也就是人生而具有的气质之性，这就完全回归到告子的“生之谓性”传统了。
待到明亡，由于明清巨变的影响，明清之际的思想家展开了一场深入持久的反思思潮。这一反思首先是以黄宗羲的《明夷待访录》为发端，从对明亡教训的总结中形成对皇权与国家、民族命运以及政治与学术关系的思考，当然也可以说是由对明代集权专制的反思进而对政治与国计民生关系的系统思考。顾炎武则从对理学与经学关系的比较出发，明确提出了“六经皆史”的主张，从而成为清代考据学之开山。王夫之则从对陆王心学的批判出发进一步批评程朱理学，最后则通过阐发“张横渠之正学”的气学立场，形成了对理气、道器、性才、能所关系的系统澄清，从而形成了一种较为彻底的“理势合一”“即民见天”的进化论哲学。到了李二曲，又通过融会程朱陆王的方式阐发其面向新时代的“明体适用”与“体用全学”，而所谓《泰西水法》《农政全书》《地理险要》以及“屯田、水利、盐政”等有关国计民生的学说也都被其纳入到儒家的“体用全学”之中了。显然，这不仅是对明亡教训的反思，也是对“重建人间秩序”的系统思考。至于所谓“内圣外王之道”，从庄子对“古人之全”的形容与概括一跃而成为儒家的经典话语与传统精神，也就是在这一背景下成为现实的。
从这一格局来看，明清之际顾、黄、王、李诸大家对于宋明理学的反思虽然是由明清易鼎所引发的，但其反思、批判的意义却远远超出了明清巨变本身，从而真正具有“重建人间秩序”的意义。所以说，明清之际的反思思潮，无论其最后走向如何，其反思与批判都远远地超越了明清易鼎本身，因而也就构成了明清哲学的第三阶段。
从颜李学派开始，由于其更激烈地反程朱、反理学，认为“必破一分程、朱，始入一分孔、孟”
，并进一步反思说：“千余年来率天下入故纸堆中，耗尽身心气力，作弱人、病人、无用人者，皆晦庵为之。”
因而也就专门以“实学”为倡。但颜元所提倡的周孔实学，实际上主要以古礼为重心。而“推本古礼，又谓礼乐所以存心尽性，而于心性一边实少阐发。苟不能推明我之心性以兴礼乐，则不能不讲求古人之礼乐以范我之心性，而年远代湮，所以讲求古之礼乐者，又不得不借途于考据。”
这样一来，激烈的反理学思潮最后就不得不走向考据学了。在此前后，从顾炎武的“六经皆史”到浙东学派的“论性命者必究心于史”，也都一并进入了考据学。待到乾嘉时代，终于出现了以考据训诂名家的乾嘉大师戴震，无论是其道论思想还是其语言哲学，其实也都建立在“由字以通其词，由词以通其道”
之严格的历史与文献知识的基础上；至于其所谓“理也者，情之不爽失也”
的规定以及其“以理杀人”之批判指向，则又明确地表达了一种遂欲达情的人性关怀。这就代表着清代哲学的高峰，也是明清哲学的第四阶段。
乾嘉之后，焦循、阮元继续运用戴震的考据训诂方法，对于古代的文献以及其概念、命题等等，也都作出了发前人之所未发的探索。直到鸦片战争，面对西方列强的坚船利炮，龚自珍、魏源则从乾嘉以来的古文经学传统一变而为今文经学，从而试图对时代难题做出适当的反应，并以其今文经学的“心力”与精神，开启适应时代的变法思想。待到康（有为）梁（启超）崛起，就不得不以对传统之“改制”与“变法”来适应时代了，这就开启了近现代的大门，同时也就构成了明清哲学的最后一个阶段。