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虽然对一元论、内在性的追求是明代理学所以形成的思潮母体，但这一思潮并不表现为单一的走向，而是由不同理学家对朱子学之不同的继承侧重从而也就表现为不同的研究走向加以实现的。这种不同走向，又首先蕴涵在理学家对其学术传统之不同的继承侧重与不同的阐发方向中。
如前所述，明代理学首先是以对朱子学的全面继承作为起始的，就这一出发点而言，应当说明初的理学家都是朱子学之支流余裔，也都是在朱子为学进路的基础上探索圣贤之路的。从这一点来看，肩负明代理学“道统之传”的曹端最具有典型性。但曹端毕竟生活于明代，他不仅没有像朱子那样曾有一段刻苦钻研佛禅的思想经历，而且其一起始就从根本上厌弃佛禅之学；另一方面，曹端也根本不可能有朱子那样的机遇——朱子可以在封事中对皇帝（宋孝宗）极尽叮咛教告之能事，甚至也可以展开痛加指陈性的批评
，曹端却只能“从古册中翻出古人公案”，并且也只能将理学探讨引向“造化之理”的方向。之所以要引向“造化之理”，主要是因为明代的政治体制根本就没有为儒家士大夫提供批评朝政的权力；另一方面，在方孝孺被灭十族之后，明儒也从根本上缺乏批评朝政的胆略与热情——因为一句话说不好，就有“廷杖”“系狱”乃至“弃市”“灭族”的处置在等着他们。就这一点而言，也可以说明儒已经从根本上丧失了朱子那种强烈的政治批评精神，或者也可以说明儒已经不再负有批评朝政的权利和义务。朱子之所以高扬“存天理、灭人欲”之教，并为此还与陈亮展开了一场激烈的辩论，主要就是为了批评皇权与世俗官僚，也是为了使皇权及其政治举措能够服从于天理的落实及其需要，曹端的时代却根本就没有这种可能，皇权只是理学家所臣服与赞美的对象。所以说，曹端之所以要“从古册中翻出古人公案”，并将理学引向“造化之理”的方向，既是为了延续“道统之传”，同时也是在当时高压的政治生态下一种不得不如此的无奈选择。明代的皇权根本就不是可以批评的对象，而只能是臣服的对象，这样一来，其所继承的朱子学实际上也就有名无实了。
但曹端的这一选择却为明代理学开辟了一个新的方向，这就是“深有悟于造化之理”的方向，从而也就可以使理学演变为一种专门探索天地万物所以生化发展的学问。如果对应于朱子哲学，那么这正是其理气关系之所含，所以理气关系也就成为明初理学探索的重心。继承朱子的理气关系，并将其引向“造化之理”的方向，实际上也就从明代理学的发端上开始萌芽了。由此之后，经过薛瑄对朱子理气关系的正面探讨，又经过罗钦顺、王廷相等人的补充和修正，就使理学由对理气关系的探讨一步步走向气学，从而也就成为明代理学中的主流或主要探索方向了。
明儒对朱子学的继承与发展并不仅仅是这一个方向，朱子一生无所不究，其体系也无所不包，因而从主体性的角度对作为朱子道德修养论之基本入手的格物致知说的继承就构成了明代理学的另一种走向，这一走向又是以陈白沙为开端的。陈白沙起初致力于科举，希望能够通过科举出仕以大有为于朝廷政治，但接连几次科考失败使他对通过科举出仕彻底丧失了信心，于是转而从讲学方面努力。他的求学之路又受到当时大儒吴与弼的严厉批评，于是不得不转入一种独自摸索的静坐之路。在这一路径上，陈白沙也始终在探索“吾此心与此理”的“凑泊吻合处”
，即从人生主体的角度探索天理的彰显途径。从陈白沙的这一关怀来看，实际上也就是试图通过朱子格物穷理所追求的“众物之表里精粗无不到”，从而达到“吾心之全体大用无不明”
的目的，所以陈白沙的探讨等于是从格物致知的角度展开的，却明确地走向了一种主体落实与担当的方向。待到王阳明步入学界，就直接从朱子的格物致知说入手了，但无论是其早年的“格竹子”还是后来对朱子“读书之法”的实践，结果却无一例外地发现朱子哲学存在着“物理吾心终若判而为二”
的毛病。直到其为政遭陷，在经历了“廷杖”“系狱”与“远谪”的一系列打击之后，才终于在贵州龙场以勘破生死的方式“大悟格物致知之旨”，由此才以所谓“圣人之道，吾性自足，向之求理于事物者误也”
的“大悟”找到了一条新的为学方向。自然，这也就是其所谓的“决然以圣人为人人可到，便自有担当了”
。很明显，从陈白沙到王阳明，主要是从主体性的角度展开对朱子格物致知说的实践探索，又以对朱子学进行“革命”的方式开辟了主体心性之学的方向。
当明儒由对朱子理气关系的探讨从而将天理演变为“造化之理”乃至于“气之屈伸往来之理”，而心学又以“圣人之道，吾性自足”的方式开辟主体心性之学的方向时，明儒所继承的朱子学便已经形成两种截然不同的方向了；而且，其各自也都明确地包含着不同于朱子学的内容与成分。首先，从“造化之理”到“气之屈伸往来之理”明显地表现出一种客观的物理主义的走向（并不纯粹），从“圣人之道，吾性自足”出发，则是一种主体性的道德担当与道德实践的方向——这两系的不同追求与不同走向显然是不言而喻的。其次，从这两系与朱子学的关系来看，在朱子学中，无论是其理气论（主要表现为“理先气后”或“存天理灭人欲”之教）还是居敬涵养论（包括其格物致知之基本入手），无疑是首先指向皇权的，朱子在与陈亮之辩中也明确地批评汉高祖、唐太宗“无一念之不出于人欲”
尤其表现了这一点；但到了明代，则无论是肩负着“道统之传”的曹端之所谓“造化之理”的方向，还是王阳明所谓“决然以圣人为人人可到，便自有担当”之主体性的方向，也都明确地拉开了其与专制皇权及其政治体制的关系，而完全是以指向客观性的物理探讨与主体性的自我担当来作为对朱子学的落实与推进。在这一基础上，如果要说背离朱子学，那么这两系虽然具有完全不同的走向，但在背离朱子学这一点上又是完全一致。对这两系来说，他们对由自己所落实、推进的朱子学又是非常确信的，比如以“革命”姿态继承朱子学的王阳明就为自己辩解说：“某今日之论，虽或与朱子异，未必非其所喜也。”
在这一背景下，当“同朝为官”的罗钦顺与王阳明相遇时，一场激烈的争辩也就在所难免了。由于王阳明曾借“朱子晚年定论”来为自己主体性的心学开辟道路，因而激起了罗钦顺的激辩；王阳明在不得不承认自己“中间年岁早晚诚有所未考”
的情况下，同时也就不得不为自己主体性的心学寻找一种更为根本的依据，于是就有了如下一段辩白：
夫学贵得之心。求之于心而非也，虽其言之出于孔子，不敢以为是也，而况其未及孔子者乎！求之于心而是也，虽其言之出于庸常，不敢以为非也，而况其出于孔子者乎！
实际上，这就是不以孔子之是非为是非的精神！正是这一精神，将王阳明送到了良知学的大门口，由此之后，阳明也就形成了一种求真是真非的致良知精神。与此同时，罗钦顺也明确地将朱子“未有天地之先，毕竟也只是理”
的天理落实为从“气之屈伸往来”角度加以说明的天地万物所以存在发展的所以然之理，因而明确指出：“理只是气之理，当于气之转折处观之”
；朱子哲学中以超越性著称的天理，也就被罗钦顺完全演变并落实为“为四时之温凉寒暑，为万物之生长收藏，为斯民之日用彝伦，为人事之成败得失”
之类的律则之理了。这样一来，由对朱子学之不同继承侧重所形成的心学与气学，就成为一种相互差异、相互促进而又相互塑造的关系了。
待到晚明，由于以主体性著称的心学已经占据了当时社会思潮的主导地位，它也就必须对明王朝的灭亡承担责任，于是就有了顾炎武“亡国之首”的批评；而王学则由于其自身的演变，“猖狂者参之以情识，而一是皆良；超洁者荡之以玄虚，而夷良于贼”
，因而在明清易鼎的打击下，也就只能随着明王朝的灭亡而销声匿迹了。气学一系则由于其一起始就激烈地批判心学，因而也就以所谓“实学”“汉学”的方式，从而成为明清之际学术转换的桥梁。
这样一来，由对朱子学之不同继承侧重所形成的心学与气学，就随着明清政权的易手而再次发生转换，并成为清代学术的直接孕育者。