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如上所述，虽然“哲学”是一个舶来概念，但中国哲学或中国哲学史却一直是20世纪中国思想文化研究的一门显学。当然，即使如此，传统的“中国思想史”之类的称谓与说法也并没有退出历史舞台。比如人们不仅可以用先秦子学、两汉经学、魏晋玄学以及隋唐佛学、宋明理学、清代朴学来称谓中国的传统学术，而且“中国思想史”“学术史”之类的称谓也一直为人们所沿用，比如从梁启超的《中国近三百年学术史》（1924）到钱穆的同名专著（1937），实际上都是以“学术史”或“思想史”的名义来梳理中国近三百年之学术发展的。50年代以后，依然有侯外庐先生的多卷本《中国思想通史》的问世（1957），有徐复观先生的《中国思想史论集》（1959）、《中国人性论史》（1963）以及《两汉思想史》（1972）等著作；至于李泽厚先生系统梳理中国哲学史的几本著作，居然还都是以“思想史论”来命名的，比如《中国近代思想史论》（1979）、《中国古代思想史论》（1985）、《中国现代思想史论》（1987）。凡此都说明，虽然人们已经习惯于“就中国历史上各种学问中，将其可以西洋所谓哲学名之者，选出而叙述之”，并称之为“中国哲学史”，但“中国思想史”“中国学术史”之类的说法并没有退出历史舞台。这就涉及一个非常重要的问题，即思想史与哲学史的基本分界问题。
当人们用“思想史”来称谓中国的传统学术时，一方面固然表现了传统学术自身的某种持重，同时也表现着传统文化研究者对于新的研究范式与学科规范之一定程度的谨慎。因为哲学毕竟是一个舶来概念，而思想史虽然是由“思想”与“历史”两个概念的简括与连缀而成，但无论是“思想”还是“历史”，毕竟都是中国传统文化中原本所固有的学术，因而也可以说，“思想史”的称谓既有对传统学术的继承与坚持之意，同时也确实是沿着传统学术的进路与轨道继续前进的。从梁启超到钱穆，大体说来也都是在这一意义上运用思想史、学术史概念的。但是，当“胡适在傅斯年的影响下，决定不再用中国哲学史的名称，而改用中国思想史的名义”时，与其说他是对传统学术的某种确认或坚持，毋宁说主要是出于一种对西方哲学的谦退心态。至于侯外庐先生的《中国思想通史》，虽然也是以思想史命名，实际上是以哲学为核心的；之所以称为“思想通史”，不过表明其所分析、论证的范围稍稍超出哲学的论域和范围而已。正是在这一背景下，随着改革开放的深入与中西文化交流范围的不断拓展，中国是否有哲学以及“中国哲学的合法性”便成为一个很大的问题了；在这一讨论中，其中一个最大的分歧就在于哲学史与思想史的分界问题。如果说人们对于中国哲学包括哲学史还持有一定的谨慎、存疑的态度，那么对于中国思想史，无疑是一致肯定的。因为这几乎可以说是对中华民族及其文化与精神传统之一种底线性的肯定了。所以，在20世纪的中国学术界，上自胡适，下至一大批研究者甚至包括笔者本人，也都在一定程度上更愿意用研究中国思想史来为自己的工作进行定位。但当人们这样定位自己的研究时，也就必然包含着一种哲学史与思想史的关系问题。
一般说来，思想史的外延无疑要大于哲学史，凡是哲学史所无法涵括的内容，自然也都可以归并到思想史的范围。比如人们关于人生或人类社会某个方面的思想，诸如政治、经济、文学、艺术等等，似乎也都可以说是思想史的内容，虽然上述诸“史”实际上都已经取得了相对独立的地位，但仍然存在于思想史的涵括之列。总之，就其内涵而言，思想史实际上只有“思想”这一项限定，因而，只要是思想的历史，自然也都存在于思想史的涵括之列；从外延来看，历史上所有的思想，似乎也都可以归并到思想史的涵括之中。从这个意义上说，人们既可以用“思想史”来表示思想之历史或历史中之思想这一最大的含容量，当然同时也可以对舶来的“哲学史”表示某种谦让，意即其所研究的对象，虽然说不上是哲学，但仍然属于思想，是中国人思想的历史。
但如果从哲学的角度来分析二者的关系，那么除了“思想”这一基本的规定之外，哲学史显然要比思想史具有更多一层限定，即哲学史起码必须是“哲学”思想的历史。虽然哲学史本来就存在于思想史的涵括之列，但并不是说所有的“思想”都可以进入“哲学”的系列。这样一来，在思想史的系列中，哲学史就以其必须具有哲学的内涵并作为哲学思想之历史这样一种独特的规定。
不过，如果从这两种学科不同的内涵规定的角度看，哲学史之有别于思想史又不仅仅在于其涵括范围的大小，而主要在于其思考的内容、立场、价值指向以及思考视角上的区别。一般说来，思想史的视角是历史的，一种思想的产生往往是某位思想家对现实存在的一种直接反映——是思想家对于现实存在之直接性思考，因而其涵义一般不超出历史条件的限制，不超出历史条件所许可的范围。简而言之，作为学术的思想史往往就是对思想的一种历史性追溯与历时性的描述与分析，因而一定的社会历史条件往往也就成为思想史的一种特别限制，意即所有的思想都必然是在一定的社会历史条件下生成的，因而也就必须置于一定的社会历史条件下来进行分析、进行理解。哲学史则在一定程度上可以不受社会历史条件的限制。之所以如此，主要是因为哲学的视角本来就是超越的，尤其是超越于一定的社会历史条件之限制的，同一个思想事件，在思想史与哲学史的叙述中，其价值、意义往往是根本不同的。思想史的价值是历史的，而且也必须从历史的角度进行分析和评价；哲学史的分析与评价往往可以超越于特定的社会历史条件的限制——虽然其作为思想，无疑是在一定的社会历史条件下产生的，但其价值、意义并不以特定的社会历史条件为限，而是可以超越于特定的社会历史条件的限制。从一定意义上说，有没有超越性视角，能否对某种思想从超越的维度进行分析和评价，恰恰是哲学史有别于思想史的一个本质性特征。
之所以会形成如此差别，除了历史视角与哲学视角的区别之外，还有一个非常重要的因素，这就是哲学史视角之所以可以不受特定社会历史条件的限制，关键还在于哲学史一般都具有一定的形上本体预设以作为其基本的思考背景，思想史视域中的思想则不仅要在一定的社会历史条件下生成，而且也必须以一定的社会历史条件作为其思考的文化背景与具体内容。这样一来，思想史本质上只能从属于历史，并以历史真实为指向；而哲学史必须从属于哲学，并以超越的价值理想为其指向。
正因为二者之间存在着这一本质性的差别，当人们面对同一思想材料时，思想史与哲学史的研究方法就是根本不同的。思想史研究往往要依据一定的社会历史条件对思想进行符合历史实际的解释，这种解释又必须受一定的社会历史条件的制约——不可超出一定的社会历史条件的限制之外；哲学史研究则必须对思想材料进行价值与意义的透视和阐发，这种透视与阐发既有受制于特定社会历史条件的一面（就其作为思想之产生条件而言），又有不受特定社会历史条件限制的一面（就其所蕴涵的价值、意义与思想指向而言）。这样一来，正像思想史本质上只能从属于历史一样，哲学史则必须以一定的哲学观念与价值理想为指向。
在这一背景下，思想史必然要以历史为基础，以思想史中的真实为基本限制，其指向则始终是“过去”，其所显现的也应当是过去历史中曾经真实存在的思想；哲学史则必须以一定的哲学观念与形上预设作为思考背景，并以超越的解析以及价值和意义的透视与阐发作为主要方法，其所显现的既有历史上的哲学一个方面，同时也必须包含、显现此在主体的哲学解读与哲学诠释一个方面；至于其指向，则永远是未来，是代表着未来之可能性走向的一种价值理想。正是这一原因，思想史说到底只是对思想的历史性梳理与历史性“打包”，包括对一定的历史知识和历史经验的总结；哲学史虽然也必须包括历史中的哲学思想这一方面的知识性内容，但更多也更主要的往往是作为此在的现实主体对于历史中的哲学思想进行意义的诠释与价值的阐发。在这种状况下，虽然哲学史与思想史要面对同一对象、同一思想材料，也存在着论域的重合或交叠之处，但二者的出发点、学科性质以及其关怀指向又是根本不一样的。