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在薛瑄在北方开创河东学派的同时稍晚，吴与弼也在江西创立了崇仁学派。两位大师分别从南北两地招收弟子、传播理学。受不同地域、不同学风的影响，薛瑄可以说主要是在为政的间隙讲学；吴与弼则由于其特殊的机缘，从而走出了一条个体的清修授徒之路。当然，在广招弟子、传播理学这一点上两位大师又是完全一致的。所不同的是，不同的地域、不同的学风也使他们的学派呈现出不同的风貌，并对明代社会形成了不同的影响。如果说河东学派主要代表着朱子学在北方的崛起，那么崇仁学派就可以看作是朱子学在南方的复苏了。这一南一北两个不同学派之间的遥相呼应，就撑开了明代朱子学的基本格局。
作为地方学派，他们的讲学要受制于其不同地域与不同学风的影响，因而也就有了不同的命运。河东学派可以说是寓学于政，其学派的盛衰往往具有随其人之政治命运而起伏的特点；崇仁学派则由于中国自宋代以来经济、文化重心的再次南移，加之其地域学风对学理探讨的重视，与北方的河东学派相比，就较早地表现出一种学术独立的倾向，从而使其成为纵贯整个明代的理学思潮之源。黄宗羲在编《明儒学案》时，之所以完全不顾时序上先后，将明显晚于薛瑄河东学派的崇仁学派置于篇首，正是从其对明代理学整体格局的影响与作用上着眼的。他深深地感叹说：“椎轮为大辂之始，增冰为积水所成，微康斋，焉得有后时之盛哉！”
这说明，对于纵贯整个明代的朱子学，吴与弼及其崇仁学派确实起到了发凡起例与积水增冰的作用。
吴与弼（1391—1469），字子傅，号康斋，江西崇仁人。吴与弼早年曾从杨溥学，年十九，赴南京省亲（其父曾为国子司业、翰林修撰），得《伊洛渊源录》读之，“睹道统一脉之传，不觉心醉……于是思自奋励，窃慕向焉，既而尽焚旧时举子文字，誓必至乎圣贤而后已”
。从其这一经历来看，读《伊洛渊源录》就是吴与弼窃慕圣贤之学的起始，接着就形成了如下选择：“谢人事，独处小楼，玩《四书》《五经》、诸儒语录，体贴于身心，不下楼者二年。”
成学后，“中岁家益贫，躬亲耕稼，非其义，一介不取。四方来学者，约己分少，饮食、教诲不倦”
。由此形成了明代理学中的耕读传统。
吴与弼的为人气质偏于刚忿，一生未曾涉足官场。这倒不是因为他缺乏出仕的机会，主要是因为他很早就确立了读书学圣贤的志向；除此之外，可能也与他对自己狷介性格的自觉有关。正因为其自觉偏于刚忿，也总是有意地拉开其与官场的距离；对于地方官的各种举荐，他也总是在刻意回避。比如，“正统十一年（1446），山西佥事何自学荐于朝，请授以文学高职。后御史涂谦、抚州知府王宇复荐之，俱不出。尝叹曰：‘宦官、释氏不除，而欲天下治平，难矣。’景泰七年（1456），御史陈述又请礼聘与弼，俾侍经筵，或用之成均，教育胄子。诏江西巡抚韩雍备礼敦遣，竟不至”
。从这些经历来看，吴与弼确实是“有意切断与权力世界的关联”
。
至于其为学，黄宗羲总论说：“康斋倡道小陂，一禀宋人成说，言心则以知觉而与理为二，言工夫则静时存养，动时省察。故必敬义夹持，明诚两进，而后为学之全功。”
这当然是黄宗羲站在心学立场上的评论，难免会以自家理论为标准，但其所概括的“一禀宋人成说”在揭示吴与弼不大重视理论著述这一点上倒是极为准确的。比如其弟子娄谅也曾以如下语言概括吴与弼的为学风格：
宋末以来笺注之繁，率皆支离之说，眩目惑心，非徒无益，而反有害焉。故不轻于著述。
从娄谅的这一概括来看，吴与弼与薛瑄似乎还存在着一定的相似之处，这也许与元末以来的战乱兵祸以及明代学术的初始恢复有关。比如薛瑄一生中也不曾著书，只有研读宋人理学著作的《读书录》行世，吴与弼似乎表现得更为内向，他不仅“不轻于著述”，还念念以前人的教导作为标准“兢兢检点”自家言行，这就形成了其专门记载自己在日用事为间如何克己用功的《日录》。关于《日录》，黄宗羲曾引章衮的话评价说：“其《日录》为一人之史，皆自言己事，非若他人以己意附成说，以成说附己意，泛言广论者比。”
这样看来，其所谓《日录》实际上也就是他自己心路历程包括如何克己“自治”的“日记”了。
关于为何要作《日录》，吴与弼曾说：“日夜痛自点检且不暇，岂有工夫点检他人耶。责人密，自治疏矣，可不戒哉！”
显然，所谓“日录”也就是他自己克己自治的日记，从其“责人密，自治疏”的自我警戒也可以看出，其《日录》实际上是完全针对自己的。所以，其内容也几乎都是围绕着如何“自治”展开的。比如：
昨晚以贫病交攻，不得专一于书，未免心中不宁。熟思之，须于此处做工夫，教心中泰然一味随分进学方是。不然，则有打不过处矣。
夜坐，思一身一家苟得平安，深以为幸，虽贫窭大甚，亦得随分耳。夫子曰：“不知命，无以为君子也。”
枕上思家计窘甚，不堪其处，反覆思之，不得其方。日晏未起，久方得之，盖亦别无巧法，只随分、节用、安贫而已。誓虽寒饥死，不敢易初心也，于是欣然而起。又悟若要熟，也须从这里过。
从这些记载来看，吴与弼的“日录”完全是围绕着自己的克己工夫展开的，也全然是以如何“自治”为主要内容的。所以刘宗周评论说：“先生之学，刻苦奋励，多从五更枕上汗流泪下得来。及夫得之而有以自乐，则又不知足之蹈之、手之舞之。盖七十年如一日，愤乐相生，可谓独得圣贤之心精者。至于学之之道，大要在涵养性情，而以克己安贫为实地。此正孔、颜寻向上工夫，故不事著述，而契道真，言动之间，悉归平澹。”
刘宗周的这一评价，准确地揭示了吴与弼的为学进路及其思想形成之真谛。
正因为以克己工夫为基础，刘宗周也曾以“淡如秋水贫中味，和似春风静后功”来形容吴与弼的安贫乐道气象；黄宗羲则以如下行事来表达吴与弼的耕读传统及其力行精神：
居乡躬耕食力，弟子从游者甚众。先生谓娄谅确实，杨杰淳雅，周文勇迈。雨中被蓑笠、负耒耜，与诸生并耕，谈乾坤及坎、离、艮、震、兑、巽于所耕之耒耜可见。归则解犁，饭粝蔬豆共食。陈白沙自广来学，晨光才辨，先生手自簸谷，白沙未起，先生大声曰：“秀才若为懒惰，即他日何从到伊川门下？又何从到孟子门下？”
一日刈禾，镰伤厥指，先生负痛曰：“何可为物所胜！”竟刈如初。
凡此，都表现了吴与弼的耕读传统及其过人的力行精神。
至于其学说，说到底也不过是“一禀宋人成说”而以圣贤为法而已，其文集中也总是充满了如何做人、如何以圣贤为法之类的“大白话”。比如：
仆闻天下之至美者，莫如圣人之道昭明易见，简易易行。然世鲜能之者，不学故耳。原其故有二焉：懵然无知而不事夫学者，庸人也；学焉而弗克者，未诚也。惟其未诚也，是以事物交前，理欲互战。
圣贤教人，必先格物致知以明其心，诚意正心以修其身。修身以及家而国、而天下，不难矣。故君子之心，必兢兢于日用常行之间，何者为天理而当存，何者为人欲而当去。
人之大伦五，曰君臣、父子、夫妇、长幼、朋友是已。五伦各有其理，而理具于吾心，与生俱生，人之所以为人，以其有此理也。必不失乎此心之理，而各尽乎五伦之道，庶无忝于所生。
对于这样的为学，如果我们要进行一番学理化的解剖，势必显得过于残忍。实际上，这样的为学也就是所谓“布帛之言，稻菽之味”，也确实分析不出多少理论来。对于儒学而言，如果说其最高指向就是一种精深的理论，那么吴与弼的这种“自治”与“力行”确实没有多少可以深究的价值；但如果说儒学的终极关怀就落实于现实的人生，那么吴与弼的“自治”与“力行”也就有其不尽的价值。
正因为这一点，刘宗周才给了吴与弼以明代诸儒中最高的评价，并认为“充其所诣，庶几‘依乎中庸，遁世不见知而不悔’气象。余尝僭评一时诸公……惟先生醇乎醇云。”
也许正因为这样，黄宗羲的《明儒学案》才将吴与弼所开创的崇仁学派置于标志整个明代理学开篇的卷首位置。
吴与弼开创崇仁学派，当时从游者甚众，如其当时所点评的“娄谅确实，杨杰淳雅，周文勇迈”等等，也都是他对弟子不同为人气象的评点。如果就对其学派的发展而言，又不能不首推胡居仁与陈献章二位。陈献章近于狂，故开创有余，持守不足；胡居仁则近于狷，因而持守有余，创新不足。如果就对崇仁学派以及明代理学的整体格局而言，从吴与弼到胡居仁，也就明显地表现出了一种向朱子复归的走向；陈白沙则另开心学一系。明初诸儒皆朱子学之支流余裔，这里主要叙述胡居仁的理学思想。
胡居仁（1434—1484），字叔心，号敬斋，江西余干人。关于胡居仁的成学经历，黄宗羲概括说：“弱冠时，奋志圣贤之学，往游康斋吴先生之门，遂绝意科举，筑室于梅溪山中，事亲讲学之外，不干人事……先生严毅清苦，左绳右矩，每日必立课程，详书得失以自考。虽器物之微，区别精审，没齿不乱。”
很明显，从这一经历与学行就可以看出，胡居仁从为人性格到为学进路都是吴与弼的真正继承者。
胡居仁虽然继承了吴与弼的“自治”与“力行”精神，但他并非一味重复吴与弼的教法，而是以更彻底地向朱子学复归的方式将这两种教法凝结为一种“主敬”精神，并以“主敬”为核心，从而将格物穷理、应事接物之类的工夫次第完全统一起来。他说：
圣贤工夫虽多，莫切要如敬字，敬有戒自畏慎底意思，敬有肃然自整顿底意思，敬有卓然精明底意思，敬有湛然纯一底意思，故圣学就此作根本，凡事都靠着此做去，存养省察皆由此。
程朱开圣学门庭，只主敬穷理，便教学者有入处。
儒者工夫自小学洒扫应对、周旋进退、诗书礼乐、爱亲敬长、必恭必敬，无非存心养性之法，非僻之心在这里已无。及长，则主敬穷理并进交养，戒谨恐惧，诚恐一事有差，则心无不存，理无不在。
心精明是敬之效，才主一则精明，二三则昏乱矣。
这里所论，显然都是从“主敬”角度展开的，从“圣贤工夫”到“程朱开圣学门庭”以至于童子之“洒扫应对”、儒者之“戒谨恐惧”“主一”“精明”等等，无一不是“主敬”的表现，也无一不表现着“主敬”的精神。在胡居仁看来，“主敬”就是最大最根本的工夫，也是囊括人生一切追求的工夫。正因为胡居仁是以“主敬”囊括人生所有的工夫追求的，黄宗羲评价说：“先生一生得力于敬，故其持守可观。”
那么，胡居仁囊括一切追求的“主敬”工夫与陈白沙“静中坐养出个端倪”的“主静”工夫有没有区别呢？他们不仅同出于吴与弼之门，而且年岁也比较相近，意即他们之间是否存在着相互借鉴的可能呢？对于这一问题，胡居仁是这样回答的：
敬赅动静，静坐端严，敬也；随事检点致谨，亦敬也。敬兼内外，容貌庄正，敬也；心地湛然纯一，敬也。
端庄整肃，严威俨恪，是敬之入头处；提撕唤醒，是敬之接续处；主一无适、湛然纯一，是敬之无间断处；惺惺不昧，精明不乱，敬之效验处。
人之一心，动静无端，体用全备，不可偏废也。动而无静，则体不立；静而无动，则用不行，二者工夫，皆以敬为主乎！居处恭，俨若思，不愧屋漏，此静时存养之敬也；执事敬，事思敬，修己以敬，此动时省察之敬也。若不主于敬，而专欲习静，未有不入空虚者。
显然，正因为胡居仁与陈白沙同出于吴与弼之门，他也就刻意与之划清界限，不仅要使自己的“主敬”工夫“兼内外”“含动静”，而且要使其包括“入内处”“接续处”“无间断处”以及“静时存养”与“动时省察”等一切工夫进境；否则的话，“专欲习静，未有不入空虚者”。这最后一句，几乎就是直接针对陈白沙的“主静”而言的。
我们这里当然无须辨析其与陈白沙之间的同门公案，但胡居仁对其“主敬”工夫之这一刻意的辨析与阐发，却极有可能使其学走向一种理论思辨之路。对胡居仁而言，他的思辨自有其维护师门的“义务”，但这种过分精致的辨析也同样远离了吴与弼“绝无矫饰”的“不事著述，而契道真”
之路。对于“主敬”究竟需要不需要“著意”的问题，胡居仁的回答就相当精彩、也相当思辨。他说：“主敬是有意，以心言也；行其所无事，以理言也。心有所存主，故有意；循其理之当然，故无事。此有中未尝有，无中未尝无，心与理一也。”
这样一种精致的思辨，不仅包含着以后王阳明对“有心”“无心”问题的准确把握与精彩发挥，而且其“心与理一”的指向也涵括了日后心学主体与本体同一的基本原则。
但对胡居仁而言，他对“主敬”的高调阐发并不是要走向心学，而是要复归并涵括朱子的格物穷理说，因为只有涵括了朱子格物穷理方面的内容，才表明其学真正接上了朱子学的谱系——所谓认知涵养论。因而，在《居业录》中，胡居仁就立足于其“主敬”的基础，展开了对格物穷理的精彩论说：
穷理格物，先从性情上穷究，则见得仁义礼智，浑然全具于吾心，恻隐、羞恶、辞让、是非，随感而发，就从此力加操存省察，推广扩充，此便是源头工夫，根本学问。又与日用事物人伦、天地山川、禽兽草木，莫不究极其所以然；明而礼乐，幽而鬼神，日月之更迭、寒暑之往来、岁月之交运，古今风气盛衰、国家治乱兴亡、民之安危、兵之胜败，无不穷究，方为穷理致知之学。
穷理非一端，所得非一处，或在读书上得之；或在讲论上得之；或在思虑上得之；或在行事上得之。读书得之虽多，讲论得之尤速，思虑得之最深，行事得之最实。
看到胡居仁关于格物穷理的这一通论说，就知道他不仅接上了朱子以格物穷理为基础的认知修养论，而且还纠偏并且也弥补了朱子格物致知说之流于泛观博览的毛病。这一纠偏首先就表现在其对朱子格物穷理说之不同入手的规定上。在朱子哲学中，他是根据其存有论的解析思路，从而直下断定“盖人心之灵，莫不有知，而天下之物，莫不有理；惟于理有未穷，故其知有不尽也。是以大学始教，必使学者即凡天下之物，莫不因其已知之理而益穷之，以求至乎其极”
，由此将格物规定为大学之不可移易的入手；胡居仁这里则是明确地坚持“穷理格物，先从性情上穷究，则见得仁义礼智，浑然全具于吾心”，这就有效地避免了朱子那种“随事物精察此心之天理”之茫然格物或一味泛观博览的毛病。其次，在确立了“仁义礼智，浑然全具于吾心”的基础上，即使可以将格物推广扩充于“天地山川、禽兽草木”以及“日月之更迭、寒暑之往来、岁月之交运，古今风气盛衰”之间，也仍然是以“仁义礼智，浑然全具于吾心”为基本前提的，并且始终是在道德主体精神指导下的格物致知，所以并不会发生所谓泛观博览、游骑无归的毛病。在此基础上，所谓“读书”“讲论”“思虑”“行事”等等，也就全然成为格物穷理之具体的表现形式了；其对“读书得之虽多，讲论得之尤速，思虑得之最深，行事得之最实”的划分，也充分说明胡居仁对这些格物途径的划分绝不是泛泛而论，而是以其深入的体察为基础的。这样一来，胡居仁也就等于是以其道德主体性的原则，并通过“主敬”工夫，既接上了朱子的格物穷理之学，又有效地避免了其各种毛病。
当胡居仁以其“主敬”工夫指向朱子的格物穷理之学时，一方面接上了朱子学的基本思路，同时也有效地避免了其所存在的各种毛病。但这样一来，他的探讨也就必然要指向朱子的理气关系，并通过对理气关系的探讨，发挥其在辟佛排老方面的批判功能。
在朱子哲学中，理气关系占有极重要的地位，完全可以说是其哲学的核心；理先气后说则又是其核心中的核心。这一观点不仅直接决定着朱子哲学的本体论性质，也决定着其哲学以天理为本体之理本论的基本立场。但到了其明代的朱子后学，由于时代思潮的变化与理学关注侧重的不同，朱子的理气关系尤其是其理先气后说也就不得不面临被修正的命运了。在此之前，曹端、薛瑄已经从不同的角度进行了部分修正，但还基本维持着其理本论的规模。当胡居仁通过对“主敬”工夫的辨析并在含摄朱子格物穷理之学的基础上指向理气关系时，朱子的理先气后说也就面临被颠覆的命运了。
这里首先存在着一个视角的辨析问题。当胡居仁对其“主敬”工夫进行“兼内外”“含动静”包括“入内处”“接续处”“无间断处”以及“静时存养”与“动时省察”等各种不同角度的分析时，其所谓“主敬”究竟是以主体的工夫形态（境界）出现的还是以对象解析的方式出现的？显然，胡居仁之所以能对“主敬”工夫进行如此细致的分析与解剖，正说明他实际上主要是以对象解析的方式来论说的。所以，到了格物穷理，他不仅能够详细辨析“读书”“讲论”“思虑”“行事”等不同途径之不同效应，而且也能够明确地将格物穷理推及“天地山川、禽兽草木”以及“日月之更迭、寒暑之往来、岁月之交运，古今风气盛衰”之间了。在这一基础上，所有格物穷理所涉及的事物也都必然是以对象解析的方式出现的，这些事物本来就是可以直接诉之于人之感官的实然存在，因而也就决定了其分析理气关系之实然存在的视角。
从这一视角出发，胡居仁必然要从“有形”与“无形”之不同存在属性的角度来把握理气关系，并且也必然要从理与气之不同存在方式的角度来分析其关系。所以在他看来，理气关系主要表现为如下情形：
理是气之主，气是理之具，二者原不相离。故曰“二之则不是”。
这固然可以说是胡居仁在强调理与气之不可分割关系，而且“理是气之主，气是理之具”的说法也显然是对朱子“生物之本”与“生物之具”一说的活用。但是，只要一谈到理气关系，胡居仁就始终无法摆脱其对象化的实然存在视角，朱子的理气关系也就必然面临着被颠倒命运。比如：
“有此理则有此气，气乃理之所为”，是反说了。有此气则有此理，理乃气之所为。
“立天之道曰阴与阳”，阴阳，气也，理在其中。“立地之道曰柔与刚”，刚柔，质也，因气以成。“立人之道曰仁与义”，仁义，理也，具于气质之内，三者分殊而理一。
在这里，我们不仅看到胡居仁确实颠倒了朱子的理气关系，而且也明确地指出朱子的理先气后“是反说了”，从而也就成为朱子后学中对其观点的一种明确批评。胡居仁的这一批评绝不仅仅是表达自己一种认知性的看法，而且还存在着儒家经典的依据。当胡居仁表达其关于气先理后的看法时，就不仅搬出了《易传》，同时还以儒家传统的天地人三才之道为基础；不仅借助对《易传》的诠释来展开其宇宙生化论的背景，而且其所谓的“气也”“质也”与“礼也，具于气质之中”的说法也正好对应着宇宙演化发展的几个重大关节。这样一来，其气先理后的看法不仅存在着儒家经典的依据，也存在着客观的宇宙生成演化的实在基础。所以说，当胡居仁开始颠倒朱子的理先气后关系时，不仅表现了明儒对两宋以来理学超越追求之形上视角的消解，而且也明确地从理学的本体论立场转向了汉唐儒学的宇宙生化论立场。
不过，如果仅仅从视角来看，胡居仁似乎仍然坚持着两宋理学的形上视角。比如他对理与气的比较，也就仍然坚持着理与气的形上形下之分：
以理论之，此理流行不息，此性禀赋有定，岂可说空说无？以气论之，则有聚散虚实之不同，聚则为有，散则为无。若理则聚有聚之理，散有散之理，亦不可言无也。气之有形体者为实，无形体为虚，若理则无不实也。
初看这一段论述，难免会觉得这就是理学的正宗观点，因为其“有形体”“无形体”的说法实际上正是对两宋理学分辨形而上与形而下的一种具体表达，加之其对气之“聚则为有，散则为无”的分辨与理之“聚有聚之理，散有散之理”的说明，不正好就是理超越于气之形上特征的表现吗？在这里，如果仅仅从聚散的角度看，则理对于气确实具有一定的超越性（超越于其具体形体之外）；而从“有形体”与“无形体”之区别来看，理似乎也具有“无形体”之形而上的特征。但是，所有这些“聚散”包括“有形体”“无形体”的说法其实都服从于其宇宙生成演化这一实然存在的对象视角本身；至于其通过“有形体”“无形体”所表达的形上蕴涵，实际上不过是宇宙生成演化过程中的一种存在属性而已。这与朱子以天理为本体的理气论哲学是根本不同的。所以说，朱子以理为本的理气论哲学发展到胡居仁，就已经明显地走向气本论了。也许正是有鉴于此，陈来先生指出：“胡居仁认为在理气之间不能说理是第一性的，气是第二性的；不能说理是本源，气是理所派生的，他表现出这样的思想，即气是第一性的，有气则有理，理由气决定。他坚持理在气中，理具气质之内。胡居仁的这些思想，提示出他是明代理学薛瑄到罗钦顺之间的一个重要环节。”
辟佛排老是宋明理学的职志，从一定程度上说，正是为了辟佛排老，为了与佛老在理论上“较是非，计得失”，理学家才不得不从事理论创造，不得不展示儒家超越的形上追求精神。但辟佛排老不仅表现着理学家对佛老理论的认识，同时也表现着其自身的理论自觉，从这个角度说，如何辟佛排老也就成为理学家自身理论立场的一种反证了。
胡居仁的辟佛排老及其动力主要来自两个方面，一方面当然是理学传统的因素，一个自觉的理学家不能不坚持辟佛排老的立场；另一方面，则又主要决定于其自身的理论自觉——其与佛老的理论差异也使他不能不对佛老持批评态度。对胡居仁来说，这后一方面不仅表现着其自身的理论认识，同时也表现着其对理学传统的继承与坚持。在他看来，“儒者养得一身之正气，故与天地无间；释老养得一身之私气，故逆天背理。”
像这样的批评，当然还可以说主要是站在理学传统立场上的批评，正像程颢、象山批评释氏只是一种自私自利一样。胡居仁又说：“儒者养得一个道理，释老只养得一个精神。”
这里所谓的精神，其实也就像后来王阳明批评释氏只是“拨弄精魂”一样。从这些批评来看，当然都是儒家的一贯看法，也是理学家的共同立场。
就胡居仁对佛老理论的认识而言，同样表现在两个方面：其一就是佛老对本体的认识，即儒学与佛老在本体观、价值观上的差别；其二则是二者在工夫进路上的差别——这一差别同时又成为其不同的本体价值观的表现。关于释氏对本体的认识，胡居仁指出：
释氏误认神识为理，故以作用是性。殊不知神识是气之英灵，所以妙是理者。就以神识为理则不可。性是吾身之理，作用是吾身之气。认气为理，以形而下者作形而上者。
从胡居仁对释氏的这一认识来看，他主要批评佛教的“情识为理”和“作用是性”两点。在他看来，由于佛教以“空”为本，其全部设施也就只能落实在“神识”上，也只能以“作用是性”为指向。由于“神识是气之英灵”，性则是“吾身之理”，因而释氏实际上也就是“认气为理，以形而下者为形而上者”了。
在宋明理学的背景下，胡居仁对佛教的这一批评当然可以说是有其相当强的理论根据的。因为在两宋时代，理学家往往是根据儒家的体用关系模式来理解佛教的性相关系，张载就曾批评佛教是以“万象为太虚中所见之物，则物与虚不相资，形自形，性自性，形性、天人不相待而有”
，也就是其所谓的“体用殊绝”。实际上，佛教的“空”并不是儒学在本体意义上的“空”，而是“诸行无常，诸法无我”——所谓“万法无自性”式的“空”。
在这一基础上，被儒家视为具有本体意义的“性”“理”就只能被归结到“作用”与“神识”的范围了。但是，如果按照佛教的学理，所谓“作用”与“神识”只能被视为作为本体之“性”与“理”，即所谓“缘起”的表现，却并不能直接等同于儒家所谓的本体。这样看来，胡居仁对佛教所概括的“情识为理”与“作用是性”作为对佛教学理的认识起码是超过两宋理学家的；但其“认气为理，以形而下者为形而上者”的批评却未必能够正对佛教之病，佛教并不是“认气为理”，更不是“以形而下者为形而上者”，所以这一批评只能视为胡居仁在儒家理论的基础上对佛教学理所进行的一种逻辑归谬而已。
至于胡居仁对佛教工夫理路的批评也同样表现着这一特点，他说：
禅家存心有两三样，一是要无心，空其心，一是羁制其心，一是照观其心。儒家则内存诚敬，外尽义理，而心存。故儒者心存万理，森然具备。禅家心存而寂灭无理。儒者心存而有理，禅家心存而无主。儒家心存而活，异教心存而死。然则禅家非是能存其心，乃是空其心，死其心，制其心，作弄其心也。
这一段批评，如果仅仅作为修行与追求的工夫理路而言，那么儒家自然也有“空其心”“羁制其心”与“照观其心”的一面，儒与佛禅的对立并不表现在工夫理路上；但从工夫理路的角度看，二者恰恰存在着极为相似的一面。在这里，胡居仁为什么批评禅宗是“空其心，死其心，制其心，作弄其心”呢？实际上，这并不是来自纯粹的工夫理路的批评，而主要是儒学与佛禅不同的价值观在工夫理路上的投射和表现，一如其前边批评佛教是“认气为理，以形而下者为形而上者”一样，实际上也都是通过对佛之不同于儒家的价值观进行归谬在工夫理路上的表现。
至于道家，胡居仁则非常用心地澄清道家对儒学的诸多批评，比如他分析说：“学一差，便入异教，其误认圣贤之意者甚多。此言无为，是无私意造作，彼遂以为真虚净无为矣。此言心虚者，是心有主而外邪不入，故无昏塞，彼遂以为真空无物矣。此言无思，是寂然不动之中万理咸备，彼遂以为真无思矣。此言无适而非道，是道理无处无之，所当操存省察，不可造次颠沛之离，彼遂以为凡其所适无非是道。故任其猖狂自恣而不顾也。”
在这里，所有的“此言”都是指儒家本来的主张；所有的“彼遂以为”，则是指道家对儒学的误解或污蔑而言，也包括其对自家主张的宣称。不过，由于这一切首先都发生在“学一差”的情况下出现的，即没有真正把握儒家学理的基础上，最后不仅陷于种种谬误，也只能导致自己“任其猖狂自恣而不顾也”。这说明，在胡居仁看来，凡是道家对儒学的批评，其实都是建立在误解或污蔑的基础上的，这也就是其所谓的“学一差”——没有真正把握儒家学理的表现。
那么，胡居仁又将如何反驳道家的思想观点呢？实际上，由于儒道两家同属于中国传统文化，其在工夫理路上的一致性是毋庸讳言的，所以，对于道家，与其说是批评，不如说主要是一种辩白、澄清与互诠式的证明。比如前边所征引的两段正好表现了胡居仁对道家与儒学互诠式的辩白与澄清，当然同时也就包含着其对道家的反批评：
主敬是有意，以心言也。行其无所事，以理言也。心有所存主，故有意。循其理之当然，故无事。此有中未尝有，无中未尝无，心与理一也。
以理论之，此理流行不息，此性禀赋有定，岂可说空说无？以气论之，则有聚散虚实之不同，聚则为有，散则为无。若理则聚有聚之理，散有散之理，亦不可言无也。气之有形体者为实，无形体为虚，若理则无不实也。
在这里，“无”与“有”以及“无心”与“有意”的互补及其不同表现，既是对道家“无”的智慧之一定程度的吸取，同时也是对儒家本体与工夫两层世界的辩白与澄清；至于“此理流行不息，此性禀赋有定，岂可说空说无？”显然既是对儒家学理的澄清，也是依据儒家体与用、本体与工夫两层世界之有机统一对于道家虚无主张的一种反击与批评。