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《圣詹姆斯宣言》发表后，英国政府邀请流亡九国政府代表，开会商讨战后各国对惩治战罪应采取之政策，其后继续邀请各有关政府，商讨成立战罪调查委员会及其工作之进行事宜。经一年半之筹备，联合国战争罪行委员会
于1944年1月18日正式成立。
1942年8月6日，在英各国政府召开会议，讨论战后联合国审查战事罪犯应采取之政策。英国政府提出初步意见，拟定惩处战罪七项原则，分送各国查照。英国所提七项原则要点如下：（1） 政策与程序由联合国共同商定；（2） 适用现行战时国际专法，不得采用特种法规；（3） 战事终了立即实行；（4） 开具罪犯名单及证据；（5） 停战协定内应载明逮捕或引渡本国罪犯不得待诸和约缔结后；（6） 严防罪犯逃庇中立国；（7） 敌国罪犯应与联盟国本国人民为傀儡者有别，后者应依照国内法处理，不适用联盟国间协定。
8月21日，美国总统罗斯福发表警告轴心国进一步暴行的声明：“对纳粹党首领及残暴的帮凶们，应该按名检举、逮捕，并将之送上在他们施行野蛮暴行的国家之法庭，依法加以审判，并偿还其罪责。”
罗斯福建议同盟国应设立一从事调查战争罪行事实的委员会，负责搜集、调查战争罪证。
10月7日，英国议会上院召开会议，就国际间共同惩治战犯及设立调查战争罪行委员会一事进行辩论。会上，就审判战犯的法庭类型、适用法律、战犯引渡等问题，各国代表展开了激烈的辩论。最后，上议院议长西门发表演说，就设置调查战争罪行委员会的必要性加以说明。西门首先提及一战的教训，指出：“希特勒最近宣称，德国境内，除他之意志外，别无法律。我们若已将上次大战后和约之教训忘却，或以为德国尚有公平之法院可以处理我们今日之提案者，实为不智。”他强调，虽然目前存在法律程序等方面的种种争议，但法西斯违反战争法规之罪行必须予以惩处，“我们在此不应空言法庭之性质与法权之分析，盖法庭必须具有以下两项先决条件：一为证据之存在，二为罪犯之提审。刑事法庭非具有此两项条件，不能行使职权。两条件中，尤以罪犯之提审为重要，而刑事法律程序，亦必须有确凿之证据以证明犯罪”。因此，成立战罪调查委员会，立即开展对战争犯罪的调查刻不容缓。西门最后提出三点声明：“上次大战后未曾惩处战犯，此次不能再犯此种错误；不将战犯先行交付同盟国，不签订停战协定；应立即成立同盟国委员会，调查战犯罪证。”并声明，调查战犯罪行之目的，并非为惩处敌国全体人民或鼓励报复，“而是深信非有一公正之制度，不足以禁止其余无辜之人民再被惨杀”。
西门的演说实际上是鼓励各国搁置争议，求同存异，先从具有共识的战争罪行调查工作入手，展开国际合作。
10月29日，英国照会各国，提议成立同盟国调查战罪委员会，并拟定该委员会职权，详情如下：
一、调查同盟国政府所提出敌国人民直接或指使加于同盟国人民之一切暴行案件，进而确定敌人在此次战争中对于战事犯罪行为之责任。
二、搜集记录并审核关于该项暴行之一切可以获得之口头及书面证据。
三、对于根据预定政策并出诸有组织方式之暴行案件，应首先予以特别注意。
四、委员会应将认为证据确凿之暴行案件，随时尽速向各同盟国政府提出报告，并于可能范围内指明认为应行负责之人员。
五、其他经同盟国政府协议提出之若干特种战事犯罪事件之调查审核及报告。
六、委员会应组织分会俾便证据之接受与登记，并随时决定地点合开分会或全体会。
七、委员会于必要时得选聘专家担任特别审查事宜。
八、建议战后惩处战事犯之程序。
上述八项提议，各盟国政府原则上一致同意。英国政府认为调查委员会应尽速成立，并拟筹设一法律专家委员会，请各国派代表一人参加。但在一些具体问题上，各国之间实际存在不小的分歧。11月24日，国民政府代表金问泗致电外交部，报告各国态度称：“美国仅表示原则，至对于审查事实委员会之组织及职掌各项似不甚注意。苏联大有己欲问人，人莫问我之概。英国鉴于俘虏问题，惧怕对方报复，实际上不欲此时急促进行，尤不喜从事宣传，九国中亦有部分国家主张审慎讨论。”
可见，流亡英国的各国政府，急于要采取行动制约德军的犯罪，但美苏等大国对于战罪惩处的具体方案受制于各种因素，并不急于付诸实践。
1943年末，盟国开始对德日反攻，德日法西斯战败只是时间问题。在此形势下，美英及主要盟国开始考虑为战后审判发动侵略战争的罪犯做准备。1943年10月，经美英提议，盟国拟在英国伦敦商定正式设立联合国战争罪行调查委员会，开展对德日法西斯战争犯罪的调查工作。
10月20日，除苏联以外的17个盟国外交代表在伦敦开会，拟正式成立战事罪行调查委员会，负责调查及记录证据，随时报告应行收集之证据。该会议还讨论了委员会组织办法，拟由英国担任主席，并决议视情况而定，成立分会及专家委员会。会议提出成立战事罪行调查委员会的初步目的有二：“一、调查并登记战事犯之证据，尽可能认明应负责之个人；二、报告有关政府，可以发现确切证据之案件。”并指出上述两项活动，“倘吾人保证公平与依法审判战事犯，自属主要之开端”。会上荷兰政府提议计划中之调查战事罪行委员会亦应负责准备将来审判战事犯，在大会中未获同意。主席国英国提议大会应首先决议成立委员会，至于调查及机构之扩大范围，应留待将来考虑。
关于英国提议成立法律专家委员会一事，英国大法官阐明英国政府认为关于审判及惩治战事犯或有很多问题亟待解决，唯均在建议中之委员会权力之外，故建议设立法律专家委员会。该委员会工作主要是技术性质的，讨论事项包括审判战事犯法庭之种类、适用之法律、应采之手续证据、应遵守之规则。此会之任务在以建议指导各政府，唯不能作任何决议拘束各政府。但多数国家仍希望保留自主权，希望法律专家委员会应纯为一顾问团体，附属于调查委员会。美国代表表示，其政府在原则上同意设立法律专家委员会，但应先成立调查委员会，再讨论成立法律专家委员会的需要。中国代表发言称，其政府在原则上亦赞同设立法律专家委员会，唯提议该会真正成立应予延迟，实际上是附和美国的建议。最后英国大法官表示法律专家委员会将承担重要任务，委员会在产生之初期亦将需要，建议大会应赞同以正当方法成立此种性质及为此目的设立之法律专家委员会，各国应考虑代表人选，唯真正成立该会则应延迟。最后大会一致通过上述建议。
10月27日，战事罪行调查委员会召开第一次谈话会，各国代表对战事犯罪之性质、审判法院之种类、证据收集之方法及专门委员会之组织等问题交换意见，详情如下：
关于战事犯罪性质：各国代表认为根据现行国际法，以作标准，颇有障碍，因许多法则已不适用。现在收集各学术团体研究结果所拟定之犯罪行为一览表及上次大战后协约国所拟定者交各代表研究。
审判法院之种类：会员多主张原则上用各国自己之法庭，而以联合国组织之国际法庭补充之。
证据之收集方法：各代表意见分歧，有认委员会应自行收集可在法庭提出之证据者，有主张委员会只能收集初步材料，以要求引渡罪犯之根据。
专家委员会：有主专家委员会应隶属于调查委员会以资咨询者，亦有主应与调查委员会划分，专就原则方面研究并报告，以作政府参考者。
此次会议纯粹是交换意见性质，正式会议要等到苏联政府表示参加与否，方可举行。会议上讨论的各项问题，反映了各国关心的重点所在及意见分歧。各国政府发表的意见及学术团体研究的结果对以国际法庭审判罪犯之议多不赞成，盖因国际法庭组织不易，复无适当现行法律可以援用，若临时制定法律恐贻追溯之机，但亦有少数主张在特殊情形如审判国际元凶应组织国际法庭。对于战事犯罪性质，各方面意见认为现行国际法范围太狭隘，例如侵略他国行为之本身在国际法是否禁止亦系问题。
12月3日，在第二次谈话会上，对于委员会所拟关于战事罪行性质之报告及犯罪行为一览表，英国主张设立专家委员会，负责决定法律原则和政策问题，但各国代表多不主张设立。
反对成立专家委员会，实际上是各国试图保留自身对战事罪行处置的主动权。
1944年1月2日至15日，战事罪行调查委员会开会两次，认为工作应加紧进行，决议不再等待苏联，正式成立调查委员会，推举英国代表为主席，并由中美法澳四国代表组成一委员会负责起草议事细则。1月18日，战事罪行调查委员会成立会议在伦敦举行，追认以前各次会议之决议案，并通过正式的议事细则。至此，联合国战罪委员会正式成立，说明盟国已开始启动战后对德日法西斯战争罪行的惩处工作。
联合国战罪委员会成立过程中，各国围绕适用法律及法庭管辖权问题的讨论，实际上反映了战罪惩处的国际标准与各国自主权之间的矛盾。一方面，自《圣詹姆斯宣言》发表之始，即强调对战争罪行的惩处，国际间的一致行动尤为重要，即为避免各国依据自身标准任意处置战犯，以树立文明审判之观念，到战罪委员会成立后，强调战罪调查的国际协作，使得上述战犯惩处的国际标准进一步落到实处；另一方面，在设立战罪委员会的问题上，部分国家认为，战争罪行的证据搜集，可以各自进行，而无需国际委员会进行审查，设立战罪委员会实际上已经执行了法庭审判战犯的部分职能，是对各国自主权的侵害。因此，如何在确保国际正义的基础上尽可能保留各国的自主权，是各国在战罪惩处拟议中面临的重要问题。
在联合国战罪委员会筹备成立的同时，苏美英三国也就战后惩处战犯的方案达成一致。1943年11月1日，苏美英三国外长在莫斯科会议发表关于严惩战犯的宣言。这个宣言除了重申战犯必须严惩之外，并声明凡在某一地方犯有严重暴行的战犯都应当解回到他们犯下可恶罪行所在地的国家，以便按照那些被解放的国家及由此而建立的自由政府的法律去审判治罪。宣言还提出，“首恶元凶的案件，因为他们所犯的罪行并不拘于特殊地方，他们将按照盟国政府的共同决定加以惩处”。
该宣言表明盟国将通过国际法庭审判主要战争罪犯，同时也赋予各受害国在国内审判战争罪犯的权利。《莫斯科宣言》很大程度上是苏联主导的结果，宣言最大限度地保留了各国审判战犯的自主性，这是苏联一贯的原则。
真正推动国际审判实现的是1944年美国的介入。据国民政府外交部收到的报告，1944年，美国主导的《美洲国家法律委员会报告书》确定了国际审判的方案雏形。该报告在《莫斯科宣言》的基础上更进一步明确了，“重大罪犯其罪行无地区可确划者，应由联合国共同裁判委员会意见，联合国应设立联合国最高法院收办无地域区划之战事罪犯”。关于罪行处罚之标准，“各国法律轻重不等，应由联合国最高法院标准，以期划一，并主张占领军执行惩罚”。关于逃亡他国战事罪犯交出之手续，战事罪犯其罪行危及世界各国之安全，与一般政治犯之扰乱局部治安之性质不同，“各中立国不得护匿战事罪犯”，无论中立国或联合国，交出罪犯之手续可照一般引渡罪犯条约手续办理。
由此确定了重要战犯由国际法庭审判，处罚之标准统一确定。为确保国际审判的实现，强调各国不得拒绝引渡战犯。关于战犯引渡的特别声明，是为了避免重蹈一战的覆辙，同时因各国自主设立法庭，亦存在从别国引渡战犯的问题，故而在法律层面上的明确规定显得尤为必要。
1944年9月，联合国战罪委员会拟定的《国际战犯法院公约》和《联合国引渡战犯公约》使得战后对德日法西斯的国际审判最终定案。《联合国国际战罪法院公约草案》明确了战犯审判采用国内法庭与国际法庭并行的方式，规定：“各缔约国为欲保证敌国战事罪行之罪犯应受制裁，承认在一般情形之下，联合国国内法庭为审判及惩罚此类战罪之适当法庭，同时复虑及国内法庭对某种罪行，不便或不能作顺利有效之惩罚，兹经决定设立一联合国国际法院。”
在公约讨论的过程中，虽仍有国家试图争取尽可能多的自主权，但美国的主导性在其中发挥了至关重要的作用。据参加讨论的金问泗发回的电文称：“比代表倡设公法检察处Prosecuting officer之提议，此问题比较重要，众说纷纭。大致英、澳、印诸代表反对，而主张应由同盟国径呈本会检察处官，或本国其他代表，各向该法庭提出案件。诸小国大致赞成此项提议，泗主张限制该公法检察处权限，旋以主席美国代表提出折衷办法，决定设公法检察处。但原则上仍须由各本国检察官或代表办理，其愿交由公约检察官办理者亦可。惟某某案是否予以起诉之权，由法庭操之。”
另据金问泗日记，1944年9月12日，“下午到第卅一次委员会，仍讨论军事法庭问题，众说纷纭，诸小国多持怀疑态度，法国代表Gros最为明显反对……波代表继而发言，法、那、比三代表相率离会，主席挽留不从。先是上次开会，美代表本已要求付表决。三代表既离会，无可付表决，印度代表认为三代表对于美代表似少礼貌，美代表亦深表愤慨”。
9月19日，“午后二钟半，委员会开会，继续讨论联盟国军事法庭案。四钟半付表决，一致通过仍从法代表Gros之临时动议，设一小组委员会，讨论关于军庭组织权限及用何法律等等。美代表Pell反对，但得多数通过，余声明弃权”。
可见各国之间意见分歧，对于美国方案的主导性仍不断提出挑战。
10月6日，驻英大使馆致国民政府外交部电，报告各国对于国际军事法庭设立的讨论，电文提到，对于“联合国政府应请求在各战区与联合国军队合作之最高统帅部，在设立之军事法庭执行审判破坏法律惯例及战时法规之敌人罪犯”的提议，“一部分代表，尤以挪威及法国代表为最，反对授权最高统帅部规定军事法庭之组织、权限及程序”。法国代表提议组织一小组委员会讨论起草一节略，其内容包括军事法庭组织权限及程序各问题之保留，以及适用何种法律等问题。
实际上仍包含各国对于自主审判权的争取。
1945年2月，德意志第三帝国濒临崩溃，雅尔塔会议公报中重申要公正而迅速地惩办一切战争罪犯的宗旨。对于战后以何种方式处置战犯，苏美英之间是有分歧的。苏联一向主张单独行动，独立实施战犯惩处计划，所以苏联一直未派代表参加联合国战罪委员会。英美之间也有分歧，从最早两国元首对战犯惩处的表态即可看出，丘吉尔表示，“欧洲各国今日仇恨德国之深，超过人类有史以来仇恨民族之程度。胜利之日亦是惩罚的时刻”，而罗斯福则表示，“从事纳粹罪恶者，他日必须在其为暴不仁之所在地遭受法庭之审判，俾后世知所警惕”。
美国较为注重依法对战争罪犯进行审判，而英国则对此不太在意。最终美国的意见占据主导，促成了国际审判的实现。
1945年7月至8月，欧洲战场战事结束后，苏美英三国首脑聚首柏林西南哈韦尔河畔的波茨坦，签署了《波茨坦会议议定书》，其中包括设立国际军事法庭审判战犯的条款。8月8日，苏美英法四国政府在伦敦正式缔结了《关于控诉和惩处欧洲轴心国主要战犯的协定》，并通过了《欧洲国际军事法庭宪章》。宪章共30条，对设置法庭的目的、任务及法庭的构成、管辖权等一系列问题做出明确规定。苏美英法四国签署的《伦敦协定》和《欧洲国际军事法庭宪章》进一步规定，由四国各指派一名法官和一名预备法官组成国际军事法庭，对无法确定其具体犯罪地点的纳粹德国首要战犯进行统一审判。
1945年7月26日，中美英三国发表《波茨坦公告》，敦促日本立即无条件投降。公告提出要根除“欺骗及错误领导日本人民使其妄欲征服世界之权威及势力”，驱逐黩武主义，建立世界和平与正义的新秩序；对于惩处战争罪犯，公告明确表示“吾人无意奴役日本民族或消灭其国家，但对于战犯，包括虐待吾人俘虏者在内，将处以严厉之法律制裁”。
1945年9月2日，日本签订投降文书，接受《波茨坦公告》中的条款。
1946年1月19日，东京盟军最高统帅部颁布《远东国际军事法庭宪章》，该宪章最大限度地援引了《欧洲国际军事法庭宪章》的各项原则。《远东国际军事法庭宪章》规定法庭的设立是“为求远东甲级战争罪犯的公正与迅速审判与惩处”，这里的甲级战犯是指犯有宪章中规定的甲项罪行，即破坏和平罪的战犯，至于犯有普通战争罪的乙丙级战犯，则由犯罪地所在国的军事法庭审判。
战后对日本主要战犯的惩处，澳大利亚力主由战罪委员会和同盟国各国政府共同负责设立中央检察机关，调查战争犯罪行为，搜集证据，确定战犯名单，反对由美国主导审判，但在美国的反对和英国的劝说下，又因苏联未加入战罪委员会，澳大利亚被迫放弃了上述主张。
各国虽然提出了主要战犯名单，但最终决定权掌握在美国控制的国际检察局手中。日本投降后，美国组织远东委员会，邀请苏联参加，委员会下设战犯处理委员会（即第五分会），具体负责对日本主要战犯的处置，逐渐削弱了战罪委员会的权力。除继续审查乙丙级战犯案件外，战罪委员会实际对战犯审判影响力甚微。
二战后在欧洲形成的国际审判与各国自主审判相结合的模式被亚太地区各国援引，但就亚洲而言，虽保留了自主审判的权利，但在国际审判中却未能如纽伦堡审判那样做到四国平权，而是由美国主导，且地区审判的法庭大部分被殖民国家主导，根本谈不上自主审判。