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国民政府早在1942年即着手开展日本战罪调查的工作，但到抗战胜利时实际调查取得的成果十分有限。抗战时期进行的罪证调查原本是作为战犯名单拟定的依据，但因实际调查的材料大多不符合标准，最后并未能发挥作用。战后国民政府对侵华日军罪证的调查才是真正对战犯审判实践有重要影响的环节。
1945年8月15日，日本宣布无条件投降，审判日本战犯也随之被提上议事日程，促使对日本战争罪行的调查工作加紧进行。9月14日，国民政府行政院公布了《敌人罪行调查办法（修正案）》，使调查工作更加规范化。到1945年11月，战争罪犯处理委员会成立，所有的调查机构并入，由其主管进一步的战争罪行调查。为推进战犯处理工作，战犯处理委员会制定了政府调查与群众检举相结合的工作方针，并拨出专款，用于战犯罪行的调查，使调查工作得以顺利进行。
战后各地审判战犯军事法庭成立后的首要工作就是抓捕战犯嫌疑人，进行前期的侦查，确定罪嫌后由军事法庭检察官起诉，提交法庭审判。早在1942年10月，盟国在讨论战犯惩处事宜时，英国上议院议长西门就提出：“我们在此不应空言法庭之性质与法权之分析，盖法庭必须具有以下两项先决条件：一为证据之存在，二为罪犯之提审。刑事法庭非具有此两项条件，不能行使职权。两条件中，尤以罪犯之提审为重要，而刑事法律程序，亦必须有确凿之证据以证明犯罪。”
可见，证据调查是审判战犯的前提条件。
据1946年11月司法行政部敌人罪行调查工作报告，截至1946年10月25日，总共接收案件171152件，“其中无罪行人姓名者约占半数以上”。此前敌人罪行调查案件“系由前军令部及前航空委员会协助办理，胜利后以还都暨军事机关之改组，数万案件无法审编”。自1946年8月开始，“由国防部第二厅及上海战犯管理处之协助，调查工作得以进行”。具体调查情况如下：
调查部分
本部除派员督导各地法院调查敌人罪行并参加有关之调查机构外，于三十四年六月间通令全国所属为下列措施：
一、调查计划之规定
（1） 指定省区办理各该管区域内敌罪调查事宜，督促所属负责办理调查工作并呈报承办人名册；（2） 调查时应特别注意罪行发生日期、地点，并随时呈报新发现之敌罪事件，如该区无敌罪事件，亦应呈报，以凭稽核。
二、调查地域区分及工作之联系
司法行政部（总辖全国敌罪事宜）—各省高等法院（管辖该省区之敌罪工作）—地方法院、县司法处、兼理司法县府（各办理其本区之敌罪事件）。
关于联系问题，本部所属皆由本部统辖指挥，其他因调查罪行人姓名，须国防部、航空委员会诸机关之协助。本部将敌罪案件审编完竣后，送外交部译转联合国战罪调查委员会远东及太平洋分会。
三、工作要领
本部调查敌罪事件首重罪行人之正确，凡可资识别罪行人之职阶、籍贯及其长官，均详为调查，务求确实。对于被害人、证人之证明皆命具结，以示慎重，如有证物，亦随时搜集。每案均应由调查机关负责人详为调查，报部核办。
四、人民检举
凡被害人或详悉敌人罪行之证人，皆得至当地司法机关填具敌人罪行调查表，并附具结文，报请司法机关径报本部核办。又各地军事法庭自行检举或接受移送暨人民告诉、告发之战犯案件，则多报由国防部军法处转报本部备案，不另审查。
罪证之搜集及审查
一、人证、物证及其他一切证据之搜集
搜集工作以各地法院、县司法处等为主，其工作可分为二部：（一） 为关于人证之搜集：被告人及详悉敌人罪行者皆得为证人，应在调查人前填具表结，签名盖章或按指印，表结上应由调查人盖章签名并加盖所属机关印信，以资证明；（二） 为关于物证之搜集：凡罪行人遗留之物件，有关文件、照片及其他足资证明敌人罪行之物件，均由各负责人切实收集，并鼓励人民检举，必要时并请其他有关官署供给必须之资料。此外，其他机关或其职员有经历或详悉敌人罪行者，亦常〔当〕依式填具表结后径送本部，本部收文后，就该案件为必要之调查及审编。
二、审查
本部收到敌人罪行资料后，即先行审查是否属于战罪之范围，以为审编之根据。其罪行人姓名不明者，即函请有关机关查询，或发交罪行地所在之法院调查，迨罪行人姓名明确后，即付审编。自去年六月底，所有编竣案件皆送外交部译转远东分会。自本年七月初旬，又将案件分为三类，而为不同之处置：（1） 送外交部译转远东分会案件：凡罪行人职阶较高，罪行较普遍广泛，或实施犯罪之手段较残酷者属之；（2） 提付战争罪犯处理委员会案件：凡罪行人之罪行毋须送远东分会者，由本部核列名单，提会通过；（3） 存部调卷者：凡罪行人业经远东分会或战罪处理委员会通过者，将资料编审完竣，汇并一案，备交军事法庭，以佐审理该罪行人时之用。最后为送卷，凡罪行人经军事法庭逮捕后，本部即将该罪行人之战罪审查表，连同原表结及其他证物，一并转送军事法庭审理。
三、战犯罪行种类之统计
查本部自三十四年六月间承办敌人罪行调查审核事宜以来，至三十五年十月二十四日止，共收文二千零七十六件，计十七万一千一百五十二案。经分别作成审查表，共计四千零九份，其中送外交部译转远东分会者，共计一千二百五十七份，计三万六千九百零二案，送战争罪犯处理委员会及就已通过成立之战犯续为审编者，计二千七百五十二份，计六万七千七百七十四案，总计十万零四千六百七十六案，又罪行人无法查明及不能成立犯罪者，计二千三百六十四案。
为提高战罪调查工作的效率，国民政府中央和地方均呼吁并鼓励民众检举战犯。1945年12月21日，蒋介石以国民政府主席行辕的名义发布公告，“凡我同胞，其有身经当日大屠杀惨祸暨在敌伪暴力压迫之下，受有各种枉曲者，余均愿详知其事实及屠杀压迫者之主谋，其目击事实基于正义感而作负责之检举者，余尤乐于接受。”
战时各地负责维持治安的日本宪兵队对平民和国民政府地下工作人员实施非法拘捕、酷刑及各种侵害，且大多为现役，在某地长期驻扎，所以成为检举的重点对象。1945年12月4日，战犯处理委员会第四次会议上，有委员提议“日本宪兵在华无恶不作，似应全部列为战犯”。委员会决议：“1. 仍按一般战犯处理。2. 转饬各受降区汇集宪兵罪行，并设法将宪兵名册呈报军令部，以备提列。”
国民政府陆军总部专门核定了宪兵总部拟定的《人民检举告发日军宪兵罪行办法》，交各战区执行，该条例第二条规定：“凡本国人民于日伪窃据期内，曾被日军宪兵非法侵害者，依本办法向本部告诉，其获悉他人受侵害者，亦得向本部检举告发。”
检举基本来自日军暴行的受害者或遗属，既有一般民众，也有战时国民党抗日组织及其人员，如党部及军统等机关。原北平宪兵队准尉石川正一与其属下宪兵队军曹佐佐木熏作为战犯被逮捕，即因二人被受害人家属检举。具体案情如次：1945年3月，日本人富永政治的汽车被盗，石川命佐佐木逮捕嫌疑人4人，其中一个名叫傅宝印的人被拷打致死。傅宝印的家庭由此陷入困境，傅妻在伪北京大学附属医院做清洁工。日本投降后，傅妻见检举战犯之布告，遂向北平警察控告。1946年4月，佐佐木和石川二人被警察拘留，两个月后转往北平行营所属军事法庭战犯拘留所。
徐州绥靖公署曾通令地方各级组织发动民众，检举揭发日军残害人民的罪行，并奉令将驻扎在徐州的全部日军关押至日俘集中营，对关押在战俘集中营的236名日本宪兵逐一进行了审查。为便于民众检举告发，日本宪兵姓名被登报公布，此外法庭还在门口设置了5处密告箱。
广州行营为使各界民众便于检举指控日籍战犯嫌疑人，于1946年5月24日起，将全部日本战犯600余名拍照在行营军法处门前公开张贴，“并设密告箱及检举表，凡曾被日军侵害或目击其暴行者，均可指控”。
1946年3月，国民政府宪兵二十三团奉命移驻上海，该团第一营驻守日华纱厂，监视看管前驻上海的日本宪兵，并开始登记日本宪兵罪行。据报纸披露，前驻沪日本宪兵共有1028名，在盘踞上海期间，掌握整个上海的特务工作，设立魔窟十处，逮捕无辜同胞，横施酷刑，不知多少人惨死，其罪行罄竹难书。市民控告的日本宪兵的罪行包括屠杀、酷刑、强奸、抢劫和肆意破坏财产。“我宪兵23团接防上海后，已经接获市民控告达350余件。”
这些被检举的案件经宪兵二十三团军法官侦讯，初步确认犯罪事实以后，解送随后成立的上海军事法庭，由军事检察官起诉，提请法庭审判。
此外，上海地方法院布告全体市民，自1945年11月1日起开始进行日本战罪调查登记，原计划至12月31日截止。“嗣以来登记者络绎不绝，故将截止时间予以延长至次年4月30日止”。在5个月的日军罪行调查登记过程中，上海市共收到检举材料13208案，其中包括谋害与屠杀1155案、施酷刑37案、拘留人民施以不人道2案、强奸6案、抢劫27案、强占财产125案、非法勒索1案、贬抑币值发行伪币1案、肆意破坏财产纵火焚烧房屋11824案、轰炸不设防设施7案、破坏历史纪念物1案、强迫平民从事军事行动4案等。
上海还成立抗战蒙难同志会，该会于1945年9月6日举行筹备会，后选举王微君为主席，蒋伯诚为理事长，其成员为“凡在吴主任（吴绍澍）委员领导下之党国同志及在上海地区内或移居上海地区工作同志，因秘密工作为敌伪逮捕者”。
抗战蒙难同志会成立之后，其成员即开始为侦讯机关提供线索，并亲自至战俘营指认，不少日本战犯因此而被逮捕。经蒙难同志会检举，日本宪兵队犯有各种战争罪行的人员就达50余人。
前上海日本宪兵队曹长池田文雄就是经蒙难同志会指认而被军事法庭抓捕，据报载：“（池田文雄）业于昨日上午十一时，由国防部战犯管理处案解上海军事法庭依法侦讯，缘池田于民卅年九月，将我留沪之行动总队中队长崔宪章拘捕，严刑拷打，并遭惨杀，同时崔之妻女，亦遭拘捕，胜利后由死者之父崔玉辰，于月前赴江湾战犯拘留所指认归案云。”
为了尽可能搜集到更充分的战罪证据，上海军事法庭采取多种方式征集线索。最常用的方式是通过登报征集线索，如1947年9月17日《申报》上登载消息，“国防部审判战犯军事法庭，为侦查战犯之罪嫌起见，希望民众尽量检举：（一） 日籍战犯原恒孝，于民国卅二年十一月至卅四年八月止，任上海日本宪兵队沪东分队军曹伍长，任用期内曾有杀害我良民顾冯彪嫌疑。（二） 日籍战犯藤井政二，于民廿八年一月至七月在苏宪兵分队任上等兵职务，清乡时期统制贩运米粮，对于善良商人农民有虐待惨杀罪嫌。（三） 日战犯松尾美夫，于民卅二年八月至卅三年二月止，任日军无锡宪兵队上尉分队长，有无犯罪行为，殊有调查之必要”。
此外军事法庭还派员到战犯实施犯罪的地方开庭侦讯，以便征集当地的证人。战犯芝原平三郎，日本德岛县人，在日本侵华期间，先后任杭州陆军特务机关情报主任、金华特务机关支部长及政治科长、宁波治安科长等职。“该犯系一中国通，熟谙上海及杭州方言，在职期内除刺探我国军事情报，搜括统制各种物资外，并利用当地土豪阶级，招收无赖流氓作其爪牙，诱逼良家妇女供彼奸淫，金杭甬一带妇女受其辱者在数百人以上。”1946年11月，第一绥靖区军事法庭对该案犯提起公诉，在搜集证据的阶段，上海市新亚电器厂经理林超“过去素闻该犯罪恶，痛愤桑梓惨遭蹂躏，激于义愤，已致函军事法庭愿协助调查证据，拟专程返甬联络沪宁两地父老暨宁波抗敌同志蒙难会等团体分别进行，并愿资助当地检举之被害人来沪出庭做证，使该犯罪行无法隐匿”。
上海军事法庭派法官陆起、书记官汪叔良前往杭州一带，请当地政府通告各乡镇，凡在沦陷期间遭彼污辱者，可尽量检举，俾将该犯处以极刑。
1947年5月24日，军事法庭派员赴杭州，26日下午在浙江高等法院开庭传讯有关被害人、告发人及证人，并接受民众检举。
军事法庭在杭审讯三日，获得证据颇多，提供证言的有杭著名汉奸李宝和、冯天保、金德春及多名受害人。
1947年7月12日，国防部上海审判战犯军事法庭审判芝原平三郎，上午开调查庭，由陆起军法官传询证人李子瑜、曾良秉、李珏、吴定月、金如云、龚悦水6人，各证人均系直接被害人，列诉被告罪行声泪俱下。下午接开合议庭，由庭长李良亲自主审，辩论过后，至5时审结。29日宣判。
北平法庭在案件的前期侦查中，也鼓励民众检举告发，曾专门发布布告，“查各机关送交军事法庭羁押之战争罪犯，业经依法侦查分别办理在案，兹查下列被告，因犯罪事实尚欠详确，或因尚无被害人质诉，合将加害人姓名职守驻扎地点列表于后，凡我国人民有受其残杀抢掠敲诈及其他不法侵害者，准由被害人家属或知情之第三者依法详具姓名住址向西北石碑胡同二号本部军事法庭告诉告发，以凭核办”。
布告特别强调被害人的指认是法庭核办案件的重要凭据。如对战犯车均福的审判中，直接受害者作为证人出庭，最终法庭据此对战犯做出判决。据受害人张跃冠的口述，“日军投降后，国民党第八战区将驻长辛店师团的司令官黑田、新城宪兵队翻译车均福逮捕，战区军法处给张跃冠等来了公函，通知去北京做证。张跃冠、城内人孙焕仁、彭伯伦等去了位于北京市石碑胡同的军法处。法庭庭长叫张丁扬。法庭做证的焦点在于车均福是否打过中国人，用的什么刑罚？张跃冠等都一一做证”。
抗战胜利后，为配合审判进行的侵华日军罪证调查基本上采取民众检举与政府调查相结合的方式。武汉行营军事法庭开庭时，庭长刘泽民曾对记者发表谈话，呼吁“官民合作”审判日本战犯，刘有一个比喻称：“军事法庭犹如一只小船，行于大湖之上，欲将湖内每一只鱼的过去行为（即喻日战犯暴行）调查清楚，殊为不易。希望受害同胞及各界人士协同进行，始能将此巨大任务完成，雪我死难及受害同胞冤仇。”
这一调查方式也反映了国民政府对乙丙级战犯审判的“在地化”特征。