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刑法学自身并无独特的研究方法，法学研究的一切方法在刑法学中都可采用。如前所述，刑法学可以分为规范刑法学、理论刑法学、比较刑法学和国际刑法学等理论形态，因而在研究方法上各有倚重。例如，在规范刑法学中更强调注释方法，在理论刑法学中更强调思辨方法，在比较刑法学中更强调比较方法等。下面，将这三种研究方法阐述如下：
注释方法虽非刑法学研究的独特方法，但与思辨方法和实证方法相比，法学研究中的注释方法却是更为古老的方法。在中国封建社会，（刑）法学又称为律学，就是以对律条的注释为主的。例如，《唐律疏议》就是一部律条与注释合为一体的著作，其对法条的注释达到了炉火纯青的程度。在西方中世纪，运用注释方法研究法学的结果曾经形成著名的注释法学派。注释法学派的奠基人是伊尔内留斯（约1055—1125）。这些法学家的主要工作是对有关罗马法的文献进行文字注释，以后发展为较详尽的注释，包括列举注释者之间的分歧意见、各方论据以及作者本人结论，提供适用法律规则参考的有关案例，为便于记忆而归纳的简要准则和定义，以及对某一法律问题的论述等。注释方法具有这种源远流长的历史，这种方法在我国目前的刑法学研究中占主导地位。我认为，在刑法学研究中采取注释方法是必要的，当然还要与其他方法相结合。
思辨方法，从本质上说是一种抽象的或者说是定性的方法。思辨方法起源于古希腊，经柏拉图发展到顶峰。柏拉图将思辨方法归纳为辩证法，成为人类文化宝藏之一。近代德国哲学家运用思辨方法，创立了一个唯心主义的辩证法体系。由此可见，思辨方法在西方文化史上具有重要的地位。思辨方法从其产生之日起，就开始了在法学研究中的运用。古代自然法思想正是抽象的思辨方法的产物。在刑法学领域内，同样具有运用思辨方法的传统。在刑法学研究中运用思辨方法，是进一步深化刑法理论的必然要求。刑法学在研究犯罪与刑罚的时候，不是简单地描述其规范的表象，不是单纯地解释法条，而是要揭示隐藏在这些表象与法条背后的客观规律。
有比较才有鉴别，有鉴别才有发展。因此，比较是刑法学研究的重要方法，它可以开拓理论视野。比较作为法学研究的方法，具有悠久的历史。我国比较刑法的研究才刚刚起步，因而倡导在刑法学研究中的比较方法具有重要意义。这种比较不仅仅是不同国家之间刑法条文的比较，而且是学术观点的比较，在比较中发现真理、论证真理并且发展真理。唯有如此，才能使我国刑法学进入一个全新的理论境界。