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《清史稿·刑法志》中有这样一段话：“世祖入主中夏，仍明旧制。凡诉讼，在外由州县层递至于督抚，在内总归于三法司。然明制三法司，刑部受天下刑名，都察院纠察，大理寺驳正。清则外省刑案统由刑部核覆。不会法者，院寺无由过问；应会法者，亦由刑部主稿。在京狱讼无论奏、咨，俱由刑部审理，而部权特重。”
换言之，清代的刑名制度与明代有一重大差别，三法司之间权力的相对平衡被打破，刑部的权力特重。
在中央层面，宋以前管理刑狱的常规机构是从秦汉廷尉转变而来的大理寺，与从先秦大司寇转变而来的刑部。前者的主要职责是折狱检断，后者则在前者的基础上详覆案件
，作为监察机构的御史台亦积极参与疑难案件的审理。在中晚唐与北宋元丰改制以前，差遣性质的三司使与审刑院在刑狱审理中的话语权显然比常规机构更大。
元代不设大理寺，日常刑狱工作主要由刑部负责，另设大宗正府办理蒙古、色目人案件，中后期又形成“五府”断狱之制。
到明代，中央形成三法司格局。刑部与都察院执掌谳狱，称为“问刑衙门”，大理寺复审，称为“审录衙门”，与宋以前的大理寺谳狱、刑部复审之制正好颠倒。
在明代，由中央处理的刑名事务，绝大多数都要由三法司配合完成。明人在概括本朝刑制时说：“刑狱一事，尤在所慎，既设刑部以掌邦禁，又设都察院以司纠察，兼之问刑，又设大理寺以专审录。”“刑部、都察院职典刑名，而大理寺尤专详谳。”
根据明代制度，由三法司合作完成的刑名事务主要有三类。一是核拟地方报上来的死刑案件文书，二是京师地区需要直接审理的案件，三是中央、地方审录与决囚的工作。
关于核拟地方刑案文书的问题，明代洪武、永乐年间，曾出现过徒、流罪亦需申详刑部的情况，到正统四年（1439）则改为：“凡在外问完徒、流、死罪，备申上司详审，直隶听刑部、巡按御史，各布政司听按察司并分司审录无异，徒流就便断遣，死罪议拟奏闻，照例发审。”
意味着各布政司的徒、流两等罪名，不必再上交刑部处理。
至于死刑案件上报后，三法司的分工问题，学者那思陆将其总结为“平行的两组司法覆核系统”：一组完成“刑部一次覆核—大理寺再次覆核”的程序，另一组完成“都察院一次覆核—大理寺二次覆核”的程序。对于何种案件归于部，何种归于院，那思陆认为，刑部处理的多是民间命盗案件，而都察院处理的多是涉及官吏的案件。
至于为什么会形成这样的局面，其解释则略显含糊。
对于这样的制度安排，要着重考虑到明代地方监察机构的变化，其关节点尤在按察司和巡按御史的隶属关系及其对地方刑名事务的影响。洪武二十六年（1393）规定：“在外都司、布政司、按察司，并直隶卫、所、府、州一应刑名问拟完备，将犯人就彼监收，具由申达合于上司。都司并卫所申都督府，布政司并直隶府州申呈刑部，按察司呈都察院。”
建文以后，五军都督府被取消了刑名方面的职能，各都司有重大刑案，亦改申刑部、都察院。明初按察司是从元代肃政廉访司变更而来，隶属于都察院，与地方布政司、都司是平行系统，对布政司和都司的文武官员行使监察职权。审理刑案，是府、州、县等布政司系统地方官的重要职掌，府、州、县所办案件如无疑问，需按照正常的行政程序上达布政司，而后转呈刑部。而疑狱冤案，特别是因为官吏不法，使百姓蒙冤受屈的案件，则多被申诉到按察司系统，按察司受理处置后，上呈其在中央的领导机关——都察院核拟。
不过，各省按察司的职能在随后的时间里，逐渐完成了一个从监察为主向理刑为主的转变过程。永乐三年（1405），明廷准许了福建监察御史洪堪的建议：“各府州县重囚，必须按察使审录无冤，然后转达刑部详拟。”
正德元年（1506）又题准：“凡布政司官，不许受词自问刑名。”
这意味着到正德年间，原本归属于布政司的刑名职能，被全数转移到本省按察司去，按察司所办案件的申详对象也从都察院改为刑部。至于按察司原本与都察院的连接通道，则被巡按御史取代。巡按御史作为皇帝的钦差，对巡查省份刑名事务的参与度极高。巡按御史由都察院派出，由其所办的重大案件自然要呈都察院而非刑部详议。
各省上报的死刑案件，经刑部或都察院认定无误，被移交大理寺进行中央层面的二次覆核。大理寺对部、院移送来的案件有三种处理方式：第一，凡罪名合律者，回报如拟施行。内有犯该重刑，大理寺奏闻回报。第二，不合律者，驳回再拟。第三，招词事情含糊不明者，驳回再问。
对于京师地区的现审案件，明代也采用“平行的两组司法审断系统”，即刑部、都察院都有问刑听审之责，而大理寺有覆核驳正之权。刑部本衙门审理的案件主要由五城御史、五城兵马司、顺天府、东厂、锦衣卫，及五府、六部等在京各衙门移送而来。都察院审理的案件则多系在外军民人等来京控诉，由通政司转交而来。
洪武年间定制，不论是刑部还是都察院，对本衙门审理的案件都没有定案权，哪怕笞杖轻刑，也要将犯人送到大理寺覆核。
明人在强调这一制度的不合理时说：“夫郡县笞杖得自裁决，民甚便之。大司寇秩至隆重，一笞杖而不能自裁，何其轻也！”
从制度安排上看，明代部、院所审案件能否成立，是由大理寺决定的。如果部、院与寺之间的意见严重冲突，大理寺有参处部、院官员的权力。不过，在具体实践中，大理寺对部、院的制约能力远不如制度规定的那样充分。宣德年间，京师地区现审案件的审理程序，已从部、院先审，大理寺评驳，改为部、院先审，再由大理寺与部、院会同覆审。到弘治年间，一部分案件已不需要大理寺参与，由刑部、都察院自行上奏即可。相比洪武年间，大理寺对部、院所审案件的制衡能力已经大大缩小了。
嘉靖年间，大理寺卿黄绾上疏提到大理寺与刑部关系时说：“近见两寺官，其间历年既久，谙练事体，尽心职业者固多。亦有初入仕途，律之名例尚未通晓，即欲断按庶狱，未免有差。原问官因得指摘罅漏，借为口实，至于参驳。本寺亦不降心，辄逞雄辩，往复数次，淹累囚众。至不得已，只得将就允行，亦有彼此腾谤，遂相挤陷。本缘公务，反成私隙。以致刑狱不清，多此故也。”
可知此际部、寺关系已较为紧张，刑部对大理寺针对其所办案件的指驳多不服气，以致两衙门意气相争。但从另一个角度来讲，既然部、寺之间还能形成腾谤挤陷的局面，可见其制衡关系尚在。虽然大理寺已呈明显弱势，但与入清之后，寺之于部毫无招架之力的情形有所不同。
至于秋后审录决囚的工作，明代分在京、在外两种方式。主要包括每年的热审，五年一次的大审，以及对死刑犯的秋后审录。正德以后，京师热审以刑部为主，大理寺与都察院只在名义上参与其事。
五年大审则由司礼监太监主持，“凡大审录，赍敕张黄盖于大理寺，为三尺坛，中坐，三法司左右坐，御史、郎中以下捧牍立，唯喏趋走惟谨。三法司视成案，有所出入轻重，俱视中官意，不敢忤也”
。
直隶、外省无热审，只有五年大审。由刑部、大理寺派遣官员，会同该省巡按御史进行审录，称为恤刑官。万历年间，巡按与部、寺恤刑官在执法主导权上常常发生矛盾。
据《万历野获编》记载，恤刑官初以“刑部年深正郎有声者应其选”，所以出使时气象隆重，“抚按不得挠其权”。万历以后的恤刑官则多非老练强干、熟悉律例之人，即便地方知府等官也不能心服，更遑论与巡按分庭抗礼。
因此，在地方审录刑案的问题上，出自都察院的巡按御史较刑部恤刑官的权威更胜一筹。
死刑犯的秋后审录，在京称为朝审，其罪囚的来源包括刑部原审和都察院原审两部分。如成化二十三年（1487）十月癸巳：“都察院言，近会官审录重囚，问拟死罪情真者三十三人，请如律处决……既而，刑部又具死罪情真者四十八人以请，复命系之。”
院、部所拟死囚人数比例大约四、六分成。朝审虽是刑名事务，却由吏部尚书主笔，
用时只有一天，“原案未读、囚词未终，即已引去”，其徒具形式可知。囚犯之情真矜疑与否，在朝审前后当由相关法司内部进行甄别剖断，朝审虽是五府、九卿共同参与的大典，但主动权应仍在部、院二原审衙门。
各省、两直隶的秋后审录、决囚，弘治以前由中央派官会同巡按御史办理。弘治二年（1489）以后，各省由巡按御史会同都、布、按三司办理，南北两直隶则仍派刑部主事与巡按御史会都司府卫会审。
各省会审以巡按为主，两直隶则由巡按与刑部官共主之。
综上所述，在明代三法司中，大理寺之权中期以后已被部、院渐次侵夺，虽寺臣屡议恢复而不得。巡按御史对地方刑名事务的发言权极大，是以都察院在地方刑名案件中始终有其触角，对涉及官吏的重要案件，较刑部更为主动。此外，地方五年大审与秋后审录亦以巡按为主，非刑部所能制。至于京师地区的现审案件，与各地按察司所办的普通刑案，则以刑部为主导，进行审理、覆核。
除三法司外，明代的锦衣卫北镇抚司在刑名方面也有很大权力，无法司之名而有法司之实。那思陆总结锦衣卫具有侦缉、逮捕、监禁、审讯、移送、拟罪、执行诸职能。其中“移送”职能起初只是将所本衙门逮捕人犯及招供移送刑部，成化以后附加“参语”，以致掣肘法司。明人感叹：“法司于东厂及本卫之送问者，不敢为一毫为平反矣。刑部尚有何人能少易抚司之按语乎？”至于锦衣卫的拟罪权，主要针对“旨从内降”的诏狱。明臣对皇帝滥兴诏狱，重用镇抚司的做法多有批评，称“自锦衣镇抚之官专理诏狱，而法司几成虚设”
。表述虽有过激之嫌，但亦可见锦衣卫在刑名大案中地位之重要。锦衣卫之外，东厂作为由宦官执掌的侦缉特务机构，亦常借其势力，干涉法司断狱定罪。
论及清代政治制度的渊源，学界大体有两派意见。持汉地本位主义者，强调清承明制。持满洲本位主义者，认为清代制度多有民族特色，受关外传统影响颇大。刑名之政作为王朝最重要的制度之一，研究其从哪里来，总体上沿着怎样的方向发展，有着怎样的时代性，亦是题中第一义。
相对明廷而言，清政权在关外以八旗体制统治全体官民，法律制度和汉地相比十分简陋原始。刑律只有偷盗、斗殴、奸淫、杀人等名目，并无具体律文。刑罚只有鞭笞、贯耳鼻、斩首、纳赎等项，同罪异罚十分普遍。理刑程序也非常简单，寻常户婚小事由各旗各牛录负责，处理刑名事务的仅有刑部一个衙门，刑部审案完毕，即向皇太极面奏请旨，其间并无复杂的文书流程。至于重大刑案，则由八旗诸王贝勒会议处置。关外时期的法令尚严厉，科刑论罪宁重毋轻，贵族高官亦不能免。
入关伊始，以八旗为统治核心的清政权就意识到自身统治能力不足与汉地广袤复杂、政治文化传统深厚之间的矛盾，为了迅速稳定政局，配合军事行动的推进，政权做出了两个重要选择：第一，几乎全部录用乐意为新政权效力的明朝官吏。第二，听从这些官吏的建议，并以这些官吏为主要执行人，暂不讨论其与关外政治传统的异同，在较短的时间内几乎全盘接受了明代的政治制度和行政运作。
和此前的征服王朝，如辽、金、元等相比，满洲政权对胜朝汉制的学习继承是比较迅速的。然而细心拣择史料、体会清王朝入关之初的政治格局，也不难想象这样的场景：一方面，八旗勋贵几无汉地统治经验，主要精力都在作战上，多数人连汉语也不通，一切行政事务，必须假手于投降的明朝官吏。另一方面，关外的制度虽然简陋，但旗人自恃曾倚仗着这样的制度夺取汉地，难免产生马上也能治天下的自负。行政、建议权虽在汉官，但决策权全在旗人，制度继承的过程自然而然充满了博弈与摩擦。
博弈的最终结果，是刑部的事权大大扩张。首先遭到迎头痛击的是大理寺。顺治年间，在并不过多涉及满汉利益分配的问题上，许多明廷独有、清廷在关外没有的刑名制度被满洲统治者囫囵吞枣地接受下来。不过囿于满洲贵族统治者的认识局限，清廷对这些制度的接受很多都停留在表面，而未及实质。这一点，在大理寺的职能上被体现得淋漓尽致。
清廷在关外时没有设置大理寺，一切刑名事宜都由刑部办理。入关之后，为了笼络前朝遗臣，京师的各个衙门都被保留下来，原班安置胜朝官吏，大理寺也在其内。不过，清廷入关之初，审理刑案的程序，仍按照关外的习惯进行，大理寺虚设而已，没有工作可做。顺治二年（1645）六月，大理寺卿房可壮奏请“以照驳、番异之职还归臣寺”，奉旨“该衙门知道”。
奉旨后的刑部并未按照明代旧例，将本衙门所审所核案件送大理寺平驳，直到顺治十五年（1658）五月，大理寺仍上奏说：“凡奉旨三法司核议事理，堂官已经遵行，惟寺属无职掌可尽。”皇帝再次下旨：“应如寺所请，副理事、评事等官亦与刑部司官会议。”
大理寺在明代中后期已经被部、院压缩了职权，入清后愈加沦为可有可无的闲散衙门。由于事简任轻，清初历次裁革冗员，大理寺都在其内。
在京重要衙门的官员如果有外派差遣之事，本职要临时找人署理，但大理寺不在此列。
很快，都察院作为“法司”的权力也受到严重削弱。关外的满洲人对监察系统的作用毫无认识，天聪五年（1631），皇太极在沈阳模仿明制，设立六部管理国家事务，却并未设立都察院、六科等机构。后在汉臣的屡次劝谏下，才于崇德元年（1636）设立都察院。其时，都察院只有稽查建言之责，并不像明朝那样兼作法司，更谈不上巡按各地。入关之初，和大理寺一样，都察院在刑名领域的作用也不为满洲统治者所重视，在处理京师本地案件时，明代“平行的两组审断系统”的传统被中断了，一切刑案都交由刑部审理，都察院不再拥有直接问刑的职权。明朝都察院内设的监狱、刑具也不再设置。不过，在顺治年间，清廷仍然延续了明代的巡按御史制度，这一都察院系统控制地方刑名的核心方式未被撼动。
康熙初年的四辅臣执政时期，旗汉之间的不信任感明显加剧了，汉官在刑名问题上更系统、深入恢复明制的计划也被打破。这种逆动在刑名领域影响最大的，是御史巡按制度的废除。清军入关后的顺治元年（1644），摄政王多尔衮效法明制，向已占领地区差派巡按。到顺治十八年（1661）五月，由四辅臣下令各省巡按停止。
学者研究认为，停派御史主要出于政治、经济两方面原因。在经济上，由于清初军饷匮乏、财政紧张，地方政府与人民对巡按供给不暇，是有停派之议。
政治方面，入关之初的督抚以“从龙”汉军勋贵为主，而巡按则多系科举出身的汉人。顺治年间，二者事权不一，屡屡抵牾，许多督抚被巡按参劾落职。斗争过程中，当权的满洲王公大臣毫无疑问站在汉军督抚一边，是以巡按在顺治年间就屡遣屡停，靠摄政王和顺治帝的支持得以维系。顺治帝去世当年，四辅臣就下令停派巡按。康熙六年（1667），经议政王大臣会议讨论，又将府一级办理刑狱事务的官员，亦是巡按办理地方刑名事务的主要助手——推官一职裁撤。
江宁巡抚韩世琦在顺治十八年七月有奏疏称：
查顺治十八年六月二十九日，准原任苏松按臣张移送都察院未完勘札一件。前事内开，准刑部咨：江南清吏司案呈，奉本部送刑科抄出江宁巡抚朱题前事。奉旨：三法司核拟具奏。钦此。钦遵抄部送司，案呈到部。该本部会同寺、院会查得革职知县陈邦俊一案，先审因本官赃无染指，役拟尚未协律，臣部题驳该抚严审确拟去后，今抚臣朱疏称，再三驳勘，徐邦俊原无染指，衙役张晋接照例拟斩，具题前来。看得徐邦俊居官昏聩，任役丛奸，虽驳审赃无染指，而失察之咎难辞。徐邦俊合依失觉察者律，杖一百折赎，仍革职。衙役张晋接赃银二百两钱二百千文，事犯谕后，该抚遵例拟斩，于例未协，改依一百二十两以上例拟绞监候，该巡按御史再行亲审，限五个月具奏处决。王可式名下赃银三十两亦犯谕后，应杖一百的决，解部流徙尚阳堡地方。二犯赃银照追入官可也。等因。于顺治十七年十一月十三日题，二十五日奉旨：张晋接依拟应绞，著监候，该巡按御史再行亲审具奏，余依议。钦此。钦遵抄出到部送司，案呈到部，移咨到院。准此合札。本官遵照刑部覆奉钦依及察文内事理，即将张晋接再行亲审，限五个月具奏施行。等因。该前按臣张转行按察司覆审去后，旋以奉旨撤差，移送在案……
这是一件顺治末年的死刑案件，分析此案可知，苏松巡按与北京的都察院有直接文书往来，单方面接受都察院的“札”示，这是巡抚所没有的。所以巡按在奉旨撤差后，要将都察院的文件移送到巡抚衙门。而江宁巡抚的题本是直接科抄到刑部，由刑部移咨到都察院。行政与监察各有贯通上下的信息渠道，又在同一层面共同讨论，这与明代地方刑名运作程序是一致的。然而，顺治十八年（1661）巡按一经撤差，都察院就没有了本系统的地方环节，只能通过由刑部“移咨”，而后与之“会同”的方式参与到地方死刑案件的覆核中去。至此，地方徒、流以上重案由县、到府、再到按察司，统由各级正印官审理，依次审转驳查，但均无定谳权，最终经督抚或上奏或咨部定谳。都察院系统在地方的触角被拿掉，都察院虽然仍旧称为“法司”，但因为本身不再拥有“案源”，与大理寺一样，仅作为死刑案件的会稿衙门，辅助刑部工作。
不单在定案阶段，巡按撤差后，直省的五年大审、秋后审录决囚等明代以巡按为主审官的工作，都察院系统都不再有参与的机会。顺治、康熙年间久任刑部、都察院的龚鼎孳说，当时“一切重大狱情，悉取决于仓促之顷，全招既已浩繁，多案又苦丛集，未必一一细经心目，周览无遗，而理事（都察院）御史、（大理寺）评事等官，狱牍全不与闻，且并无效职之地矣。”
大理寺、都察院在刑名领域的式微，自然而然衬托了刑部权力的凸显，但这仅仅是在中央机构的层面。顺治十八年罢遣巡按后，许多汉大臣上疏反对。龚鼎孳在其《巡方止息疏》中，力陈停止巡按之十不可，其中第二不可即专指刑名方面而言。龚氏认为，地方刑狱大案原系抚、按同办，如果裁撤巡按，则巡抚事权太专，一旦错定冤案，司道以下无人为之驳正平反。
换言之，失去巡按的制约，督抚的权力未免过大，是对中央集权体制的严重破坏。对此，亲政后的康熙皇帝亦存有疑虑，于是康熙中前期，在皇帝的亲自干预下，刑部又从地方督抚手中收回两件大事的主导权：一是由刑部取代督抚主导秋审，二是将充军、流刑和涉及人命徒刑的定谳权从督抚改归刑部。
明朝有秋后审录的制度，所有死刑犯中，立即处决的犯人比例很少，大多数都要暂时关押在监狱里，等待秋天的再次覆核，情节严重者才予以处决，称为秋决。其在京者因为要由九卿科道覆审，故又称朝审。明制，秋后审录时将监候犯人分为情真、矜疑、冤抑三类，情真者行刑，矜疑、冤抑俱可不死。因此，凡专秋审之权者，即专生杀。
由于满洲人并没有这样的政治传统，是以其统治集团内部对这一问题的认知也参差不齐。顺治十六年（1659）朝审时，江南道监察御史罗璧等建议顺治帝，虽然法司已经拟有“情真”名单，但希望皇帝“恩自上出”，将“情真”人犯再分轻重，重者亲自用御笔勾决，轻者暂时免死。顺治帝接受了他们的建议，下旨：“勾了的便决了，余者牢固监候。”
到康熙四年（1665）朝审时，四个辅政大臣准备把所有“情真”名单上的人犯全部处死，免去御笔勾决环节。是时，刑部尚书龚鼎孳奏请恳请循先帝旧例，将“情真”人犯再分轻重，办理勾决，却遭到辅臣斥责：
据奏称秋决宜复，凡罪无可疑者即决，罪有可疑者候秋后。前旨甚明，未尝云死罪一概不许秋后。且龚鼎孳前亦在都察院，有三法司会审之责，今又职任专断，应即决，应秋后处决，伊既可以审拟。乃自为宽慈，以上为不宽慈，徇情于下。具奏殊为不合，著严饬，行该部知道。
次年朝审时，又有户科给事中姚文然等上奏请皇帝专门行勾决大典，四辅臣态度更为严厉，代皇帝降旨：
秋决人犯九卿科道会同详审，情罪可疑可矜者减等，情罪真者即行正法，此系定例。姚文然、孙际昌既在会议之列，各犯内果有情罪可疑可矜的，即应于会议之处说出。今请缓决，自为仁慈市恩于下，具奏殊为可恶，著吏部议处具奏。
在汉人的观念里，由皇帝以勾决的形式为死刑案把最后一道关，既有慎重民命、减少杀戮的实际作用，更是皇帝生杀大权决于一人的体现。这种崇君权、扬君德的建议，通常是不会被统治者误会拒绝的。显然，辅臣们认为“勾决环节”与“会议环节”在断罪决囚方面的作用似乎重叠，全然不能领会其政治意义的差别，反而断言龚、姚等人“徇情”“市恩”，将前者申饬，后者议处。可见相较于顺治年间，此时的旗汉关系与刑名体制的汉化进程都出现了明显的逆动。
年轻的康熙皇帝自幼受到良好的儒家文化教育，对此事的见解显然较辅臣们高明得多。他对秋审制度非常重视，不但认可皇帝要亲自主持最后的勾决环节，且对巡按罢遣以后，地方督抚全权掌握秋审主动权，霜降前请旨施行不过具文的状况表示不满。他发上谕给刑部说：
自古帝王钦恤民命，务期狱无枉纵、谳决明允，以成刑措之治。朕每于秋决重犯，特为详慎，惟恐一夫有冤，以伤和气。向来朝审之例，先期进呈招册，然后九卿科道会审覆奏完结。乃各省秋审奏本内止有节略，观览未能明晰，又有秋审后续到者，不及入覆奏案内，以致留俟来年，殊为不合。以后各省秋审应令照在京朝审例，豫期造册进呈，亦著九卿科道会同覆核，奏请定夺。其造进呈招册及奉旨结案行咨，俱应限定日期，尔部一并详议定例具奏。
康熙年间的秋审与明朝已有所差别，分为情真、缓决、可矜可疑三等次。这些死刑监候案件在当初题奏时，其罪名已由刑部定谳，等到秋审九卿科道会议时，刑部作为发起会议的主稿衙门，其对个案意见的影响力自然超过各省督抚。此后的御前勾决，又系在九卿科道会议基础上完成，是以从此时起，秋审的主动权由督抚之手转移至刑部之手，而刑部、九卿所定的“情真”人犯最终是生是死，则全在皇帝一勾。
至于充军、流刑案件归部定谳一事，亦是在清初的特殊背景下产生的。隋唐以来，刑名案件的办理程序大都分为京师与地方两种情况，京师徒流罪交给中央法司审理，而在地方上，元代以前大体只有死刑和疑狱需要“奏谳”，即交中央法司议拟、覆核。明代前期曾一度有将地方徒、流罪亦呈报部、院的情况，但最终仍回到死刑“奏谳”的轨道，徒、流犯人由地方按察司“就便断遣”即可。
这是国家疆域辽阔，政府行政经费有限的客观条件决定的。
清政权来自东北，因为倾全族之人口进入汉地，在入关之初，东北地区人口锐减，是以顺治年间，各地依照明律被判处充军、流放刑罚的犯人并不按照明律定地发遣，而是一律送进京城，交刑部再发往奉天、乌喇（即今吉林地区）等地，充实东北地区。既然人犯送往刑部，那么相关的案情档册自然也要咨部核查，如果刑部认为情罪不确，自然也可以驳回，令地方覆审。
因为南方汉人发遣东北地区水土不服，多有冻馁而死的情况发生，汉臣屡次建议恢复明朝旧制，仍将流刑犯人按照律例定地发配。
到康熙十九年（1680），经九卿会议最终决定，今后普通的军、流人犯不必再发到奉天，而是改回明朝的做法，按照罪行轻重，分别远近发配。只有那些罪行更严重的——免死减等的人犯，还照旧发往吉林乌喇。
制度改变后，虽然各地军、流人犯不必再送到刑部，从京城发配，但流刑案件要经刑部批准才能定案的旧制被康熙皇帝保留下来。
除军、流案件以外，涉及人命的徒刑案件也需由刑部定谳，督抚拥有自主定谳权的最高刑罚，只是不涉及人命的徒刑案件。清代中央对地方刑名案件的控制力超越历朝历代达到史上最高，刑部处理案件的工作量也空前庞大。
另外，清代在政府的法司系统之外，并没有一个类似于明代锦衣卫那样直接由皇帝控制的断狱机构来分法司之权，即便是重大的政治类案件，皇帝也只会钦点亲王、大臣等与刑部或三法司会同审理。大多数情况下，刑部因为掌握律例而作为主稿衙门负责定罪量刑，会审王大臣主要起到监督作用。
总而言之，到康熙中前期，清代的刑名体制已从入关后全盘向明朝学习的方向岔开，开始形成新朝的新模式。刑部对地方刑名事务的空前控制力，在寺、院二法司式微的衬托下，突显其“天下刑名之总汇”的重要地位。发生在帝国各个角落的每一桩军、流以上案件核拟发落，全国范围内的每一项刑名政策的批准实施、每一条法律的订立修改，都由刑部主导办理，这与地方刑名事务中同层集权特点是协调一致的，充分体现了王朝在刑名问题上对于行政效率的重视与推崇。唐宋以降到明代，王朝在同层面内对刑名事务着力分权、重视监察制衡的传统至此有了新变化——由分权改为集权，由重监察转为重行政。在随后的时间里，优化刑部的行政效率，成为清王朝改革整个刑名体制的中心议题。
清代刑部衙署的位置在皇城以西，所据为明代锦衣卫衙门故址。光绪《顺天府志》具体记载了刑部内各司位置：“（刑部）大堂东向，直隶、奉天二司在堂左右。左廊湖广、广东、陕西三司，右廊河南、山西、山东、江西四司，及司务厅在二门外，江苏、安徽、福建、浙江、四川、广西、云南、贵州，并督捕司凡九，在南夹道内。督催所在江西司稍北。西南、西北二隅各置狱，曰南北所。围垣东大榆树一株，传为明杨继盛手植云。又有赃罚库、秋审处。律例馆旧在西长安门外，岁久渐圮，乾隆三十七年移建于太常寺后。”
从顺治到乾隆中期的百余年间，刑部的机构设置处在不断变化之中。顺治年间，刑部内设机构的主体是清吏司。清吏司与地方各布政司相对应，包括江南、浙江、江西、湖广、陕西、广东、山东、福建、河南、山西、四川、广西、贵州、云南共十四司。那些不归属于十四布政司的地区与衙门，如沿袭自明朝但尚未归并入州县的各地卫所，直隶、顺天府所属各府、州、县，盛京将军、宁古塔将军管辖的东北地区，漕运总督、河道总督所属兵民等等，由各清吏司分别带管。（见附表一）以上主管、带管地区、衙门，凡有军、流以上案件，“题者、咨者到部，（对应清吏司）各凭其供勘，察其证据，按其律例，覆其断拟，具稿呈堂而定以准驳”
。康熙年间，江南一分为江苏、安徽二省，刑部江南司亦分为江苏、安徽二司，二省咨题案件由二司分别办理。
康熙三十八年（1699）十一月，负责抓捕旗下逃人的督捕衙门从兵部撤销，改归刑部。刑部内增设督捕厅，分为前后二司。
雍正十一年（1733）七月，经刑部尚书庆复奏请，将督捕厅撤销，前后二司并为一司，是为督捕清吏司。
督捕司不办一般咨题案件，专办旗下逃人事务。
清初，京师五城、在京八旗、盛京刑部和各省驻防旗人中的徒罪以上案件，以及皇帝临时交办的钦案，由刑部本衙门亲自审理，称为“现审”，分配给事简各司办理。雍正五年（1727），刑部正式增置左、右现审二司，每司设定额司官，铸印办事。
其中右司专管直隶刑名，左司专管奉旨交办事件。乾隆六年（1741），因为现审案件专门设司办理“易开交结串通之弊”，遂将左右现审二司撤销。左司改为奉天清吏司，办理奉天各州县及宁古塔将军所属地方的案件；右司改为直隶清吏司，专办直隶地方案件。至于京城现审案件，则由各司掣签承审。
至此，刑部形成了十八清吏司格局，并一直延续到清末。那些较晚列入版图的边疆地区，其刑名事务被分配给邻近省份对应的清吏司办理，如新疆所属刑名事务归陕西司；察哈尔右翼与绥远将军、归化城副都统、定边左副将军、科布多参赞大臣、库伦办事大臣所属刑名事务归山西司；察哈尔左翼刑名事务归直隶司等等。（见附表二）
与现代行政机构中区分业务部门与综合部门的组织构架不同，清代六部采取业务部门与综合部门、对内事务与对外事务混合安排的管理办法。一个清吏司所管事务大体分为三个部分，第一部分是该司对应省份的一切刑名事务；第二部分是负责与固定的衙门，如漕督、河督、在京部院、八旗、九门等进行文移往来；第三部分是带管部内诸如人事、财务、装备、后勤之类事务性工作，或是那些并未单独设立机构的简单业务工作，如办理热审、恩赦、刑犯发落、汇题汇奏等等。
相对而言，清吏司对应省份刑名案件多，该司即以核办该省刑案为主，带管事务较少；对应省份案件少，则带管事务较多。其繁者如湖广清吏司，主办湖北、湖南所属刑名之事，除此之外只带管湖广道御史、荆州将军文移。而较简者如山西清吏司，主办山西及察哈尔右翼与绥远将军、归化城副都统、定边左副将军、科布多参赞大臣、库伦办事大臣所属刑名，带管则包括内阁、翰林院、起居注馆、内廷各馆、中书科、内务府、北城御史、崇文门文移，以及关领本部纸张等物，汇题各省年例咨报之案。那些前期简而后期繁的司分，如四川清吏司，其带管事务按主管事务之简繁前后亦有所变化。
除清吏司之外，刑部内还设有一些专门机构。顺治年间就设置的有管理书吏、差役和各地来文挂号的司务厅，管理监狱的提牢厅与司狱司，储存赃银、赃物的赃罚库等等。其最重要者是汉、清两档房。汉档房与清档房是《会典》中的叫法，在刑部内，汉档房被称为科钞房，负责抄写、校对、保存各省具题案件的科钞题本。清档房被称为档子房，负责现审案件的单题、会题以及本部奏折的抄写、校对、保存。
以上各机构同清吏司一样，都专门设有官员，如司务厅设司务，司狱司设司狱，赃罚库设司库，清、汉档房设堂主事以及缮写笔帖式等缺。不过，这些机构所设缺额较少，往往不能满足工作需求，刑部堂官要从各司司官中另选人手，兼办该机构相关事宜。
雍正、乾隆以后，刑部内又陆续增加了许多机构，负责专项工作。如督促各司办理文稿、审理案件的督催所；管理本部官吏津贴补助——饭食银发放的饭银处；专门办理秋审的秋审处；增修、删改律例的律例馆；办理在秋审和恩赦中减等发落案件的减等处；收管印信、管理值班官吏的当月处；办理官员缴纳赎罪银事务的赎罪处等等。雍乾以后设置的这些机构没有专设官员，需由堂官从各司选派，兼办其事，汉语称为“差委”，满语称为“乌布”
。由于从各司抽调出来兼理这些专项事务的司官大多精明干练，较专办一司事务之员更优，乾隆以后，这些新设机构的重要性往往比十八清吏司更高，其中尤以秋审处、律例馆为最。