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与前代相比，清王朝的统治者主要面临三大难题：第一，它并非传统的华夏政权，君主是东来的满洲人，核心统治集团是多民族共同体——八旗，在华夷之辨的意识形态下，政权合法性天然不足。第二，清王朝政权稳固后，人口激增，19世纪初总数已达四亿之多，人与资源的关系空前紧张，社会矛盾日益复杂。第三，清代中前期，通过武装征服、改土归流等手段，政权的直接控制区大大扩张，边疆地区土地广袤、民族成分复杂、经济文化发展水平差异很大，各民族人民之间既相互融合又摩擦不断，中央政府鞭长莫及。在这种情况下，欲维持和加强专制主义中央集权，确保政权长治久安，清王朝需要在国家的治理能力，即政府行政层面做出更多努力，使其统治更加高效有序。
行政学的创立者威尔逊在他的著作《行政学之研究》中提出了这样一个观点：那些长期处于垄断地位的专制政府，由于不需要依赖国民的同意而存在，就不需要争论国家主权由谁掌握这类政治层面的问题。但为了使政府长期保持垄断地位，垄断者对发现尽可能不激怒民众的垄断方式最感兴趣，且能及时采取快捷高效的手段。简而言之，拥有开明君主的专制政权，最注重社会秩序的建设，是以在行政层面，可以取得卓越的成就。威尔逊赞美专制的法国、普鲁士掌握了“改善行政方法的艺术”，已经走向自由的英国、美国虽然成功实践了“抑制权力的艺术”，但政府治理社会的能力却逊于前者。
用威尔逊的理论看待中国历史，历代皆行“秦政”的中国专制王朝，在国体上一脉相承的同时，不断进行着行政体制改革。时至清代，一个合法性天然不足的统治集团，面对一个领土极其广袤、人口与资源关系空前紧张的统治对象，想既维持旧体制，又确保统治的长期稳定，是不容易做到的。然而历史的事实证明，延续了200多年的清王朝基本做到了这一点。这当中涉及的因素极多，有一点要特别提到的是：切实追求“改善行政方法的艺术”，是它在严峻考验下得以维持长期统治秩序的重要保障。
清代政府行政以钱粮、刑名两项为最重，贯穿于从州县到中央之间的所有环节。前者让国家从民众手里获得运作政治的资源，后者维护政权的存在与社会秩序。二者构成王朝赖以存在的基础，也与一般民众的生活密不可分。
因为合法性焦虑是困扰清代所有统治者的头号问题，所以其政权的统治策略，特别是对各阶层、群体所展示出的统治态度，自始至终与此问题息息相关。对那些掌握话语权的、对前朝政权和华夷之辨眷念执着的、有可能对本朝政权合法性提出质疑的汉人士大夫、地方绅士，清朝统治者习惯于摆出更强势的姿态，对其讲学、结社、发表言论、扩张财富、参与政治等行为，多采取强力干预，甚至严厉封禁的手段。但对更关注个体生存状态而非政权属性的广大中下层民众，清朝统治者则倾向于使用关照安抚的策略，譬如将税赋均平、社会公正等普通人最关切的事情，拔到很高的位置，不仅仅视之为技术性的政府行政职能，而是直接与政权合法性挂钩，通过宣扬君主在这些领域的“仁政”，弥补自己的天然缺陷。是有所谓“我朝深仁厚泽，固属美不胜书，然大要则有两事：一曰赋敛轻，一曰刑狱平。赋轻则不至竭民财，刑平则不肯残民命”。
雍正年间，朝鲜使臣曾记录清朝君臣就满洲统治正统性问题的谈话。其间，雍正帝回忆到乃父康熙帝兢兢业业，勤政唯恐有失的原因时说：“想先帝欲图久远，见推背图云‘胡人二八秋’，即行批仙，求大仙明示何所谓胡人二八秋，朕当重修庙宇。仙批云：‘不用修来不用修，谁识胡人二八秋。红花落尽黄花发，五月干戈八月修’。先帝欲明此语，终不能明，一惟从宽省刑薄税，听从天命而已。所以刑部每停秋决，广善库设法借俸。”
所谓推背图之语，所示无外乎胡无百年运之类，康熙帝为求心安，能做的就是颁布省刑薄税的惠政，其中重要一项，即是刑名领域的停止秋决，从绝对数量上少杀人。
不仅仅是康熙皇帝，有清一代，“慎重刑章”都是其基本国策，统治者将“人命至重”的理念摆在了国家治乱的高度加以理解。嘉庆帝曾亲撰《慎刑论》，并颁赐大学士、三法司堂官和各省督抚、按察使共60人。
他在文章中提出了国家慎重刑狱的四点必要性：保全良善、翦除邪慝；辅助教化、端正风俗；惩治纵欲枉法、顽视人命之酷吏；避免上干天和，引起水旱灾荒。
可见在清帝的认知中，慎重处理刑名事务是维持社会秩序、稳定统治基础、整肃官僚队伍，乃至展现天人合一形视角下帝国合法性的重要手段。而在君主专制政体下，皇帝的重视，自然也是一件事情获得权力与资源的基础。
虽然政权对刑名事务高度重视，但其在实践中的规模、能力和运作方式，毕竟要受到政府可支配资源的限制。有清200多年，财赋主要仰赖于小农经济的状况没有发生根本改变，税收制度与政府执行力也与前代一脉相承，而随着人口数量迅速增加，政府实际控制区域不断扩充，人与资源矛盾日趋紧张，社会治安压力不断加大，清朝刑名体系的设计，只能尽量在两个原则之间找到平衡点，即强化国家权力、维持社会秩序，与控制资源投入、减少运行成本之间的平衡。
为此，清王朝在继承明制的基础上，设计了一个自认为齐整而高效的理想刑名体系：对于民众之间涉及户婚田土钱债方面的小矛盾，主要通过乡党宗族调解解决，即便一定要诉诸官府，也由州县官员依照情理调和劝谕了结，或是施以笞、杖薄惩，不必严格按照律例断拟，
也不必解往上级衙门。一言以蔽之，就是不要占用过多的政府资源。
这些类似于现在民事纠纷的案件，一般被称为自理词讼。在清代，“使民无讼”既是儒家意识形态追求，又是州县地方官的切实治绩。嘉庆皇帝的御制文集中，与《慎刑论》《慎刑续论》并列放在一起的，是一篇《息讼安民论》，内中一再强调“慎刑以息讼为先，息讼以勤政为本”
的道理。各色循吏名宦所著的官箴书中，也多有“劝民息讼”的教条。在脆弱的小农社会，减少民间因为“喜胜争强”而引发的不必要官司，不但能降低政府的行政成本，对平民私产也有一定的保护作用。毕竟一入公门，就要面对无数需索，“幸而偶胜，则前此焦心劳身，费财失业，将来家道定就艰窘；若理亏坐罪，则破家荡产，身受刑系，玷辱家声，羞对妻子……”
无论胜负，都是贻误农事、废业耗财的双输局面。
至于徒罪、流罪以上较为严重的案件，特别是危害到社会治安、名教伦常，甚至国家统治的命盗重案，清王朝的态度就陡然严正起来——这是他们必须要表现慎刑姿态、国家权威，乃至政权合法性的领域，行政成本变成了次要问题。
针对这些较为严重的刑名案件，清王朝制定了一套同级集权——纵向监督的刑案审转覆核制度，这里所谓的“集权”，不仅是通常所说的中央集权，而是在每个行政层级上都进行集权。在地方上，刑名事务有内地直省与边疆军府两种管理体制，其中直省由州县、府（直隶州、厅）、按察司、督抚组成，由各级正印官依次审转驳查，经督抚达部、上奏。边疆地区则根据各自情况，多由理刑章京、驻防将军完成这一工作。
以直省为例，一件起于州县的重案，审转程序大体呈现这样的面貌
：如果是一般徒罪案件，经知县、散州知州初审后，将人犯解往所在府或直隶州（厅），由知府或直隶州知州、直隶厅同知覆审，然后将定拟文书上达按察司，再达督抚，督抚20日内批结，同等级案件按季度汇齐，咨刑部备查。
如果是充军、流放、发遣等级的案件，以及牵扯到人命的徒罪案件，由州县初审后，将人犯解往府或直隶州（厅），由知府等覆审，而后解往按察司再审，按察司定拟后将文书上报督抚，由督抚专案咨刑部核覆，刑部年终汇总，以题本的形式向皇帝汇报。
如果是斩绞重案，以及由斩绞减等的充军、流放、发遣案，由州县初审后，将人犯解往府或直隶州（厅），由知府等覆审，而后解往按察司再审，最后经督抚亲审，以题本的形式专案向皇帝上奏，同时以揭帖的形式抄送刑部、都察院、大理寺。乾隆以后又有依案情轻重，将凌迟、斩枭、斩决之类的特重案件，通过密折形式专奏的做法。
在这样一套审转制度中，最严重的斩绞大案在没有往返驳正的情况下，人犯至少也要经过州县、府（直隶州、厅）、按察司、督抚，四次“过堂”审讯，虽然在实际的审讯中，督抚有时并不亲临现场，而是委托其他官员代为出席，但在名义上，他们至少要亲自承担这样的责任。至于这些案件相关的文书案卷，则必须千里万里送到京城，至少经过刑部等三法司，和皇帝两个层级，涉案人员的命运才能被最终决定下来。
总而言之，在清代，对一件徒、流以上地方刑名案件而言，其所经过衙门的正印官，都是该案的唯一责任人，权力之集中，是前所未有的。既然同级层面内没有相应的制衡力量，对于每一个层级的监督，就要采取上级监督下级，中央监督地方，皇帝监督刑部并全面协调中央与地方衙门关系的方式。监督的对象有两个，一是刑案本身，二是参与办理刑案的相关官吏。
需要强调的是，这种监督并不是按照行政层级的顺序依次进行的，而是根据案件发展的具体需要。上级衙门对刑案的监督主要通过三种方式：第一是案件已经审转到某层级，该层级官员通过“驳审”，实现对此前审理层级的监督。一件刑案由县达部，层层可驳，谓之“府驳”“司驳”“抚驳”“部驳”之类。大案被驳，是常见现象，有所谓斩绞大案“上司未有不驳”之说。
第二是案件尚在低级衙门的审理当中，但基于文书流程和审转流程的非同步性
，督抚等高级官员即可下令停止该案正常的审转程序，迅速将犯证押解省城，由按察使、首府等更重要的官员亲自审问。第三是原、被告不满下级衙门的审理而越级上控、京控，上级衙门乃至皇帝本人派出专员，直接干预案件审理。
与地方上不论名、实都是同级集权的问刑体制相比，中央政府在名义上是分权的，即有众所周知的三法司会议制度。但是和明代相比，清代中央问刑实践中的分权色彩被大大削弱了，趋向于以皇帝—刑部为中心的纵向集权。
事实上，隋唐以后，三省六部的政治体制被逐渐强化。明初废相后，六部地位提升，上承天子，分领国家某一方面的政务，是政府的最高行政机关。清代皇帝专制程度又胜于明，内无强势的阁臣与宦官，科道言官又遭到刻意打压，行政系统备受皇帝倚重，其中尤以户、刑二部为最，这与钱粮、刑名两项最基本的政府职能相对应。其时，刑部被称为“天下刑名之总汇”，虽与大理寺、都察院并为法司，但“部权特重”，上承天子，下控直省边疆，有“天下人命系于刑部一官”之说。通过加强刑部的职权来带动、协调王朝刑名事务的运行，是清廷维护社会治安与统治秩序的关键。观察刑部在有清200多年的发展变化，亦可窥知清代国家的统治方式与政治追求。
对于清代这一同层高度集权、上级监督下级的法制体系，法学背景的学者大多评价不高，其中日本学者岛田正郎的评价很有代表性。他说：“郑重反复之覆审制度，对百姓而言，仅系增加被剥削的机会而已，毫无公平正义之情形，是以百姓宁屈死不讼，多选择屈死一途。”
而与之相反的是，尽管亲身经历、亲眼所见这一制度的负面影响，如成本过高、效率低下、官官相护、犯证拖累等等，但清人对本朝这一制度的总体评价非常之高。道光年间的政论家管同就总结过这一制度与王朝命运的关系：“自古圣贤皆言省刑，未有或言峻法者也。汉以文景为盛，网漏吞舟之鱼。宋以仁宗为盛，所用者或止于鞭朴。惟商鞅治秦，王猛佐苻坚，皆教之峻法以杀人，致二秦之祚不长。国家慎重人命，旷古未闻。盖古者富侠酷吏操生杀之权，今虽宰相不能妄杀一人。古者人命系乎刑官而已，今自州县府司督抚以内达刑部而奏请勾决，一人而文书至于尺许。民之感激也深，天之垂佑也至，社稷延长，端赖于此。”