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信息系统的安全目标有很多表述方式，从安全的机密性、完整性和可用性3个方面出发，详细的通用定义如下：在法律法规和政策标准的指导下，在现状评估和风险分析工作的基础上，通过采用合适的安全技术与安全管理措施，加强系统在物理安全、运行安全、数据安全和保密管理等方面的综合防御和应急处理能力。确保复杂信息系统中的数据获取、检测控制、存储分析等过程的高效性、保密性、完整性和高可控性，有效防范、及时发现并处置各种潜在威胁，完成安全保障任务。复杂信息系统和信息系统的安全目标整体上一致，但在具体需求维度和子目标方面存在不同，下面分别阐述。
1.安全需求
信息系统安全可分为物理安全、网络安全、主机安全、应用安全和数据安全5个层次，但复杂信息系统不同于普通的信息系统，复杂信息系统和普通信息系统在安全需求方面存在一定的差异，主要体现在以下几个方面。
（1）物理安全方面。复杂信息系统地域分布广泛，受气候、地理位置等环境因素的影响较大。如某复杂信息系统设备可能部署在海底甚至高山的山顶上，设备所处的气候环境比较恶劣，无法采用单一技术手段对设备进行统一的管理，难以用普通信息系统的物理安全策略和手段保障物理安全。
（2）网络安全方面。复杂信息系统网络结构比普通信息系统更加复杂，网络拓扑结构也非常复杂，单一的网络安全策略和技术手段无法保障复杂信息系统的网络安全。
（3）主机安全方面。复杂信息系统的设备类型繁多，各种设备的操作系统和服务不同，要管理诸多设施设备，并保证所有安全设备存在同种安全基线和安全状态非常困难，需要分类实施有针对性的主机安全策略，如要对操作系统、数据库、中间件按次序完成补丁升级。
（4）应用安全方面。复杂信息系统除主机所承载的系统基础应用外，涉及的业务繁多，业务相关的应用更加海量，而且类型多样，除使用常规的安全应用软件外，有必要有针对性地定制适用于当前复杂信息系统的安全管理应用，并实施有效的管理策略。
（5）数据安全方面。复杂信息系统的数据量增加，数据类型也异常复杂，系统中海量的多源异构数据会导致安全防护难度加大。
2.安全目标
复杂信息系统中所有的安全设备、安全管理制度和安全策略都围绕进不来、拿不走、看不懂、改不了、跑不掉和打不垮6个安全目标。
（1）进不来：使用访问控制机制，阻止非授权用户进入信息系统。
（2）拿不走：使用授权机制，实现对用户读权限的控制。
（3）看不懂：使用加密机制，确保信息不暴露给未授权的实体，实现信息的保密性。
（4）改不了：使用信息完整性鉴别机制，对用户写权限进行控制，保证系统完整性。
（5）跑不掉：使用审计、监控等安全机制，对行为进行实时跟踪和记录，提供调查依据和手段。
（6）打不垮：使用安全防御技术和容灾手段，抵御灾害及恶意攻击，维护业务的连续性。