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《史记》是部通史，基本上它是一系列客观的历史记载。那么，司马迁如何在客观的历史记载中表现他的思想，或我们当从何处发现他的思想呢？
这可从以下四类文字中寻求。第一类，《自序》：一百三十篇中，只有这一篇是司马迁在讲自己和跟自己有关的事情。其中有司马谈的“论六家要旨”，是关于司马迁思想背景的重要参考资料。其中叙述自己受命作史的经过和作《史记》的缘故，司马迁对自己的思想作了最直接的表露。其中有“叙目”，对于各篇的作意或重点，都有说明；尤其从“嘉某某，作某某”的文字上，更可见出他的思想。第二类，“太史公曰”：太史公曰有四种功能，其一是“述褒贬”。
司马迁在这里对历史人物与事件，可以作直接的批判，并吐露一己的感慨。他在这里可以“善善、恶恶、贤贤、贱不肖”，可以“别嫌疑”“明是非”，甚至“贬天子”“退诸侯”“讨大夫”。
“太史公”曰中多有“岂不谬哉”“岂不仁哉”“岂不以哉”“岂不哀哉”“岂不亦伟哉”“岂妄也哉”“悲夫”“惜哉”，以及其他的论断语句。这些正是寻找司马迁思想的最好指针。第三类，叙事中所夹之论断：司马迁在叙述史事时，时而杂以论断。这些论断，有的是直指，有的是暗示，有的且引他人之语以寓论断。第四类，其他：除以上所举三类外，还可从标题上（如为项羽立本纪，将孔子、陈涉列世家，仲尼弟子有传，酷吏、佞幸指斥其名）、书法上（如孔子卒，周太史儋见献公语，皆屡书而不一书），以及记事的轻重详略上，看出司马迁的用意。总之，《史记》亦如《春秋》，其中有刺讥褒贬，有正言反语，有微词隐义，必须真正掌握住司马迁所肯定的和所否定的，才能进论他的思想。
司马迁的思想既可探寻，但应从何处下手呢？这是一个十分重要的问题。近人论诸子思想（如孔子），每喜将某一家思想，区分为政治、经济、社会、教育、伦理、宗教、军事思想等范畴。这样的区分与研究，固然比较整齐细密，但极易流于呆板的形式，造成平面的叙述，而看不出其思想的线索、层次和彼此间的关联。须知真正的思想家是不会把自己的思想分裂割离为若干部分的，每个思想家也未立意要对政治、经济、社会、教育、伦理、宗教、军事等各方面，分别建立一套有系统的思想。但我们知道，每一位思想家都有他的立场、他的思想的出发点和他关心的主要问题。研究者应当摸清他的立场，抓住这个出发点，然后顺着他的思想线索，去看他对问题所涉及的各方面作如何的看法，这样才能把握住他的思想。本此认识，本文在讨论司马迁的思想时，将避免以上所说的弊病，而先从司马迁对历史思考的出发点探究起。
司马迁历史思考的出发点，在于“论治”。《论六家要旨》篇首言：“夫阴阳、儒、墨、名、法、道德，此务为治者也。”《滑稽列传》引孔子说：“六艺于治一也。”六家皆务为治，六艺于治为一，所着意者皆在“治”之一字。以上二句虽非出自太史公之口，但观其所引，他是赞同的。他既要“考信六艺”，又说：“天下言六艺者，皆折衷于夫子。”
可见他是主张载籍以六艺为断，而六艺以孔子为归的。这不但在取材上是如此，就是在思想上也常常表现出来。他说：“先人有言：自周公卒，五百岁而有孔子，孔子卒后，至于今五百岁。有能绍明世、正《易传》、继《春秋》，本《诗》《书》《礼》《乐》之际，意在斯乎！意在斯乎！小子何敢让焉。”
《易传》《春秋》与《诗》《书》《礼》《乐》，不就是六艺吗？换句话说，他所自承不让的，乃在欲据六艺的思想以从事著述。六艺于治为一，而其中司马迁明言要“继”的《春秋》，更是“长于治人”，故说太史公的历史思考的出发点是要“论治”。而这与他的写史立场
——“古史官”赞治的立场（周官释史“史掌官书以赞治”）——也是相符合的。司马迁著史，既要“稽其成败兴坏之理”，又说“居今之世，志古之道，所以自镜也”
，“述往事，思来者”，“俟后世圣人君子”
，分明是要从历史中找出一些规律或教训，来教育同时并世之人，并留传给后人作为参考。司马迁之论治，于全书一百三十篇中皆可见，但与十表及八书尤有关系。《史记》的表与他史不同，“表者，所以表天下之大势与理乱兴亡之大略，而观一时之得失。”
八书为司马迁论治之言，所记的乃是国家的大政、大法，咸与治道或治法有关。因此，我们在探讨司马迁的思想时，更应多予注意。