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哥伦比亚大学为一所私立综合大学，创立于1754年，由英国国王批准建立，原名“国王学院”。学校拥有文、理、工、医等16个学科性学院，是美国最早的研究生院中心之一，每年开设5500余门专门课程，以培养政治、经济高级专门人才为办学目标。美国政、商两界的高层人物，出身哥大者不计其数。
学校位于纽约市中心的曼哈顿，是个典型的都市大学。硕士学位的学制为期一年，主要是完成一篇学位论文。这期间，马寅初的兴奋点在于用西方经济学的方法和视角分析中国政府的税收状况，发现诸多亟待改革的弊端。论文题目定为《中国的国家税收》（Public Revenuesin China）。这是中国学子最早用现代经济学理论研究中国税收的成果。当时中国尚处于封建王权的体制之中，税收的功用主要在于供养皇室和官府的各种开销，远不具备西方工业国家的税收调节经济节奏、平衡不同阶层利益、提供公共服务的功能。收取方面也缺乏法制程序，以致成为百姓永无止境的负担。而百姓也决然没有纳税人的权利意识，更不会监督税收的使用。这些，用西方税收眼光看去，都是值得关注，并需给予说明的新问题。1911年，马寅初获得哥伦比亚大学经济学硕士学位。
辛亥革命爆发后，1912年新成立的民国政府中断了留学公费补助，同学们纷纷返国。在耶鲁时与马寅初同住“467Fayer⁃weather”房间的好友王正廷（后任民国政府外交总长），力劝马寅初同行：“国内爆发革命，正是我辈回国效力的好时机。”马寅初认为，“了解美国的财政经济管理来整理中国混乱情形，比做官要有一点贡献”，决意攻完博士学业再回国。哥伦比亚大学实行半年学制，学年自9月至次年5月，马寅初在假期中便去餐厅、码头做工，半工半读坚持学业。“咬定青山不放松”的顽强意志，使他坚持下来，成绩十分优异。马寅初旺盛的求知欲本就被师长们喜爱，当得知他的生活费及学费都是靠繁重的体力劳动挣到的，他们就更为感动。深爱他的导师、美国著名财经专家萨里格曼教授，决定个人资助这位得意弟子，助其心无旁骛地完成学业，还计划安排《丛刊》出版马寅初的博士论文，并负担其中80%的费用。
萨里格曼的帮助，解除了马寅初的后顾之忧。接着便是另一个难题：确定博士论文选题。当时大多数文科留学生，因为接触新学科的程度尚浅，对美国社会的了解也有限，为顺利完成论文，一般采取以西学方法研究中国问题的捷径，便捷之处是对研究对象比较熟悉，也节省了查文献、选资料的笨功夫。马寅初的硕士论文，因时间紧迫，也选择了这一套路。而读到博士阶段的马寅初，开始追求学术的更高境界：不走捷径，直面难题；瞄准美国经济与财政的核心区域，在前人成果的基础上再进一步。如此者，方能获得真才实学，吃透西方经济学的精髓，明了现代市场经济体制运行的内在机理。在多方观察、反复思考的过程中，一个经济亮点吸引了马寅初的目光。
当时美国纽约市维护信用价值的财政改革非常成功，得到美国联邦政府的肯定，纽约市的财政政策在美国大行其道。马寅初认为，纽约市的财政可谓美国财政的一个缩影，其最新进展，代表了西方社会财政管理的最高成果，目前尚未有学者深入、系统地展开研究，不失为绝佳的博士论文选题。何况对纽约市财政收支情况的各个方面作一深入细致的透析，了解纽约市财政如何得以维持，又如何从一种乱境进入治境，可为新生的民国政府提供借鉴。他知道让中国来效仿美国并非易事，所以尽量深入研习一些有实践可能的学理。他认为，西方社会维持财政平衡的经验，将对中国当局有极高的价值，希望能为更多的中国人所认知。
博士论文的题目最终定为《纽约市的财政》（The Finances of City of New York）。这是一项浩大的工程，不光要有文字资料，还要深入其中了解具体的运作情况。萨里格曼十分欣赏弟子的眼光，这种用理论印证实践的治学方法，在当时的学术界还是一种创新，使用的人很少。马寅初选择这样艰辛的写作方式，就是因为心中有一个改造中国的宏愿。数年间，纽约的大街小巷、角角落落里经常出现一个小个子中国人的忙碌身影。除了到图书馆查资料，马寅初频频出入市政府的财税部门，奔走于公办、私立的各种事务所和审计机构之间，还深入公务员与市民中，了解他们对财税问题的切身感受。
在充分汲取前人成果和广泛占有资料的基础上，马寅初深入思考，精心构思，耗费了“许多光阴与脑力”。1914年年初，他终于完成了博士论文《纽约市的财政》。答辩委员会的专家们均难以相信，一位中国留学生能写出该研究领域中具有前沿水准的论文，一致给予“杰出”的评价。马寅初顺利获得博士学位，成为中国历史上最早的经济学博士之一。