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1907年秋天，26岁的马寅初跟着丁家立漂洋过海，开始了长达8年的留学生涯。他踏上的第一块平台乃是全球名校——耶鲁大学。耶鲁大学位于纽约与波士顿之间的纽黑文市中心，系美国第一所有资格授予博士学位的大学，有“常春藤大学”“美国学院之母”之称，全美最大的图书馆就坐落于耶鲁优雅的校园中。耶鲁大学遵奉“教授治校、学术自由”，特别强调自由的学术氛围。“自由教育”的原则使耶鲁能够包容各种思想流派，保持勃勃生机。学校注重培养学生的领导才能，支持各种学生社团和竞赛，特别是演讲和辩论。这种文化背景和学术氛围，让马寅初既陌生又兴奋！很快，他就意识到，学术自由乃是科学昌明、社会公平的前提条件，他在耶鲁校园里尽情地呼吸自由的空气，陶冶境界，筑造信念，奠定了贯穿一生的学术情怀。回国服务的半个多世纪间，福亦由之，祸亦由之。
初入耶鲁，马寅初便抛开了北洋大学所学专业的升学路径，用他的话来说，“我就改行了，转学经济学”。一个原因是体弱，不适合从事采矿工作，更重要的，他一到美国，便敏锐地感觉到经济发展中的枢要所在：经济学。怀着救国利民之心的马寅初，对美国经济缘何发达，而中国又最缺少的是什么，很快领悟。表面上看，是实业强大，然一个企业的活跃，它的背后必然有更强大的社会支撑。美国式的企业不能在中国立足，就因为中国不具备支持实业发展的经济结构及与之配套的法规体系、管理制度。中国的现实与这种西方模式相差甚远，这是国内“实业救国”步履蹒跚、无处托命的根源所在。实业兴旺的基础不仅仅在于资源、技术、劳力等要素，更要紧的条件是有一只让以上要素有效配置的“看不见的手”：建设一个规范的、充满活力的市场经济体制。这，正是经济学所要研究解决的课题。国家民族的最大需求，便是自己的最高志向，马寅初深感“经济学富有内容和生命”，强烈的追求难以自已，“遂选经济学为主课，选自然科学为副课”，尽管这样的调整，许多课程要从头学起，然科学都有相通之处，文理交叉，也不失为自己的优势，“在北洋大学时所习之自然科学功课如数学、化学、物理学、天文学、地质学、测量学等等，于余之学经济学，有不少帮助”
。
1910年，马寅初在美国耶鲁大学留影
现代化名校的教育理念，不独让马寅初受到自由探索精神的熏陶，在人格完善、体质强健方面，亦得益良多。中国传统读书人，并不在乎体魄，有书生弱不禁风之说。至于摘冠脱衣、袒胸露体而疾走奔跑，便会招致“不雅”和“有辱斯文”的讥评，文人拘泥于“非礼勿动”。在耶鲁，马寅初惊奇地发现，体育在西方教育中不可或缺。耶鲁大学规定，游泳为必修课，不能游泳者，纵然各种功课都是优等，亦不能毕业。学校设有室内游泳池，常年保持恒温，数天换水一次，游泳者泳前泳后须以冷水淋浴净身。马寅初虽生长于江河岸边，因为是富家子，有“坐不垂堂”的古训，连屋檐下都不能坐，遑论泳水登山！面对这些现代体育设施，马寅初好动的天性被激发，天天下水，风雨无阻，得到优秀成绩不说，还从此养成了对运动的喜好，终身受益。西子湖畔、黑海之滨，处处留下他劈波斩浪的英姿。
马寅初迷上游泳后还发展出一个“副产品”——冷水浴。50年后，他向社会讲述了自己健身之道的由来：
我进了美国的耶鲁大学。当时游泳是它的必修课，不能游泳的，虽然各种功课都考最优等，亦不能毕业。游泳池设在体育馆内，保持一定温度，每星期换水两次。游泳前，必先经过沐浴，借以保持池水的清洁。淋浴是用冷水的，因此，我就习惯了冷水浴。同时在当时我也看到一位90多岁的美国医生，身体很健康，我就问他强身的秘诀，他很愿结识中国留学生，与我甚相友善，故将他所用的养身之道告诉我，并嘱我先试用几个月，如身体觉得舒适不妨继续使用。他的秘诀就是洗冷水澡，这恰合我的心愿，因为我在校内学习游泳时已习惯于冷水澡。他每天晚上在就寝前洗浴一次，其法：先用热水洗，水热的程度以身体能够忍受为限，洗好后就在热水中睡15分钟。出浴后，必能出一身大汗。过三四分钟，再进了冷水盆，无冷水盆设备时，可用沐浴，用冷水浇，使体温与冷水程度相当。这样洗法的好处：（一）用热水洗澡时，毛管孔涨大，出身大汗，身体里面的脏东西，可以排挤出去；（二）血脉流通，促进新陈代谢的作用，精神爽快；（三）全身血管因洗热水澡而涨大，又因洗冷水澡而收缩，一涨一缩，渐有弹性，就不会硬化。血管不硬化，血压不会高，也不会得中风症。我的低血压经常在七十五至八十五之间，高血压在一百三十至一百四十五之间，爬山时可能到一百五十，经常早晨均在一百三十五至一百三十七之间。血脉流通，血压不高，血管不硬化，新陈代谢快，使人不容易衰老，精神爽快舒服。我学了他的养身之术，继续不断地使用，已有五十年了。结果很好。我现年七十六岁，记忆力与年轻时一样，七十二岁开始学习俄文，现在虽不能操俄语，但能阅读俄文书报，也能进行科学研究，都是得力于冷水浴。
马寅初坚持冷水浴到80岁高龄，一生身强体健、精力旺盛。
远渡重洋，在校苦读固然是主业，但马寅初并未因此而忽略全面感知美国的经济、社会和文化。他利用各种各样的机会，考察政府机构、企业组织，了解商业运作、市民心理……并与东方的祖国进行全方位的比较，思考着如何借鉴西方文明、振兴中国的大课题。这种思考，对他日后设计中国经济改造方案甚有帮助。
1910年，马寅初获得耶鲁大学学士学位后，继续向经济学的纵深钻研，考入美国哥伦比亚大学攻读财政、金融。