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参与“两税制”的实施时，马寅初接触到一个以前相对生疏的领域——田赋。他自幼求学，接着出国深造，回国后致力于运用现代经济原理推动中国工商业的发展，关注点势必聚焦于城市方面，无暇研究农村问题。到浙江任职后，实际工作中所面临的复杂局面和改革的艰难告诉他，欲改造中国社会，仅靠现代市场要素的培育和实业的兴起，是远远不够的，不正视农民的处境、不解决土地问题，工业化的进程不仅缺乏市场依托，更会引发工业与农业、城市与乡村的多重矛盾。汪洋大海般的农村包围着星星点点的城市，海中掀动的波浪，很容易吞噬脆弱的城市文明。农民和土地的关系不解决好，谈不上实现经济现代化。这样，马寅初在继续以财政、金融专长指导工商业的同时，把更多的注意力投向农民及土地问题。
20世纪20年代的中国农村，实在是紊乱不堪，一派凋敝。前清后期，外侮日盛，当政者疲于应付，内政失修，农村自是首当其冲，破产的农民日益增多，土地向少数人手中流转，引发了令历代统治者头痛的流民问题。在江南一带，更因门户开放，西方商品涌入，冲击着传统的农村手工业体系，让农村的形势更趋复杂。民国以降，内乱不息，城头频换大王旗，一个大王一个政策，赋税变动不居，甚至政出多头，让百姓无所适从。这样的农村秩序，农民难以安生，而正在发育中的城市工商业，吸纳农业人口的能力有限，农业劳动力向工业转移的条件尚未具备。所以，农村矛盾重重，不时有各种农民运动爆发。执政当局所能做的，还是实现农民与土地的结合，把他们先安顿于农村之中。
马寅初经常到各地县考察经济，调查农村问题。一年深秋，他与吴稚晖、蔡元培及邵元冲、张默君夫妇结伴至南雁荡。在梯云谷，马寅初禁不住素湍绿潭的诱惑，情不自禁跃入水中。蔡元培笑问：“此潭可有名称？”吴稚晖戏谑道：“洗马潭。”引得在场之人无不捧腹。
马寅初很快进入状态，相继发表了《平均地权》《浙江之两税制》《〈浙江省田赋一览表〉缘起》《中国租佃制度之研究》《中国田赋制度之现状》《农村经济与家庭观念之关系》《中国家族观念影响于农村经济有根本救济之计划否》《田赋改革之必要》《怎样去平均地权》《浙江之田赋》等多篇文章，就农民与土地问题的现状、弊病、改革方案，农村变迁与文化传统的关系，一一加以论述。
当时，田赋混乱纷杂、弊端丛生，是一笔糊涂账。田亩规模家底不清，田亩之等级，犹沿用明万历年间（1573—1620）张江陵所订定者；又无详明之簿册可资查核，一凭征收钱粮之胥吏任意执管，中饱私囊，且从浙江资料看，“浙西赋额超过浙东有漕者约及两倍，无漕者约一倍有余”
。总括起来，计有五大祸根：亩额不实、户名不实、胥吏侵渔、折算困难、串式不良。缘于此，“田赋，年少一年”，不足为奇也。
马寅初认为，这些问题的根本解决，有待于全国统一之新《土地法》的出台与实施。按《土地登记法》《土地征收法》《土地税法》《土地使用法》重新整理土地，实现“平均地权”“耕者有其田”的目标。而眼下在土地尚未厘清的情况下，权宜之计是推行“整理田赋办法大纲”。马寅初为之做了极富智慧的设计，共十二则：换发三联式省印之粮户户折；各县换发新户折，分别编列字号；换折限六个月完成；填明姓名、位址、村庄、地点、亩分等项；提供关于产权之一切证据；不收取丝毫手续费；得新户折即吊销旧户折；新户折得到法律保护；存根由各县政府有关部门保存；新粮户册即于此产生；征粮造串，即以新粮册为依据；所需费用以催追旧欠田赋充之。文后说明：“上列整理办法十二则，仅举其大纲，且须待实施时之修改。至于细目，亦有待实施时之拟议。惟此项换发新户折办法，其极显明之本旨，即在注重人民之产权，而给以有力之证据。原以浙江省田赋，久失清理，人民所持以为产权证据之户折，或有或无，颇难考其究竟。且持有户折者，其形式各县亦不一律。更有受里书、册书等之愚，于过户时，私相授受者，不知凡几。则其户折之真伪，亦滋疑惧。若不及时印制换发，则人民产权之保障，日见动摇，自不待智者而尽知其不可矣。关于换发新户折之手续，既繁且重，更不收取丝毫费用，以示体恤。据此观察，宜有推行尽利之望。苟主其事者，胥能切实奉行，一经期满竣事，在治标方面，所有历年欠赋，既借以收清理之实效；在治本方面，以有新粮册之产生。而清丈之初步，亦予以进行。此后对于田赋进一步之整理，以及征收制度之改善，似均觉不难于措手矣。”
马寅初还主张征收土地增价税。他认为：“倘是地价之增涨率甚速，价目相距太高，先是值一万二千七百八十三元的，不到五年，竟涨到三万元。那么这里面必定不是全由人工、资本经营而得的，其中必有大部分是完全由于社会的进化所致。地主不劳而获的，非正当的，甚或有炒地皮的，课以重税，使一部分增益归公，是应当的。”
他认为土地税不同于遗产税，不仅要按价收税，还应预计它的将来。为此《中国国民党党员训练大纲》专门写了一条：“若土地因政治的改良，社会的进步而增加地价，则其利益即归公有，以预防土地为少数地主垄断的种种弊病。”国民党《土地法》中也有相应的规定。
这套办法在认可现有土地财产权的前提下，对所有权及其承担的田赋进行合法登记、确认，环环相扣，严密完备，具有操作性。产权及责任明晰之后，再进一步实施现代市场体制中的土地流转。此思路为后来《土地法》的制定作了前期的探索。然因日军入侵东北，时局突变，“整理田赋办法大纲”未及推行。这段深入实际、了解国情的经历，对马寅初的思想及治学有相当大的影响，他对中国经济问题的认识更为全面，更加通晓国情，设计改造方案时能考虑到更多的因素。在他日后的经济构想中，农民和土地问题始终占有重要位置。抗日战争前撰写的《中国经济改造》和新中国时期撰写的《新人口论》，都与农民问题直接相关，以致他在晚年的逆境中立志要完成一部凝聚毕生功力的著作《农书》。
马寅初回国后即为社会闻人，这与他喜欢在公众场合就社会关心的问题发表见解大有关系。华东之行，禁烟、反腐、宗教、体育、妇女、青年……诸多问题他皆有高见妙言，成为大众喜爱的“明星”。1929年7月，他在上海发表《中国妇女的地位问题》，在讲述了中国男女不平等的状况以及欧美国家女子地位情形后，他认为社会在法律层面上女子地位有了很大改善，而现实情况则差距甚大，关键还要妇女自强，增强能力，尤不能没有经济头脑。他说：
但是诸君更要知道法律是死的，规定了提高女权，是没有用的，总要事实上能够解决，不会发生流弊。事实上又怎样去解决呢？就是在于女子自己。法律给女子行为能力，这个能力还是空的，要女子本身有了能力，才是真正的能力。能力在什么地方得来呢？外国谚有之：“知识就是能力”（knowledge is power），等到女子有了知识，她自己能够保护自己，才不会受别人的骗，才不会受无理的痛苦了。有人以为知识的求得，在于教育普及；教育普及，知识方面就不生问题了。不过照兄弟看来，教育普及固然很重要，但欲实行经济平等，必使女子留心经济上的事情，方能保护自己的利益。我们看中国的女子，往往只顾家内事，不顾家外的事，若问以存款在银行与存款在钱庄有什么分别？她是不知道的；问以债券与股票有何分别？她也不知道的。上次中国经济学社在中央大学开演讲大会讨论盈余分配问题，于工厂的女工甚有关系的，但是女子来听者，于千人之中只有五六人，其中三人听了一半就走了。可知女子对于经济问题，极不留意。而希望享受经济平等的权利，恐非如此容易。所以女子在知识上对于经济问题，还应加以深切的认识，才能走入男女平等的正轨，得到男女平等的实惠。
1929年，浙江省政府在杭州办了一件举国瞩目的盛事——“西湖博览会”。它以“提倡国货、奖励实业、振兴文化”为主旨，首开中国现代史上大型会展之先河。在国家积弱、经济匮乏的年代，这场洋溢着无限爱国激情的博览会牵动了千千万万国人的心。西湖博览会动议提出有年，真正进入实质性筹备，是在张静江当省主席的任上。一直抱着“实业救国梦”的马寅初担任西博会审查委员会委员，积极参与筹备活动。与他同样热心的还有很多热血文化人，如艺术大师林风眠，博览会筹备期间14次会议次次必到，为艺术馆的筹建耗力尽心。
西博会于6月6日开幕，商贾云集，百姓踊跃，盛况空前。文化名流兴奋地躬逢其盛。中央研究院院长蔡元培为开幕式发来贺信，其后更亲临现场发表教育演讲。长达100多天的展览时间，2000余万人次的巨大流量，海内外征集到的14.76万件展品，在成就了“国际性盛典”美名的同时，也让国人第一次真正地学会了用综览世界的眼光来审视自己，第一次真正深刻地体会到了自己是何等的狭隘与不足。
西博会上设计了多个主题的活动周，其中博览会闭幕前的10月上旬为“拒毒运动周”，马寅初应邀主讲，同时演讲者还有驻比利时公使、1928年代表中国出席国际禁烟大会的王景岐及全国禁烟会宣传科科长宋哲夫。因为演讲日10月4日恰逢博览会的“妇女日”，马寅初的话题便结合妇女问题展开。他说：“诸位：中国社会的力量是太薄弱了。我们要晓得中国为什么有贪官污吏，因为法律力量薄弱的缘故。要切实的拒毒，是要社会的舆论。如果吃鸦片烟的人，没有公权选举及被选举权，应分吃鸦片的人为黑级，不吃鸦片的为白级，那恐怕就人人不吃。这就要靠社会的力量。社会的力量是如何造成的？我们晓得是‘家’造成的。从前一个家庭是靠一个人生产，其余的人都不生产，现在已经改变了。我们新定的民法，男女完全平等，继承权女子也可享受。男女权利义务，完全平等。所谓义务不但是经济，就是家庭责任，也要完全分同负担的。我想到那个鸦片，才有解决的希望。中国人不知鸦片的害处，相信鸦片可以治病，所以女子既然尽义务，教育就重要。家庭教育发达，然后可以推广到社会。”最后他风趣地说道：“我再对诸位女太太说几句话，美国的酒害和中国鸦片的害一样，美国吃酒很激烈，醉后就打妻子、闯祸，所以要禁。怎样禁呢？就是女人来禁。希望中国的鸦片，也要女人来禁。”
马寅初的演讲颇具“明星”效应，成就了西湖博览会的一段佳话，久为市民津津乐道。