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北京“罢课运动”后不久，马寅初便向北大告假南下，考察经济情况，并参与了一段实业与政务活动。
20世纪初叶的中国经济，新旧成分杂糅，中外力量并存，社会从传统农业文明艰难地向工业文明转型，旧思想、旧习惯拖着后腿，政治上更是军阀混战，时局动荡，人心不安，整个社会秩序一派混沌。没有一种经济力量可以置身事外，亦无一项经济政策在实行中不受多重因素的干扰。中国经济现代化的先驱者们，无不在困惑中试验、险境中探索，一时难有堪为共识的主流定见。
在北大教书的马寅初一直关注着经济走势，思考着富国良策。他认为，在致用这个层面上，西方经济学可提供理论原理，却无法照搬现成的制度，欲进入现实操作，离不开结合中国实际的变通与设计。所以，他一边教书，一边尝试致用的途径。1917年，他曾为中国银行起草了一份银行制度，于实行中初见成效。这件事给他在直接为国效力方面以新的启示：在任教的同时，以顾问的身份参与经济活动，不仅可化知识、志向为现实，直接推进新经济成分生长，还能弥补单纯书斋与实际脱节的缺陷，可谓“知行合一”。鉴于他守望讲坛多年，对经济缺乏置身其中的现实感受，又因此前上海方面多有邀请，筹备上海商学院、兼职吴淞中国公学讲师、出任浙江兴业银行顾问等，机会良好。其时的中国，经济、金融中心在上海、浙江一带，尤其是上海，金融业势头迅猛，正在成为引领中国经济的方向盘和发动机，欲了解中国经济的现状及走向，非赴上海不可。马寅初决定南下。
“民国九年余向北大请假一年，赴上海考察经济界实际状况，同时与郭秉文先生合办上海商学院，余任教授，专讲纯粹经济学。民国十年回北大。”
到上海后，马寅初一边考察经济情况，一边如约参与上海商学院的兴办，前期筹备工作基本就绪。据1921年6月21日《申报》报道：关于建立上海商科大学，“去年以来，中国南洋协会（中南协会）发起规划之，东南大学继起筹备之，而暨南学校亦早决定在上海设商业专门部。结果，遂由中南协会提议，请东南、暨南两方在上海合同组织，……经两方推出代表，与中南协会代表三方再四协商，……公推东南大学郭秉文君兼商科大学主任”。
郭秉文时任东南大学校长，为教育界名流。因马寅初系国内商科领域首屈一指的专家，请他加盟，可为上海商科大学的正式挂牌以最后助力，亦对保障教学质量、提高学校声望大有裨益。校史载：“兹以学年开始，商科大学亟须成立，由郭秉文君来沪，邀请黄任之博士、马寅初博士、朱进之博士、柯箴心、刘树梅、高践四、张子高、周启帮、王祉祎诸君，并职员杨剑泉、赵叔通、徐干卿等，于本月十四日，就尚贤堂设商科大学筹备处。经几度之集议，大致已皆就绪。”
1921年7月14日，马寅初作为主要人员正式参加了上海商科大学筹备会，被定为教务主任人选。
1921年7、8月间，他与郭秉文等多次信函往来，商议商科大学招生报名、印制考卷及人员任用等事项。1921年9月28日，上海商科大学举行开学典礼，郭秉文校长因公缺席，由校长办公处副主任朱进之报告学校筹建情形，“教务主任马寅初报告教授宗旨及注意各点”。9月30日，马寅初又出席了上海商科大学夜校开学典礼，并报告开班情况和教学安排。
1921年秋，马寅初回北大任课。1922年6月，经商科大学再三敦促，他又返沪到上海商科大学视事。1922年冬，马寅初再返北大担任经济系主任。虽然马寅初在上海商科大学任教务主任时间不长，但他以著名经济学家的身份，为第一所国立商科大学的创建奠定了坚实的基础。之后半个多世纪中，他一直关心着上海商科大学（现名上海财经大学）的成长，并于1934年为之题写了“经济匡时”的校训。上海财经大学亦以马寅初为本校的创始人而自豪。
在沪期间，马寅初“考察经济界实际状况”，用力甚勤，重点集中于银行业及与其密切相关的交易所和信托公司。他边考察，边思考，将所感所思畅言于课堂与演讲中。一年多时间里，他在上海银行界、上海交易所、信托公司、上海吴淞中国公学、上海暨南学校商科等单位发表了数十次演说，辑入《马寅初演讲集》的就有20篇之多，如《银行之根本问题》《吾国恶币之影响》《中国的交易所》《外国货币买卖之危险》《中国公债问题》《吾国信托公司前途之推测》等，为中国财政、金融的基本建设把脉开方。
关于银行业。“银行所最恐怖的是乱七八糟，滥发纸币等，因之而发生恐慌……我们要研究的就是怎么能使银行不发生恐慌，不倒闭……市面是要靠银行来维持的，怎么维持呢？那么，不能不先研究‘信用’（credit），信用就是银行的根本。”“信用可以制造资本。”马寅初还指出了深层次的问题，目前银行业普遍在幼稚阶段，带有旧钱庄的遗痕，而“现在中国的经济界所发生的恐慌，大半却是政治上的恐慌而非经济上的恐慌”。
防备的办法，只能“谨慎从事”，在中国还没有“真正中央银行”的现阶段，同时设立商业银行、土地信用银行和财政银行，以贷款的项目差异和期限长短来化解金融风险。
关于币制。本来中国的通货品种就杂，金、银、铜、纸共同流通，各省各地的军阀、当权者都可以自行铸币、印钞。纸钞毛了不用说，就是银钱这样的硬通货，也成色、制式不一。更为混乱的是，政府、军阀、银行、钱庄、买卖家等都参与倒币，各式各样的花招层出不穷，受害最深的是无权无势的民众。马寅初以《吾国恶币之影响》为题，连续五次演讲。“改革吾国的经济，没有再比改革币制要紧的了……中国的币制不改良，中国的实业绝不会发达。”币制的症结在于相关各方没有规矩，皆以货币为投机事业，如“现在北京的银行，其做这种投机事业的，没有不发财的……中国的财政部是很穷的，所以一等到要钱用，就是向各处借款。譬如说财政部向某银行借款一百万元，银行付他的是钞票，他们就预先订好合同，还款的时候，倘钞票在六五以上，那么仍旧还钞票，倘还款时钞票在六五以下，就要还现洋。”“你借给我，我借给你，很可得利，商业上之放款就没有人肯做了。商务上要借款的时候，利息就很高。”在剖析诸项弊端之后，他得出结论：“中国非统一币制，改用金本位不可。”并提供框架方案：“整理币制的手续是很复杂的。（1）第一步先将各省的滥纸币收回；（2）第二步将各种洋元行市统一（在上海已办到了，此是吾国银行团的功）；（3）第三将上海的汇划银子废去；（4）第四开办上海造币厂多铸洋元；（5）洋元多了，即将规元废去，一面亦请外人改用洋元；（6）上海银两废去之后，其余各埠亦必闻风兴起，盖各埠皆与上海有商务上的关系，倘上海不用银子，各埠亦不用银子，于是都改用洋元了；（7）币制统一了，于是遂把银本位改用金本位。”
关于商品交易所。作为市场体制的一个重要环节，交易所现身中国较迟，这一现代理财工具，在中国人眼里是怪胎。1920年前后，上海一下就冒出了上百家交易所，多是有背景的，甚或就是军阀政客所开办，所以“有人说，交易所是一个大赌场，交易的人都是大赌客，所谓定期买卖，就是买空卖空，买空卖空就是赌”。马寅初认为，交易所乃是承担物价变动风险的机构，对社会经济有着保障与促进的作用，十分有必要启蒙与规范，让这一新事物以它的本来面目在中国存活下来。“没有了他们，大生意不能做了，世界就无进步，所以世界愈文明，经纪人与交易所愈不能省”，“现在之证券物品交易所，证券交易所等，营业十分发达，前途未可限量，一年之间有此成绩，殊属难得之至。国人当额手称庆，不宜横加诽谤，即有缺点，亦当一一指出，促当事者改革可也”。
马寅初细述了交易所的交易原理和过程，同时也特别提醒当事人注意面临的两种风险：入不敷出；管理及组织之不良。
关于信托。信托业亦随交易所骤然蜂起，“沪上信托业勃兴，以一二星期之时间，骤然组织伟大之信托公司七八家”。马寅初以敏锐的目光将其与发达国家的信托业进行比较，“就一国经济上之进步而论，此种事业当为社会所欢迎”，然中国经济基础薄弱，不可盲目乐观，更不要“与美国相媲美”。着重现实的马寅初，在欢呼交易所的诞生后，却在《信托公司之学理》的演讲中，冷静分析了国民性与新兴事物之间的连带关系，吁请国人清醒对待。“今日上海之信托公司，则只求发财（经济），不顾道德、法律、政治与夫风俗习惯，其与经济原理相背驰，将来必致失败。”“今日信托公司之资本，每规定数百万，甚至千万以上，以压服社会，社会见其资本之雄厚，亦不敢加以批评，然其股票每股仅定十二元余，则无非欲借此以搜集无知识阶级之资本耳。盖票价低小，购买者自必易而多，彼经营信托公司者，对于信托公司之性质与业务，绝鲜研究，置法律、道德、习惯于不顾，而只求‘垄断’与‘不劳而获’。”“鄙人对于信托公司之设立，极为赞成，岂敢反对。但每办一事，必先经过一试办时期，试办而有效，再出全力以经营之，亦未为晚，在未经试办之前，伟大信托公司之设立，未免太早耳。且创办一事，宜注重法律，尤宜注重道德，故鄙人所反对者，为违背法律、不讲道德与未经试办之伟大信托公司耳。”
马寅初考察纽约市财政时，深知道德、法律及政治所共同构筑的信用体系乃是市场经济有序运行的保障，故一再呼吁它的不可或缺，否则后患无穷。至今听来，犹是醒世之警钟。
这段时间里，马寅初还连续对中外汇兑、中外国际贸易、商业票据、公债等问题发表见解，经济学界和实业界反响热烈。值得注意的是，1921年8月，他在商务印书馆发表了《中国的经济问题——评“资本万恶，劳动神圣”说》演讲。针对20世纪20年代之初“耸动一时”的“资本万恶，劳动神圣”之说，马寅初不予苟同。他认为，当今之中国，资本匮乏而弱小，“资本不足，或竟可说中国没有资本。资本既然不足，哪有不思增加之理，为什么呢？因人工与资本是相辅而行，是不相背而驰的，所以我说，‘劳动果是神圣，资本也是神圣’”
。这是一种从建设出发的理性态度，也是马寅初长期坚持的理念。
在沪期间，马寅初有关银行发展及信托公司的演讲，听众皆为浙江兴业银行的职员。作为这家银行的顾问，他履行着指导与培训的职责。该银行兴办于1906年，是中国最早的银行之一，1915年银行家叶景揆出任董事长后，总部移至上海。马寅初以顾问身份介入银行业务，从决策到操作无不精心谋划。兴业银行的业务因此兴旺发达，成为国内银行界的骄子。1921年下半年假满回北京前，他一再致信叶景揆，请辞顾问一职。“揆公钧鉴：寅初自愧才疏学浅，庸陋异常，并不谙事务。弟既承委为顾问，敢不勉竭愚庸，但自就职以来，成绩毫无，徒有托足之地，拙无一技之献。扪心自问，实愧缩无地矣。用特函请辞职，以避贤者。所借书籍，一俟病痊，即当奉还。至至交之情，则时铭五内不朽也。”
但是银行没同意他的辞职，直到20世纪40年代马寅初还以顾问的身份出现在兴业银行的纪念会上，他始终关心着浙江兴业银行的业务发展，与叶景揆保持着良好的个人关系。
一年时间不算长，马寅初收获颇丰，对中国经济的最新进展有了深刻把握，更以学以致用的情怀，对起步中的市场经济体制给予富有成效的指导。这一段经历，于马寅初的治学道路有相当影响，回到北京后，他更为关注经济现实，他的心，始终与中国经济脉搏一起律动，他的目光，始终不离中国发展的基本国策和经济战略。