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由于不同城市轨道交通发展思路和历程有所不同，近年来我国轨道交通企业组织机构呈现多样化发展趋势，主要有以下几种形式：
该模式以北京地铁为代表。为加强融资能力，2003年11月17日，北京市政府将北京地铁集团公司改组，分别成立了负责融资、建设管理和运营的三家公司，采用了建设、管理、运营“三分开”的经营模式。其中，北京市基础投资建设有限公司承担北京市基础设施项目的投融资和资本运营任务，并作为北京地铁业主，委托建管公司建设地铁新线项目，建成后委托运营公司运营。目前运营主体主要是北京市地铁运营有限公司、北京京港地铁有限公司等（2020年8月4日，北京市基础设施投资有限公司与北京市轨道交通建设管理有限公司合并，由北京市基础设施投资有限公司行使出资人职责）。
该模式是目前国内多数城市采用的模式，集团下辖建设、运营等多个子公司，业务涵盖规划、设计、建设、运营全过程，以有效发挥集团优势，整合资源。
为整合城市公交资源、促进城市公共交通一体化发展，近期部分城市陆续开始策划轨道集团与公交集团的合并工作，最终形成大公交集团。
（1）与地方铁路投资公司合并重组模式
以贵阳为例，为更好地发展市郊铁路，促进城市轨道交通和市域铁路多网融合发展，贵阳市于2019年2月在贵阳市城市轨道交通有限公司和贵阳铁路建设投资有限公司的基础上，重组成立贵阳市城市轨道交通集团有限公司，内部形成了“九部三室一总两分五子”的管理架构。
（2）代管铁路运营的模式
为支持粤港澳大湾区发展，实现推进大湾区城际客运公交化运营的要求，2019年4月，广州地铁集团有限公司正式承接四条城际铁路的运营工作，分别为广清城际、新白广城际、广珠城际延长线、广佛环线，构建珠三角城际铁路网的轨道交通运营模式。
（3）合资成立市郊铁路公司模式
2008年5月，按照北京市委市政府统一部署，北京市基础设施投资有限公司作为出资人代表与北京铁路局共同投资组建了北京城市铁路投资发展有限公司，负责市郊铁路S2线的建设和运营工作。2017年，全力推进市郊铁路城市副中心线和怀柔—密云线2个国家示范项目建设工作。截至2020年7月，北京市市郊铁路运营总里程达到353.5km。
（4）同时负责市域铁路建投资建设和经营管理模式
天津轨道交通集团有限公司成立于2014年7月，是经天津市委、市政府批准组建的大型国有企业集团，现注册资金407亿元，资产规模已达3100亿元，员工10000余名。天津轨道交通集团有限公司是集投资建设、运营管理、维修养管、综合开发于一体的轨道交通发展新主体，履行城市轨道和市域铁路投资建设与经营管理职责，为市民出行和货物集疏提供快捷、高效的运营服务。公司承担天津市地方铁路的投资建设和运营管理任务，参股运营李港铁路，参股建设京沪高铁、京津城际铁路、津秦客运专线和津保铁路，拥有铁路综合施工总承包、市政工程施工总承包、房建工程施工总承包一级资质；承担天津市地铁投融资、建设、运营管理和资源开发职能。
综上可以看出，为适应不同的发展需求，轨道交通企业的组织结构呈现不同模式。如北京的“三分开”管理体制主要是为适应2008年北京奥运会之前的快速发展需求，长春的轨道与公交集团合并是为了更好实现城市公交系统发展一体化，广州地铁承接城际铁路的运营工作是为了粤港澳大湾区发展。因此，不同的企业组织结构有其特定优势和适用环境，轨道交通企业应因地制宜，选择适应自身需求的组织结构和管理模式。
近年来，城轨企业不断探索并形成了多元化的投融资模式。其中，以下几种模式对于降低城轨企业负债，提高可持续发展能力效果较为显著。
城市轨道交通的建设投入巨大，城轨企业负债越大就对企业的可持续发展越不利。因此，在财政能力较强的城市应适当提高城市轨道交通建设政府资本金投入比例，可直接降低城轨企业负债、降低运营期还本付息压力，增加企业可持续发展能力。
授权（Authorize）—建设（Build）—运营（Operate）（ABO模式）首创于2016年4月，北京市交通委员会代表北京市政府与北京市基础设施投资有限公司（以下简称京投公司）签署《北京市轨道交通授权经营协议》。在该协议中，北京市政府授权京投公司履行北京市轨道交通业主职责，京投公司根据授权负责整合各类市场主体资源，提供北京市轨道交通项目的投资、建设、运营等整体服务；北京市政府履行规则制定、绩效考核等职责，同时每年支付京投公司授权经营服务费，用以项目的建设、更新改造和运营亏损补贴等，满足其提供全产业链服务的资金需求。京投公司成为北京轨道线网的统一“业主”。
城市轨道交通建设对城市经济和社会发展有着极大的促进作用，有着较强的外部效应，但由于种种原因，城市轨道交通建设增加的经济效益无法直接转移到城轨企业。为提高城轨企业的可持续发展能力，政府应适当给予政策倾斜，支持城轨企业参与轨道上盖物业开发，推动站城一体化开发。典型代表为深圳地铁集团，“轨道+物业”是深圳市政府一直推行的理念。深圳市“轨道+物业”的经验比较丰富，且整体开发效益高，开发流程成熟，对国内其他城市有较强的借鉴价值。综合开发是一项系统工程，从开发立项至建设，涉及政府部门、地铁公司、咨询机构等，需要地铁公司主动作为，积极介入轨道交通前期研究工作，配合政府相关部门做好综合开发前期研究工作。深圳市的开发经验不仅仅体现在土地制度创新、合作开发模式、持有经营物业等方面，更多是做好各个阶段衔接配合工作，特别是盖上开发与盖下结构协调方面，建立了良好的工作机制，取得了较好效果。
据上海清算所官网公布的深圳地铁集团2019年年报，2019年深圳地铁实现营业收入20.9亿元，同比增加84.9%，净利润116.9亿元，同比增加61.2%，成为国内盈利能力最强的轨道交通企业。深圳地铁之所以能有较高的盈利能力，与房产开发的关系很大。根据深圳地铁2019年年报，报告期内，深圳地铁房地产开发实现营收140.3亿元，约占年内总营收67.6%，远超过地铁运营带来的43.6亿元收入。
轨道交通成本规制模式是指通过合理界定轨道交通企业的正常经营成本范围，建立成本标准，并以此测算财政补贴的方法。其目的是厘清轨道交通企业政策性亏损和经营性亏损的边界，政府、企业算清“明白账”，改变以前完全由财政兜底式的补贴模式，使财政补贴有据可依，提升财政资金的利用效率。
公共交通领域最早出台成本规制办法的企业是青岛的公交公司，后经国家开发银行总行考察和宣介推广，2018年11月，福州市成为国内首个出台轨道交通成本规制管理办法的城市。截至目前，青岛、济南、成都、苏州、郑州、贵阳、南通等国内多个城市也陆续出台相应的轨道交通成本规制办法。基于成本规制管理办法的轨道交通融资模式也是目前国内地铁项目融资领域中最主要的融资模式。
5.公募 REITs（Real Estate Investment Trust）
2021年5月，首批9只公募REITs产品正式发售，标志着我国公募REITs业务正式进入新篇章，公募REITs具有权益型融资工具属性，在盘活存量资产的同时，可以有效帮助企业降低负债率，是资本市场积极服务国家战略和实体经济发展的重要举措。