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《企业境外经营合规管理指引》第五条规定，独立性原则是指企业合规管理应从制度设计、机构设置、岗位安排以及汇报路径等方面保证独立性。合规管理机构及人员承担的其他职责不应与合规职责产生利益冲突。
独立性原则是有关合规管理的国际标准、指南以及我国国家标准、办法和指引都确认的一项合规管理基本原则。独立性包含以下要素：一是合规管理部门应在企业内部享有正式地位，以使其具有适当的定位、授权和独立性；二是应由合规负责人全面负责协调企业的合规管理；三是在合规管理部门职员特别是合规负责人的职位安排上，应避免其合规职责与其所承担的任何其他职责之间产生可能的利益冲突；四是合规管理部门职员为履行职责，应能够获得必需的信息并能接触到相关人员；五是合规管理部门应与审计部门分离，确保合规管理部门的各项工作受到独立的复查。
企业合规管理的独立性原则体现在合规负责人的独立性以及合规管理部门与合规管理人员的独立性两个方面。
关于合规负责人的独立性，合规负责人应当是企业的高级管理人员，企业应采取各项措施保证合规负责人的独立性。合规负责人不得分管业务条线，不得兼任财务、资金运用和内部审计部门等可能与合规管理存在职责冲突的部门的负责人（总经理兼任合规负责人的除外）。企业应保证合规负责人独立与董事会、合规委员会沟通，有权根据履职的需要参加或者列席董事会会议、经营决策会议等重要会议。企业应保证合规负责人履行职责所需的充分知情权和独立调查权，企业各部门、各层级管理人员应支持配合合规负责人的工作，不得以任何理由限制、阻挠其履行职责。合规管理部门及合规管理人员由合规负责人考核，任命合规负责人或者其离任，都应向监管部门报告。
关于合规管理部门与合规管理人员的独立性，合规管理部门在企业应当拥有独立的、正式的地位，企业应采取各项措施保证合规管理部门与合规管理人员的独立性，确保合规管理部门与合规管理人员具备独立采取措施的权限。合规管理部门与内部审计部门相互独立，合规管理部门与合规管理人员不得承担与合规管理相冲突的其他职责。企业应向合规管理部门与合规管理人员提供履行合规管理职责所需的充分及适当的资源，保障合规管理部门与合规管理人员履行职责所需的充分知情权和独立调查权。企业各部门、各层级管理人员应支持配合合规管理部门与合规管理人员的工作，不得以任何理由限制、阻挠其履行职责。企业应采取措施切实保障合规管理部门与合规管理人员不因履行职责而遭受不公正的对待。合规管理部门及合规管理人员对合规负责人负责，由合规负责人考核。合规管理部门享有向合规委员会、经理层随时、直接汇报的权利。
但企业合规管理的独立性具有相对性，还需要同时遵守协同性原则。如合规审查、合规风险管理还要遵守经济性原则，对于触犯违规红线的重大合规风险，必须坚持独立性原则；但非触犯违规红线的一般合规风险，考虑到合规风险应对的经济成本和必要性，可以由企业决策机构根据实际情况决定是否承受该风险。