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曹操总揽朝政后，即以献帝名义，杀掉了侍中台崇、尚书冯硕等人，而封卫将军董承、辅国将军伏完等十三人为列侯。但曹操深知，要巩固自己在朝廷的地位，真正做到“奉天子以令不臣”，还有许多事情要做。一次，曹操请董昭坐到自己身边，问他：“现在我来到洛阳了，你看下一步应该怎么办？”
董昭回答说：“将军起义兵以除暴乱，现在来到朝中辅佐天子，这是相当于春秋五霸所建立的功业。但朝中将领各怀异心，未必都能倾心服从，留在洛阳匡辅朝政，必有许多不便。最好的办法，是将天子迁到许县去。但朝廷已经多次迁徙，现在刚刚迁回洛阳，远近的人们都希望能够安定下来，再迁徙恐怕会出现麻烦。希望将军权衡利弊，采取合适的对策。”
曹操表示同意董昭的看法，但担心驻守在梁县的杨奉阻挠。董昭又献计说：“杨奉势孤少援，是愿意同将军合作的。将军升为镇东将军，袭费亭侯，都是杨奉起的作用，应该尽快派遣使者带着厚礼去答谢他。我们可以对他说：‘洛阳没有粮食，想暂时把献帝迁到鲁阳去。鲁阳离许县很近，运输粮食就比较容易了。’杨奉为人勇而无谋，必然不会怀疑。”曹操觉得董昭的主意很好，立即派遣使者到杨奉那里去，杨奉果然信以为真。曹操途经轘辕顺利地将献帝转移到了许县。
到这时，杨奉才知道自己上了当，大为恼火，立即同韩暹一起带兵追击，企图将献帝抢夺回来。曹操料定杨奉会前来追击，预先在阳城境内的山谷中设伏，将杨奉和韩暹的追兵打得大败。
十月，曹操为了彻底解除杨奉的威胁，亲自率军征讨杨奉，杨奉再次被打败，只得同韩暹一起带着余部南逃，投奔袁术去了。杨奉的大将河东人徐晃，字公明，颇有胆识。当初在长安时，曾劝说杨奉护卫献帝东归洛阳；到洛阳后，当韩暹、董承闹矛盾时，又曾劝说杨奉归附曹操；这时见杨奉大势已去，便乘机脱离杨奉，投归了曹操。
许县在今河南许昌市东，秦汉时为颖川郡地。曹操将献帝迎来许县后，即将这里定为都城，直到建安二十五年（220）曹操去世、曹丕取代献帝建魏、将都城迁到洛阳为止，共在这里建都二十五年。黄初二年（221），曹丕将许县更名许昌，仍为五都（长安、谯县、许昌、邺城、洛阳）之一。献帝刚来许县时，由于尚无宫殿，因此暂住曹操军营中。待宫殿、宗庙建好之后，献帝才从军营搬出，住进了许都。
九月，曹操被献帝任为大将军，封武平侯。大将军是将军的最高称号，为中央政府的执政者，自武帝以来，只有少数皇帝最为信用、最有权势的大臣才有资格充任，权位常在三公之上。武平侯是县侯。汉代侯爵承秦制共分二十个等级，功大者封一个县，功小者封一个乡或一个亭。曹操最初袭费亭侯，只有一个乡亭的封地，在侯爵中等级最低，现在升为县侯，连升了若干级。曹操因循旧例，接连上表表示谦让。其中《上书让增封》说：
无非常之功，而受非常之福，是用忧结。比章归闻，天慈无已，未即听许。臣虽不敏，犹知让不过三。所以仍布腹心，至于四五，上欲陛下爵不失实，下为臣身免于苟取。
“比章归闻”，谓接连递上奏章表述自己的心情。“天慈”指皇帝的恩惠。从“让不过三”“至于四五”等语来看，曹操在很大程度上只是为了做做谦让的样子。文辞虽仍极恭谨，但已了无谦卑之色，流露出一种自信矜持的口吻，与上书让费亭侯时已有不同，表明曹操大权在握，已今非昔比了。
曹操左右的部属也得到了封赏。荀彧被进升为侍中，代理尚书令。尚书令为尚书台的长官。尚书台本是皇帝私府中掌管收发文书的小机关，自武帝以后地位日渐重要，成为朝廷行政事务的总管，颇有实权。尚书台常由地位比尚书令更高的官员加上“录尚书事”“领尚书事”的头衔来加以总管，曹操这时实际上是将自己“录尚书事”的职权部分地移交给了荀彧。从此，曹操外出征伐时，朝廷中枢的大政就交由荀彧来调度处理。献帝从这时起，就成为曹操手中的傀儡了。
自献帝西迁长安后，朝廷的典章制度荡然无存，都许后才又慢慢重建起来。原泰山太守、因未完成接应曹操父亲曹嵩的任务而逃到袁绍那里去的应劭，在这方面发挥了重要作用。建安元年（196），他删定律令为《汉仪》上奏。当年曹嵩被杀，严格说来应劭并无责任，他只不过到得晚了一点，看来曹操对这件事采取了实事求是的态度，并无追究责任的意思，因此在建安二年（197）通过献帝任命应劭为袁绍的军谋校尉。应劭又缀集所闻，著《汉官礼仪故事》上奏。凡朝廷制度、百官典式，大都是依据应劭的建议建立的。
献帝东迁后，因几经波折，宫中食用困乏，曹操经常向献帝进献食品和器物。献帝还在洛阳时，曹操就曾向他进献过缝帐二顶，丝线十斤，山阳郡所产的甜梨二箱，椑枣（一种青黑色的枣）二箱。献帝都许后，曹操更是经常进献，其中有顺帝时赐给他祖父曹腾的家藏器物，也有属下陆续搜寻到的一些宫中流失的器物。仅《太平御览》《艺文类聚》等书极不完全的记载，曹操进献的器物就有：
盛四石的铜器四只，盛五石的铜器一只；
皇帝用的纯银粉铫（取粉的用具）一只，药杵臼一具；
铜熨斗二枚；
皇帝用的物件三十种，其中有用纯银雕刻三条带子镶在上面并漆上图案的书桌一张，用纯银做成三条带子镶在上面的台砚一个，圆砚大小各一个；
皇帝用的漆上图案的皮枕头二个，贵人、公主用的黑漆皮枕头三十个；
皇帝用的物件三十种，其中有纯金香炉一个；贵人、公主用的纯银香炉四个，皇太子用的纯银香炉四个，西园贵人用的铜香炉三十个；
皇帝用的杂物，有纯金痰盂一个，油漆的圆痰盂四个，贵人用的用纯银做成三条带子镶在上面的痰盂三十个；
皇帝用的物件三十种，其中有供上车踏蹬用的漆绘图案的两重几大小各一个；
皇帝用的在金属刻纹上嵌上金线的一尺二寸铁镜一个，皇后和皇太子用的在金属刻纹中嵌上银线的七寸铁镜各四个，贵人、公主用的九寸铁镜四十个；
皇后、贵人、公主及皇子用的纯银漆带镜一个，西园贵人用的镶有三条纯银带子的镜子五个，皇子用的银匣一个、杂物十六种，上面加有三条纯金带子的方形妆奁匣四个；
上面镶有三条纯银带子的镜台一个，纯银镜台七个；
纯银的盛去污粉的匣子，纯银的雕花匣子，又银子雕花漆匣四个；
油漆绘画的妆具一个，镶有三条纯金带子并有绘画的方形妆奁匣一个；
容五石水的铜澡盆一个；
镶银并有绘画的象牙杯盘五套；
皇后用的画有各种花纹的象牙尺一个，贵人、公主用的象牙尺一百五十个，骨尺五十个；
皇后用的画有各种花纹的象牙藏针管一个。
……
开列一份这样的清单是有意思的，从中不仅可以看到东汉末年宫廷生活的一斑，看到地主阶级上层生活的奢侈腐化和当时工艺所达到的高度水平，还可以从中看到曹操当时在朝廷中的实际地位和作用。曹操不仅是政治上的决策者，军事上的拱卫者，在后勤、生活方面也在某种程度上充当了主管的角色。献帝都许的初期，百废待兴，在建立朝廷正常的政治秩序和生活秩序方面，曹操是做了不少工作的。曹操在谯县时，跟县令郭芝学得一种酿酒法，他特地为此上奏，向献帝详细介绍这种酿酒法，从这件事也不难体会到曹操想办好这类事情的心情。
当初献帝东迁来到河东时，袁绍的谋士沮授曾劝袁绍将献帝迎来邺城，认为这样做可以挟天子以令诸侯，蓄士马以讨伐叛逆，处于谁也无法抵御的地位。袁绍最初听了很高兴，打算采纳这一意见，但遭到另一谋士郭图及部将淳于琼的反对，认为在当时英雄并起、谁都想夺得天下、所谓“秦失其鹿，先得者王”的情况下，如果把献帝弄到身边来，有事情动不动就得向他请示，听从他的意见显得自己权轻，不听从又是抗命，不是什么好办法。沮授仍然坚持自己的意见，认为迎来献帝既合道义，又合时宜，不能迟疑，否则会被别人抢先。但袁绍因当初献帝是董卓拥立的，并不合自己的心意，加之郭图等人反对，因此不再理会沮授的意见。
不出沮授所料，曹操果真抢先动手了，并因此而得到了不少实惠。曹操迎献帝都许后，得到了黄河以南的大片土地，关中地区也纷纷归附，这下袁绍后悔了。袁绍很快想出了一个补救的办法，他以许县低湿、洛阳残破为由，要求曹操迁都鄄城，企图将献帝迁到离自己近一点的地方，以便就近施加影响。鄄城离冀州很近，但还是曹操的地盘，袁绍满以为曹操不会不同意。谁知曹操立即看透了袁绍的用意，拒绝了袁绍的要求，并以攻为守，以献帝名义给袁绍下了一道诏书，责备他地广兵多却只顾树立自己势力，没见他出师勤王，只见他没完没了地同别人互相攻伐。袁绍白讨了一场没趣，没有办法，只得上书为自己表白申辩一番。
曹操被献帝任为大将军后，又以献帝名义任命袁绍为太尉，封邺侯。太尉虽是全国最高军事长官，三公之一，地位却在大将军之下。袁绍见自己成了曹操的下级，深以为耻，大为不满，发牢骚说：“曹操几次打仗失败，连命都差不多丢了，都是我把他救下来的。现在却忘恩负义，挟持天子命令起我来了！”
于是上表推辞，不肯接受太尉的任命。当时袁绍的实力远远超过曹操，曹操心里明白，决不能在这个时候同袁绍翻脸，因此决定暂对袁绍作些让步，上表固辞大将军的职务，而将大将军一职让给袁绍。建安二年（197）三月，正式以献帝名义派将作大匠孔融持节到冀州策命袁绍为大将军，并赐给弓矢节钺、虎贲（武士）百人，兼督冀、青、幽、并四州。袁绍得到甜头，这才安下心来。
建安元年（196）十一月，献帝在曹操辞让大将军一职后，改任曹操为司空，代理车骑将军。司空是掌管国家土木营建和水利工程的官职，三公之一，车骑将军是将军中略次于大将军和骠骑将军的一种名号。曹操虽然把大将军的职位让出去了，但袁绍不在许都，曹操仍然处在总揽朝政的地位。袁绍虽然得到了大将军一职，并得到了弓矢、虎贲等礼遇性的赏赐和总统诸军的权力，但他实际上还是只能在自己原有的辖区内发号施令。在如何对待献帝、利用献帝这个问题上，袁绍缺乏眼光和决断，大大地输给了曹操一着棋，从此逐渐走向被动。
将窘困流徙中的献帝迁到许都，由自己来充当献帝的保护人，是曹操政治生涯中的得意之作。曹操这样做，不仅使自己获取了高于所有文臣武将的地位，而且把献帝变成了自己进行统一战争的工具，从此无论是征伐异己还是任命人事，都可利用献帝名义，名正言顺，置对手于被动地位，而给自己创造了极大的政治优势。另一方面，这样做在客观上对国家、对人民也有好处。当时群雄割据，谁都想吞灭对方，独霸天下。曹操迎帝都许，将献帝置于自己有力的保护之下，虽然使献帝变成了一个傀儡，但却也使献帝在局势极为混乱的时期免除了被废黜、被杀害的危险，保留了这样一个国家最高权力的象征，使得不少割据者的野心、行为受到遏制，从而在一定程度上维护了中央集权，对控制割据、分裂局面的恶性发展，加速国家统一的进程发挥了一定作用。