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曹操确定向黄河以南发展势力的战略，一方面由于有这样的必要性，另一方面也由于有这样的可能性，当时的客观形势给他提供了实施这一战略的机会。鲍信的建议是重要的，但如果鲍信不提出这一建议，曹操通过对当时客观形势的分析，很可能自己也会走上实施这一战略的道路。
当关东州郡起兵讨伐董卓，双方胶着在荥阳和河内一带，对人民的反抗斗争暂时无暇旁顾时，青州、冀州一带本来就已发展到百万之众的青州黄巾军和河北黑山军，便以燎原之势发展起来。黑山军是与黄巾军同时起义的一支农民军，以今河北、山西、河南三省交界处的太行山区为根据地，黑山即在今河南浚县西北的太行山脉中。领导人原为张牛角，张牛角战死后，褚燕继任，改姓张，因其轻勇剽悍，捷速过人，军中称为飞燕。张燕很能团结部众，争取人心，将分散在常山、赵郡、中山、上党、河内等地的小股农民起义军联合了起来，人数发展到百万，成为一支可与官僚地主的割据势力相抗衡的重要力量。
初平二年（191）秋，以于毒、白绕、眭固为首的十余万黑山军进攻冀州的心脏邺城。接着南渡黄河，进攻与魏郡毗邻的东郡，东郡太守王肱无法抵御。这时，青州的百万黄巾因受到袁绍委派的青州刺史臧洪的威逼，也正分两路向河北移动，有与黑山军会合的趋势。两支大军如果会师，或者如果黑山军的势力从河北扩展到河南，黄河中下游地区的力量对比将会发生巨大变化。关东诸将尽管充满了矛盾，但却都不愿看到这一局面出现。身为冀州牧的袁绍，尤其害怕农民军会师后会威胁到他在冀州的统治。曹操一来有在黄河以南发展势力的想法，二来也不愿看到农民军势力的发展，三来东郡太守王肱刚好又抵挡不住黑山军的进攻，于是毫不犹豫地利用了这一时机，将部队从酸枣开进东郡，并在东郡的首府濮阳打败了黑山军的白绕部，取得了首战的胜利。
对于曹操这一举动，袁绍感到非常高兴。他不了解曹操此举怀着双重目的，一是为了镇压农民起义，二是为了获取一块地盘，以图今后的发展，只是看到了此举对自己有利的一面。袁绍认为有对曹操进行拉拢的必要，于是任命曹操为东郡太守，认为这样不仅可以借重曹操守住冀州的南大门，而且还可以用东郡作跳板，将自己的势力扩展到黄河以南，使冀、青、兖三州连成一片，这样黄河中下游地区就可以完全置于自己的掌握之中了。曹操自然是不会轻易被袁绍所利用的，不管袁绍打着怎样如意的算盘，他自有他的主意。反过来，曹操也有必要对袁绍加以利用。由于当时袁绍力量强大，最好能够与之相安无事，因此不能随便违抗袁绍的旨意；加之自己正无立足之地，因此曹操便顺水推舟，非常乐意地接受了袁绍的任命，做起了东郡太守。曹操将东郡的治所从濮阳迁到了东武阳，并乘机推荐鲍信做了济北相，作为自己的羽翼。
初平三年（192）春，于毒趁曹军主力驻扎在顿丘，东武阳防备空虚的机会，率部进攻东武阳。曹操得到报告，却不带兵往东回救东武阳，而是决定前往西山攻击于毒的大本营。诸将不理解这一部署，曹操解释说：“以前孙膑想要援救被魏攻打的赵国，却不带兵前往赵国，而是先去攻打魏国；耿弇想要赶走驻守西安（今山东淄博西北）的张蓝，却不先去攻打西安，而是先去攻打与西安互为犄角的临淄：结果两人都达到了自己的目的。我现在先去攻打于毒的大本营，于毒知道后，必然带兵回救，东武阳的危险不就自然而然地解除了吗？如果于毒不回救，我就可以乘机将他的大本营摧毁，于毒照样不可能把东武阳打下来。”
诸将听了，顿时明白了其中的道理。曹操领兵扑向于毒大本营，于毒得知后，果然立即带兵回救，东武阳之围不战自解。接着，曹操寻找战机，中途拦击黑山军目固部，大获全胜。至此，黄河以南的黑山军基本上被曹操消灭了。
东汉时，匈奴分为南北二部，北匈奴留居漠北，南匈奴移居塞内，归附汉朝。中平年间，有一支由南匈奴单于的儿子于夫罗率领的匈奴兵，到中原地区由东汉政府调遣。后因南匈奴发生内乱，单于被杀，于夫罗就留在了中原。由于中原地区群雄纷争，东汉政府名存实亡，于夫罗无所依附，就同白波黄巾军联合起来，先后攻破太原、河内等地，并对东郡构成威胁。曹操在内黄对这股匈奴兵展开攻击，也获得了全胜。
这年夏天，青州的百万黄巾因向河北进击受阻，转而向兖州推进。进入兖州后，首先攻下任城，杀死任城相郑遂，接着向东平进击。兖州刺史刘岱不听鲍信劝告，带领兖州主力匆忙截击，结果被黄巾军打得大败，刘岱自己在阵上被杀。刘岱死后，州中无主。消息传来，东郡人陈宫建议曹操说：“兖州现在无主，王命无法贯彻，请让我到州里做做工作，由您来接任兖州牧的职务。您如果有了兖州，也就有了夺取天下的资本了。”
曹操本来就想以东郡为基地，逐步扩展势力，陈宫的建议正中下怀，没有不同意的。陈宫来到州中，对别驾、治中等大小官员说：“曹东郡有治世的才能，如果由他来出任州牧，一定能够担负起阻击黄巾的任务，使地方得到安定。”
鲍信也出面对大家进行说服，得到了大家的赞同。鲍信和兖州治中万潜等人立即赶到东郡，把曹操迎到兖州，做了兖州牧。
这时黄巾军正继续向寿张方向推进，曹操于是与鲍信联军，在寿张东面进行堵截。黄巾军骁勇善战，但有恃胜而骄的毛病，曹操抓住这一弱点，打算奇兵取胜。他带上步骑千余人，同鲍信一起先去巡视阵地，观察地形。骑兵速度快，走在前面，后面的步兵没能及时跟上。不料突然遇上黄巾，双方展开激战，曹操猝不及防，被打得大败，几百人战死，自己靠了鲍信的拼死保护，才勉强逃出重围，而鲍信则被黄巾军杀死，死后连尸体也没有找到。曹操对鲍信的死非常伤心，悬赏寻找他的尸体，没有达到目的，最后只得让人用木头刻了鲍信的形象，亲往哭祭一番才算完事。
黄巾军获胜后，乘势向曹军压过来。当时曹操老兵不多，新兵缺乏训练，刚刚打了败仗，全军上下弥漫着极度恐慌的情绪。曹操为了稳定军心，亲自穿上铠甲，戴上头盔，四出巡视，抚慰将士，并明确了奖惩条例，士气才又重新振作起来。接着，曹操找到有利战机，向黄巾军发起猛攻，黄巾军不能抵御，渐渐后撤。黄巾军想要争取曹操，给曹操写信说：“你过去在济南时，曾经毁坏神坛，其精神和我们黄巾军信奉中黄太乙的道理是相通的。你似乎是个懂得中黄太乙之道的人，但现在反而迷惑了。汉朝的气数已尽，黄家当立。新的天下就要出现，不是你的才力能够加以阻止的。你还是赶快撤军吧！”
但曹操代表的是地主阶级的利益，不可能放弃对于农民起义军的镇压，看到这封信后，不仅不为心动，相反大骂黄巾，要黄巾军赶快投降。黄巾军不予理会，曹操于是设下奇伏，昼夜接战，黄巾军抵御无方，损失惨重，不得不向济北方向撤退。曹操乘胜追到济北，黄巾军被逼投降。这年冬，曹操共接受黄巾降军三十余万人，同时得到了跟随黄巾军一起行动的男女百余万口。曹操从中挑选部分精锐组成了一支战斗力很强的队伍，号为“青州兵”。
这期间，在长安的东汉朝廷由于兖州刺史刘岱战死，就任命一个叫金尚的前来继任兖州刺史。曹操得到消息，预先派兵到兖州边界迎击，金尚无法入境，只得跑到南阳投奔了袁术。
曹操采用武装镇压和诱降相结合的手段对付黄巾，用心也不可谓不阴狠。但比起皇甫嵩一味对黄巾军进行大量屠杀的行径来，曹操所采用的受降改编的办法毕竟还是带有一些人道色彩的。
这是曹操带兵以来所打的第二个大仗。在这一战中，曹操临危不乱，善于鼓动士气，善于抓住敌方弱点出奇制胜，显示了卓越的军事指挥才能，说明他在战争的海洋中游泳，显得越来越得心应手了。
这一时期，曹操的武装力量有了很大发展，不少谋臣武将投奔到了他的麾下，其中著名的有荀彧、满宠、毛玠、程昱、乐进、于禁、李典、吕虔、典韦等。
荀彧字文若，颍川颍阴人。祖父荀淑、父亲荀绲、叔父荀爽都是东汉名士，荀淑曾做过王畅、李膺的老师，荀爽曾做过司空。荀彧少时，曾得到名士何颙的赏识，被称为“王佐之才”。永汉元年（189），被举为孝廉，出任县令，董卓乱后弃官归家。为逃避战祸，接受冀州牧韩馥的邀请，带领宗族移居冀州，但到冀州时，韩馥已被袁绍吞并。荀彧由于弟弟荀谌及同郡的辛评、郭图等人都在袁绍麾下，便也投附了袁绍，袁绍待以上宾之礼。经过一番观察，荀彧料定袁绍成不了大事。恰好曹操来到东郡，荀彧听说曹操有雄才大略，便在初平二年（191）离开袁绍投奔了曹操。曹操与之接谈，发现荀彧很有才能，非常高兴，说：“您就是我的张子房啊！”立即任命荀彧为司马，参与军机大事，这时荀彧才二十九岁。
满宠，字伯宁，山阳昌邑人。十八岁时，为郡督邮，后任高平县令，在处置贪赃不法方面态度坚决，很有魄力。曹操做兖州牧后，召为从事。
毛玠，字孝先，陈留平丘人。年轻时做县吏，以清廉公正著称。董卓乱起，避乱荆州，途中听说刘表政令不明，改去鲁阳。曹操做兖州牧后，召为治中从事。
程昱，字仲德，东郡东阿人。身长八尺三寸，美须髯，有谋断。兖州刺史刘岱曾推荐他为骑都尉，他以有病推辞。曹操做兖州牧后，召见他，与之接谈，大为高兴，于是任命他为寿张令。
乐进，字文谦，阳平卫国人。身材矮小，却有胆烈。原为曹操的帐下吏，后回本郡募兵，得千余人，回来后被提升为军假司马、陷阵都尉，很快成为曹操的重要将领。
于禁，字文则，泰山钜平人。原为鲍信手下的普通兵士，前来投奔曹操。曹操根据他的才能，提拔他为军司马，也很快成了曹操的重要将领。
李典，字曼成，山阳钜野人。其叔父李乾，在曹操出任东郡太守后，纠合宾客数千人跟随曹操，在寿张参加了击破青州黄巾的战斗。李乾及其子李整死后，这一支部队即由李典率领。
吕虔，字子恪，任城人。因有胆略，曹操任命他为从事。
典韦，陈留己吾人。形貌魁梧，体力过人。曾负气替人杀人，后面几百人追赶，但没有一个人敢上前同他接触。原跟随张邈，曾用一只手将高大的牙门旗举了起来。后投到曹操所部夏侯惇帐下，被任为司马。
这样，曹操手下不仅有了亲信的家兵，还有了精锐的“青州兵”，谋臣战将也与日俱增，武装力量日益壮大，成为他在兖州建立根据地的重要凭藉。