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曹操只带了几个亲随骑兵，溜出洛阳城来，抄小路朝东边家乡谯县方向急驰。出了虎牢关，路过成皋时，到故友吕伯奢家借宿，发生了杀吕伯奢一家数口的事情。对这件事，史籍记载各有不同。
王沈《魏书》说，曹操到吕伯奢家时，伯奢不在，他儿子和几个同伴抢劫曹操的马匹和财物，曹操发觉后，亲手将这几个人杀死。
比王沈《魏书》稍为晚出的郭颁《世语》，所记则大不相同。说曹操到吕伯奢家时，伯奢外出了，在家的五个儿子热情接待曹操，礼节很周到，但曹操因为是违抗董卓命令偷逃出来的，疑心主人要害他，于是趁着天黑用剑杀死了八个人逃走了。
比《世语》还要晚出的孙盛《杂记》，在《世语》记载的基础上，增加了一个产生误会的细节。说曹操到吕伯奢家后，听到食器相碰发出的声响，以为是兵器相击发出的声响，进一步以为是吕伯奢的儿子要杀害自己，于是决定抢先下手，趁着天黑将其杀死。事后还凄怆地说了一句：“宁我负人，毋人负我！”然后出门逃走。
上引三说，哪一说更接近事实，已难断定。如果第一说是事实，曹操属于自卫，是锄奸除害，其行为是无可非议的。如果第二、三说是事实，曹操的行为属误杀，有可理解的地方。因为曹操是在极为严峻的形势下逃离洛阳的，随时有被捕杀的危险，心情极度惶迫，神经高度紧张，加之食器相碰的声音确实很像兵器相碰的声音，在那种瞬间就可能丧命的情况下，又来不及作冷静的思考和调查，于是就发生了不幸。可能曹操杀人后马上就发觉是杀错了，而错杀的又是故人之子，不免有些后悔，有些悲伤，于是产生了“凄怆”的感情，这种感情很难说是装出来的，是虚伪。“宁我负人，毋人负我”云云，则是曹操发觉杀错人后一种强词夺理的自白和强自慰解，暴露了曹操自私残忍的性格，成为后来一些独夫民贼信奉的格言，是不足为法的。曹操多疑的性格，也在这里得到了初步的展示。
曹操继续东逃，经过中牟时，遇到了一次真正的危险。大概由于形色匆忙，一个亭长怀疑曹操是逃犯（这时曹操本来也是个“逃犯”），把他逮捕，送到县里关押。这时县里已经得到董卓通缉曹操的文书，只是还不知道被捉的这个人就是曹操。只有一个功曹认出了曹操，但他认为世道正乱，不应当拘捕天下英雄，实际上恐怕也是对董卓的倒行逆施心怀不满，因此不仅没有揭发曹操，相反去找县令说情，把曹操放走了。
经过一番周折，曹操来到距谯县不远的陈留、襄邑一带，就在这里停留下来，散布家财，募集义兵，准备讨伐董卓。
曹操还未回到谯县，就在陈留停留下来，原因是多方面的。陈留郡太守张邈是曹操少年时代的朋友，又是反对董卓的，在这里招募军队能够得到张邈的多方支持。陈留郡属兖州，兖州刺史刘岱也是反对董卓的，有一个比较良好的外部环境。此外，曹操在襄邑还得到了孝廉卫兹的全力支持。卫兹字子许，其人颇有谋略，讲究节操，曾为车骑将军何苗征召，司徒杨彪再加旌命。卫兹对曹操的才能十分了解，曹操刚到陈留，他就对人说：“平定天下的，肯定是这个人。”曹操也很看重卫兹，多次登门拜访，共商大事。卫兹说：“动乱延续很长时间了，不用武力是平定不了的。”又说：“要起兵，现在就得开始！”于是拿出家财来帮助曹操，对曹操尽快起兵起了重要的推动作用。
曹操在谯县的宗族、宾客、部曲也纷纷赶来，其中的代表人物有曹仁、曹洪、夏侯惇、夏侯渊等人。曹仁字子孝，是曹操的堂弟，从小就喜欢练武打猎。曹洪字子廉，也是曹操的堂弟。夏侯惇字元让，是西汉名将夏侯婴的后代。十四岁时，从师学习，有人侮辱老师，他把这人给杀了，从此以有烈气闻名当地。夏侯渊字妙才，是夏侯惇的族弟。他们都成了曹操的心腹将领，后来跟随曹操南征北战，立下了赫赫战功。
曹操积极准备起兵，甚至亲自参加做一些具体工作。一次，曹操正同工匠师傅一起做卑手刀（一种军用短刀），被来看望他的做过豫州刺史的孙宾硕看到了，讥笑他说：“你应当考虑大事，怎么竟跟工匠一起做刀呢？”曹操回答说：“既能做小事又能做大事，有什么不好呢？”反映了曹操的实干精神和既抓大事、也抓小事、正确处理大事小事之间关系的工作态度和工作方法。
经过几个月的努力，曹操共招募到士兵五千（一说三千）人，这是他建立自己武装力量的开始。当时本来还有可能招募得更多一些，但曹操自我限制，不想多招，原因是怕兵多了，目标大，意气盛，与强敌相争，可能成为祸根。这是曹操在当时非常复杂的环境中所产生出来的一种考虑，反映了他的明智、冷静和不急于求成的个性。
中平六年（189）十二月，曹操在己吾正式起兵。当时各地州牧郡守有的还在积极筹备，有的甚至还在犹豫观望，只有陈留太守张邈大概一直在与曹操互通信息，共同筹划，与他同时起兵，互为呼应。曹操虽然兵少，主观上也不想多招兵，但他没有被动地等待机会，没有消极地保存自己的力量，而是毅然首举义兵，为天下倡，表现了非凡的胆识、气魄和勇气，这对迅速掀起反董斗争的高潮起了十分关键的作用。