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中平六年（189）四月，灵帝死，以上军校尉蹇硕为代表的宦官集团同以大将军何进为代表的外戚集团之间的矛盾陡然尖锐起来。
灵帝生前，几个皇子先后夭折，留下何皇后所生皇子辩，王贵人所生皇子协。群臣请立太子，灵帝认为刘辩轻佻无威仪，不能充任人主，有意立刘协。但因何皇后有宠，何皇后兄何进自中平元年（184）起又一直担任大将军之职，手中握有重权，所以久久决定不下来。直到中平六年病重，才将刘协托付给蹇硕。蹇硕既受遗诏，加之一向轻视忌恨何进，因此灵帝一死，便想杀掉何进后再立刘协。不料阴谋泄露，计划失败。何进立其外甥刘辩为帝（少帝），时年十七岁。何太后临朝，何进与太傅袁隗参录尚书事，控制朝政。刘协被封为渤海王，不久徙封陈留王。
何进深恨蹇硕阴谋图己，又知道官僚士大夫无不对宦官心怀不满，因此执掌朝政后，便依靠袁隗的侄子袁绍、袁术等人，共同谋诛宦官。蹇硕疑虑不安，写信给宦官赵忠、宋典，建议赶快动手，将何进等人捕杀。不料宦官郭胜是亲近何太后的，他同赵忠商议后，到何进处告了密。何进先发制人，立即将蹇硕捕杀。
袁绍劝何进乘机把宦官全都杀掉，何进去向太后请示。太后因当初王美人生下刘协后被她毒死，灵帝大怒，要废掉她，全靠众宦官求情才过了关，因此对宦官抱有感激之情，不肯答应何进的请求。何进的弟弟何苗因受宦官贿赂，也来加以劝阻，此事便搁置了下来。袁绍又劝何进多召四方猛将，特别是召并州牧董卓领兵入京，以威逼太后，何进接受了这一建议。
何进的主簿陈琳、侍御史郑泰、尚书卢植等人反对袁绍的建议。曹操得知这一消息后，也找到何进，微笑着发表了自己的意见，说：“宦官从来都是有的，只不过君王不应当把大权交给他们，过分优宠，以致弄到这步田地。现在要治他们的罪，应当除掉首恶，一个狱卒就完全可以把这件事情办好，何必纷纷把外地的将领都召来京城呢？想要杀尽宦官，计划必定泄露，我看这件事是要失败的。”
在这里，曹操表现了与袁绍等人不同的主张和见识。袁绍主张把宦官杀得一个不留，曹操则主张保留多数，打击少数，只将宦官中罪大恶极的魁首除掉就行了。这虽然和曹操的出身不无关系，但从政策和策略的角度说却是不无可取之处的，特别是对稳定当时局势、避免外戚集团与宦官集团的矛盾进一步激化有着积极的意义。如果只须惩办几个首恶，确乎也不需要大动干戈，何进现有的力量就足可胜任了。如果想要一网打尽，就必然兴师动众，事情也就不容易做得机密。后来的事实证明，曹操的分析是完全有道理的。
对这件事情的处理，袁绍的态度过激，何进则缺乏决断，都不合曹操的口味。曹操本来也是反对宦官专政的，这时又身在洛阳，据说还曾私自潜入宦官张让宅院，企图行刺，被张让发觉，曹操一边在庭院中挥舞长戟，使追捕的人无法近身，一边从容后撤，翻墙而出，反对宦官的态度不可谓不坚决。但他始终不曾与何进、袁绍共谋，这决不是偶然的。
曹操反对召外将进京，也包含着他对董卓其人的认识。
董卓，字仲颖，陇西临洮人。其人粗猛有谋，体力过人，能左右驰射。少年时喜欢游侠，曾到羌人居住的地区游历，交结羌族上层“豪帅”，在陇西有些名望，被地方官看中，做了凉州的兵马掾，领兵巡守边塞。桓帝末年，跟随中郎将张奂镇压羌族人民的反抗，屡立战功，做到并州刺史、河东太守。中平元年（184），升任中郎将，接替卢植领兵镇压黄巾起义，被打败。不久，跟随车骑将军张温攻打反叛朝廷的边章、韩遂，取得一些胜利，升为前将军，封斄乡侯。随着实力的增强和地位声望的提高，董卓的政治野心越来越大。朝廷对此有所察觉，想要解除他的兵权，召他到朝廷担任少府之职，他以所部羌胡兵不听命令为借口，拒不从命。灵帝快死时，又召他为并州牧，要他把军队交给皇甫嵩，他再次拒绝，驻兵河东，等待局势的变化。当得知何进要他带兵进京时，他认为时机已到，二话没说，立即上路，并上书请求惩治宦官张让等人。
董卓还未到达洛阳，何进想要尽杀宦官的图谋泄露，宦官惧而思变。八月，宦官张让、段圭等乘何进入宫见何太后的机会，埋伏在宫门外，当何进事毕出来时，突然袭击，将他杀死。何进部将吴匡、张璋及袁术等闻讯，领兵攻打宫门，放火焚烧东西两宫。张让、段圭等连忙劫持太后、少帝及陈留王刘协等逃往北宫。袁绍等引兵将北宫门关闭，搜捕宦官，不论老少，一律杀死，一共杀死宦官二千多人，连有些没长胡须的人也被误杀了。张让、段圭等数十人困迫无计，只得劫持少帝及陈留王等逃出洛阳北门。当逃到黄河边的渡口小平津时，被尚书卢植带兵追上，数人被杀，其余被逼投入黄河，自溺身亡。
这时，董卓已经抵近洛阳，遥见洛阳火起，引兵急进，迎上了被劫持出城的少帝和陈留王，一同回到洛阳。董卓凭藉兵威，自任司空，专断朝政，废少帝刘辩为弘农王，立陈留王刘协为帝，这就是献帝，并在永安宫将何太后毒杀。接着，董卓自任太尉、相国，进一步控制了朝政。长期以来外戚与宦官两个集团交替执政、互相火并的局面至此结束，东汉王朝也在这种火并中，名存而实亡。此后，统治阶级内部的矛盾斗争，便主要表现为各个官僚地主武装集团之间的冲突，即所谓军阀混战了。
董卓是个非常残暴的家伙，掌权后，采取高压政策，以严刑服众，稍不遂意就开杀戒，弄得朝中人人自危。他的凉州兵，除了汉人外，还杂有羌人和胡人（匈奴），纪律性很差，破坏性很大，经常四出抢劫财物，掳掠妇女，甚至在朝中奸乱公主和宫女。一次董卓派兵到阳城，把正在祭土神的民众包围起来，男子全被杀死，头颅被砍下来挂在车辕上，将妇女和财物弄上战车，歌呼而归，说是“攻贼大获”。回到洛阳，将男子的头颅聚拢焚烧，妇女则被赏给士兵作婢妾。洛阳一带陷于一片恐怖之中。
另一方面，董卓为了笼络人心，巩固地位，又特别对官僚士大夫做出了一些姿态。他为窦武、陈蕃伸冤，重用周珌、伍琼、郑泰、荀爽、何颙等名士，恢复陈纪、韩融等党人的官爵，以韩馥为冀州牧，刘岱为兖州刺史，孔伷为豫州刺史，张咨为南阳太守，张邈为陈留太守。大儒蔡邕过去遭受宦官打击，逃亡在外，董卓召他进京，三天之中三次升官，一直做到侍中。但这些措施，并没能起多大作用，官僚士大夫多对董卓心怀不满，只是迫于董卓的高压政策，暂时隐忍；一些人则公开表示不同董卓合作，如袁绍在为废立之事同董卓发生冲突后逃奔冀州，其堂弟袁术逃到了南阳。
董卓当初阴怀野心，积极发展个人势力，拒绝朝廷征召，曹操肯定是有所了解的，因此他反对召外将、特别是召董卓进京，是有着阻遏董卓野心、维护政局稳定的考虑的。董卓来到洛阳后的所作所为，曹操更是耳闻目睹，并抱有自己的想法。曹操本来也是董卓拉拢的对象，董卓上表朝廷荐举他为骁骑校尉，并想把他引为心腹，共同商议大事。但董卓的所作所为不得人心，曹操料定董卓虽然得势一时，但必然很快归于失败，因此不肯同董卓同流合污，于是毅然改名换姓，逃出洛阳，走上了同董卓公开决裂的道路。