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曹操托病辞官，固然由于他在担任济南相时的所作所为得罪了当权的宦官，怕遭到打击报复，但这还不是唯一的原因。曹操早在做洛阳北部尉时就敢于棒杀小黄门蹇硕的叔父，这时虽有遭受打击报复的危险，但毕竟还没有遭到打击报复，如果就急急忙忙地退却，那是不大说得过去的。何况，这时他的父亲曹嵩还大权在握，中平四年（187）甚至还花一亿钱买了个太尉的官做，算得是一个有钱有势、有头有脑的人物，朝中有这样的人撑腰，曹操自然也不必有太多的顾忌。他之所以托病辞官，还有另一层更重要的考虑。
东汉末年，岩穴隐居在名士中是十分盛行的风尚。由于隐居被人们认为是有才能而又清高的人才干的事情，因此隐居可以抬高身价，成为当政者注目和礼聘的对象，不失为一条做官的捷径。曹操常为自己不曾是岩穴隐居之士而感到遗憾，他正可以利用这一机会来弥补这一遗憾。他还作了一个横向比较：和他一同被推为孝廉的人中，有的人已经五十岁了还不称做年老，他现在不过才三十岁，即使隐居二十年再出来做官，也才同这些人刚被举为孝廉时的年纪相同，有什么可怕的呢？于是，他毅然回到了家乡，在谯县以东五十里的地方盖了一座幽雅的书房，打算一年中秋夏读书，冬春射猎，文武并进，积蓄力量，以图将来的发展。这个地方比较低洼，曹操打算利用沼泽中的泥水把自己同外界隔绝开来，断绝宾客的来往。
但曹操并未能在谯县赋闲多久，就因形势的需要而被征召出山了。中平元年（184）黄巾主力被镇压后不久，金城人边章、韩遂起兵反叛。第二年春天，率军数万进攻长安附近地区，侵逼刘氏皇陵。朝廷派车骑将军皇甫嵩征讨，无功而还。复以司空张温为车骑将军，董卓为破虏将军，与荡寇将军周慎等率步骑十余万进讨，先败后胜，边章、韩遂败回金城。中平三年（186）冬，韩遂杀边章等人，拥兵十余万，进围陇西。太守李相如反，与韩遂联合，共杀凉州刺史耿鄙。耿鄙的司马扶风人马腾也拥兵反叛，汉阳王国则自号“合众将军”，起兵响应韩遂。一时间天下骚动，朝廷震恐，于是赶忙网罗人才，企图加固根基。曹操便在这时被召为都尉，成为带兵的武官。
曹操手中有了兵权，成为一些人瞩目、拉拢的对象。中平五年（188）五月，术士襄楷对冀州刺史王芬说：“天象的变化不利于宦官，黄门、常侍真是到了灭族的时候了。”王芬信以为真，于是勾结南阳许攸、沛国周旌等人，同时联络了一些地方豪强，以黄巾余部黑山义军攻掠郡县需要起兵镇压为借口，给灵帝上书，请求灵帝北巡河间，企图利用灵帝北巡的机会发动政变，废除灵帝，诛杀宦官，另立合肥侯为帝。他们也来约结曹操，曹操冷静地分析了形势和条件，认为这个计划必然失败而加以拒绝。其辞云：
夫废立之事，天下之至不祥也。古人有权成败、计轻重而行之者，伊尹、霍光是也。伊尹怀至忠之诚，据宰臣之势，处官司之上，故进退废置，计从事立。及至霍光受托国之任，藉宗臣之位，内因太后秉政之重，外有群卿同欲之势；昌邑王即位日浅，未有贵宠，朝乏谠臣，议出密近：故计行如转圜，事成如摧朽。今诸君徒见曩者之易，未睹当今之难。诸君自度：结众连党，何若七国？合肥之贵，孰若吴、楚？而造作非常，欲望必克，不亦危乎？
从语意看，曹操似乎并不反对废掉灵帝，只是觉得时机还不成熟。他认为伊尹、霍光行废立帝王之事之所以能够成功，是因为伊尹怀着对国家最大的忠诚，有辅相的权势和在百官之上的地位；霍光也是凭藉了有声望的地位，同时利用了一些有利的客观条件。这些，似乎反映了曹操内心的一些朦胧的追求和向往，他后来正是沿着伊尹、霍光的道路一步一步地走下去的。文章从古今形势和欲行废立者的主客观条件两方面条分缕析，言之凿凿，头脑清醒，谋虑深远。不久，王芬等的阴谋果然败露，王芬畏罪，弃官逃走，在途中自杀。
黄巾起义之后，灵帝认识到军队的重要，日益留心军事。在动乱四起、天下扰攘的情况下，决定组织西园新军，来加强拱卫首都的力量。中平五年（188）八月，在西园成立统帅部，即所谓“西园八校尉”。宦官蹇硕最得灵帝宠信，被任命为上军校尉，连大将军何进也得听他指挥，成为实际的全国最高统帅。虎贲中郎将袁绍因是“四世三公”之后，他家又曾和宦官袁赦攀过本家，被任命为中军校尉，也就是副统帅。此外，鲍鸿为下军校尉，曹操为典军校尉，赵融为助军左校尉，冯芳为助军右校尉，夏牟为左校尉，淳于琼为右校尉。曹操能够打进新军并任要职，弄得蹇硕也不得不与这位十四年前曾经棒杀其叔父的仇人共事，除了曹操本人的才干和已经建立起的名声外，其父、祖的余荫显然也在这里发挥了一定作用。
曹操成为东汉皇室核心武装的将领，使他在仕途上又迈出了重要的一步，在一定程度上也可以说是以曲求伸策略的胜利。曹操个人的欲望也随之膨胀起来，当初只打算做一个郡太守，现在却想凭藉手中兵权，为国家“讨贼立功”，以便获得封侯做征西将军，死后在墓道前的石碑上刻上“汉故征西将军曹侯之墓”的报偿。志向的升级，预示着曹操在政治舞台上将会有更为出色的表演。