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曹操出任顿丘令不久，即被召入朝廷任为议郎。议郎是郎官的一种，属光禄勋，一般由贤良方正、敦朴有道的人充任，负责顾问应对，俸禄六百石。曹操来到皇帝身边，有利于扩大自己的影响，但因议郎属冗官，没有一定职务，没有固定工作，倒反而清闲了。
第二年，即光和元年（178），曹操因堂妹夫讔强侯宋奇被宦官诛杀，受到牵连，被免去官职。这一年，灵帝宋皇后被废，忧死，其父不其乡侯宋酆及兄弟全被杀掉，宋奇很有可能是宋皇后的一个兄弟。曹操被免官后，在洛阳无事可做，便回到家乡谯县闲居下来。
光和三年（180）六月，灵帝诏令公卿每人推荐一个能通晓《尚书》《毛诗》《左传》和《穀梁春秋》的士人，任为议郎。曹操因通晓古文经学，又被征召，回到议郎任上。这次任职时间较长，曹操不甘寂寞，做了两件事情。
一是上书为窦武、陈蕃申冤鸣不平。
窦武，字游平，扶风平陵人。延熹八年（165），其长女被选送入宫，桓帝封为贵人，窦武被任为郎中。这年冬，贵人立为皇后，窦武升为越骑校尉，封槐里侯。第二年冬天，调任城门校尉。窦武利用职务之便，征召了不少名士。自己廉洁奉公，嫉恶如仇，不受贿赂，家人衣食仅保充足而已。所得赏赐，全部用来接济太学诸生，还经常接济贫民粮食。其时宦官专权，李膺、杜密等被逮捕拷问，窦武特地在永康元年（167）上书要求惩办宦官，释放党人，对李膺等人的获释起了很大作用。这年冬，桓帝死，窦皇后为皇太后，临朝听政，与窦武定策，迎立解渎亭侯刘宏为帝（即灵帝），窦武被任命为大将军，改封闻喜侯，成为外戚集团的首领。
陈蕃，字仲举，汝南平舆人，著名党人，与李膺、王畅享有同等声望，太学生中流行着这样的评语：“天下楷模李元礼（膺），不畏强御陈仲举，天下俊秀王叔茂（畅）。”又与窦武、刘淑一起被人们誉为“三君”，所谓“君”，即可为一代人所尊奉、所效法的意思。桓帝时，曾历任太守、尚书令、大鸿胪、光禄勋、太尉等职。为人刚正不阿，不畏权贵。大将军梁冀曾有事相求，派人送来一封信，陈蕃拒不接待。使者玩弄花招见到了陈蕃，陈蕃怒而将其打死。李膺等党人被宦官陷害，陈蕃一再为之申辩，言辞激切，宦官恨之入骨，本欲将其置于死地，但因陈蕃是名臣，终究不敢加害，最后只好免官了事。窦太后临朝，陈蕃重新得到重用。当初，桓帝曾打算立田贵人为皇后，陈蕃以田氏出身卑微、窦氏出身良家为由，竭力主张立窦氏，桓帝最后只得立了窦氏。窦太后因此很感激陈蕃，临朝后即任命陈蕃为太傅，与大将军窦武共同执掌朝政。
窦武、陈蕃都有翦除宦官的打算，两人一拍即合，于是安插亲信，重新起用李膺、杜密等人，共谋起事。但因宦官曹节、王甫等人谄事太后，骗取了太后的信任，计划一再受到阻挠。建宁元年（168）八月，窦武使人上奏，打算逮捕曹节等人。曹节等先发制人，挟持灵帝，劫夺太后，矫诏逮捕窦武等人。窦武拒不受诏，射杀使者，发兵数千人对抗。曹节、王甫调兵与窦武对阵，窦武最后失败自杀，宗亲、宾客、姻属同时被害。陈蕃亲率部属80余人拔刀响应窦武，被王甫调兵围困，最后逮送监狱遇害，宗族、门生、故吏被免官禁锢。
窦武虽身为外戚首领，但同时又是著名党人，他同陈蕃都能在一定程度上廉政洁行，不满宦官集团的胡作非为，其反对宦官集团的行动自然是深得党人和名士的肯定与激赏的。曹操也是在这样的思想支配下，上书为窦武、陈蕃鸣冤的：
武等正直，而见陷害。奸邪盈朝，善人壅塞。
一方面肯定了窦武等人品德行为的正直，另一方面斥责了奸人的擅权，一针见血，义形于辞，再一次显示了曹操反对宦官专政的立场，同时也显示了曹操勇于革新政治的精神。但由于其矛头不仅仅是指向宦官集团，还隐约地指向了灵帝，不仅仅是在翻历史旧案，还分明有些针砭现实，因而其意见未能被灵帝所采纳。
窦武被害后，全家受到牵连，只有一个两岁的孙子窦辅脱逃。曹节等人得知后，搜捕甚急。窦辅在窦武门生胡腾等人的掩护下，逃到零陵地界，胡腾谎称窦辅已死，把窦辅留在家中当做儿子抚养，并改为胡姓。窦辅后被举为桂阳孝廉。建安年间，荆州牧刘表辟为从事。曹操袭占荆州后，让窦辅及其家人徙居邺城，把窦辅安排在丞相府工作。窦辅后来从征马超，中流矢而死。
二是上书谴责公卿举奏不当。
光和五年（182）正月，灵帝诏令三公举奏州县官员中没有政绩、相反蠹害百姓而被百姓编成歌谣传唱者，一一予以罢免。太尉许戫、司空张济秉承宦官旨意，接受贿赂，阿从世俗，对那些民愤很大的贪赃枉法的宦官家属、亲戚、宾客不予查处，反而纠劾了边远小郡清廉自守、有惠民表现的官吏二十六人。这些被诬陷的官吏，纷纷向朝廷陈诉冤枉。司徒陈耽不同许戫、张济同流合污，上书灵帝切谏，说：“公卿所举，率党其私，所谓放鸱枭而囚鸾凤。”但灵帝是非不分，对陈耽的上书置之不理，结果不仅许戫、张济依然逍遥法外，而且由于宦官的忌恨和诬陷，陈耽反而在三月被罢官，两年后冤死狱中。
就在陈耽上书的上半年，灾害频频发生：二月瘟疫流行，四月大旱，五月太后住的永乐宫失火。相信天人感应的灵帝于是下诏，向臣下广为征询政事的得失。曹操对许戫、张济的所作所为早已心怀不满，于是利用这次机会，不避自身安危，不顾官职卑微，继陈耽之后再次上书切谏，谴责公卿举奏专门回避贵戚。灵帝这次大概因迫于灾祸频仍，有所畏惧，于是将曹操的奏章发给三府，责备许戫、张济失职，被错纠的官员得到平反，许戫还在稍后的十月被免职。曹操由于抓准了时机，在这一个回合取得了胜利。
此后，朝政越来越混乱，不法之徒越来越猖狂。曹操知道很难改变这种状况，就不再上书，慢慢沉默下来。