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中药资源普查工作，组建了国家、省和县3个层面的中药资源普查（试点）工作领导小组及其办公室、专家委员会和普查队。组织管理工作主要依托各级中医药管理部门包括卫生厅、中医药管理局、卫生局等，同时商请各级发改、财政、教育、科技、民委、农业、食药、林业、旅游、国土、统计等部门参与和协助。技术工作主要依托与中药资源相关的大专院校、科研院所和中医医院等。通过行政和技术两线并行的方式，共同推进中药资源普查（试点）工作。到2020年底，中药资源普查工作已基本覆盖所有县级行政区划单元。
通过联合多行业的模式整合资源，组建普查队伍，积极吸纳医药卫生、农业、林业等10多个行业的专业技术人员参加。同时，积极吸纳高校和科研单位的在校学生和参加过第三次中药资源普查的老专家、老药工等参与普查，共涉及大专院校、科研院所520多家，企业420多家，县级中医院1500余家。基于“全国中药资源普查信息管理系统”统计，登记注册参加试点工作的人员有5万余人。
为充分利用信息化技术方法促进中药资源普查数据的收集汇总，研究开发了“全国中药资源普查信息管理系统”，实现了数据采集手段、管理方式、成果服务方式的转变。截止到2020年12月，县级普查队已经陆续将外业调查数据填报到全国中药资源普查数据系统。基于全国中药资源普查信息管理系统，汇总到全国1.3万多种药用资源的种类、分布信息，外业调查总记录数2000万余条，数据总量70 TB。中国药用植物特有种为3150种，特有种最丰富的是西南地区，也是药用植物特有种保护的重点区域。普查工作中发现100多个新物种，初步分析有近60%有潜在药用价值。基于100多万个样方的调查数据，可以估算2020年版《中华人民共和国药典》收载563种药材的蕴藏量。
为了准确鉴定中药资源种类，长久保存全国中药资源普查所获得的实物标本，要求每一个县针对每一种药材，采集、制作并汇交1份标本实物，包括全部物种的原植物、原动物标本等，为中药资源相关研究、科普等工作提供实物基础。针对重点调查药材，采集1份优质的药材样品和种质资源，为区域间中药材质量评价及中药资源可持续利用提供物质基础保障。目前，全国已经采集药材样品、腊叶标本、种质资源100余万份，汇交至北京约80万份，已整理种子约4.5万份，存有种子约1.2万份。DNA库已保存DNA共9万余份，包括10353种、2184属、292科。
中药资源动态监测体系已建成包括1个现代中药资源动态监测信息和技术服务中心（以下简称“中心平台”）、28个省级中药原料质量监测技术服务中心（以下简称“省级中心”）及其所覆盖的71个中药资源动态监测信息与技术服务站（以下简称“监测站”）。中药资源动态监测逐渐成为区域中药资源保护和利用工作的重要内容之一，其对摸清区域中药资源家底，了解中药原料价格波动变化，有计划地开发利用和保护中药资源，并为医药、食品及其他工业生产部门提供持续稳定的原料来源，以及对地方经济的发展和提高人民的经济收入等均有重要的现实意义。
2014年开始建设中药资源动态监测系统，2015年底中药资源动态监测系统1.0正式上线，2017年研发并开通了中药资源动态监测系统2.0，并获得中国地理信息产业协会2018年金奖。中药资源监测与服务平台微信公众号于2015年4月15日启用，2020年全年发布232期共793篇图文信息，启用至今发布图文信息3652篇。
各省级中心与各级政府组织专家现场指导中药材种植，开展中药资源相关培训数百次，累计培训数超万人次，免费发放中药材栽培实用技术培训材料或书籍，逐步推动中药材种植、采收及生产加工规范化，提高中药材质量。如湖北省级中心在蕲春开展了蕲艾绿色生态种植技术研究，在赤东镇王埦村和八里湖农场建立了示范种植基地。各省级中心根据各省市县政府需要，帮助出谋划策，协助制定和完善中医药及其相关的规划制订、制度设计、方案完善等工作，衔接科技扶贫。辽宁省级中心参与制定辽宁省《中药材保护和发展规划（2015—2020年）》工作方案，助力辽宁省中药资源产业发展等。
各监测站采集价格、流通量和种植面积等6大类数据，数据采集以每周市场、产地走访调查为主，根据药材不同规格等级进行分级填报，已对外提供中药材种植、交易、信息咨询服务数百次。围绕精准扶贫，开展中药材种植品种选择、种子种苗繁育、栽培、病虫害防治、采收加工等技术培训数十次，累计培训人数千人次；开展定向扶贫和中药材栽培培训工作，组织专家现场指导中药材生产种植。
先后在全国20个省区布局建设了28个中药材种子种苗繁育基地，在我国西北、西南、中部、东北、东南等地区均有分布，子基地合计近180个，涉及中药材种子种苗近160种，面积超过5万亩。各基地结合自身区域地理环境特点，对5种以上省域内道地的或稀缺的药材品种进行繁育生产。在充分考虑药材道地性、地区药材生产特点的基础上，2012~2013年，分两批在吉林等12个省区建设中药材种子种苗繁育基地，基地繁育的药材种以大宗常用药材种为主。2015年，在河北等11个省区建设中药材种子种苗繁育基地，基地繁育的药材种侧重考虑药材本身或相对市场需求稀缺，多方面保障药用种质资源的繁育与供应。各基地按照国家基本药物所需中药材种子种苗繁育基地建设要求完成了相应建设任务，建立了运行管理制度，对中药资源普查中收集的种子种苗进行保存、更新，制定中药材种子种苗质量标准、技术规程等，开展中药材种子种苗监测服务。各基地通过验收以来，继续发挥繁育生产功能，累计销售收入超1.35亿元，免费提供种子超4.4万千克，种苗超2.2亿株，面向社会服务约1.3万人次，培训超5万人次，带动贫困人口发展近5.5万人，指导160余个县（区）中药材种植。
国家基本药物所需中药材种质资源库（四川省）地处成都，主要开展正常型中药材种质资源的收集、保存及研究工作，总库容20万份，是第四次全国中药资源普查大部分种质实物的保存地。目前已接受第四次全国资源普查种子175科、999属、2597种，共3万余份，是中药资源系统研究与开发利用省部共建国家重点实验室培育基地社会化服务团队的重要组成部分。
国家基本药物所需中药材种质资源库（海南省）位于亚热带地区，总库容20万份，是我国唯一的国家级以保存顽拗型种子为主的超低温南药基因库。目前已保存有162科、578属、901种，共10697份种子，具备专业化种质资源服务体系，建立了中药材种质共享平台和中药材种质资源收集保存技术平台及人才培训平台。
自2016年起各省（区、市）在摸清中药资源家底的基础上，建设药用植物重点物种保存圃，保存区域内重点药用植物和普查收集的重点物种种质资源。全国重点药用植物保存圃累计面积为4149亩，平均每个保存圃保存物种数在300种以上。
中药资源普查中获得了不少新发现，包括新分类群、新记录、新认知等。如发现了兰科新属先骕兰属和荨麻科新属征镒麻属。普查工作期间普查队员已发现100多个新物种，如那坡栝楼、苦枸杞、务川人字果、黄花地黄、皖浙老鸦瓣、旋枝景天、巢湖铁线莲等，充分体现出了普查队员的专业素养，反映了普查队员调查工作的深入和全面，有力促进了中医药学的学科发展。这些新物种的发现，为我国生物多样性增添了新成员，对于丰富我国植物种类、加强对新植物的研究和保护、增加药用资源的开发和利用具有重要意义。
目前，全国31个省（区、市）已出版专著220余部，包括专题卷（山脉卷、图鉴卷、民族药卷）、地方卷等；发表论文1500余篇，申请专利67项，起草相关标准221项，申请软件著作权36项。针对31个省中药资源管理人才培养的需要，每年组织一期中药资源管理人才研修班，目前已经组织了3期，培养省级骨干人才200余人。
2020年中药资源普查工作重点集中在加快外业调查、内业整理，推进成果汇交与工作总结验收，做好普查成果凝练、加强普查专著编撰等方面。2020年，各省区通过多种形式召开本省（区、市）工作推进会，持续推进中药资源工作顺利进行。2020年，国家中医药管理局“中药资源管理人才研修班”第三期开办，进一步为中药资源普查工作培养优秀人才。
2020年9月，《新编中国药材学》出版，该书是在系统梳理第四次全国中药资源普查成果的基础上，由500多位中药资源领域资深专家，历时3年编撰而成。全书分8卷，植物药材按其主产区大致划分为东北、华北、西北、华东、华中、华南、西南共7个片区，另动物药材、矿物药材分别收录编撰。全书详细介绍了882个中药材品种的药材别名、来源、本草考证、原植物、主产地、栽培要点、采收与加工、商品规格、药材鉴别、质量评价、化学成分、功能主治、药理作用、用药警戒或禁忌、分子生药等有关药材学知识与新技术、新方法及其现代研究成果，是一部具有较高学术参考价值的工具书。至此，“中国中药资源大典——中药材系列”丛书完成全部编撰出版工作。
2020年10月，第三届中国中药资源大会在南京召开，由中药资源普查江苏省技术牵头单位南京中医药大学等单位承办，普查承担单位、普查专家和队员参加大会。大会认为应总结梳理好第四次全国中药资源普查成果，积极开展好中药材产业扶贫，以更好服务中药资源与产业高质量发展。
2020年10月，中国中药协会中药区划与生产统计专业委员会成立，多名普查专家、普查队员参与专委会筹建，承担专委会工作。专委会开展中药区划与生产统计技术方法研究，促进中药资源信息化水平提升；开展重点区域、重点品种年种植面积和产量变化情况统计技术方法研究；编研重点区域、重点品种区划与生产统计报告；开展重点企业、重点品种的使用量及其变化情况监测；开展重点药材市场、重点品种交易量、交易价格等信息采集和统计分析等；根据行业发展需要，参与开展中药资源保护、利用相关技术研究工作。通过中药资源普查工作的开展，结合专委会职能，2020年组织开展《全国中药材生产统计报告（2020）》的编研。
为有效激励参与中药资源普查工作的企事业单位，继续积极开展普查相关工作，调动科技人员的积极性和创造性，培育和整理普查工作中的科技成果，完成好各地中药资源普查相关工作任务，2020年底在中国中医科学院科学技术奖励项目中增设中药资源普查科学技术奖，并于2021年开展首次评审工作。