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历史属于时间范畴。正如康德所说没有和空间相分离的时间，江南的历史也是和江南的空间密切结合在一起的。在这个意义上，对江南要提的第一个问题是“什么是江南”。然而，这个问题很难明确，因为江南的版图在历史上一直处在变动之中。到底哪个时代、谁的江南才是要研究的对象？对此各有各的说辞和论证。我们借用了马克思“人体解剖对于猴体解剖是一把钥匙”的理论方法，“低等动物身上表露的高等动物的征兆，反而只有在高等动物本身已被认识之后才能理解”。
历史上尽管有很多的江南，但由于只有其中“最成熟的形态”才完美体现了江南的本质，所以也只有最成熟的形态的江南才是我们要研究的江南。尽管魏晋以后，由于北方与中原人口和文化的大批量南移，江南地区在经济与文化上逐渐后来居上，但作为成熟形态的江南无疑是在明、清两代。据此我们把李伯重提出的“八府一州”（苏州、松江、常州、镇江、应天、杭州、嘉兴、湖州八府及太仓州）作为江南的核心区，同时将“江南十府”说中的宁波和绍兴，以及尽管不直接属于太湖经济区，但在自然环境、生产方式、生活方式与文化联系上十分密切的扬州、徽州等也作为江南的外延，由此绘制出一幅以文化为边界同时又较好照顾了历史的江南地图
。有了这样一份地图，就可以避免纠缠在“什么是江南”的争论中，把江南研究深入下去。
尽管江南最直接的存在形式是空间，但在历史长河中也必定有其源头。在江南文明起源研究中，长期以来占主导地位的是“黄河中心论”，即“中华文明的起源是一元的，其中心在黄河中下游，由之向外传播，以至各地”。由此导致的直接后果是，中原文明成为认识和研究江南的基本语境和判断标准。如果江南文明确系由黄河文明传播而来，自然也无可厚非。但正如李学勤先生说，“黄河中心论”最根本的问题是“忽视了中国最大的河流——长江”
。而综合20世纪考古学、历史学、人类学的研究，早在新石器时代，作为江南母体且自成一体的长江文明就已发育得相当成熟。由此出现了一个颠覆性的发现，江南文明是长江文明的“亲生子”，而不是黄河文明传播的产物。在解决了这个原则性的问题后，以往很多解释不通、解释歪了的东西，才有可能被纠正过来。
斯宾格勒有句名言：“世界历史，即是城市的历史。”我们也可以说，“江南的历史，就是江南城市的历史”。在任何时代，集聚着大量人口、财富和文化资本的城市，都代表着一个时代在物质文明和精神文明两方面的最高成就。对于江南城市而言，一方面，各种零零碎碎、遍布江南大地的技术创造和文化智慧，正是由于最后汇集到了南京、扬州、苏州、杭州、上海等城市才发扬和传承下来的；另一方面，也主要是要满足江南人民在历史和现实中的种种生活、生产需要，江南城市才日益形成了自己的形态、功能和特色。从空间类型上看，历史学家习惯于把中国古代城市分为政治型和工商型，他们也比较一致地认为江南城市属于后者，而北方城市多属于前者。江南的工商型城市有一个很突出的特点，不是政治与军事，而是经济和文化成为影响城市发展的主要机制。这是一条始终贯穿江南城市发展的重要线索。在南宋时期的临安，就已开始挣脱“政治型城市”的约束。临安尽管是南宋首都，始终面临着政治和军事的压力，但与唐代长安和洛阳、北宋汴梁不同，它的文化消费功能异常发达，有时甚至可以与政治和军事相提并论。这也是诗人林升说“西湖歌舞几时休”的主要原因。在明清时代江南地区就出现了一个规模很大的城市网络，有着明确的层级体系和经济分工，这和几百年以后西方的“城市群”已经很接近。当时的江南城市群对中国历史的影响，不仅是在经济财力上支撑整个国家机器运转，同时也在意识形态、生活方式、审美趣味、风俗时尚等方面获得了“文化领导权”，后者的影响有时还甚于前者。在从近代向现代演变过程中培育出的上海文化，特别是在中西文明交流和文化杂交下缔造的海派文化，不仅是中国现代都市文化的杰出代表，也在很大程度上重建了20世纪中华民族的价值观念和生活方式。
20世纪中期以来，作为城市高级形态的城市群成为世界城市发展的主流，也是我国新型城镇化的主体形态。江南这个美丽的名称逐渐淡出，今天人们说的最多的是长三角城市群。与历史上的江南地区一样，长三角的范围也先后经历了1996年14城市版、1996年15城市版、2003年16城市版、2008年25城市版和2016年26城市版等变化。表面看来，今天的长三角已在很大程度上突破了江南地区的传统版图，两者已不可同日而语。但实际上并非如此，一方面，长三角城市群之所以有今天，离不开明清时代的苏州、杭州、南京、扬州和近现代的上海、无锡等城市几百年的积累和奋斗；另一方面，以2017年上海“2035规划”提出的“上海大都市圈”为标志，长三角的核心区仍未超出明清时代的“八府一州”的范围。这可以称之为“万变不离其宗”，也是今天研究江南和江南文化的旨归。