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得知金部得手，多隆阿立刻发挥出作为前敌总指挥的职能和作用，他集结鲍超等九千人马，分三路向太平军发起反攻，金国琛也乘机率部下山夹击。
1860年2月17日，湘军借东南风纵火，一时烈焰四起，狂风怒号，粤捻联军的百余座营垒被全部焚毁。从太湖战役打响之日起，粤捻联军已阵亡两万余人，加上腹背受敌，陈玉成只得退出太湖战场。
在援军败退的情况下，太湖城根本无法独守，太湖守军很快也随援军一部弃城而去。
多鲍好强争胜既是缺点，也是优点。胡林翼在要求鲍超必须服从多隆阿调度的同时，一人给一支部队，让他们独当一面，用事实和战功来证明自己。在整个太湖战役中，多鲍拿出了平生所能，原先曾国藩所顾虑的问题反而成了他们克敌制胜的一大动力。
鲍超在突围战中固然光彩照人，多隆阿也不示弱，他率部猛追太平军，一直追到了潜山城外。2月19日，太平军欲乘湘军立足未稳出城袭击，不料潜山知县叶兆元早已窥视在侧，在多隆阿的邀约下，立即督率团勇对太平军的后路进行堵截。太平军阵脚大乱，四下溃退，潜山又被多隆阿收入囊中。
正如胡林翼战前所计划和预料的那样，湘军能够一鼓作气，连克二城，其功效都在击破太平军的援兵之上，援兵既破，城池自得。
至此，太湖战役结束。湘军夺取了安庆外围的三个重镇，其主力也得以从容进入预定战场，主动性大大增强，而太平军则损城折兵，优势大减。形势如此之好，何不以得胜之师直捣安庆？
曾国藩原先百般谨慎小心，这时也有了一蹴而就的冲动。可是胡林翼反而又沉静下来，他的意见是抓紧时间进行休整，然后伺机而动。
曾胡在决策上再次出现了严重分歧和争执。曾国藩直言：“不乘狗逆（对陈玉成的贬称）踉跄之际进窥安庆、庐州，颇为失策。”他还批评胡林翼“主意不甚坚定”，乃至认为胡在军事上“多谋少断”。
胡林翼能够用来说服曾国藩的，依然还是三河之败的教训：攻克三镇又怎么样，当初李续宾一口气连克四城，还不是一败涂地，前功尽弃？
的确，作为安庆战役的第一阶段，太湖战役虽然取得完胜，但湘军也有较大伤亡，人马由五万变成了四万，而且官兵都很疲惫，在这种情况下若急于扩大战果，难保不步李续宾的后尘。
曾胡在共同指挥安庆战役的过程中虽然常有争论，有时还有些不愉快，但两人都心地坦荡，为公不为私，所以很快就能达成谅解。这次也是如此，一番信使往返，经过充分交流，曾国藩最终听从了胡林翼的意见，不再急于进兵。
胡林翼早已打定主意，接下来要么不打，要打就一定要打赢，为此他提出了能够使己方立于不败之地的三个条件。
首先是要精兵。胡林翼、曾国藩一面“敛兵据险”，继续招募和训练士兵，对部队进行补充，一面下令奖励各级将佐。主要将领也都纷纷得以休息和调整，其中鲍超回四川探亲，多隆阿请假养伤，李续宜、曾国荃迟至三月以后才陆续从湖南来到皖北战场。
其次是要做到粮足。胡林翼甚至把主要精力都放在了筹饷上，以保证湘军主力部队的后勤供应。与此同时，他在皖北战场上实施坚壁清野，尽可能把稻谷粮食都集中在湘军所据守的堡寨，以便使得野无余粮，太平军无法久驻于乡村。
最后，在太湖战役中，潜山知县叶兆元立了大功。如果不是他及时提供相关地图和情报，让胡林翼想到设奇兵于天堂寨，太湖战役恐怕难以实现翻盘，其后他更是带着团练直接加入了攻克潜山的作战。从叶兆元身上，胡林翼看到了这些地方官及其团练的作用，休整期间，除了确保兵精粮足，他还积极与皖鄂豫边的各州县官进行联络，通过县官们组织团练、民兵修筑堡寨，并准备在太平军可能出入的道路上进行骚扰。
胡林翼“言战三条件”实施得极有成效，湘军士气高涨，战斗意志旺盛，这为他们决战下一阶段创造了有利条件。