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神圣罗马帝国内部的宗教情况非常复杂。斐迪南一世（Ferdinand Ⅰ er ）于1564年逝世之后，他的继任者们未能很好地统治帝国。马克西米利安二世（Maximilien Ⅱ，1564年—1576年）、鲁道夫二世（Rodolphe Ⅱ,1576年—1612年）和马蒂亚斯一世（Mathias Ⅰ er ,1612年—1619年）皆是平庸之辈。周边公国的崛起使得他们丧失部分权利。1552年签署的一系列和平条约中的某些条款，例如阻止神圣罗马帝国宗教世俗化等，从未被新教徒接受。半个世纪以来，皇帝在帝国内部实施的这些条款都收效甚微。17世纪后几十年中，加尔文派在中欧地区迅速发展。因此，加尔文派诸侯的权力问题亟待解决，这一问题在1555年签订的《奥格斯堡和约》（ La paix d'Augsbourg ）中并未得到妥善处理。《奥格斯堡和约》结束路德派诸侯与加尔文派诸侯之间的武装对抗，但是却忽略了宗教改革的其他运动。
17世纪最初的几十年内，加尔文派信徒为要求修改宗教法规而纷纷进行抗争。神圣罗马帝国内部的紧张局势不断加剧，社会也开始走向危险的两极分化。不久之后，人们便认识到《奥格斯堡和约》的签订明显只是一次短暂的停战。在整个德意志属地中，宗教仇恨激化，暴力事件愈演愈烈。印刷书籍与宣传册在神圣罗马帝国内广泛传播，并受到热烈的宣传。而在改革派的内部，这些传单将教皇称为“东方反基督教者穆罕默德的私生子”（Jumeau bâtard de l'Antéchrist oriental， Mahomet）。因此天主教耶稣会士掀起抵抗路德派及新教领袖的运动，这种对抗很快便蔓延到政治与军事领域。
一处牢固的堡垒
海德堡城堡是三十年战争期间的重要军事目标。
神圣罗马帝国皇帝鲁道夫二世的青铜半身像，利昂·莱昂尼（Leone Leoni）于1603年创作，现藏于维也纳艺术史博物馆。
这一变化首先表现为武装同盟的形成。1608年，一些支持新教和加尔文派的诸侯成立新教联盟，由来自普法尔茨的加尔文主义亲王腓特烈四世（FrédéricⅣ du Palatinat）率领。为了与新教联盟直接对抗，以巴伐利亚公爵马克西米连（Maximilien）为首的德意志天主教联盟于1609年成立。这两个联盟保护其成员宗教信仰的权利，同时维持军队与寻求结盟以防局势恶化。例如，1609年的朱利叶斯·克莱夫斯公国（Le duché de Juliers-Clèves）的财产继承危机几乎引发一场战争。幸运的是，立即开始的相关谈判以及一系列的休战期令战争的危险于1614年彻底消除。尽管神圣罗马帝国皇帝和教皇不属于任何联盟，但是巴伐利亚公爵马克西米连获得西班牙的支持以实现自己的目标。而新教徒一方则在亨利四世逝世后获得来自英格兰与瑞典的支持。
尤斯图斯·苏斯特曼斯（Justus Sustermans）创作的《斐迪南二世肖像》，现藏于意大利佛罗伦萨彼堤宫。
1619年3月20日，来自哈布斯堡王朝的神圣罗马帝国皇帝马蒂亚斯（Mat-hias）逝世，他并未留下子嗣。因此，他的堂弟施蒂利亚的斐迪南（Ferdinand de Styrie）继承神圣罗马帝国的皇位。斐迪南二世统治期间，帝国内部天主教与新教之间的激烈斗争再次爆发。这场斗争的开端便是波希米亚革命，这场革命也拉开三十年战争的序幕。
斐迪南二世在宗教方面的不妥协激化了神圣罗马帝国内部的宗教冲突。他是一名虔诚的天主教徒：每天定时参加弥撒、进行忏悔并与教士交谈。斐迪南二世还坚信只有将天主教奉为神圣罗马帝国的官方宗教，哈布斯堡家族的王权才能牢固。自斐迪南二世于1619年成为神圣罗马帝国皇帝之后，波希米亚是第一个反抗其狂热天主教政策的领地。虽然波希米亚革命最终失败，但是这次反抗引发一场影响整个欧洲的战争。这场战争贯穿斐迪南二世的整个统治时期。尽管他于1637年逝世，这场战争仍一直持续到他的儿子斐迪南三世的统治时期。
然而，在这种紧张的对峙中，任何事件都可能引发联盟的转变，从而导致大批民众的死亡。
作为哈布斯堡家族的一员，鲁道夫二世不仅是神圣罗马帝国的皇帝，还是波希米亚的国王。1609年，他给波希米亚王国的新教徒写了一封亲笔信，允诺会保障他们的宗教自由。然而，这一政策的实施造成广泛的非议，反而加剧波希米亚地区的宗教紧张局势。1612年，马蒂亚斯一世（Mathias Ⅰ er ）登基，这种情况进一步恶化——因为这位新君坚决支持红衣主教梅尔基奥尔·克莱斯（Melchior Klesl）的反宗教改革政策。
鲁道夫二世指定斯蒂里亚公爵斐迪南为自己的继任者。新教反抗者称这位顽固的天主教徒为“支持耶稣会士者”（L'homme des jésuites）。尽管如此，斐迪南还是于1617年成为波希米亚国王，并在1618年被尊为匈牙利国王。在这两年里，他一直都在等待时机，因为当时的国家缺乏财政收入与军事实力。但是，这一切都在1619年他成为神圣罗马帝国皇帝时发生了变化。斐迪南二世于1619年至1637年在位，他在统治期间表现出极端的天主教激进主义。此外，为了有效地提升皇帝威信，斐迪南二世将继承的属地（奥地利和阿尔卑斯公爵领地）与获得的王国领地（波希米亚和匈牙利）集中在自己的管辖之下。